Pedro Jorge Araújo Alves da Silva
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Data da última atualização
»Last update
:
29/07/2015 |
Dados pessoais (Personal data)
Nome completo
Full name |
Pedro Jorge Araújo Alves da Silva |
Nome em citações bibliográficas
Quoting name |
Silva, Pedro J. |
Categoria profissional
Position |
Professor Associado |
Domínio científico de atuação
Scientific domain |
Ciências Exactas-Química. Ciências Naturais-Ciências Biológicas.
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Sexo
Gender |
Masculino»Male |
Graus Académicos
(Academic Degrees)
1997-2001 |
Doutoramento Phd |
Química.
Universidade do Porto,
Portugal.
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1992-1996 |
Licenciatura Licentiate degree |
Bioquímica
(4 anos » years)
.
Universidade do Porto,
Portugal.
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Vínculos profissionais
(Professional Positions)
Universidade Fernando Pessoa |
Out/2010-Actual |
Professor Associado |
Abr/2001-Set/2010 |
Professor Auxiliar |
Projetos de Investigação (Research projects)
Participação como Investigador responsável Participation as responsible Researcher |
2011-2014 Estudos computationais de reações orgânicas catalizadas por metais de transição-Computational studies of transition-metal-catalyzed organic reactions |
Referência do projeto»Project reference: PTDC/QUI-QUI/111288/2009. Parceiro(s)»Partners:
Universidade Fernando Pessoa.
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Línguas (Languages)
Compreende Understandig |
Inglês (Bem), Francês (Razoavelmente), Holandês (Bem). |
Fala Speaking |
Inglês (Bem), Francês (Pouco), Holandês (Razoavelmente). |
Lê Reading |
Inglês (Bem), Francês (Bem), Holandês (Bem). |
Escreve Writing |
Inglês (Bem), Francês (Pouco), Holandês (Pouco). |
Produção científica, técnica e artística/cultural
(Scientific, technical and artistical/cultural
production)
Livros publicados/organizados ou edições Published/organized books or Editions |
1. |
Silva, Pedro J; Silva, Carla S. e; Lemos, Catarina; Leal, Fernanda; Cardoso, Inês L; Oliveira, Marta; Moutinho, Carla. 2011. Trabalhos Laboratoriais de Bioquímica. ISBN: 978-989-643-077-1. Porto: .. ed. 1, ISBN: 978-989-643-077-1. Porto: Edições UFP. |
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Artigos em revistas com arbitragem científica Papers in periodics with scientific refereeing |
1. |
Silva, Pedro J; Rodrigues, Viviana. 2015. "Mechanistic pathways of mercury removal from the organomercurial lyase active site", PeerJ, 3: e1127 - e1127.
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2. |
Bernardo, Carlos E; Silva, Pedro J. 2014. "Computational development of rubromycin-based lead compounds for HIV-1 reverse transcriptase inhibition", PeerJ 2, 2: e470 - e470.
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3. |
Silva, Pedro J. 2014. "With or without light: comparing the reaction mechanism of dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase with the energetic
requirements of the light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase", PeerJ 2, 2: e551 - e551.
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4. |
Sousa, Carla; Silva, Pedro J. 2013. "BBr3-Assisted Cleavage of Most Ethers Does Not Follow the Commonly Assumed Mechanism ", European Journal of Organic Chemistry 2013, 23: 5195 - 5199.
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5. |
Bernardo, Carlos E. P; Bauman, Nicholas P; Piecuch, Piotr; Silva, Pedro J. 2013. "Evaluation of density functional methods on the geometric and energetic descriptions of species involved in Cu+-promoted catalysis", Journal of Molecular Modeling, 19: 5457 - 5467.
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6. |
Silva, Pedro J; Perez, Marta A. S; Brás, Natércia F; Fernandes, Pedro A; Ramos, M. J. 2012. "Improving the study of proton transfers between amino acid side chains in solution: choosing appropriate DFT functionals and
avoiding hidden pitfalls", Theoretical Chemistry Accounts 131, 3: 1179 - 1185.
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7. |
Silva, Pedro J. 2012. "Unravelling the reaction mechanism of the reductive ring contraction of 1,2-pyridazines.", Journal of Organic Chemistry, 77: 4653 - 4659.
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8. |
Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2011. "Computational Characterization of the Substrate-Binding Mode in Coproporphyrinogen III Oxidase", Journal of Physical Chemistry B 115, 8: 1903 - 1910.
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9. |
Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2011. "Successes and failures of DFT functionals in acid/base and redox reactions of organic and biochemical interest", Computational and Theoretical Chemistry 966, 1-3: 120 - 126.
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10. |
Brás, Natércia F; Perez, Marta A. S; Fernandes, Pedro A; Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2011. "Accuracy of Density Functionals in the Prediction of Electronic Proton Affinities of Amino Acid Side Chains", Journal of Chemical Theory and Computation, 7: 3898 - 3908.
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11. |
Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2010. "Computational insights into the photochemical step of the reaction catalyzed by protochlorophylide oxidoreductase.", International JOurnal of Quantum Chemistry, 111: 1472 - 1479.
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12. |
Silva, Pedro J; Schulz, Claudia; Jahn, Dieter; Jahn, Martina; Ramos, Maria J. 2010. " A Tale of Two Acids: When Arginine Is a More Appropriate Acid than H 3 O
+ ", Journal of Physical Chemistry B 114, 27: 8994 - 9001.
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13. |
Silva, Pedro J. A. A.. 2009. "Inductive and Resonance Effects on the Acidities of Phenol, Enols, and Carbonyl a-Hydrogens.", Journal of Organic Chemistry, 74: 914 - 916.
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14. |
Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2009. "Computational studies on the reactivity of substituted 1,2-dihydro-1,2-azaborines", Journal of Organic Chemistry, 74: 6120 - 6129.
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15. |
Silva, Pedro J. A. A.. 2008. "Assessing the reliability of sequence similarities detected through hydrophobic sequence analysis", Proteins-Structure Function and Bioinformatics, 70: 1588 - 1594.
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16. |
van Haaster, D; Silva, Pedro J. A. A.; Hagedoorn, Peter-Leon; Jongejaan, Jaap; Hagen, Wilfred R. 2008. "A re-investigation of the steady-state kinetics and the physiological function of the soluble NiFe-hydrogenase-I of Pyrococcus
furiosus.", Journal of Bacteriology , 190: 1584 - 1587.
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17. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2008. "A comparative density-functional study of models for the reaction mechanism of uroporphyrinogen III synthase.", Journal of Physical Chemistry B, 112: 3144 - 3148.
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18. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2008. "A comparative density-functional study of the reaction mechanism of the O2-dependent coproporphyrinogen III oxidase.", Bioorganic & Medicinal Chemistry, 16: 2726 - 2733.
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19. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2007. "Reaction Mechanism of the Vitamin K-Dependent Glutamate Carboxylase: A Computational Study.", Journal of Physical Chemistry B, 111: 12883 - 12887.
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20. |
Pinho, Dora; Silva, Pedro J. A. A.; Besson, Stéphane; Castro, Baltazar; Moura, Isabel. 2005. "Isolation and spectroscopic characterization of the membrane-bound nitrate reductase from Pseudomonas chlororaphis DSM 50135
", Biochimica et Biophysica Acta-General Subjects, 1723: 151 - 162.
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21. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2005. "A Density-Functional Study of Mechanisms for the Cofactor-Free Decarboxylation Performed by Uroporphyrinogen III Decarboxylase.
", Journal of Physical Chemistry B, 109: 18195 - 18200.
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22. |
de Bok, F; Hagen, Wilfred R; Hagedoorn, Peter-Leon; Silva, Pedro J. A. A.; Fritsche, Kathrin; Stams, Alfons; Schiltz, Emile. 2003. "Two W-containing formate dehydrogenases (CO2-reductases) involved in syntrophic propionate oxidation by Syntrophobacter fumaroxidans.", European Journal of Biochemistry, 270: 2476 - 2485.
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23. |
Silva, Pedro J. A. A.; Fernandes, Pedro A; Ramos, Maria J. 2003. "A theoretical study of radical-only and combined radical/carbocationic mechanisms of arachidonic acid cyclooxygenation by
prostaglandin H synthase.", Theoretical Chemistry Accounts, 110: 345 - 351.
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24. |
Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Hagedoorn, Peter-Leon; Amorim, Maria J; Robb, Frank T. 2000. "Novel structure and redox chemistry of the prosthetic groups of the iron-sulfur flavoprotein sulfide dehydrogenase from Pyrococcus
furiosus; evidence for a [2Fe-2S] cluster with Asp(Cys) 3 ligands.", Journal of Biological Inorganic Chemistry, 5: 527 - 534.
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25. |
Silva, Pedro J. A. A.; Castro, Baltazar; Robb, Frank T; Hagen, Wilfred R; Haaker, Huub; Wassink, Hans; Baan, Eyke C. D. v. d. 2000. "Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus. ", European Journal of Biochemistry, 267: 6541 - 6551.
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26. |
Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R; Castro, Baltazar. 1999. "On the prosthetic groups of the NiFe sulfhydrogenase from Pyrococcus furiosus: topology, structure, and temperature-dependent
redox chemistry.", Journal of Biological Inorganic Chemistry, 4: 284 - 191.
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Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica Papers in conference proceedings with scientific refereeing |
1. |
Silva, Pedro J; Ramos, Maria J. 2009. "The reaction mechanism of the light-dependent step in the protochlorphyllide oxidoreductase reaction mechanism", Trabalho apresentado em 13th International Conference on Qunatum Chemistry, In Book of Abstracts of the 13th International Conference on Qunatum Chemistry, Helsínquia. |
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2. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2006. "On the role of arginine residues as general acids in two steps of the reaction mechanism of uroporphyrinogen decarboxylase", Trabalho apresentado em 8th European Conference on Bioinorganic Chemistry, In Book of Abstracts of the 8th European Conference on Bioinorganic Chemistry, Aveiro. |
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3. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2006. "A computational study of the reaction mechanism of coproporphyrinogen oxidase", Trabalho apresentado em Trends in Enzymology, In Book of Abstracts of the "Trends in Enzymology" Conference, Como, Itália. |
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4. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2005. "A QM/MM study of the reaction mechanism of uroporphyrinogen decarboxylase", Trabalho apresentado em Quantum Chemistry Applied: From H3 to biocatalysis, In Book of Abstracts of "Quantum Chemistry Applied: From H3 to biocatalysis", Estocolmo. |
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5. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2005. "Evaluation of mechanisms for the cofactor-free decarboxylation performed by uroporphyrinogen III decarboxylase", Trabalho apresentado em 7º Encontro Nacional de Química Física, In Resumos do 7º Encontro Nacional de Química Física, Porto. |
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6. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2004. "Detecting structural homologs through hydrophobic cluster analysis", Trabalho apresentado em 3º Congresso Luso-Espanhol de Biofísica, In Resumos do 3º Congresso Luso-Espanhol de Biofísica, Lisboa. |
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7. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. 2004. "Pyrrole protonation and decarboxylation by uroporphyrinogen III decarboxylase", Trabalho apresentado em 30º Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina, In Resumos do 30º Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina., Porto. |
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8. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J; Fernandes, Pedro A. 2003. "A density functional study of arachidonic acid cyclooxygenation by prostaglandin H synthase", Trabalho apresentado em “Modelling Chemical Reactivity : From Gas - Phase to solution and enzymes”, In Abstracts of “Modelling Chemical Reactivity : From Gas - Phase to solution and enzymes”, Nancy. |
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9. |
Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R. 2000. "The membrane-bound hydrogenase from Pyrococcus furiosus: isolation, kinetic characterization and redox properties", Trabalho apresentado em 6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases, In Abstracts of the 6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases, Potsdam. |
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10. |
Silva, Pedro J. A. A.; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Hagen, Wilfred R. 1999. "Effects of temperature on the electron transfer between Pyrococcus furiosus hydrogenase and its redox partners.", Trabalho apresentado em 9th International Conference on Biological Inorganic Chemistry, In Journal of Inorganic Biochemistry, Minneapolis. |
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11. |
Silva, Pedro J. A. A.; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Hagen, Wilfred R. 1998. "On the prosthetic groups of the NiFe sulfhydrogenase from Pyrococcus furiosus and its putative redox partners: topology, structure,
and temperature-dependent redox chemistry. ", Trabalho apresentado em COST ACTION 818 Workshop on Bacterial Hydrogenases: Structures and Mechanisms, In Livro de resumos do COST ACTION 818 Workshop on Bacterial Hydrogenases: Structures and Mechanisms, Sintra. |
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12. |
Silva, Pedro J. A. A.; Hagen, Wilfred R. 2008. "Multiple forms of EPR-detectable nickel in Pyrococcus furiosus sulfhydrogenase generated by temperature-change induced auto-redox
cycling", Trabalho apresentado em 4th European Conference on Bioinorganic Chemistry, In Book of Abstracts of the 4th European Conference on Bioinorganic Chemistry, Sevilha. |
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Software sem registo ou patente Software without patent or official record |
1. |
Silva, Pedro J. A. A.. HCA Database,2008.
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2. |
Silva, Pedro J. A. A.. HCA_analyze,2008.
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Apresentação oral de trabalho Oral work presentation |
1. |
Silva, Pedro J. Reactivity of cytochrome P450 towards 1,2-dihydro-1,2-azaborine ,9th Triennial Conference of the World Association of Theoretical and Computational Chemists,Santiago de Compostela,2011 (Comunicação). |
2. |
Silva, Pedro J. With or without light:Biological reduction of protochlorophylide by two unrelated enzymes,5th Symposium on Theoretical Biophysics ,Funchal,2011 (Congresso). |
3. |
Silva, Pedro J. A. A.; Ramos, Maria J. Computational studies of heme biosynthesis,Biomolecular Simulation 2008: frontiers of biomolecular simulation,Bristol,2008 (Congresso). |
4. |
Hagen, Wilfred R; Silva, Pedro J; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Baan, Eyke C. D. v. d; Wassink, Hans; Castro, Baltazar; Haaker, Huub; Robb, Frank T. One, two, three, many: Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus,6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases,Potsdam,2000 (Comunicação). |
5. |
Hagen, Wilfred R; Silva, Pedro J; Amorim, Maria J; Hagedoorn, Peter-Leon; Wassink, Hans; Haaker, Huub; Robb, Frank T. Novel Structure and Redox Chemistry of the Prosthetic Groups of the Iron-Sulfur Flavoprotein Sulfide Dehydrogenase from Pyrococcus
furiosus,Third International Congress on Extremophiles,Hamburgo,2000 (Comunicação). |
6. |
Silva, Pedro J. A. A.; Castro, Baltazar; Hagen, Wilfred R. Os grupos prostéticos da [NiFe]-sulfhidrogenase do Pyrococcus furiosus: topologia, estrutura e química redox dependente da
temperatura,1º Encontro RequiMTe,1999 (Congresso). |
7. |
Silva, Pedro J; Hagen, Wilfred R; Hagedoorn, Peter-Leon; van den B. M; Landa, Ilse; Arendsen, Alexander F; Driessen, Martijn C; Wassink, Hans; Haaker, Huub. Hyperthermophilic redox biochemistry revisited: Em(T) profiles of rubredoxin and ferredoxin from Pyrococcus furiosus.,4th European Conference on Bio-inorganic Chemistry,Sevilha,1998 (Comunicação). |
Desenvolvimento de material didáctico ou pedagógico Didactic and pedagogic material development |
1. |
Silva, Pedro J; Cardoso, Inês L; Lemos, Catarina; Leal, Fernanda; Moutinho, Carla; Silva, Carla S. e; Oliveira, Marta. Trabalhos Laboratoriais de Bioquímica ,2011. |
2. |
Silva, Pedro J. A. A.. Physiological Chemistry,2006.
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3. |
Silva, Pedro J. A. A.. Resolução comentada de exercícios de Química Analítica,2005.
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4. |
Silva, Pedro J. A. A.. Química Fisiológica,2005.
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5. |
Silva, Pedro J. A. A.. Animações sobre temas de bioquímica estrutural e metabólica,2004.
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6. |
Silva, Pedro J. A. A.. A general overview of the major metabolic pathways,2003.
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7. |
Silva, Pedro J. A. A.. Uma panorâmica geral das vias metabólicas,2002.
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8. |
Silva, Pedro J. A. A.. Lições Introdutórias de Química Orgânica,2001.
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Organização de evento Event organization |
1. |
Costa, Flora T; Silva, Pedro J. A. A.; Silva, Carla S. Jornada sobre a Humanização dos Cuidados de Saúde,2007 (Encontro). |
2. |
Costa, Flora T; Silva, Pedro J. A. A.; Silva, Carla S. Jornada de Bioética,2006 (Encontro). |
Dados Complementares (Additional data)
Dissertação de Mestrado Master degree dissertation |
1. |
Viviana Andreia Bastos Rodrigues, Mecanismo de destoxificação do dimetilmercúrio, 2010. Dissertação (Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Fernando Pessoa (Orientador). |
Participação no júri de Graus Académicos Academic Degrees jury participation |
1. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de António José Meireles Ribeiro. Drug Design targeted at HIV-1 Integrase, 2013. Tese (Química) - Universidade do Porto. |
2. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de João Miguel Sotto Maior Faria Carneiro. The Role of Non-coding DNA Structural Information in Phylogeny, Evolution and Disease, 2013. Tese (Biologia) - Universidade do Porto. |
3. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Juan António Casas Tamames . Fractalidade em moléculas informacionais, 2012. Tese (Química) - Universidade do Porto. |
4. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Daniel Fernando Andrade Ribeiro Dourado. Glutathion transferase: Theoretical insights, 2011. Tese (Química) - Universidade do Porto. |
5. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de José Rui Ferreira Marques. Estudo Teórico de Pontes Dissulfureto em Proteínas, 2010. Tese (Química) - Universidade do Porto. |
6. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Alexandra Tavares Marques. Computational studies on amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase and geranylgeranyltransferase type-I enzymes, 2009. Tese (Química) - Universidade do Porto. |
7. |
Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Participação no júri de Ricardo Flores Branco. Computational and modelling studies on metalloproteins: Cu,Zn superoxide dismutase and engineered cytochrome P450 monooxygenases, 2008. Tese (Química) - Universidade do Porto. |
1. |
Silva, Pedro J.; Fernanda Leal. Participação no júri de Joana Margarida Fernandes Vieira. Metabolismo do etanol, 2012. Dissertação (Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Fernando Pessoa. |
2. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Eduardo Filipe Teixeira de Oliveira. Estudo do Mecanismo da Enzima Ornitina Descarboxilase, 2010. Dissertação (Química) - Universidade do Porto. |
3. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Ana Rute de Azevedo Pina Neves. Desenvolvimento de Novos Fármacos Anti-Colesterol - o caminho desbravado, 2009. Dissertação (Química) - Universidade do Porto. |
4. |
Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Participação no júri de Sílvia Martins . Novos agentes para tratamento de infecções por HIV-1, 2008. Dissertação (Química) - Universidade do Porto. |
Exame de qualificação de doutoramento Phd qualification test |
1. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Óscar Abílio Leal Ferreira Passos. Theoretical studies on oxidosqualene cyclase: a new target to control cholesterol biosynthesis, 2014. Exame de qualificação (Química) - Universidade do Porto. |
2. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Cátia Daniela dos Santos Moreira. Enzymatic studies of oxidosqualene cyclase and glutamine synthetase, 2014. Exame de qualificação (Química) - Universidade do Porto. |
3. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de João Tiago Soares Coimbra. Theoretical studies on oxidosqualene cyclase: a new target to control cholesterol biosynthesis, 2014. Exame de qualificação (Química) - Universidade do Porto. |
4. |
Silva, Pedro J.. Participação no júri de Karol Strutyski. Computer simulation studies of the interaction between carbon nanotubes and macromolecules, 2010. Exame de qualificação (Química) - Universidade do Porto. |
Indicadores de produção
(Production indicators)
Produção científica
Scientific production |
Produção técnica
Technical production |
Dados complementares
data |
Produção científica Scientific production |
39 |
Livros e capítulos Books and book chapters |
1 |
Livros publicados ou organizados Published or organized books |
1 |
Artigos científicos em revistas Papers in periodics |
26 |
Com arbitragem científica With scientific refereeing |
26 |
Trabalhos em eventos Papers in conference proceedings |
12 |
Com arbitragem científica With scientific refereeing |
12 |
Produção técnica Technical production |
19 |
Software sem registo ou patente Software without patent or official record |
2 |
Outros tipos de produção técnica Other technical production |
17 |
Dados complementares (Additional data) |
16 |
Orientações Orientations |
1 |
Participação no Júri de Graus Académicos Academic Degrees jury participation |
15 |
Visualizações do curriculum [
1168
]
|
Página gerada pela Plataforma de Curricula DeGóis promovida pela FCT e pelo Gávea/DSI/UM
em
12-09-2015
às
18:52:39
|
Plataforma de Curricula DeGóis: http://www.degois.pt | Icons by Axialis Team |
|