O Instituto de Informática, abreviadamente designado por II, foi criado em 1977, essencialmente como o Centro de Informática do Ministério das Finanças.

Em 1987, através da transferência das principais atribuições e competências da Direcção-Geral da Organização Administrativa, foram-lhe cometidas tarefas relacionadas com a adopção das tecnologias da informação pela Administração Pública.

Em 2007, o Instituto de Informática é integrado na administração directa do Estado, sendo-lhe atribuídas, entre outras, competências ao nível da definição das políticas e estratégias das tecnologias de informação e comunicação do Ministério das Finanças e da Administração Pública.