Curriculum Vitae

Pedro Jorge Araújo Alves da Silva. É Professor Auxiliar e Professor Associado na Universidade Fernando Pessoa. Publicou 17 artigos em revistas especializadas e 12 trabalhos em actas de eventos. Possui 2 softwares e outros 14 itens de produção técnica. Nas suas actividades profissionais interagiu com 29 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos.
Endereço de acesso a este CV: http://www.degois.pt/visualizador/curriculum.jsp?key=7174874612081534

Nome completo Full name	Pedro Jorge Araújo Alves da Silva
Nome em citações bibliográficas Quoting name	Silva, Pedro J.
Categoria profissional Position	Professor Auxiliar

Endereço profissional Professional address

Universidade Fernando Pessoa Faculdade de Ciências da Saúde R. Carlos da Maia, 296 4200-150 Porto Portugal Correio electrónico: pedros@ufp.pt Homepage: http://www.ufp.pt/~pedros/index.htm

Sexo Gender

Masculino»Male

1997-2001	Doutoramento Phd
Química. Universidade do Porto, Portugal.

1992-1996	Licenciatura Licentiate degree
Bioquímica (4 anos » years) . Universidade do Porto, Portugal.

Universidade Fernando Pessoa

Out/2010-Actual

Professor Associado

Universidade Fernando Pessoa

Jan/2001-Actual

Professor Auxiliar

Universidade Fernando Pessoa

Set/2010-Actual

Disciplinas leccionadas»Taught units: Bioquímica Fisiológica(Docente) Química Analítica I(Docente) Química Analítica II(Docente)

Set/2009-Ago/2010

Disciplinas leccionadas»Taught units: Bioquímica Fisiológica(Docente) Química Analítica II(Docente)

Set/2006-Set/2008

Disciplinas leccionadas»Taught units: Bioquímica Fisiológica(Docente)

Set/2005-Ago/2006

Disciplinas leccionadas»Taught units: Bioquímica I(Docente) Bioquímica II(Docente) Bioquímica e Química Fisiológica(Docente) Química Fisiológica(Docente)

Set/2004-Ago/2005

Disciplinas leccionadas»Taught units: Química Analítica II(Docente) Bioquímica II(Docente) Química Fisiológica(Docente) Bioquímica

Set/2003-Ago/2004

Disciplinas leccionadas»Taught units: Bioquímica(Docente) Bioquímica II(Docente) Química Fisiológica(Docente)

Set/2002-Ago/2003

Disciplinas leccionadas»Taught units: Bioquímica(Docente) Biomatemática e Bioestatística(Docente)

Set/2001-Ago/2002

Disciplinas leccionadas»Taught units: Biomatemática(Docente) Bioquímica(Docente) Química Geral(Docente)

Mar/2001-Jul/2001

Disciplinas leccionadas»Taught units: Química Orgânica(Docente) Química Geral(Docente) Biomatemática(Docente)

Compreende Understandig	Inglês (Bem), Francês (Razoavelmente), Holandês (Bem).
Fala Speaking	Inglês (Bem), Francês (Pouco), Holandês (Razoavelmente).
Lê Reading	Inglês (Bem), Francês (Bem), Holandês (Bem).
Escreve Writing	Inglês (Bem), Francês (Pouco), Holandês (Pouco).

Artigos em revistas com arbitragem científica Papers in periodics with scientific refereeing

1.	Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2011. "Computational Characterization of the Substrate-Binding Mode in Coproporphyrinogen III Oxidase", The Journal of Physical Chemistry B 115, 8: 1903 - 1910.

2.	Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2011. "Successes and failures of DFT functionals in acid/base and redox reactions of organic and biochemical interest", Computational and Theoretical Chemistry 966, 1-3: 120 - 126.

3.	Brás, Natércia F; Perez, Marta A. S; Fernandes, Pedro A; Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2011. "Accuracy of Density Functionals in the Prediction of Electronic Proton Affinities of Amino Acid Side Chains", Journal of Chemical Theory and Computation, 7: 3898 - 3908.

4.	Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2010. "Computational insights into the photochemical step of the reaction catalyzed by protochlorophylide oxidoreductase.", International JOurnal of Quantum Chemistry, 111: 1472 - 1479.

5.	Silva, Pedro J; Schulz, Claudia; Jahn, Dieter; Jahn, Martina; Ramos, Maria J. 2010. " A Tale of Two Acids: When Arginine Is a More Appropriate Acid than H 3 O + ", The Journal of Physical Chemistry B 114, 27: 8994 - 9001.

6.	Silva, Pedro J. A. A.. 2009. "Inductive and Resonance Effects on the Acidities of Phenol, Enols, and Carbonyl a-Hydrogens.", Journal of Organic Chemistry, 74: 914 - 916.

7.	Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2009. "Computational studies on the reactivity of substituted 1,2-dihydro-1,2-azaborines", Journal of Organic Chemistry, 74: 6120 - 6129.

8.	Silva, Pedro J. A. A.. 2008. "Assessing the reliability of sequence similarities detected through hydrophobic sequence analysis", Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 70: 1588 - 1594.

9.	van Haaster, D; Silva, Pedro J. A. A.; Hagedoorn, Peter-Leon; Jongejaan, Jaap; Hagen, Wilfred R. 2008. "A re-investigation of the steady-state kinetics and the physiological function of the soluble NiFe-hydrogenase-I of Pyrococcus furiosus.", Journal of Bacteriology , 190: 1584 - 1587.

10.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2008. "A comparative density-functional study of models for the reaction mechanism of uroporphyrinogen III synthase.", Journal of Physical Chemistry B, 112: 3144 - 3148.

11.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2008. "A comparative density-functional study of the reaction mechanism of the O2-dependent coproporphyrinogen III oxidase.", Bioorganic and Medicinal Chemistry, 16: 2726 - 2733.

12.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2007. "Reaction Mechanism of the Vitamin K-Dependent Glutamate Carboxylase: A Computational Study.", J. Phys. Chem. B, 111: 12883 - 12887.

13.	Pinho, Dora; Silva, Pedro J. A. A.; Besson, Stéphane; Castro, Baltazar; Moura, Isabel. 2005. "Isolation and spectroscopic characterization of the membrane-bound nitrate reductase from Pseudomonas chlororaphis DSM 50135 ", Biochimica et Biophysica Acta – General Subjects, 1723: 151 - 162.

14.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2005. "A Density-Functional Study of Mechanisms for the Cofactor-Free Decarboxylation Performed by Uroporphyrinogen III Decarboxylase. ", Journal of Physical Chemistry B, 109: 18195 - 18200.

15.	de Bok, F; Hagen, Wilfred R; Hagedoorn, Peter-Leon; Silva, Pedro J. A. A.; Fritsche, Kathrin; Stams, Alfons; Schiltz, Emile. 2003. "Two W-containing formate dehydrogenases (CO2-reductases) involved in syntrophic propionate oxidation by Syntrophobacter fumaroxidans.", European Journal of Biochemistry, 270: 2476 - 2485.

16.	Silva, Pedro J. A. A.; Fernandes, Pedro A; Ramos, Maria J. 2003. "A theoretical study of radical-only and combined radical/carbocationic mechanisms of arachidonic acid cyclooxygenation by prostaglandin H synthase.", Theretical Chemistry Accounts, 110: 345 - 351.

17.	Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Hagedoorn, Peter-Leon; Amorim, Maria J; Robb, Frank T. 2000. "Novel structure and redox chemistry of the prosthetic groups of the iron-sulfur flavoprotein sulfide dehydrogenase from Pyrococcus furiosus; evidence for a [2Fe-2S] cluster with Asp(Cys) 3 ligands.", Journal of Biological Inorganic Chemistry, 5: 527 - 534.

18.	Silva, Pedro J. A. A.; Castro, Baltazar; Robb, Frank T; Hagen, Wilfred R; Haaker, Huub; Wassink, Hans; Baan, Eyke C. D. v. d. 2000. "Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus. ", European Journal of Biochemistry, 267: 6541 - 6551.

19.	Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R; Castro, Baltazar. 1999. "On the prosthetic groups of the NiFe sulfhydrogenase from Pyrococcus furiosus: topology, structure, and temperature-dependent redox chemistry.", Journal of Biological Inorganic Chemistry, 4: 284 - 191.

Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica Papers in conference proceedings with scientific refereeing

1.	Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2009. "The reaction mechanism of the light-dependent step in the protochlorphyllide oxidoreductase reaction mechanism", Trabalho apresentado em 13th International Conference on Qunatum Chemistry, In Book of Abstracts of the 13th International Conference on Qunatum Chemistry, Helsínquia.

2.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2006. "On the role of arginine residues as general acids in two steps of the reaction mechanism of uroporphyrinogen decarboxylase", Trabalho apresentado em 8th European Conference on Bioinorganic Chemistry, In Book of Abstracts of the 8th European Conference on Bioinorganic Chemistry, Aveiro.

3.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2006. "A computational study of the reaction mechanism of coproporphyrinogen oxidase", Trabalho apresentado em Trends in Enzymology, In Book of Abstracts of the "Trends in Enzymology" Conference, Como, Itália.

4.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2005. "A QM/MM study of the reaction mechanism of uroporphyrinogen decarboxylase", Trabalho apresentado em Quantum Chemistry Applied: From H3 to biocatalysis, In Book of Abstracts of "Quantum Chemistry Applied: From H3 to biocatalysis", Estocolmo.

5.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2005. "Evaluation of mechanisms for the cofactor-free decarboxylation performed by uroporphyrinogen III decarboxylase", Trabalho apresentado em 7º Encontro Nacional de Química Física, In Resumos do 7º Encontro Nacional de Química Física, Porto.

6.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2004. "Detecting structural homologs through hydrophobic cluster analysis", Trabalho apresentado em 3º Congresso Luso-Espanhol de Biofísica, In Resumos do 3º Congresso Luso-Espanhol de Biofísica, Lisboa.

7.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2004. "Pyrrole protonation and decarboxylation by uroporphyrinogen III decarboxylase", Trabalho apresentado em 30º Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina, In Resumos do 30º Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina., Porto.

8.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J; Fernandes, Pedro A. 2003. "A density functional study of arachidonic acid cyclooxygenation by prostaglandin H synthase", Trabalho apresentado em “Modelling Chemical Reactivity : From Gas - Phase to solution and enzymes”, In Abstracts of “Modelling Chemical Reactivity : From Gas - Phase to solution and enzymes”, Nancy.

9.	Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R. 2000. "The membrane-bound hydrogenase from Pyrococcus furiosus: isolation, kinetic characterization and redox properties", Trabalho apresentado em 6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases, In Abstracts of the 6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases, Potsdam.

10.	Silva, Pedro J. A. A.; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Hagen, Wilfred R. 1999. "Effects of temperature on the electron transfer between Pyrococcus furiosus hydrogenase and its redox partners.", Trabalho apresentado em 9th International Conference on Biological Inorganic Chemistry, In Journal of Inorganic Biochemistry, Minneapolis.

11.	Silva, Pedro J. A. A.; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Hagen, Wilfred R. 1998. "On the prosthetic groups of the NiFe sulfhydrogenase from Pyrococcus furiosus and its putative redox partners: topology, structure, and temperature-dependent redox chemistry. ", Trabalho apresentado em COST ACTION 818 Workshop on Bacterial Hydrogenases: Structures and Mechanisms, In Livro de resumos do COST ACTION 818 Workshop on Bacterial Hydrogenases: Structures and Mechanisms, Sintra.

12.	Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R. 2008. "Multiple forms of EPR-detectable nickel in Pyrococcus furiosus sulfhydrogenase generated by temperature-change induced auto-redox cycling", Trabalho apresentado em 4th European Conference on Bioinorganic Chemistry, In Book of Abstracts of the 4th European Conference on Bioinorganic Chemistry, Sevilha.

Software sem registo ou patente Software without patent or official record

1.	Silva, Pedro J. A. A.. HCA Database,2008.

2.	Silva, Pedro J. A. A.. HCA_analyze,2008.

Apresentação oral de trabalho Oral work presentation

1.	Silva, Pedro J. With or without light:Biological reduction of protochlorophylide by two unrelated enzymes,5th Symposium on Theoretical Biophysics ,Funchal,2011 (Congresso).

2.	Silva, Pedro J. Reactivity of cytochrome P450 towards 1,2-dihydro-1,2-azaborine ,9th Triennial Conference of the World Association of Theoretical and Computational Chemists,Santiago de Compostela,2011 (Comunicação).

3.	Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. Computational studies of heme biosynthesis,Biomolecular Simulation 2008: frontiers of biomolecular simulation,Bristol,2008 (Congresso).

4.

Hagen, Wilfred R; Silva, Pedro J; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Baan, Eyke C. D. v. d; Wassink, Hans; Castro, Baltazar; Haaker, Huub; Robb, Frank T. One, two, three, many: Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus,6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases,Potsdam,2000 (Comunicação).

5.

Hagen, Wilfred R; Silva, Pedro J; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Robb, Frank T. Novel Structure and Redox Chemistry of the Prosthetic Groups of the Iron-Sulfur Flavoprotein Sulfide Dehydrogenase from Pyrococcus furiosus,Third International Congress on Extremophiles,Hamburgo,2000 (Comunicação).

6.	Silva, Pedro J. A. A.; Castro, Baltazar; Hagen, Wilfred R. Os grupos prostéticos da [NiFe]-sulfhidrogenase do Pyrococcus furiosus: topologia, estrutura e química redox dependente da temperatura,1º Encontro RequiMTe,1999 (Congresso).

7.

Silva, Pedro J; Hagen, Wilfred R; Hagedoorn, Peter-Leon; van den B. M; Landa, Ilse; Arendsen, Alexander F; Driessen, Martijn C; Wassink, Hans; Haaker, Huub. Hyperthermophilic redox biochemistry revisited: Em(T) profiles of rubredoxin and ferredoxin from Pyrococcus furiosus.,4th European Conference on Bio-inorganic Chemistry,Sevilha,1998 (Comunicação).

Desenvolvimento de material didáctico ou pedagógico Didactic and pedagogic material development

1.	Silva, Pedro J. A. A.. Physiological Chemistry,2006.

2.	Silva, Pedro J. A. A.. Resolução comentada de exercícios de Química Analítica,2005.

3.	Silva, Pedro J. A. A.. Química Fisiológica,2005.

4.	Silva, Pedro J. A. A.. Animações sobre temas de bioquímica estrutural e metabólica,2004.

5.	Silva, Pedro J. A. A.. A general overview of the major metabolic pathways,2003.

6.	Silva, Pedro J. A. A.. Uma panorâmica geral das vias metabólicas,2002.

7.	Silva, Pedro J. A. A.. Lições Introdutórias de Química Orgânica,2001.

Organização de evento Event organization

1.	Costa, Flora T; Silva, Pedro J. A. A.; Silva, Carla S. Jornada sobre a Humanização dos Cuidados de Saúde,2007 (Encontro).

2.	Costa, Flora T; Silva, Pedro J. A. A.; Silva, Carla S. Jornada de Bioética,2006 (Encontro).

Orientações Orientations

Participação no júri de Graus Académicos Academic Degrees jury participation

Orientações Orientations

Dissertação de Mestrado Master degree dissertation

1.	Viviana Andreia Bastos Rodrigues, Mecanismo de destoxificação do dimetilmercúrio, 2010. Dissertação (Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Fernando Pessoa (Orientador) - Concluída.

Participação no júri de Graus Académicos Academic Degrees jury participation

Doutoramento Phd

1.	Silva, Pedro J.. Participação no júri de Daniel Fernando Andrade Ribeiro Dourado. Glutathion transferase: Theoretical insights, 2011. Tese (Química) - Universidade do Porto.

2.	Silva, Pedro J.. Participação no júri de José Rui Ferreira Marques. Estudo Teórico de Pontes Dissulfureto em Proteínas, 2010. Tese (Química) - Universidade do Porto.

3.	Silva, Pedro J.. Participação no júri de Alexandra Tavares Marques. Computational studies on amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase and geranylgeranyltransferase type-I enzymes, 2009. Tese (Química) - Universidade do Porto.

4.	Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Participação no júri de Ricardo Flores Branco. Computational and modelling studies on metalloproteins: Cu,Zn superoxide dismutase and engineered cytochrome P450 monooxygenases, 2008. Tese (Química) - Universidade do Porto.

Mestrado Master degree

1.	Silva, Pedro J.. Participação no júri de Eduardo Filipe Teixeira de Oliveira. Estudo do Mecanismo da Enzima Ornitina Descarboxilase, 2010.  Dissertação (Química) - Universidade do Porto.

2.	Silva, Pedro J.. Participação no júri de Ana Rute de Azevedo Pina Neves. Desenvolvimento de Novos Fármacos Anti-Colesterol - o caminho desbravado, 2009.  Dissertação (Química) - Universidade do Porto.

3.	Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Participação no júri de Sílvia Martins . Novos agentes para tratamento de infecções por HIV-1, 2008.  Dissertação (Química) - Universidade do Porto.

Exame de qualificação de doutoramento Phd qualification test

1.	Silva, Pedro J.. Participação no júri de Karol Strutyski. Computer simulation studies of the interaction between carbon nanotubes and macromolecules, 2010. Exame de qualificação (Química) - Universidade do Porto.

Produção científica Scientific production

Produção técnica Technical production

Dados complementares data

Total

Produção científica Scientific production

31

Artigos científicos em revistas Papers in periodics

19

Com arbitragem científica With scientific refereeing

19

Trabalhos em eventos Papers in conference proceedings

12

Com arbitragem científica With scientific refereeing

12

Total

Produção técnica Technical production

18

Software

2

Software sem registo ou patente Software without patent or official record

2

Outros tipos de produção técnica Other technical production

16

Total

Dados complementares (Additional data)

9

Orientações Orientations

1

Participação no Júri de Graus Académicos Academic Degrees jury participation

8

Baltazar Manuel Romão Castro