João Carlos de Sousa Marques. É Professor Catedrático na Universidade de Coimbra. Publicou 230 artigos em revistas especializadas e 22 trabalhos em actas de eventos, possui 28 capítulos de livros e 12 livros publicados. Possui 169 itens de produção técnica. Participou em 45 eventos no estrangeiro e 57 em Portugal. Recebeu 1 prémio e/ou homenagem. Actua na área de Ciências Biológicas Nas suas actividades profissionais interagiu com 585 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos.
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Nome completo Full name	João Carlos de Sousa Marques
Nome em citações bibliográficas Quoting name	Marques, João Carlos de Sousa
Categoria profissional Position	Professor Catedrático
Domínio científico de atuação Scientific domain	Ciências Naturais-Ciências Biológicas.

Endereço profissional Professional address

Universidade de Coimbra Faculdade de Ciências e Tecnologia Departamento de Zoologia Instituto do Mar, Departamento de Zoologia, FCTUC 3004-517 Coimbra Portugal Correio electrónico: jcmimar@ci.uc.pt Homepage: http://www1.ci.uc.pt/imar/unit/people/jcm.php

1997	Agregação Aggregation
Universidade de Coimbra, Portugal.

1989	Doutoramento Phd
Biologia, especialidade em Ecologia. Universidade de Coimbra, Portugal.

1985	Provas de Aptidão Pedagógica/Capacidade Científica Evaluation of Pedagogic Readiness/Cientific Ability
Biologia. Universidade de Coimbra, Portugal.

1980	Licenciatura Licentiate degree
Biologia (5 anos » years) . Universidade de Lisboa, Portugal.

Universidade de Coimbra

Set/2004-Actual

Professor Catedrático

Set/2000-Ago/2004

Professor Associado

Set/1989-Ago/2000

Professor Auxiliar

Set/1985-Ago/1989

Assistente

Set/1982-Ago/1985

Assistente Estagiário

Universidade de Coimbra

Jan/1994-Actual
Linhas de investigação»Research fields: IMAR/CMA - Centro do Mar e Ambiente (Unidade 284/94 do Programa de Financiamento Plurianual de Unidades de I&D da F.C.T)

Universidade de Coimbra

Set/1999-Actual

Curso»Academic program: Mestrado em Biologia Animal Disciplinas lecionadas»Taught units: Ecologia(Docente)

Set/1982-Actual

Curso»Academic program: Biologia Disciplinas lecionadas»Taught units: Ecologia Animal - Aulas práticas (1987/88(Docente) Hidrobiologia -Aulas práticas (de 1990/91 até ao presente)(Docente) Invertebrados I - Aulas práticas (de 1982/83 a 1985/86)(Docente) Vertebrados - Aulas práticas (1982/83 a 1985/86; 1988/89)(Docente) Invertebrados I - Aulas teóricas (1985/86)(Docente) Ecologia Animal -Aulas teóricas (1986/87 e 1987/88) (Docente) Hidrobiologia -Aulas teóricas (de 1990/91 até ao presente)(Docente) Biologia e Ecologia Marinha - Aulas teóricas (de 2007/08 até presente)(Docente)

Set/1982-Actual

Curso»Academic program: Mestrado em Ecologia Disciplinas lecionadas»Taught units: Comunidades e Ecossistemas(Docente) Análise Numérica e Modelos Ecológicos(Docente) Dinâmica de Ecossistemas Aquáticos(Docente) Estrutura de Populações(Docente) Avaliação de Qualidade Ambiental (2006/07;2007/08;2008/09;2009/10;2010/11;2011/12;2012/13)(Docente)

Set/1996-2001

Curso»Academic program: Mestrado em Hidráulica e Recursos Hídricos Disciplinas lecionadas»Taught units: Modelação Ecológica (Docente)

Set/1995-Ago/1996

Disciplinas lecionadas»Taught units: Aulas teóricas na disciplina de Recursos animais do Mestrado em Gestão de Recursos Biológicos, Universidade de Évora(Docente)

Set/1991-Ago/1992

Disciplinas lecionadas»Taught units: Aulas teóricas e práticas do módulo de Ecologia do Mestrado em Ensino em Biologia -Geologia, Universidade do Minho(Docente)

Universidade de Coimbra

Jan/2003-Actual
Membro do Grupo de Reflexão e Dinamização da Investigação Científica

Jan/2001-Actual
Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao 5º Programa Quadro (2000 2006), no âmbito do Programa “Key Action Sustainable Marine Ecosystems

Jan/2000-Actual
Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao 5º Programa Quadro (2000 2006) no âmbito do Programa “Key Action” Global Change, Climate and Biodiversity

Jan/1999-Actual
Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao 5º Programa Quadro (2000 2006), no âmbito do Programa Sustainable Marine Ecosystems

Jan/1998-Actual
Membro da Comissão Oceanográfica Intersectorial

Jan/1998-Actual
Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao Programa Marine Science and Technology, MAST III (1994 1998), no âmbito SME (“Small Medium Enterprises”) – CRAFT proposals

Jan/1997-Actual
Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao Programa Marine Science and Technology, MAST III (1994 1998), no âmbito SME (“Small Medium Enterprises”) - TSM

Jan/1996-Actual
Avaliação do projecto “Scavenging marine Amphipods: Food selectivity and carrion availability in temperate vs. tropical ecosystems”, submetido para financiamento ao Natural Environment Research Council, Reino Unido

Jan/1991-Actual
Membro do painel de avaliação nomeado pela JNICT (Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica - Portugal)

Jan/1999-2003
Presidente da Comissão Ciêntífica do Dep. de Zoologia da FCTUC

Jan/1994-1998
Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos em 15 de Outubro de 1996 (Fases I + II) ao Programa Marine Science and Technology, MAST III

Jan/1990-1991
Membro de Comissão de Estudos Graduados do Departamento de Zoologia

Universidade de Coimbra

Jan/2008-Actual
- Presidente da Comissão Científica do Departamento de Zoologia

Jan/2006-Actual
- Vice-Presidente no IMAR - Instituto do Mar, Instituição Privada Sem Fins Lucrativos (IPSFL)

Jan/2002-Actual
- Coordenador da Restruturação da Licenciatura em Biologia

Jan/1994-Actual
- Coordenador Científico do IMAR-CMA, Centro do Mar e do Ambiente (Unidade 284/94 do Programa de Financiamento Plurianual de Unidades de I&D da F.C.T.)

Jan/1990-Actual
- Membro da Assembleia para Elaboração dos Regulamentos da FCTUC no quadro da Autonomia Universitária

Jan/2010-2011
- Coordenador dos trabalhos da Comissão de Reestruturação dos Saberes

Jan/2003-2007	Faculdade de Ciências e Tecnologia
- Vice-Reitor para a Investigação Científica

Jan/1997-2006
- Presidente no IMAR - Instituto do Mar, Instituição Privada Sem Fins Lucrativos (IPSFL)

Jan/2003-2004
- Coordenador da Restruturação da Licenciatura em Biologia

Jan/1996-2003
- Coordenador de Curso de Mestrado em Ecologia

Jan/1996-2003
- Coordenador de Curso (Mestrado em Ecologia)

Jan/1994-1997
- Vice-Presidente no IMAR - Instituto do Mar, Instituição Privada Sem Fins Lucrativos (IPSFL)

Jan/1988-1995
- Vogal do Conselho Directivo do Departamento de Zoologia da FCTUC

Jan/1992-1994
- Vogal da Direcção no IMAR - Instituto do Mar, Instituição Privada Sem Fins Lucrativos (IPSFL)

Universidade de Coimbra

Jan/1980-1992
Atividade realizada»Activity: onze vezes bolseiro do Governo Francês para realização de trabalho de investigação sobre Biologia Marinha, e sobre Taxonomia e Ecologia e Biogeografia de Crustáceos Anfípodes na Station Marine d’Endoume, Marselha

Participação como Investigador responsável Participation as responsible Researcher

1999- Compreender a migração das Aves

Referência do projeto»Project reference: ************. Programa Ciência Viva Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

1999- Dicionário virtual de Ornitologia

Referência do projeto»Project reference: ************. Programa “Nónio” Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

1998- Aves Virtual – Aprender com as aves na Internet

Referência do projeto»Project reference: ************. Programa Ciência Viva Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia; Agência Nacional para a Cultura Científica e Tecnológica.

2010-2013 Minho, Mondego, and Mira estuaries observatory: Long term variation of ecological status as a response to natural and human induced changes. Implications for management and restoration – 3M RECITAL

Referência do projeto»Project reference: LTER/BIA-BEC/0019/2009. L-TER Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente ; Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental ; Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (ICETA-UP); Instituto Português de Investigação das Pescas e do Mar; Administração da Região Hidrográfica do Norte, I.P.; Administração da Região Hidrográfica do Centro, I.P.. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2011-2012 Monitorização das comunidades biológicas costeiras e estuarinas associada à intervenção do prolongamento do molhe norte do porto da Figueira da Foz, no período pós- obra

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente . Financiador(es)»Funding: Instituto da Água.

2010-2012 Utilizing the Ecosystem Services Approach for Water Framework Directive Implementation - ESAWADI

Referência do projeto»Project reference: ERA-IWRM/0001/2009. IWRM-NET (100%) Parceiro(s)»Partners: Institute of Marine Research; ASCONIT Consultants; Centre de recherche pour l'étude et l'observation des conditions de vie; Society-Economy-Ecology-Consulting; InterSus - Sustainability Services, Germany.

2009-2012 Water Bodies in Europe: Integrative systems to assess ecological status and recovery – WISER

Referência do projeto»Project reference: FP7-ENV-2008-226273. Programa INCO (100%) Parceiro(s)»Partners: Norsk Institutt for Vannforskning; Consiglio Nazionale delle Ricerche; Universita del Salento; Instytut Ochrony Srodowiska; Institute of Marine Research; Eesti Maaulikoolestonian University of Life Sciences; Stichting Deltares; Fundacion Azti/Azti Fundazioa; Forschungsverbund Berlin e.v.; Suomen Ymparistokeskus; Directorate General Joint Research Centre ; Universitaet fuer Bodenkultur Wien; Universita degli Studi La Sapienza; Alterra B.V.; Institute of Oceanology - Bulgarian Academy of Sciences; CentreNational duMachinisme Agricole du Génie Rural des Eaux et des Forêts; Bournemouth University; Aarhus Universitet; Consejo Superior de Investigaciones Cientificas; University of Hull; University College London; Natural Environment Research Council; Sveriges Lantbruksuniversitet; Trinity College, Dublin.

2008-2011 System dynamic response to an ample artificial RE-establishment of the upstream CONNECTion between the two arms of the Mondego estuary (Portugal): Implications for recovery, ecological quality status, and management – RECONNECT

Referência do projeto»Project reference: PTDC/MAR/64627/2006. Programa PTDC Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra; Insituto de Oceanografia - Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2009-2010 Monitorização das comunidades biológicas costeiras e estuarinas associada à intervenção do prolongamento do molhe norte do porto da Figueira da Foz, na fase de obra

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente . Financiador(es)»Funding: Instituto da Água.

2005-2008 Effects of natural stress generated by freshwater discharges in the benthic invertebrate estuarine communities and its influence on the assessment of the benthic ecological status – EFICAS

Referência do projeto»Project reference: POCI/MAR/61324/2004. Programa POCTI Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra; Insituto de Oceanografia - Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2005-2008 Sustainable management of Mediterranean coastal fresh and transitional water bodies: a socioeconomic and environmental analysis of changes and trends to enhance and sustain stakeholders benefits - WADI

Referência do projeto»Project reference: INCO-CT-2005-015226. Programa INCO (100%) Parceiro(s)»Partners: Università degli Studi di Firenze; Consiglio Nazionale delle Ricerche; Universidad de Alicante; Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra; International Environment Institute (University of Malta); Université Mohamed V, Institute Scientifique de Rabat; Faculté des Sciences de Tetouan (Univ. Abdelmalek Essaâdi); Universidade de Túnis - El Manar; Agence de Protection et Amenagement du Littoral ; Centre for Environment and Development for the Arab Region and Europe ; Consejo Superior de Investigaciones Cientificas.

2004-2006 Estudo piloto do estuário do Mondgo no âmbito da implementação do programa Objectivos de Qualidade Ambiental – Eutrofização (EcoQOs – Eutro – OSPAR). Harmonização dos critérios OSPAR com a Directiva Quadro da Água Europeia

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente . Financiador(es)»Funding: Instituto da Água.

2002-2005 From river catchement areas to the sea: a comparative and integrated approach to the ecology of Mediterranean coastal zones for sustainable management - MEDCORE

Referência do projeto»Project reference: FP5 - ICA3 2001 10028. Programa INCO (100%) Parceiro(s)»Partners: Università degli Studi di Firenze; Universidad de Alicante; Institute of Marine Biology of Crete; Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra; Institut Scientifique Charia Ibn Battota; Universidade de Túnis - El Manar; University of Malta; Centre for Environment and Development for the Arab Region and Europe ; Agence de Protection et Amenagement du Littoral ; Universidad de Barcelona; Faculté des Sciences de Tetouan (Univ. Abdelmalek Essaâdi); Institute of Graduate Studies and Research (University of Alexandria).

2002-2004 Dynamic model of stress induced changes on benthic communities – DYNAMOD

Referência do projeto»Project reference: POCTI/MGS/37431/2001. Programa POCTI Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2002-2004 Caracterização do estuário do rio Mondego e estabelecimento de cenários de gestão em termos da qualidade da água e da integridade do ecossistema

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente ; Instituto Superior Técnico, Universidade Técnica de Lisboa, Portugal; IMAR CME, Universidade Nova de Lisboa; Instituto de Sistemas e Robótica, Universidade Técnica de Lisboa. Financiador(es)»Funding: Instituto da Água.

2000-2003 Ecological adaptation and genetic divergence in changing sandy shores. Concepts and guidelines for beach protection and management

Referência do projeto»Project reference: POCTI/CTA/36553/00. Programa POCTI Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra.

1999-2001 Human impact on estuarine mater and energy dynamics – bases for the integrated management of estuarine ecosystems

Referência do projeto»Project reference: PRAXIS / C/ MGS / 11238/ 1998. Programa PRAXIS XXI Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra; Universidade de Aveiro.

1997-1999 Padrões, processos, e variação em comunidades intertidais rochosas da costa continental Portuguesa: Uma abordagem biogeográfica

Referência do projeto»Project reference: PRAXIS 2/2.1/MAR/1746/95. (PRAXIS 2/2.1/MAR/1746/95)

1997-1999 Estrutura da comunidade e variabilidade espaço-temporal dos recursos do talude continental superior no Algarve

Referência do projeto»Project reference: PRAXIS 2/2.1/MAR/1744/95. Programa PRAXIS XXI

1996-1998 Avaliação da integridade de ecossistemas marinhos por indicadores ecológicos holísticos. Aplicação a um gradiente de eutrofização no estuário do Mondego

Referência do projeto»Project reference: PBICT/MAR/2253/95. Programa Base de Investigação Científica e Tecnológica Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra. Financiador(es)»Funding: Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica.

1996-1998 Aquacultura extensiva na Ria Formosa: Validação de um modelo ecológico

Referência do projeto»Project reference: PBICT/MAR/2226/95. Programa Mobilizador) e Direcção Geral de Portos (DGP

1995-1997 Integrated management of red swamp crayfish populations in rice fields - An application of cleaner technologies and ecotechnology

Referência do projeto»Project reference: AIR3-CT94-2432. Programa AIR Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente .

1995-1997 Caracterização das comunidades bentónicas intertidais e subtidais em substrato rochoso da reserva das Berlengas

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente . Financiador(es)»Funding: Instituto da Conservação da Natureza.

1993-1995 Estuário do Mondego: Evolução temporal das comunidades bentónicas e impacto da descarga excessiva de nutrientes

Referência do projeto»Project reference: PBIC/C/MAR/1301/92. Programa Base de Investigação Científica e Tecnológica Parceiro(s)»Partners: Departamento de Zoologia, Faculdade de Ciências e Tcnologia, U.C.. Financiador(es)»Funding: Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica.

1993-1995 Marine Universal STructural Model (MUST)

Referência do projeto»Project reference: MAS2-CT92-0036. Programa MAST II (100%) Parceiro(s)»Partners: Royal School of Pharmacy ; Universita degli Studi di Padova; Departamento de Zoologia da Universidade de Coimbra.

1992-1994 Lagostim Vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), espécie exótica em Portugal: Bioecologia, impacto e controlo

Referência do projeto»Project reference: PEAM/C/CNT/106/91. Programa Específico para o Ambiente Parceiro(s)»Partners: Departamento de Zoologia, Faculdade de Ciências e Tcnologia, U.C.. Financiador(es)»Funding: Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica.

1991-1993 Ciclo biológico e dinâmica populacional do lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii, na região do Baixo Mondego: Estudo de medidas para controlo da população

Referência do projeto»Project reference: ************. Programas Operacionais Parceiro(s)»Partners: Centro de Sistemática e Ecologia da Universidade de Coimbra. Financiador(es)»Funding: Comissão Coordenadora da Região Centro .

1988-1991 Rôle des Crustacés Amphipodes dans les cycles d'énergie de l'ecosystème de la marge lusitanienne

Referência do projeto»Project reference: ************. Programa de Cooperação Luso-Francesa em Oceanologia (JNICT/Embaixada de França/IFREMER) Parceiro(s)»Partners: Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra; Centre d'Océanologie de Marseille Station Marine d Endoume.

1985-1991 Estudo Ambiental do Estuário do Mondego

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: Centro de Sistemática e Ecologia da Universidade de Coimbra. Financiador(es)»Funding: INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACAO CIENTIFICA; Universidade de Coimbra.

1988-1990 Lançamento de bases para o estudo integrado do estuário do Mondego

Referência do projeto»Project reference: ************. JNICT (Programa Mobilizador) Parceiro(s)»Partners: Laboratório Nacional de Engenharia Civil; Institut de Mécanique de Grenoble; Oregon Graduate Institute. Financiador(es)»Funding: Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica; Direcção Geral de Portos .

Participação como Investigador Participation as Researcher

2012-2016 DEVelopment Of innovative Tools for understanding marine biodiversity and assessing good Environmental Status (DEVOTES)

Referência do projeto»Project reference: 308392. Financiador(es)»Funding: União Europeia.

2011-2014 CleF - The combined impacts of invasion and climate change on coastal ecosystem functioning

Referência do projeto»Project reference: PTDC/AAC-AMB/102866/2008. Parceiro(s)»Partners: Centro de Investigação Marinha e Ambiental, Universidade do Porto; IMAR- Centro do Mar e do Ambiente . Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2010-2012 EEMA - Avaliação do estado ecológico das massas de água costeiras e de transição e do potencial ecológico das massas de água fortemente modificadas

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR- Centro do Mar e do Ambiente ; Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Universidade do Porto; Centro de Investigação Marinha e Ambiental, Universidade do Porto; Centro da Zonas Costeira e do Mar, Universidade de Aveiro; Centro de Oceanografia, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa; Instituto Português de Investigação das Pescas e do Mar; Centro de Ciências do Mar, Universidade do Algarve. Financiador(es)»Funding: Instituto da Água, I.P..

2005-2006 RECITAL - Condições de Referência e Intercalibração nas Águas de Transição e Costeiras Portuguesas

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR Universidade do Algarve, Portugal; Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra; Instituto Português de Investigação das Pescas e do Mar. Financiador(es)»Funding: Instituto da Água, I.P..

2004-2005 MONAE – Monitoring Plan for Water Quality and Ecology for Portuguese Transitional and Coastal Waters

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: IMAR CME, Universidade Nova de Lisboa; IMAR- Centro do Mar e do Ambiente ; IMAR - Grupo de Biogeoquímica, Universidade de Évora; Laboratório Nacional de Engenharia Civil. Financiador(es)»Funding: Instituto da Água, I.P..

2002-2003 TICOR – Typology and Reference Conditions for Transitional and Coastal Portuguese Waters

Referência do projeto»Project reference: ************.

2000-2003 Cross-shore processes on contrasting environments

Referência do projeto»Project reference: PDCTM/MAR/15265/99. PDCTM Parceiro(s)»Partners: Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra; IMAR Universidade do Algarve, Portugal; Universidade de Lisboa; Universidade de Aveiro; Instituto Nacional de Meteorologia e Geofísica . Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

1998-2001 Bases for the integrated sustainable management of Mediterranean sensitive coastal ecosystems – MECO

Referência do projeto»Project reference: FP - 4IC18 CT98 0270. Programa INCO Parceiro(s)»Partners: Università degli Studi di Firenze; Agence de Protection et Amenagement du Littoral ; Institut Scientifique Charia Ibn Battota; International Environment Institute ; IMAR- Centro do Mar e do Ambiente ; University of Birmingham; Universidade de Túnis - El Manar; Centre for Urban and Regional Studies, University of Birmingham.

1996-2000 Wetland Ecology and Technology (TMR)

Referência do projeto»Project reference: FMRX-CT96-0051. Programa TMR Parceiro(s)»Partners: Universitat Kiel (Christian-Albrechts); Freshwater Biological Institute; Royal School of Pharmacy ; Universita degli Studi di Padova; Utrecht University; IMAR- Centro do Mar e do Ambiente ; Lunds Universitet.

1993-1995 Red swamp crawfish in Portugal: Population control through a non harmful chemical method

Referência do projeto»Project reference: Stride - STRD/AMB/0008. STRIDE Parceiro(s)»Partners: HOECHST Portuguesa S.A.; IMAR- Centro do Mar e do Ambiente ; Royal School of Pharmacy ; Instituto Florestal .

1982-1982 Projecto de estudo ecológico (estudo de referência) relativo à opção entre Viana do Castelo ou Figueira da Foz para implantação de uma Nova Central Térmica

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: Laboratório Marítimo da Guia, FCUL. Financiador(es)»Funding: Electricidade de Portugal.

1981-1982 Projecto de estudo ecológico (estudo de referência) das condições de implantação da Central Térmica de Sines

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: Laboratório Marítimo da Guia, FCUL. Financiador(es)»Funding: Electricidade de Portugal.

1981-1982 Projecto Estudo Ambiental do Estuário do Tejo

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: Laboratório Marítimo da Guia, FCUL. Financiador(es)»Funding: Electricidade de Portugal.

1981-1982 Projecto de estudo ecológico (estudo de referência) das condições de implantação da Rede de Saneamento Básico da Costa do Estoril

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: Laboratório Marítimo da Guia, FCUL. Financiador(es)»Funding: Electricidade de Portugal.

1979-1980 Projecto de estudo ecológico (estudo de referência) das condições de implantação da Central Nuclear de Ferrel

Referência do projeto»Project reference: ************. Parceiro(s)»Partners: Laboratório Marítimo da Guia, FCUL. Financiador(es)»Funding: Electricidade de Portugal.

Compreende Understandig	Espanhol (Bem), Inglês (Bem), Francês (Bem).
Fala Speaking	Espanhol (Bem), Inglês (Bem), Francês (Bem).
Lê Reading	Espanhol (Bem), Inglês (Bem), Francês (Bem).
Escreve Writing	Espanhol (Bem), Inglês (Bem), Francês (Bem).

2005	Prémio Estímulo à Excelência, Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

Actual	Ordem dos Biólogos (OB), Membro.
Actual	Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais (SPCN), Membro.
Actual	Centro Português de Actividades Sub-Aquáticas (CPAS), Membro.
Actual	Sociedade Portuguesa de Ecologia (SPECO), Membro.
Actual	European Association for Marine Sciences and Techniques (AESTM), Membro.
Actual	Crustacean Society, Membro.
Actual	International Society for Ecological Modelling (ISEM), Membro.
Actual	International Ecological Engineering Society (IEES), Membro.
Actual	American Society of Limnology and Oceanography (ASLO), Membro.

Livros publicados/organizados ou edições Published/organized books or Editions

1.	Marques, João C. S; Costa, M. J; Elliot, M.. eds. 2012. Assessing ecological quality in estuarine and coastal systems – a functional perspective, Estuarine Coastal and Sheld Science ed. 00. ************: ELSEVIER.

2.	Marques, João C. S; Salas, F.; Patrício, J.; Teixeira, H.. 2009. Ecological Indicators for Coastal and Estuarine Environmental Assessment - A User Guide. ed. 00. ************: WIT PRESS.

3.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Fath, B.; Bastianoni, S.; Müller, F.; Nielsen, S. N; Patten, B. C; Tiezzi, E.; Ulanowicz, R.. 2007. A new Ecology. Systems perspective. ed. 00. ************: Elsevier.

4.	Tiezzi, E.; Brebbia, C. A; Jørgensen, S. E. eds. 2007. Ecosystems and sustainable development VI ed. 00. ************: Wit. Editor: J. C. Marques.

5.	Marques, João C. S; Ferreira, J. G; Abreu, P. F; Bettencourt, A.; Bricker, S. B; Melo, J. J; Newton, A.; Nobre, A.; Patrício, J.; Rocha, F.; Rodrigues, R.; Salas, F.; Silva, M. C; Silva, T.; Soares, C.V.; Stacey, P. E; Vale, C.; Wit, M. D; Wolff, W. J. 2006. Monitoring plan for water quality ecology of Portuguese transitional and coastal waters. ed. 00. ************: IMAR/INAG.

6.	Marques, João C. S; Salas, F.; Patrício, J.. 2006. Ecological indicators in coastal and estuarine environmental quality assessment. A user friendly guide for practitioners. ed. 00. ************: Imprensa da Universidade de Coimbra.

7.	Marques, João C. S; Bettencourt, A.; Bricker, S.B.; Ferreira, J. G; Franco, A.; Melo, J. J; Nobre, A.; Ramos, L.; Reis, C. S; Salas, F.; Silva, M. C; Simas, T.; Wolff, W.. 2004. Typology and reference conditions for Portuguese transitional and coastal waters. Development of guidelines for the application of the European Union Water Framework Directive. ed. 00, ISBN: 972-9412-67-7. Lisboa: INAG/IMAR.

8.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. eds. 2003. Plankton responses to environmental variability ed. 1, 24 vols.. ************: ELSEVIER. Editores: Ulisses M. M. Azeiteiro, João Carlos Marques.

9.	Scapini, F.; McLachlan, A.; Naylor, E.. eds. 2003. Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology of sand beaches, Estuarine Coastal and Shelf Science ed. 1, 58 vols.. ************: ELSEVIER. Editor: J. C. Marques.

10.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Graça, M. A. eds. 2002. Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience ed. 00. Coimbra: IMPRENSA DA UNIVERSIDADE DE COIMBRA.

11.	Gamito, S.; Ré, P.. eds. 1999. Processes and Flows in Marine Benthic Ecosystems - Acta Oecologica ed. 4. ************: Elsevier. Editor: João Carlos Marques.

12.	Marques, João C. S. ed. 1999. Crayfish Rice Integrated System of Production (CRISP) ed. 1. ************: Elsevier.

Capítulos de livros publicados Published book chapters

1.	Marques, João C. S; Borja, A.; Basset, A.; Bricker, S.; Dauvin, J. C; Elliot, M.; Harrison, T.; Weisberg, S. B; West, R.. 2012. Classifying Ecological Quality and Integrity of Estuaries.  In Treatise on Estuarine and Coastal Science - Classification of estuarine and nearshore coastal ecosystems (Simenstad C. & T. Yanagi Eds), ed. McLusky, D. & E. Wolanski, E. (Chief Eds), 00 - 00. . ************: Elsevier.

2.	Marques, João C. S; Martins, I.. 2011. Estuary Ecosystem Models.  In Handbook of Ecological Models in Ecosystem and Environmental Management - Applied Ecology and Environmental Management 2, 63 - 135. . ************: CRC Press.

3.	Borja, A.; A, Basset; S, Bricker; J-C, Dauvin; M, Elliott; T, Harrison; Marques, J. C; SB, Weisberg; R, West. 2011. Classifying Ecological Quality and Integrity of Estuaries.  In Treatise on Estuarine and Coastal Science, ed. Wolanski E and McLusky DS, 125 - 162. . ************: Waltham: Academic Press.

4.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; F.-L. Xu, J; Salas, F.. 2005. Application of indicators for the assessment of ecosystem health.  In Handbook of ecological indicators for assessment of ecosystem health, ed. S.E. Jørgensen, R. Costanza & X. Fu-Liu , 5 - 66. . ************: CRC Press.

5.	Marques, João C. S; Patten, B. C; Fath, B. D; Choi, J. S; Bastianoni, S.; Borret, S. R; Brandt-Williams, S.; Debeljak, M.; Fonseca, J.; Grant, W. E; Karnawati, D.; Mosere, A.; Pahl-Wostl, C.; Seppelt, R.; W. H., S; Svirezhev, Yu. M. 2002. Complex Adaptive Hierarchical Systems.  In Understanding and Solving Environmental Problems in the 21st Century, ed. Costanza , B. & S. E. Jorgensen, S. E., 41 - 94. . ************: Elsevier.

6.	Marques, João C. S. 2002. Biological framework – Diversity and Biodiversity.  In Baseline research for the integrated sustainable management of Mediterranean sensitive coastal ecosystems. A manual for coastal managers, scientists and all those stydying coastal processes and management in the Mediterranean, ed. F. Scapini, 33 - 36. . Itália: Instituto Agronomico per l’Oltremare.

7.	Marques, João C. S; Anastácio, P.. 2002. Integration and interpretation of ecological data at population level.  In Baseline research for the integrated sustainable management of Mediterranean sensitive coastal ecosystems. A manual for coastal managers, scientists and all those stydying coastal processes and management in the Mediterranean, ed. F. Scapini, 155 - 164. . Itália: Instituto Agronomico per l’Oltremare.

8.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. 2002. Crayfish Procambarus clarkii in the lower Mondego river valley.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 347 - 362. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

9.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Mieiro, C. L. 2002. Role assessment of an exotic fish in rice fields of the lower Mondego River Valley: Life history, population dynamics, production and diet of eastern mosquitofish, Gambusia holbrooki (Pisces, Poeciliidae).  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 363 - 380. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

10.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Maranhão, P.. 2002. Characterisation of the Echinogammarus marinus (Leach) (Amphipoda) population in the Mondego estuary.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 399 - 415. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

11.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Ferreira, S.; Martins, I.; Lillebø, A. I. 2002. Life cycle, biology and production of an estuarine Isopod (Cyathura carinata).  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 417 - 434. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

12.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Pardal, M. A; Cardoso, P.. 2002. The effect of primary producers dynamics (macrophytes and macroalgae) on Hydrobia ulvae population dynamics, life cycle and production, in the south arm of the Mondego estuary.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. In Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça, 435 - 455. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

13.	Marques, João C. S; Graça, M.A.S.; Pardal, M. A. 2002. Introducing the Mondego river basin.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 7 - 12. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

14.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Ré, P.. 2002. On the structure of the bentho-pelagic fauna from the Mondego estuary southern arm.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 151 - 168. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

15.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Maranhão, P.. 2002. Characterisation of macroinvertebrate benthic communities in the Mondego estuary.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 169 - 197. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

16.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Cabral, J. A; Múrias, T.; Pacheco, C.. 2002. Status and habitat use of waders in the Mondego estuary.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 219 - 230. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

17.	Marques, João C. S; Martins, I.; Flindt, M. R; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Oliveira, J. M. 2002. Nutrient dynamics in the intertidal pools of the Mondego estuary. III- The importance of nutrient effluxes to macroalgal growth (Enteromorpha sp).  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 273 - 286. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

18.	Marques, João C. S; Martins, I.; Pardal, M. A; Metelo, I.; Neto, J. M; Oliveira, J. M. 2002. Enteromorpha spp. (Ulvales: Chlorophyta) growth in the south arm of the Mondego estuary: field growth rates with and without macrofaunal grazer effects.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 301 - 312. . Coimbra: . Imprensa da Universidade de Coimbra.

19.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Pardal, M. A; Flindt, M. R; Metelo, I.. 2002. Impact of eutrophication on amphipods Melita palmata and Ampithoe valida in the Mondego estuary.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 457 - 472. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

20.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Azeiteiro, U.. 2002. The suprabenthic mysid Mesopodopsis slabberi (van Beneden) in the Mondego estuary.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 473 - 492. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

21.	Marques, João C. S; Múrias, T.; Goss-Custard, . D. 2002. Effects of habitat loss on waders (Aves, Charadrii) in the Mondego estuary: a synthesis and future perspectives.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 515 - 525. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

22.	Marques, João C. S; Múrias, T.; Cabral, J. A; Lopes, R.. 2002. Effects of eutrophication on waders (Aves, Charadrii) in the Mondego estuary: A multi-level approach.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 527 - 540. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

23.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 2002. Application of holistic ecological indicators of ecosystem’s integrity: A case study in the Mondego estuary.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 551 - 563. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

24.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Paiva, A. A; Freitas, A. M; Madeira, V. M. C; Jørgensen, S. E. 2002. Applied research in the Mondego estuary- exploring the use of DNA content of organisms to estimate ecological exergy.  In Aquatic ecology of the Mondego river basin. Global importance of local experience, ed. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. A. S. Graça , 565 - 576. . Coimbra: Imprensa da Universidade de Coimbra.

25.	Marques, João C. S; Carmo, J. S. A.. 2001. River dynamics and restoration: A comprehensive management strategy.  In River basin management, ed. Falconer, R. A. & W. R. Blain , 63 - 72. . Southampton: WIT Press.

26.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 1998. Thermodynamic Orientors: Exergy as a holistic ecosystem indicator: A case study.  In Ecotargets, goal functions, and orientors, ed. Müller, F. & Leupelt, M. , 87 - 101. . Berlim: Springer-Verlag.

27.	Marques, João C. S; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 1998. Case studies: Modelling approaches for the practical application of ecological goal functions.  In Ecotargets, goal functions, and orientors, ed. Müller, F. & Leupelt, M. , 243 - 254. . Berlim: Springer-Verlag.

28.	Marques, João C. S; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 1998. Applying thermodynamic orientors: The use of Exergy as an indicator in environmental management.  In Ecotargets, goal functions, and orientors, ed. Müller, F. & Leupelt, M. , 481 - 491. . Berlim: Springer-Verlag.

Artigos em revistas com arbitragem científica Papers in periodics with scientific refereeing

1.	Modesto, V.; Franco, J. N; Sousa, R.; Patricio, J.; Marques, J. C; Neto, J. M. 2013. "SPATIAL AND TEMPORAL DYNAMICS OF CORBICULA FLUMINEA (MULLER, 1774) IN RELATION TO ENVIRONMENTAL VARIABLES IN THE MONDEGO ESTUARY (PORTUGAL)", Journal of Molluscan Studies, 00: 00 - 00.

2.	Couto, T.; Duarte, B.; Caçador, I.; Baeta, A.; Marques, J.C.. 2013. "Salt marsh plants carbon storage in a temperate Atlantic estuary illustrated by a stable isotopic analysis based approach", Ecological Indicators 32, 00: 305 - 311.

3.	Gonçalves, Sílvia C; Anastácio, Pedro M; Marques, João C. 2013. "Talitrid and Tylid crustaceans bioecology as a tool to monitor and assess sandy beaches’ ecological quality condition", Ecological Indicators 29, 00: 549 - 557.

4.	Couto, Thiago; Duarte, Bernardo; Barroso, Dimitri; Ca¿ador, Isabel; Marques, Jo¿o C. 2013. "Halophytes as sources of metals in estuarine systems with low levels of contamination", Functional Plant Biology, 00: 00 - 00.

5.	Souza, Allan T; Dias, Ester; Nogueira, Ana; Campos, Joana; Marques, João C; Martins, Irene. 2013. "Population ecology and habitat preferences of juvenile flounder Platichthys flesus (Actinopterygii: Pleuronectidae) in a temperate estuary", Journal of Sea Research 79, 00: 60 - 69.

6.	Bessa, Filipa; Cunha, David; Gonçalves, Sílvia C; Marques, João C. 2013. "Sandy beach macrofaunal assemblages as indicators of anthropogenic impacts on coastal dunes", Ecological Indicators 30, 00: 196 - 204.

7.	Duarte, B.; Santos, D.; Marques, J.C.; Caçador, I.. 2013. "Ecophysiological adaptations of two halophytes to salt stress: Photosynthesis, PS II photochemistry and anti-oxidant feedback – Implications for resilience in climate change", Plant Physiology and Biochemistry 67, 00: 178 - 188.

8.	Duarte, B.; Freitas, J.; Couto, T.; Valentim, J.; Dias, J.M.; Silva, H.; Marques, J.C.; Caçador, I.. 2013. "New multi-metric Salt Marsh Sediment Microbial Index (SSMI) application to salt marsh sediments ecological status assessment", Ecological Indicators 29, 00: 390 - 397.

9.	Müller, Felix; Achtziger, Roland; Joergensen, Sven-Erik; Marques, João C. 2013. "10 years Ecological Indicators!", Ecological Indicators 28, 00: 1 - 3.

10.	Verissimo, H.; Patrício, J.; Teixeira, H.; Carriço, A.; Marques, J. C. 2013. "Testing different ecological scenarios in a temperate estuary: A contribution towards the implementation of the Ecological Potential assessment", Marine Pollution Bulletin 71, 00: 168 - 178.

11.	Souza, A. T; Dias, E.; Campos, J.; Marques, J. C; Martins, I.. 2013. "Structure, growth and production of a remarkably abundant population of the common goby, Pomatoschistus microps (Actinopterygii: Gobiidae)", Environmental Biology of Fishes, 00: 00 - 00.

12.	Pinna, Maurizio; Marini, Gabriele; Rosati, Ilaria; Neto, João M; Patrício, Joana; Marques, João C; Basset, Alberto. 2013. "The usefulness of large body-size macroinvertebrates in the rapid ecological assessment of Mediterranean lagoons", Ecological Indicators 29, 00: 48 - 61.

13.	Molozzi, Joseline; Feio, Maria J; Salas, Fuensanta; Marques, João C; Callisto, Marcos. 2013. "Maximum ecological potential of tropical reservoirs and benthic invertebrate communities", Environmental Monitoring and Assessment 185, 8: 6591 - 6606.

14.	Molozzi, Joseline; Salas, Fuensanta; Callisto, Marcos; Marques, João C. 2013. "Thermodynamic oriented ecological indicators: Application of Eco-Exergy and Specific Eco-Exergy in capturing environmental changes between disturbed and non-disturbed tropical reservoirs", Ecological Indicators 24, 00: 543 - 551.

15.	Caçador, I.; Neto, J.M.; Duarte, B.; Barroso, D.V.; Pinto, M.; Marques, J.C.. 2013. "Development of an Angiosperm Quality Assessment Index (AQuA-Index) for ecological quality evaluation of Portuguese water bodies—A multi-metric approach", Ecological Indicators 25, 00: 141 - 148.

16.	Veríssimo, Helena; Lane, Michael; Patrício, Joana; Gamito, Sofia; Marques, João C. 2013. "Trends in water quality and subtidal benthic communities in a temperate estuary: Is the response to restoration efforts hidden by climate variability and the Estuarine Quality Paradox?", Ecological Indicators 24, 00: 56 - 67.

17.	Alves, A.S.; Adão, H.; Ferrero, T.J.; Marques, J.C.; Costa, M.J.; Patrício, J.. 2013. "Benthic meiofauna as indicator of ecological changes in estuarine ecosystems: The use of nematodes in ecological quality assessment", Ecological Indicators 24, 00: 462 - 475.

18.	Pinto, R.; de Jonge, V; Marques, J.C.; Chainho, P.; Medeiros, J.P.; Patrício, J.. 2013. "Temporal stability in estuarine systems: Implications for ecosystem services provision", Ecological Indicators 24, 00: 246 - 253.

19.	Ceia, Filipe R; Patrício, Joana; Franco, João; Pinto, Rute; Fernández-Boo, Sergio; Losi, Valentina; Marques, João C; Neto, João M. 2013. "Assessment of estuarine macrobenthic assemblages and ecological quality status at a dredging site in a southern Europe estuary", Ocean & Coastal Management 72, 00: 80 - 92.

20.	Mantas, V.M.; Pereira, A.J.S.C.; Neto, J.; Patrício, J.; Marques, J.C.. 2013. "Monitoring estuarine water quality using satellite imagery. The Mondego river estuary (Portugal) as a case study", Ocean & Coastal Management 72, 00: 13 - 21.

21.	Bessa, Filipa; Rossano, Claudia; Nourisson, Delphine; Gambineri, Simone; Marques, João C; Scapini, Felicita. 2013. "Behaviour of Talitrus saltator (Crustacea: Amphipoda) on a rehabilitated sandy beach on the European Atlantic Coast (Portugal)", Estuarine, Coastal and Shelf Science 117, 00: 168 - 177.

22.	Pinto, R.; de Jonge, V; Neto, J.M.; Domingos, T.; Marques, J.C.; Patrício, J.. 2013. "Towards a DPSIR driven integration of ecological value, water uses and ecosystem services for estuarine systems", Ocean & Coastal Management 72, 00: 64 - 79.

23.	Marques, J.C.; Costa, M.J.; de Jonge, V. 2013. "Introducing “Assessing ecological quality in estuarine and coastal systems - Management perspective¿?", Ocean & Coastal Management 72, 00: 1 - 2.

24.	Neto, João M; Gaspar, Rui; Pereira, Leonel; Marques, João C. 2012. "Marine Macroalgae Assessment Tool (MarMAT) for intertidal rocky shores. Quality assessment under the scope of the European Water Framework Directive", Ecological Indicators 19, 00: 39 - 47.

25.	Basset, Alberto; Barbone, Enrico; Borja, Angel; Elliott, Michael; Jona-Lasinio, Giovanna; Marques, João C; Mazik, Krysia; Muxika, Iñigo; Neto, João M; Reizopoulou, Sofia; Rosati, Ilaria; Teixeira, Heliana. 2012. "Natural variability and reference conditions: setting type-specific classification boundaries for lagoon macroinvertebrates in the Mediterranean and Black Seas", Hydrobiologia 704, 1: 325 - 345.

26.	Veríssimo, Helena; Bremner, Julie; Garcia, Clément; Patrício, Joana; van der L. P; Marques, João C. 2012. "Assessment of the subtidal macrobenthic community functioning of a temperate estuary following environmental restoration", Ecological Indicators 23, 00: 312 - 322.

27.	de Jonge, V. N; Marques, João C. 2012. "Looking forward by looking back", Ocean & Coastal Management 61, 00: iii - iv.

28.	Duarte, B.; Couto, T.; Marques, J.C.; Caçador, I.. 2012. "Scirpus maritimus leaf pigment profile and photochemistry during senescence: Implications on carbon sequestration", Plant Physiology and Biochemistry 57, 00: 238 - 244.

29.	Gonçalves, C.I.; Pasquaud, S.; Gamito, R.; Fonseca, V.F.; Costa, J.L.; Erzini, K.; Gonçalves, J.M.S.; Martins, J.; Leite, L.; Castro, N.; Andrade, J.P.; Ramos, S.; Bordalo, A.; Amorim, E.; Neto, J.M.; Marques, J.C.; Costa, M.J.; Cabral, H.. 2012. "Robustness of the Estuarine Fish Assessment Index (EFAI) regarding water body definition criteria", Ecological Indicators 20, 00: 1 - 8.

30.	Marques, J.C.; Costa, M.J.; Elliott, M.. 2012. "Introducing “Assessing ecological quality in estuarine and coastal systems – a functional perspective¿?", Estuarine, Coastal and Shelf Science 112, 00: 1 - 3.

31.	Teixeira, H.; Weisberg, S. B; Borja, A.; Ranasinghe, J. A; Cadien, D. B; Velarde, R. G; Lovell, L. L; Pasko, D.; Phillips, C. A; Montagne, D. E; Ritter, K.; Salas, F.; Marques, J. C. 2012. "Calibration and validation of the AZTI’s Marine Biotic Index (AMBI) for Southern California marine bays", Ecological Indicators 12, 00: 84 - 95.

32.	Falcão, Joana; Marques, Sónia C; Pardal, Miguel A; Marques, João C; Primo, Ana L; Azeiteiro, Ulisses M. 2012. "Mesozooplankton structural responses in a shallow temperate estuary following restoration measures", Estuarine, Coastal and Shelf Science 112, 00: 23 - 30.

33.	Franco, J.N.; Ceia, F.R.; Patrício, J.; Modesto, V.; Thompson, J.; Marques, J.C.; Neto, J.M.. 2012. "Population dynamics of Corbicula fluminea (Müller, 1774) in mesohaline and oligohaline habitats: Invasion success in a Southern Europe estuary", Estuarine, Coastal and Shelf Science 112, 00: 31 - 39.

34.	Marques, João C. S; Bacelar-Nicolau, P.; Morgado, F.; Pastorinho, R.; Nicolau, L. B; Azeiteiro, U. M. 2001. "Tide-induced variations in the bacterial community, and the physical and chemical properties of the water column of the Mondego estuary", Revista de Biologia (Lisboa) 19, 00: 51 - 62.

35.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Fonseca, J. C. 2001. "Biometry, estimates of production, and seasonal variation in the biochemical composition of Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea: Mysidacea)", Boletim do Instituto Espanhol de Oceanografia 17, 1-2: 15 - 25.

36.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Ré, P.. 2000. "Zooplankton assemblages in a shallow seasonally tidal estuary in temperate Atlantic Ocean (Western Portugal: Mondego estuary)", Arquivos do Museu Bocage 3, 12: 357 - 376.

37.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Ré, P.. 1999. "Zooplankton annual cycle in the Mondego river estuary (Portugal)", Arquivos do Museu Bocage 3, 8: 239 - 263.

38.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Lillebø, A. I. 1999. "Comunidades biológicas do estuário do Mondego: Quinze anos de estudos", Cadernos de Ecologia 2, 00: 46 - 76.

39.	Marques, João C. S; Pardal, M. A. 1998. "Impacto das actividades humanas na qualidade ecológica do estuário do Mondego. Possíveis soluções para o futuro", Sociedade e território 27, 00: 62 - 69.

40.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Cabral, J. A; Múrias, T.. 1998. "Contribuição para o conhecimento da dieta do Pilrito-comum Calidris alpina e da Tarambola-cinzenta Pluvialis squatarola no estuário do Mondego", Airo 9, 1-2: 27 - 32.

41.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Múrias, T.; Lopes, R. J. 1996. "Macroalgae blooms and macrohabitat selection by waders: a study in the Mondego estuary (Western Portugal)", Airo 7, 1: 1 - 6.

42.	Marques, João C. S; Fernandes, M. A. S; Madeira, & V. M. C. 1994. "Accurate measurement of triglycerides in crayfish Procambarus clarkii tissues", Ciência Biológica – Ecology and Systematics 14, 1-2: 13 - 18.

43.	Marques, João C. S; Rodrigues, L. B; Nogueira, A. J. A. 1993. "Intertidal benthic communities’ structure in the Mondego estuary (western Portugal): Reference situation", Vie Milieu 43, 2-3: 177 - 187.

44.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Caldeira, A. M. 1992. "Contribution to knowledge of the Polychaete fauna of Portugal. Part I. Orbiniida, Cossurida, and Spionida", Ciência Biológica – Ecology and Systematics 12, 1-2: 1 - 25.

45.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D.. 1990. "Faune d'Amphipodes des milieux lagunaires du Portugal: Actualisation des données et comparaison avec d'autres systèmes atlantiques et mediterranéens", Mésogée 50, 00: 53 - 61.

46.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D.. 1990. "Benthic Amphipod Fauna (Crustacea) of the Portuguese Coast: Biogeographical considerations", Marine Nature 3, 00: 43 - 51.

47.	Marques, João C. S; Cunha, P.; Calvário, J.; Ré, P.. 1986. "Estudo Comparativo dos regimes alimentares de Raja brachyura Lafont, 1893, Raja clavata Linné, 1758, Raja montagui Fowler, 1910 e Raja naevus Muller & Henle, 1841 (Pisces, Rajidae), da costa portuguesa", Arquivos do Museu Bocage 3, 8: 137 - 154.

48.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D.. 1986. "Crustacés Amphipodes des côtes du Portugal: Faune du canal de Tavira, des salines de Marim (Ria Formosa) et de la lagune de Santo André", Anais da Faculdade de Ciências do Porto 67, 1-4: 217 - 243.

49.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D.. 1985. "Contribuition à l'étude systématique et écologique des Amphipodes (Crustacea - Amphipoda) des côtes du Portugal. Premier inventaire des espèces (Gammariens et Caprelliens)", Ciência Biológica – Ecology and Systematics 5, 4: 299 - 353.

50.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D.. 1984. "Contribution à l'étude des Amphipodes des côtes du Portugal", Ciência Biológica – Ecology and Systematics 5, 2-3: 131 - 149.

51.	Marques, João C. S; Costa, I.. 1984. "Etude d'une collection de Crustacés Decapodes de l'estuaire du Tage (Portugal). Biologie des populations de Carcinus maenas (Decapoda, Brachyura), Crangon crangon, Palaemon longirostris et Palaemon serratus (Decapoda, Caridea)", Ciência Biológica – Ecology and Systematics 5, 2-3: 151 - 189.

52.	Marques, João C. S; Calvário, J.. 1983. " Etude systématique et écologique d'une collection d'Amphipodes de la zone intertidale de l'estuaire du Tage (Portugal). Occurrence d'Orchestia kosswigi Ruffo, 1949 et d'Orchestia stephenseni Cecchini, 1928", Ciência Biológica – Ecology and Systematics 5, 1: 79 - 95.

53.	Marques, João C. S. 1981. "Contribuição para o estudo sistemático e ecológico dos Anfípodes do litoral português. Primeiros resultados acerca de uma colecção recolhida na faixa costeira do Cabo Carvoeiro à Ponta do Surdão", Ciência, 4ª ser. 1, 2-3: 45 - 72.

54.	Marques, João C. S; Calvário, J.; Pousada, A.. 1980. "Occurrence of Sphoeroides cutaneus (Gunther, 1870) (Pisces, Tetrodontidae) off the Portuguese Coast", Arquivos do Museu Bocage, 2ª ser. 7, 10: 131 - 137.

Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica Papers in conference proceedings with scientific refereeing

1.	Sousa Reis, C; Marques, V. M; Calvário, J.; Marques, J. C; Melo, R.; Santos, R.. 1982. "Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato móvel) da costa ocidental portuguesa", Trabalho apresentado em 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, In Actas do 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, Oecologia aquatica, ************.

Artigos em revistas sem arbitragem científica Papers in periodics without scientific refereeing

1.	Veríssimo, Helena; Neto, João M; Teixeira, Heliana; Franco, J.N.; Fath, Brian D; Marques, João C; Patrício, Joana. 2012. "Ability of benthic indicators to assess ecological quality in estuaries following management", Ecological Indicators 19, 00: 130 - 143.

2.	Gamito, Sofia; Patrício, Joana; Neto, João M; Teixeira, Heliana; Marques, João C. 2012. "Feeding diversity index as complementary information in the assessment of ecological quality status", Ecological Indicators 19, 00: 73 - 78.

3.	Gamito, Sofia; Patrício, Joana; Neto, João M; Marques, João C; Teixeira, Heliana. 2012. "The importance of habitat-type for defining the reference conditions and the ecological quality status based on benthic invertebrates: The Ria Formosa coastal lagoon (Southern Portugal) case study", Ecological Indicators 19, 00: 61 - 72.

4.	Medeiros, J.P.; Chaves, M.L.; Silva, G.; Azeda, C.; Costa, J.L.; Marques, J.C.; Costa, M.J.; Chainho, P.. 2012. "Benthic condition in low salinity areas of the Mira estuary (Portugal): Lessons learnt from freshwater and marine assessment tools", Ecological Indicators 19, 00: 79 - 88.

5.	Cabral, H.N.; Fonseca, V.F.; Gamito, R.; Gonçalves, C.I.; Costa, J.L.; Erzini, K.; Gonçalves, J.; Martins, J.; Leite, L.; Andrade, J.P.; Ramos, S.; Bordalo, A.; Amorim, E.; Neto, J.M.; Marques, J.C.; Rebelo, J.E.; Silva, C.; Castro, N.; Almeida, P.R.; Domingos, I.; Gordo, L.S.; Costa, M.J.. 2012. "Ecological quality assessment of transitional waters based on fish assemblages in Portuguese estuaries: The Estuarine Fish Assessment Index (EFAI)", Ecological Indicators 19, 00: 144 - 153.

6.	Marques, João C; Costa, Maria J; Müller, Felix. 2012. "Assessing ecological quality in estuarine and coastal systems – An introduction", Ecological Indicators 19, 00: 1 - 4.

7.	Marques, João C. S; Teixeira, H.; Weisberg, S. B; Borja, A.; Ranasinghe, J. A; Cadien, D. B; Velarde, R. G; Lovell, L. L; Pasko, D.; Phillips, C. A; Montagne, D. E; Ritter, K.; Salas, F.. 2012. "Calibration and validation of the AZTI’s Marine Biotic Index (AMBI) for Southern California marine bays", Ecological Indicators 12, 00: 84 - 95.

8.	van der L. P; Patrício, Joana; Marchini, Agnese; Cid, Núria; Neto, João M; Marques, João C. 2012. "A biological trait approach to assess the functional composition of subtidal benthic communities in an estuarine ecosystem", Ecological Indicators 20, 00: 121 - 133.

9.	Baeta, Alexandra; Niquil, Nathalie; Marques, João C; Patrício, Joana. 2011. "Modelling the effects of eutrophication, mitigation measures and an extreme flood event on estuarine benthic food webs", Ecological Modelling 222, 6: 1209 - 1221.

10.	Marques, João C. S; Borja, A.; Barbone, E.; Basset, A.; Borgersen, G.; Brkljacic, M.; Elliot, M.; Garmendia, J. M; Mazik, K.; Muxika, I.; Neto, J. M; Norling, K.; Rodríguez, J. G; Rosati, I.; Rygg, B.; Teixeira, H.; Trayanova, A.. 2011. "Response of single benthic metrics and multi-metric methods to anthropogenic pressure gradients, in five distinct European coastal and transitional ecosystems", Marine Pollution Bulletin, 62: 499 - 513.

11.	Marques, João C. S; Souza, A.T.; Illarri, M. I; Campos, J.; Martins, I.. 2011. "Differences in the neighborhood: Structural variations in the carapace of shore crabs Carcinus maenas (Decapoda: Portunidae)", Estuarine Coastal and Sheld Science 95, **********: 424 - 430.

12.	Marques, João C. S; Gonçalves, C. S. 2011. "The effects of season and wrack subsidy on the community functioning of exposed sandy beaches", Estuarine Coastal and Shelf Science 95, 00: 165 - 177.

13.	Mantas, V.M.; Pereira, A.J.S.C.; Neto, J.; Patrício, J.; Marques, J.C.. 2011. "Monitoring estuarine water quality using satellite imagery. The Mondego river estuary (Portugal) as a case study", Ocean & Coastal Management, 00: 00 - 00.

14.	Pinto, R.; de Jonge, V; Neto, J.M.; Domingos, T.; Marques, J.C.; Patrício, J.. 2011. "Towards a DPSIR driven integration of ecological value, water uses and ecosystem services for estuarine systems", Ocean & Coastal Management, 00: 00 - 00.

15.	Ceia, Filipe R; Patrício, Joana; Franco, João; Pinto, Rute; Fernández-Boo, Sergio; Losi, Valentina; Marques, João C; Neto, João M. 2011. "Assessment of estuarine macrobenthic assemblages and ecological quality status at a dredging site in a southern Europe estuary", Ocean & Coastal Management, 00: 00 - 00.

16.	Franco, J.N.; Ceia, F.R.; Patrício, J.; Modesto, V.; Thompson, J.; Marques, J.C.; Neto, J.M.. 2011. "Population dynamics of Corbicula fluminea (Müller, 1774) in mesohaline and oligohaline habitats: Invasion success in a Southern Europe estuary", Estuarine, Coastal and Shelf Science, 00: 00 - 00.

17.	Falcão, Joana; Marques, Sónia C; Pardal, Miguel A; Marques, João C; Primo, Ana L; Azeiteiro, Ulisses M. 2011. "Mesozooplankton structural responses in a shallow temperate estuary following restoration measures", Estuarine, Coastal and Shelf Science, 00: 00 - 00.

18.	Marques, J.C.; Costa, M.J.; Elliott, M.. 2011. "Introducing “Assessing ecological quality in estuarine and coastal systems – a functional perspective¿?", Estuarine, Coastal and Shelf Science, 00: 00 - 00.

19.	Marques, J.C.; Costa, M.J.; de Jonge, V. 2011. "Introducing “Assessing ecological quality in estuarine and coastal systems - Management perspective¿?", Ocean & Coastal Management, 00: 00 - 00.

20.	Pinto, R.; de Jonge, V; Neto, J.M.; Domingos, T.; Marques, J.C.; Patrício, J.. 2011. "Towards a DPSIR driven integration of ecological value, water uses and ecosystem services for estuarine systems", Ocean & Coastal Management, 00: 124 - 137.

21.	Marques, João C. S; Gamito, S.; Chaínho, P.; Costa, J. L; Costa, M. J. 2010. "Modelling the effects of extreme events on the dynamics of the amphipod Corophium orientale", Ecological Modelling, 221: 459 - 466.

22.	Marques, João C. S; Teixeira, A.; Borja, A.; Weisberg, S. B; Ranasinghe, J. A; Cadien, D. B; Dauer, D. M; Dauvin, J-C.; Degraer, St.; Diaz, R. J; Grémare, A.; Karakassis, I.; Llansó, R. J; Lovell, L. L; Montagne, D. E; Occhipinti-Ambrogim, A.; Rosenberg, R.; Sardá, R.; Schaffner, L. C; Velarde, R. G. 2010. "Assessing Coastal Benthic Macrofauna Community Condition using Best Professional Judgement - Developing consensus across North America and Europe", Marine Pollution Bulletin, 60: 589 - 600.

23.	Couto, Thiago; Patrício, Joana; Neto, João M; Ceia, Filipe R; Franco, João; Marques, João C. 2010. "The influence of mesh size in environmental quality assessment of estuarine macrobenthic communities", Ecological Indicators 10, 6: 1162 - 1173.

24.	Neto, João M; Teixeira, Heliana; Patrício, Joana; Baeta, Alexandra; Veríssimo, Helena; Pinto, Rute; Marques, João C. 2010. "The Response of Estuarine Macrobenthic Communities to Natural- and Human-Induced Changes: Dynamics and Ecological Quality", Estuaries and Coasts 33, 6: 1327 - 1339.

25.	Ceia, Filipe R; Patrício, Joana; Marques, João C; Dias, João A. 2010. "Coastal vulnerability in barrier islands: The high risk areas of the Ria Formosa (Portugal) system", Ocean & Coastal Management 53, 8: 478 - 486.

26.	Marques, João C. S; R.Pinto; Patrício, J.; Baeta, A.; Fath, B. D; Neto, J. M. 2009. "Review and evaluation of estuarine biotic indices to assess benthiuc condition", Ecological Indicators, 9: 1 - 25.

27.	Marques, João C. S; Gonçalves, S. C; Anastácio, P. M; Pardal, M. A; Cardoso, P. G; Ferreira, S. M. 2009. "Sandy beach macrofaunal communities on the western coast of Portugal – Is there a steady structure under similar exposed conditions?", Estuarine, Coastal and Shelf Science, 81: 555 - 568.

28.	Marques, João C. S; Borja, A.; Bricker, S. B; Dauer, D. M; Demetriades, N. T; Ferreira, J. G; Forbes, A. T; Hutchings, P.; Jia, X. P; Kenchington, R.; Zhu, C. B. 2009. "Ecological integrity assessment, ecosystem-based approach, and integrative methodologies: Are these concepts equivalent? ", Marine Pollution Bulletin, 58: 457 - 458.

29.	Marques, João C. S; Baeta, A.; R.Pinto; Valiela, I.; Richard, P.; Niquil, N.. 2009. "d15N and d13C in the Mondego estuary food web: seasonal variation in producers and consumers", Marine Environmental Research, 67: 109 - 116.

30.	Marques, João C. S; Adão, H; Alves, A. S; Patrício, J.; Neto, J. M; Costa, M. J. 2009. "Spatial distribution of subtidal Nematoda along the salinity gradient in Southern European estuaries", Acta Oecologica, 35: 287 - 300.

31.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Verdelhos, T.; Pardal, M. A. 2009. "A validated population dynamics model for Scrobicularia plana (Mollusca, Bivalvia) on a Southwestern European estuary", Marine and Freshwater Research , 60: 404 - 416.

32.	Marques, João C. S; Patrício, J.; Neto, J. M; Teixeira, H.; Salas, F.. 2009. "The robustness of ecological indicators to detect long-term changes in the macrobenthos of estuarine systems", Marine Environmental Research, 68: 25 - 36.

33.	Marques, João C. S; Baeta, A.; Valiela, I.; Rossi, F.; R.Pinto; Richard, P.; Niquil, N.. 2009. "Eutrophication and trophic structure in response to the presence of the eelgrass Zostera noltii", Marine Biology, 156: 2107 - 2120.

34.	Marques, João C. S; Basset, A.; Brey, T.; Elliot, M.. 2009. "The ecological sustainability trigon – A proposed conceptual framework 4 for creating and testing management scenarios", Marine Pollution Bulletin, 58: 1773 - 1779.

35.	Marques, João C. S; Teixeira, H.; Neto, J. C; Patrício, J.; Veríssimo, H.; R.Pinto; Salas, F.. 2009. "Quality assessment of benthic macroinvertebrates under the scope of WFD using BAT, the Benthic Assessment Tool", Marine Pollution Bulletin, 58: 1477 - 1486.

36.	Marques, João C. S; Alves, S.; Adão, H.; Patrício, J.; Neto, J.; Costa, M. J. 2009. "Spatial distribution of subtidal meiofauna communities along a salinity gradient in two Southern European estuaries (Portugal)", Journal of the Marine Biological Association of U. K., 89: 1529 - 1540.

37.	Marques, João C. S; Garel, E.; Nunes, S.; Neto, J. M; Fernandes, R.; Neves, R.; Ferreira, O.. 2009. "The autonomous Simpatico system for real-time continuous water-quality and current velocity monitoring: examples of application in three Portuguese estuaries", Geo-Marine Letters, 29: 331 - 341.

38.	Marques, João C. S; Neto, J. M; Flindt, M. R; Marques, J. C; Pardal, M. A. 2008. "Modelling nutrient mass balance in a temperate meso-tidal estuary: implications for management", Estuarine Coastal and Shelf Science, 76: 175 - 185.

39.	Marques, João C. S; Martins, I.; Lopes, R. J; Lillebø, A. I; Neto, J. M; Pardal, M. A; Ferreira, J. G. 2008. "Significant variations in the productivity of green macroalgae in a mesotidal estuary: Implications to the nutrients loading of the system and the adjacent coastal área", Marine Pollution Bulletin, 54: 678 - 690.

40.	Marques, João C. S; Martins, I.; Marcotegui, A.. 2008. "Impacts of macroalgal spores on the dynamics of adult macroalgae in a eutrophic estuary: High versus low hydrodynamic seasons and long-term simulations for global warming scenarios", Marine Pollution Bulletin, 56: 984 - 998.

41.	Marques, João C. S; Paz, L. D; Neto, J. M; Laborda, A.. 2008. "Response of intertidal macrobenthic communities to long term human induced changes in the Eo estuary (Asturias, Spain): Implications for environmental management", Marine Environmental Research, 66: 288 - 299.

42.	Marques, João C. S; Patrício, J.; Neto, J. M; Teixeira, H.. 2008. "Opportunistic macroalgae metrics for transitional waters. Testing tools to assess ecological quality status in Portugal", Marine Pollution Bulletin, 54: 1887 - 1896.

43.	Marques, João C. S; Borja, S. B. B; Dauer, D. M; Demetriades, N. T; Ferreira, J. G; Forbes, A. T; Hutchings, P.; Jia, Xiaoping; Kenchington, R.; Zhu, Changbo. 2008. "Overview of integrative tools and methods in assessing ecological integrity in estuarine and coastal systems worldwide", Marine Pollution Bulletin, 56: 1519 - 1537.

44.	Marques, João C. S; Teixeira, H.; Salas, F.; Borja, Á.; Neto, J. M. 2008. "A benthic perspective in assessing the ecological status of estuaries: The case of the Mondego estuary (Portugal)", Ecological indicators, 8: 404 - 416.

45.	Marques, João C. S; Paz, L. D; Patrício, J.; Borja, A.; Laborda, A.. 2008. "Ecological status assessment in the lower Eo estuary (spain).the challenge of habitat heterogeneity integration: a benthic perspective", Marine Pollution Bulletin, 56: 1275 - 1283.

46.	Marques, João C. S; Teixeira, H.; Salas, F.; Neto, J. M; Patrício, J.; R.Pinto; Veríssimo, H.; García-Charton, J.A.; Marcos, C.; Pérez-Ruzafa, A.. 2008. "Ecological indices tracking distinct impacts along disturbance-recovery gradients in a temperate NE Atlantic Estuary - guidance on reference values", Estuarine Coastal and Shelf Science, 80: 130 - 140.

47.	Marques, João C. S; Salas, Fuensanta; HelianaTeixeira; Marcos, C.; Pérez-Ruzafa, A.. 2008. "Applicability of the TRIX trophic index in two transitional ecosystems, the Mar Menor lagoon (Spain) and Mondego estuary (Portugal)", ICES Journal of Marine Science, 65: 1442 - 1448.

48.	Marques, João C. S; Dolbeth, M.; Teixeira, H.; Pardal, M. A. 2008. "Feeding guilds composition of a macrobenthic subtidal community along a depth gradient", Sci Mar, Scientia Marina, 73: 225 - 237.

49.	Marques, João C. S; Martins, I.; Colaco, A.; Dando, P. R; Desbruyeres, D.; Sarradin, P. M; Serrão-Santos, R.. 2008. "Size-dependent variations on the nutritional pathway of Bathymodiolus azoricus demonstrated by a C-flux model", Ecological Modelling , 217: 59 - 71.

50.	Marques, João C. S; Martins, I.; Colaco, A.; Dando, P. R; Desbruyeres, D.; Sarradin, P. M; Serrão-Santos, R.. 2008. "Size-dependent variations on the nutritional pathway of Bathymodiolus azoricus demonstrated by a C-flux model", Ecological Modelling , 217: 59 - 71.

51.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Flindt, M. R; Pardal, M. A; Cardoso, P. G; Ferreira, S. M. 2007. "The faunal role in the degradation of the common intertidal salt marsh plant Scirpus maritimus", Hydrobiologia, 579: 369 - 378.

52.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Teixeira, H.; Pardal, M. A. 2007. "Applying quality status criteria to a temperate estuary (Mondego, Portugal) before and after the mitigation measures to reduce eutrophication", Estuarine Coastal and Shelf Science, 72: 177 - 187.

53.	Marques, João C. S; Teixeira, H.; Salas, F.; Pardal, M. A. 2007. "Applicability of ecological evaluation in estuarine ecosystems: The case study of Mondego estuary (Portugal)", Hydrobiologia, 587: 101 - 112.

54.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Coelho, J. P; Flindt, M. R; Jensen, H. S; Pedersen, C. B; Pardal, M. A. 2007. "Spartina maritima influence on the dynamics of the phosphorus sedimentary cycle in a warm temperate estuary (Mondego estuary, Portugal)", Hydrobiologia, 587: 195 - 204.

55.	Marques, João C. S; Martinho, F.; Leitão, R.; Neto, J. M; Cabral, H.; Jorge, I.; Pardal, M. A. 2007. "The fish assemblage of the Mondego estuary: composition, structure and trends over the past two decades", Hydrobiologia , 587: 269 - 279.

56.	Marques, João C. S; Martinho, F.; Leitão, R.; Cabral, H.; Neto, J. M; Pardal, M. A. 2007. "The use of nursery areas by fish in a temperate estuary, Portugal", Hydrobiologia, 587: 281 - 290.

57.	Marques, João C. S; Bouslama, M. F; Neto, J. M; Charfi-Cheikhrouha, F.. 2007. "Biology, population dynamics, and secondary production of Talitrus sattator (Amphipoda, Talitridae) at Korba beach (East Coast of Tunísia)", Crustaceana, 80: 1103 - 1119.

58.	Marques, João C. S; Dolbeth, M.; Ó, Ferreira; HL, Teixeira; JA, Dias; Pardal, M. A. 2007. "Beach morphodynamicimpacy on a macrobenthic community along a subtidal depth gradient", Marine Ecology Progress Series, 352: 113 - 124.

59.	Marques, João C. S; Ferreira, J. G; Vale, C.; Soares, C.V.; Salas, F.; Stacey, P.E.; Bricker, S.B.; Silva, M.C.. 2007. "Monitoring of coastal and transitional waters under the EU Water Framework Directive. Environmental ", Monitoring and Assessment, 137: 195 - 216.

60.	Marques, João C. S; Leitão, R.; Martinho, F.; Neto, J. M; Cabral, H.; Pardal, M. A. 2006. "Feeding ecology, growth, and distribution of Pomatoschistus microps (Krøyer, 1838) and Pomatoschistus minutus (Pallas, 1770) in a temperate estuary, Portugal", Estuarine Coastal and Shelf Science, 66: 231 - 239.

61.	Marques, João C. S; Patrício, J.; Ulanowicz, R.; Pardal, M. A. 2006. "Ascendency as ecological indicator for environmental quality assessment at the ecosystem level: a case study", Hydrobiologia, 555: 19 - 30.

62.	Marques, João C. S; Patrício, J.; Salas, F.; Pardal, M. A; Jørgensen, S. E. 2006. "Ecological indicators performance during a re-colonisation experiment and its compliance with ecosystem theories", Ecological Indicators , 6: 43 - 57.

63.	Marques, João C. S; Salas, F.; Patrício, J.; Marcos, C.; Pardal, M. A; Pérez-Ruzafa, A.. 2006. "Are Taxonomic Distinctness measures compliant to other ecological indicators in assessing ecological status? ", Marine Pollution Bulletin , 52: 162 - 174.

64.	Marques, João C. S; Vassallo, P.; Fabiano, M.; Vezzulli, L.; Sandulli, R.; Jørgensen, S. E. 2006. "Assessing the health of coastal marine ecosystems: A holistic approach based on sediment micro and meio-benthic measures", Ecological Indicators, 6: 525 - 542.

65.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Wenerberg, L.. 2006. "Migratory connectivity and temporal aggregation of Dunlin (Calidris alpina) in Portugal – evidence from morphology, ringing recoveries and mtDNA", Journal of Ornithology , 147: 385 - 394.

66.	Marques, João C. S; Patrício, J.. 2006. "Mass balanced models of the food web in three areas along a gradient of eutrophication symptoms in the south arm of the Mondego estuary (Portugal)", Ecological Modelling, 197: 21 - 34.

67.	Marques, João C. S; Marques, S. C; Azeiteiro, U. M; Neto, J. M; Pardal, M. A. 2006. "Zooplankton and ichthyoplankton communities in a temperate estuary: spatial and temporal patterns", Journal of Plankton Research , 28: 297 - 312.

68.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Pardal, M. A; Múrias, T.; Cabral, J. A. 2006. "Influence of macroalgal mats on abundance and distribution of dunlin Calidris alpina in estuaries: a long-term approach", Marine Ecology Progress Series, 323: 11 - 20.

69.	Marques, João C. S; Baeta, A.; Cabral, H. N; Pardal, M. A. 2006. "Feeding ecology of the green crab Carcinus maenas in a temperate estuary, Portugal", Crustaceana, 79: 1181 - 1193.

70.	Marques, João C. S; Salas, F.; Marcos, C.; Neto, J. M; Patrício, J.; Pérez-Ruzafa, A.. 2006. "User friendly guide for using benthic ecological indicators in coastal and marine quality assessment", Ocean and Coastal Management, 49: 308 - 331.

71.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Flindt, M. R; Pardal, M. A. 2006. "The effect of Zostera noltii, Spartina marítima and Scirpus maritimus on sediment pore-water profiles, in a temperate intertidal estuaryThe effect of Zostera noltii, Spartina marítima and Scirpus maritimus on sediment pore-water profiles, in a temperate intertidal estuary", Hydrobiologia, 555: 175 - 183.

72.	Marques, João C. S; Dolbeth, M.; Viegas, I.; Martinho, F.; Pardal, M. A. 2006. "Population structure and species dynamics of Spisula solida, Diogenes pugilator and Branchiostoma lanceolatum along temporal-spatial gradient in the south coast of Portugal", Estuarine Coastal and Shelf Science, 66: 168 - 176.

73.	Marques, João C. S. 2006. "North-Atlantic estuaries: Problems and perspectives. The Mondego estuary: environmental quality, management, and evolutive scenarios", Seine-Aval Special Issue, 00: 9 - 12.

74.	Marques, João C. S; Cardoso, P.; Vale, C.; Ferreira, A. M; Pereira, E.. 2005. "Seasonal variation on surface sediments composition in Mondego River estuary", Journal of Environmental Science and Health, Part A – Toxic/Hazardous Substances & Environmental Engineering, 40: 317 - 329.

75.	Marques, João C. S; Marcos, C.; Pérez-Ruzafa, A.. 2005. "Application of the Exergy Index as ecological indicator along an organic enrichment gradient in the Mar Menor Lagoon (South-Eastern Spain)", Energy, 30: 2505 - 2522.

76.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Múrias, T.; Cabral, J. A. 2005. "A ten year study of variation, trends and seasonality of shorebird community in the Mondego estuary, Portugal", Waterbirds , 28: 8 - 18.

77.	Marques, João C. S; Ladegaard, N.; Jørgensen, S. E; Debeljak, M.. 2005. "Calculations of Exergy for organisms", Ecological Modelling, 185: 165 - 175.

78.	Marques, João C. S; Martins, I.; Neto, J. M; Fontes, M. G; Pardal, M. A. 2005. "Seasonal variation of short-term survival Zostera noltii transplants in a declining meadow: Implications for management in eutropic estuaries", Aquatic Botany, 82: 132 - 142.

79.	Marques, João C. S; Ferreira, S. M; Jensen, K. T; Martins, P. A; Sousa, S. F; Pardal, M. A. 2005. "Impact of microphallid trematodes on the survivorship, growth, and reproduction of an isopod (Cyathura carinata)", Experimental Marine Biology and Ecology, 318: 191 - 199.

80.	Marques, João C. S; Cardoso, P. G; Brandão, A.; Pardal, M. A; Raffaelli, D.. 2005. "The resilience of Hydrobia ulvae populations to anthropogenic and natural disturbances", Marine Ecology Progress Series, 289: 191 - 199.

81.	Marques, João C. S; Verdelhos, T.; Neto, J. M; Pardal, M. A. 2005. "The effect of eutrophication abatement on the bivalve Scrobicularia plana", Estuarine Coastal and Shelf Science, 63: 261 - 268.

82.	Marques, João C. S; Gonçalves, S. C; Pardal, M. A; Cardoso, P. G; Ferreira, S. M. 2005. "Biology, population dynamics, and production of Tylos europaeus (Isopoda, Tylidae) in the Western Coast of Portugal", Marine Biology, 147: 631 - 641.

83.	Marques, João C. S; Baeta, A.; Cabral, H.; Neto, J. M. 2005. "Biology, population dynamics, and secondary production of the green crab Carcinus maenas (L.)", Estuarine Coastal and Shelf Science, 65: 43 - 52.

84.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Neto, J. M; Martins, I.; Verdelhos, T.; Leston, S.; Cardoso, P. G; Ferreira, S. M; Pardal, M. A. 2005. "Management of a shallow temperate estuary to control eutrophication: the effect of hydrodynamics on the system nutrient loading", Estuarine Coastal and Shelf Science , 65: 697 - 707.

85.	Marques, João C. S; Santos, T. M; Cabral, J. A; Lopes, R. J; Pardal, M. A; Goss-Custard, J.. 2005. "Competition for feeding in waders: A case study in an estuary of south temperate Europe (Mondego, Portugal)", Hydrobiologia, 544: 155 - 166.

86.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Cardoso, P. G; Lillebø, A. I; Ferreira, S. M; Raffaelli, D.. 2004. "Dynamic changes in seagrass assemblages under eutrophication and implications for recovery", Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 302: 233 - 248.

87.	Marques, João C. S; Patrício, J.; Ulanowicz, R.; Pardal, M. A. 2004. "Ascendency as ecological indcator: A case study on estuarine pulse eutrophication", Estuarine Coastal and Shelf Science, 60: 23 - 35.

88.	Marques, João C. S; Salas, F. J; Borja, A.. 2004. "Evaluation of the applicability of a Marine Biotic Índex to characterise the status of estuarine ecosystems: The case of Mondego estuary (Portugal)", Ecological Indicators, 4: 215 - 225.

89.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Neto, J. M; Flindt, M. R; Pardal, M. A. 2004. "Phosphorous dynamics in a temperate intertidal estuary: Contribution to management of coastal areas", Estuarine Coastal and Shelf Science, 61: 101 - 109.

90.	Marques, João C. S; Cardoso, P. G; Pardal, M. A; Raffaelli, D.; Baeta, A.. 2004. "Macroinvertebrate response to different species of macroalgal mats and the role of disturbance history", Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 308: 207 - 220.

91.	Marques, João C. S; Ferreira, S. M; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Cardoso, P. G. 2004. "Population dynamics of Cyathura carinata (Isopoda) in a eutrophic temperate estuary", Estuarine Coastal and Shelf Science, 61: 669 - 677.

92.	Marques, João C. S; Fabiano, M.; Vassallo, P.; Vezzulli, L.; Salvo, V. S. 2004. "Temporal and spatial change of Exergy and Ascendency in different benthic marine ecosystems", Energy, 29: 1697 - 1712.

93.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Cardoso, P. G; Sousa, J. P; Raffaelli, D.. 2004. "Assessing environmental quality: a novel approach", Marine Ecology Progress Series, 267: 1 - 8.

94.	Marques, João C. S; Achouri, M. S; Charfi-Cheikhrouha, F.. 2003. "Biology, population dynamics, and field-growth rates of Porcellionides pruinosus (Isopoda, Oniscoidea) at Garat Nâam (Kasserine, Tunisia)", Crustaceana , 75: 1241 - 1262.

95.	Marques, João C. S; Maranhão, P.. 2003. "The influence of temperature and salinity on the duration of embryonic development, fecundity, and growth of the amphipod Echinogammarus marinus Leach (Gammaridae). ", Acta Oecologica, 24: 5 - 13.

96.	Marques, João C. S; Bacelar-Nicolau, P.; Nicolau, L. B; Morgado, F.; Azeiteiro, U.. 2003. "Bacterioplankton dynamics in the Mondego estuary (Portugal).", Acta Oecologica , 24: 67 - 75.

97.	Marques, João C. S; L.Vieira; Azeiteiro, U.; Ré, P.; Pastorinho, R.; Morgado, F.. 2003. "Zooplankton distribution in a temperate estuary (Mondego estuary southern arm: Western Portugal).", Acta Oecologica , 24: 163 - 173.

98.	Marques, João C. S; Pastorinho, M. R; Antunes, C. P; Pereira, M. L; M.L.; Azeiteiro, U.; Morgado, F.. 2003. "Histochemistry and histology in planktonic ecophysiological processes determination in a temperate estuary (Mondego River estuary, Portugal)", Acta Oecologica , 24: 235 - 243.

99.	Marques, João C. S; Pastorinho, R.; Vieira, L.; Ré, P.; Pereira, M.; Bacelar-Nicolau, P.; Morgado, F.; Azeiteiro, U.. 2003. "Distribution, Production, Histology and Histochemistry in Acartia tonsa (Copepoda: Calanoida) as Means for Life History Determination in a Temperate Estuary (Mondego Estuary, Portugal).", Acta Oecologica , 24: 259 - 273.

100.	Marques, João C. S; Nielsen, S. N; Pardal, M. A; Jørgensen, S. E. 2003. "Impact of eutrophication and river management within a framework of ecosystem theories", Ecological Modelling , 166: 147 - 168.

101.	Marques, João C. S; Vieira, L.; Morgado, F.; Ré, P.; Nogueira, A.; Pastorinho, R.; Pereira, M.; Bacelar-Nicolau, P.; Azeiteiro, U. M. 2003. "Population dynamics of Acartia clausi from a temperate estuary (Mondego estuary, Western Portugal).", Invertebrate Reproduction and Development , 44: 9 - 15.

102.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Pardal, M. A; Neto, J. M. 2003. "Salinity as the major factor affecting Scirpus maritimus annual dynamics. Evidence from field data and a greenhouse experiment", Aquatic Botany , 77: 111 - 120.

103.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Gonçalves, S. C; Pardal, M. A. 2003. "A model for Amphipod (Talitrus saltator) population dynamics", Estuarine Coastal and Shelf Science , 58: 149 - 157.

104.	Marques, João C. S; Gonçalves, S. C; Pardal, M. A; Chelazzi, L.; Colombini, I.; Fallaci, M.; Bouslama, M. F; Gtari, M. E; Charfi-Cheikhrouha, F.; Scapini, F.. 2003. "Comparison of Talitrus saltator (Amphipoda, Talitridae) biology, dynamics, and secondary production in Atlantic (Portugal) and Mediterranean (Italy and Tunisia) populations", Estuarine Coastal and Shelf Science , 58: 127 - 148.

105.	Marques, João C. S; Gonçalves, S.; Pardal, M. A; Bouslama, M. F; Gtari, M. E; Charfi-Cheikhrouha, F.. 2003. "Comparison of Talorchestia brito (Amphipoda, Talitridae) biology, dynamics, and secondary production in Atlantic (Portugal) and Mediterranean (Tunisia) populations", Estuarine Coastal and Shelf Science , 58: 901 - 916.

106.	Marques, João C. S; Cruz, S.; Gamito, S.. 2003. "Spatial distribution of Peracarids in the intertidal zone of the Ria Formosa (Portugal)", Crustaceana, 76: 411 - 431.

107.	Marques, João C. S; Cruz, S.; Gamito, S.; Martins, I.. 2003. "Auto-ecology of the isopod Cyathura carinata (Kroyer, 1847) in the Ria Formosa (Algarve: Portugal)", Crustaceana, 76: 781 - 802.

108.	Marques, João C. S; Dolbeth, M.; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Azeiteiro, U.. 2003. "Short and lonf term effects of eutrophication on the secondary production of an intertidal macrobenthic community", Marine Biology, 143: 1229 - 1238.

109.	Marques, João C. S; Carvalho, S.; Banha, M. M; Fonseca, L. C.. 2003. "Macrobenthic Crustácea of the Bay of S. Torpes (Portugal)", Revista de Biologia (Lisboa)  21, 00: 57 - 70.

110.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Madeira, V. M. C. 2002. "Degradability and sediment sorption of an Alcohol Polyclycol ether surfactant putatively useful for the control of red swamp crayfish in rice fields", Environmental Monitoring and Assessment,, 75: 1 - 10.

111.	Marques, João C. S; Cardoso, P.; Lillebø, A. I; Pardal, M. A; Ferreira, S.. 2002. "The effect of different primary producers on Hydrobia ulvae population dynamics. A case study in a temperate intertidal estuary.", Experimental Marine Biology and Ecology, 277: 173 - 195.

112.	Marques, João C. S; Martins, I.. 2002. "A model for growth of opportunistic macroalgae (Enteromorpha sp) in tidal estuaries", Estuarine Coastal and Shelf Science, 55: 247 - 257.

113.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E. 2002. "Three selected ecological observations interpreted at the light of a thermodynamic hypothesis. A contribution to a general ecological theoretical network", Ecological Modelling, 158: 213 - 221.

114.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. 2002. "Structural changes in an estuary described by models using Exergy as orientor", Ecological Modelling, 158: 233 - 240.

115.	Marques, João C. S; Martins, I.; Maranhão, P.; Marques, J. C. 2002. "Modelling the effects of salinity variation on Echinogammarus marinus Leach (Amphipoda, Gammaridae) density and biomass in the Mondego estuary (Western Portugal).", Ecological Modelling, 152: 247 - 260.

116.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Pardal, M. A; Azeiteiro, U. M. 2002. "Estimation of ecological exergy using weighing factors determined from DNA contents of organisms – a case study", Hydrobiologia, 475/476: 79 - 90.

117.	Marques, João C. S; Múrias, T.; Cabral, J. A; Lopes, R. J; Goss-Custard, J. D. 2002. "Use of traditional salines by waders in the Mondego estuary (Portugal): A conservation perspective.", Ardeola, 49: 223 - 240.

118.	Marques, João C. S; Vieira, L.; Ré, P.; Morgado, F. M. R; Pereira, M.; Azeiteiro, U. M. 2002. "Distribution and production of Acartia bifilosa var. inermis from a temperate estuary (Mondego estuary, Portugal)", Arquivos do Museu Bocage 3, 17: 421 - 440.

119.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Nielsen, S. N. 2001. "Modelling mosquitofish (Gambusia holbrooki) responses to Genapol OXD-080, a non-ionic surfactant, in rice fields", Ecological Engineering , 16: 537 - 544.

120.	Marques, João C. S; Martins, I.; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Flindt, M. R. 2001. "Hydrodynamics as a major factor controlling the occurrence of green macroalgae blooms in a eutrophic estuary: A case study on the influence of precipitation and river management", Estuarine Coastal and Shelf Science, 52: 165 - 177.

121.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Bengala, N.. 2001. "The influence of environmental factors on the biology, population dynamics and productivity of Echinogammarus marinus Leach (Amphipoda, Gammaridae) in the Mondego estuary (Portugal)", Acta Oecologica, 22: 139 - 152.

122.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E. 2001. "Thermodynamics and ecosystem theory. Case studies from Hydrobiology", Hydrobiologia, 445: 1 - 10.

123.	Marques, João C. S; Mieiro, C. L; Cabral, J. A. 2001. "Predation pressure of introduced mosquitofish (Gambusia holbrooki Girard), on the native zooplankton community A case study from representative habitats in the Lower Mondego River Valley (Portugal)", Limnetica 20, 2: 279 - 292.

124.	Marques, João C. S. 2001. "Diversity, biodiversity, conservation, and sustainability", The Scientific World 1, 00: 534 - 543.

125.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Fonseca, J. C; Morgado, F.. 2001. "Production and energetic content of Mesopodopsis slabberi Van Beneden (Crustacea: Mysidacea) in the Mondego estuary (Western Portugal)", Portugaliae Zoologica 5, 3: 17 - 26.

126.	Marques, João C. S. 2001. "Diversity and Biodiversity: What might be their significance in the scope of sustainable development?", Bol. Mus. Mun. Funchal 6, 00: 349 - 361.

127.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Lutzoft, H. C. H; Sorensen, B. H. 2000. "Surfactant (Genapol OX-80) toxicity to Selenastrum capricornutum", Chemosphere, 40: 835 - 838.

128.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Frias, A. F. 2000. "Impact of crayfish densities on wet seeded rice and the inefficiency of a non-ionic surfactant as an ecotechnological solution", Ecological Engineering, 15: 17 - 25.

129.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Metelo, I.; Lillebø, A. I; Flindt, M. R. 2000. "Impact of eutrophication on the life cycle, population dynamics and production of Ampithoe valida (Amphipoda) along an estuarine spatial gradient (Mondego estuary, Portugal)", Marine Ecology Progress Series, 196: 207 - 219.

130.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Paiva, A. A; Freitas, A. M; Madeira, V. M. C; Jørgensen, S. E. 2000. "Nuclear DNA in the determination of weighing factors to estimate exergy from organisms’ biomass", Ecological Modelling, 126: 179 - 189.

131.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Pardal, M. A. 2000. "Impact of macroalgae blooms and wader predation on intertidal macroinvertebrates – Experimental evidence in the Mondego estuary (Portugal)", Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 249: 165 - 179.

132.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Madeira, V. M. C. 1999. "Zinc and Cadmium concentrations in soft tissues of the red swamp crayfish Procambarus clarkii (Girard, 1852) after exposure to a range of dissolved Zinc and Cadmium concentrations: Implications for human consumption", Environmental Toxicology and Chemistry , 18: 1769 - 1771.

133.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Jesus, L.. 1999. "Distribution, population dynamics, and production of the suprabenthic mysid Mesopodopsis slabberi Van Beneden in the Mondego estuary (Western Coast of Portugal)", Journal of Crustacean Biology, 19: 498 - 509.

134.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Nielsen, S. N. 1999. "CRISP – Crayfish Rice Integrated System of Production: Modelling crayfish (Procambarus clarkii) population dynamics", Ecological Modelling, 123: 5 - 16.

135.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Frias, A. F. 1999. "CRISP – Crayfish Rice Integrated System of Production: Modelling rice (Oryza sativa) growth and production", Ecological Modelling, 123: 17 - 28.

136.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Nielsen, S. N; Frias, A. F. 1999. "CRISP – Crayfish Rice Integrated System of Production: Modelling water, algae and oxygen dynamics", Ecological Modelling, 123: 29 - 40.

137.	Marques, João C. S; Nielsen, S. N; Anastácio, P. M; Frias, A. F. 1999. "CRISP – Crayfish Rice Integrated System of Production: Simulation of nitrogen dynamics", Ecological Modelling, 123: 41 - 52.

138.	Marques, João C. S; Noordwijk, A.. 1999. "Editorial: Introducing “Processes and Flows in Marine Benthic Ecosystems”", Acta Oecologica, 20: 1 - 2.

139.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. 1999. "Temporal and spatial structure in the suprabenthic community of a shallow estuary (Western Portugal: Mondego river estuary)", Acta Oecologica, 20: 333 - 342.

140.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Pardal, M. A; Lopes, R. J; Múrias, T.. 1999. "The impact of macroalgal blooms on the use of the intertidal area and feeding behaviour of waders (Charadrii) in the Mondego estuary (West Portugal)", Acta Oecologica, 20: 417 - 428.

141.	Marques, João C. S; Flindt, M. R; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Martins, I.. 1999. "Nutrient cycling and plant dynamics in estuaries", Acta Oecologica, 20: 237 - 248.

142.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Flindt, M. R; Pardal, M. A. 1999. "The effect of macrofauna, meiofauna and microfauna on the degradation of Spartina maritima detritus from a salt marsh area", Acta Oecologica, 20: 249 - 258.

143.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Pardal, M. A. 1999. "opulation structure, dynamics and production of Hydrobia ulvae (Pennant) (Mollusca: Prosobranchia) along an eutrophication gradient in the Mondego estuary (Portugal)", Acta Oecologica, 20: 289 - 304.

144.	Marques, João C. S; Martins, I.; Oliveira, J. M; Flindt, M. R. 1999. "The effect of salinity on the growth rate of the macroalgae Enteromorpha intestinalis (Chlorophyta) in the Mondego Estuary (West Portugal)", Acta Oecologica, 20: 259 - 266.

145.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Ávila, S.. 1999. "Acute and sublethal effects of a non-ionic surfactant, fatty alcohol polyglycol ether, on mosquitofish, Gambusia holbrooki (Girard)", Ecotoxicology, 8: 245 - 252.

146.	Marques, João C. S; Cabral, J. A. 1999. "Life history, population dynamics and production of eastern mosquitofish, Gambusia holbrooki (Pisces, Poeciliidae), in rice fields of the lower Mondego River Valley, western Portugal", Acta Oecologica, 20: 607 - 620.

147.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. 1998. "Crayfish (Procambarus clarkii) condition throughout the year in the Lower Mondego River valley, Portugal", Crustaceana, 71: 593 - 602.

148.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Mieiro, C. L. 1998. "Environmental and biological factors influence the relationship between a predator fish, Gambusia holbrooki, and its main prey in rice fields of the Lower Mondego River Valley (Portugal)", Hydrobiologia, 382: 41 - 51.

149.	Marques, João C. S; Lopes, R.; Múrias, T.; Cabral, J. A. 1997. "Low-water use of the Mondego estuary (West Portugal) by waders (Charadrii)", Ardeola, 44: 79 - 91.

150.	Marques, João C. S; Flindt, M. R; Kamp-Nielsen, L.; Pardal, M. A; Bocci, M.; Bendoricchio, G.; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 1997. "Description and comparison of three shallow estuaries: Mondego River (Portugal), Roskield Fjord (Denmark) and the lagoon of Venice (Italy)", Ecological Modelling, 102: 17 - 31.

151.	Marques, João C. S; Martins, I.; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. 1997. "Modelling the effects of green macroalgae blooms on the population dynamics Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda) in an eutrophicated estuary.", Ecological Modelling, 102: 33 - 53.

152.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 1997. "Analysis of the properties of exergy and biodiversity along an estuarine gradient of eutrophication", Ecological Modelling, 102: 155 - 167.

153.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Anastácio, P. M. 1997. "Modelling the fate of surfactants and pesticides in a rice field", Ecological Modelling, 104: 20 - 213.

154.	Marques, João C. S; Múrias, T.; Cabral, J. A; Goss-Custard, J. D. 1996. "Short-term effects of intertidal macroalgae blooms on the macrohabitat selection and feeding behaviour of Waders in the Mondego estuary (West Portugal)", Estuarine Coastal and Shelf Science, 43: 677 - 688.

155.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. 1995. "Population biology and production of the red swamp crayfish Procambarus clarkii (Girard) in the Lower Mondego river valley (Portugal", Journal of Crustacean Biology, 15: 156 - 168.

156.	Marques, João C. S; Fernandes, M. A. S; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 1995. "Integrated production of crayfish and rice: A management model", Ecological Engineering, 4: 199 - 210.

157.	Marques, João C. S; Martins, I.; Teles-Ferreira, C.; Cruz, S.. 1994. "Population dynamics, life history, and production of Cyathura carinata (Krøyer) (Isopoda: Anthuridae) in the Mondego estuary (Portugal)", Journal of Crustacean Biology, 14: 258 - 272.

158.	Marques, João C. S; Fernandes, M. A. S; Mendonça, I. M. R; Madeira, V. M. C. 1994. "Seasonal Changes in the biochemical and energy content of Procambarus clarkii (Girard, 1852) in the Lower Mondego river region", Journal of Crustacean Biology, 14: 736 - 743.

159.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D. 1993. "Biodiversity in the ecosystem of the Portuguese shelf: Distributional ecology and role of benthic amphipod crustaceans", Marine Biology, 115: 555 - 564.

160.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D; Lopes, M. F. R. 1993. "The Amphipod Fauna (Crustacea) from Azores (Portugal): An up-to-date annotated check-list and some biogeographical considerations", Crustaceana, 65: 204 - 217.

161.	Marques, João C. S; Adão, H.. 1993. "Population biology of the red swamp crayfish (Procambarus clarkii Girard, 1852) in southern Portugal", Crustaceana , 65: 336 - 345.

162.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Pardal, M. A. 1993. "Human impact assessment on the subtidal macrobenthic community structure in the Mondego estuary (Western Portugal)", Estuarine Coastal and Shelf Science , 37: 403 - 419.

163.	Marques, João C. S; Bellan, G.; Pardal, M. A. 1993. "Spatial distribution and seasonal variation of subtidal Polychaete populations in the Mondego estuary (Western Portugal)", Cahiers de Biologie Marine, 34: 497 - 512.

164.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D. 1991. "Gammaridea and Caprellidea (Crustacea, Amphipoda) of the Portuguese South-Western continental shelf: Taxonomy and distributional ecology", Bijdragen tot de Dierkunde, 61: 65 - 87.

165.	Marques, João C. S; Nogueira, A.. 1991. "Life cycle, population dynamics, and production of Echinogammarus marinus (Leach) (Amphipoda) in the Mondego estuary (Portugal)", Oceanologica Acta, 11: 213 - 223.

166.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D. 1987. "Crustacés Amphipodes des côtes du Portugal: Faune de l'estuaire du Mira (Alentejo, côte Sud-Ouest)", Cahiers de Biologie Marine, 28: 465 - 480.

167.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D. 1986. "Une nouvelle espèce d'Ampelisca (Crustacea - Amphipoda) des côtes du Portugal (Atlantique Nord-Est): Ampelisca lusitanica n. sp. Cahiers de Biologie Marine", Cahiers de Biologie Marine, 27: 153 - 162.

Trabalhos completos/resumidos em eventos sem arbitragem científica Papers in conference proceedings without scientific refereeing

1.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Neto, J.; Cardoso, Patrícia; Ferreira, Susana. 2003. "Qualidade ambiental no estuário do Mondego: Duas décadas de estudos e futuros cenários", Trabalho apresentado em Jornadas Litoral 03, In Documentos das Jornadas Litoral'03, Figueira da Foz.

2.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Gonçalves, S. C; Pardal, M. A. 2002. "A comparison of model structures for the simulation of amphipod (Talitrus saltator) population dynamics", Trabalho apresentado em International Environmental Modelling and Software Society, In Actas do "IEMSs 2002, Lugano.

3.	Marques, João C. S; Adão, H.. 2000. "Ecologia da Meiofauna dos sedimentos dos povoamentos de Zostera noltii no estário do Mira (Costa Sudoeste de Portugal)", Trabalho apresentado em Seminário “A zona costeira do Alentejo”, In Associação Eurocoast-Portugal, ************.

4.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Fonseca, J. C; Jesus, L.. 2000. "Variação temporal da composição bioquímica de Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) no estuário do Mondego (Portugal)", Trabalho apresentado em IX Simpósio Ibérico de Química Marinha, In Estudos de Biogeoquímica na Zona Costeira Ibérica, ************.

5.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. 2000. "Variação espacio-temporal dos parâmetros ambientais (condições físico-químicas da água e nutrientes) no estuário do Mondego (Costa Ocidental Portuguesa)", Trabalho apresentado em IX Simpósio Ibérico de Química Marinha, In Estudos de Biogeoquímica na Zona Costeira Ibérica, ************.

6.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Madeira, V. M. C. 1996. "Oxygen uptake inhibition in Procambarus clarkii, Louisiana crayfish, by biodegradable surfactants: An ecotechnological approach for population control in rice fields", Trabalho apresentado em International Association of Astacology 11th Symposium, In Freshwater Crayfish , ************.

7.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Anastácio, P. M; Carvalho, R.. 1996. "A non-harmful chemical method of red swamp crayfish (Procambarus clarkii) population control and non-target organisms’ problematics in the Lower Mondego river valley, Portugal", Trabalho apresentado em International Association of Astacology 11th Symposium, In Freshwater Crayfish , ************.

8.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. 1996. "Crayfish (Procambarus clarkii) effects on initial stages of rice growth in the Lower Mondego river valley (Portugal)", Trabalho apresentado em International Association of Astacology 11th Symposium, In Freshwater Crayfish , ************.

9.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Madeira, V. M. C. 1995. "Copper concentrations in soft tissues of the red swamp crayfish Procambarus clarkii (Girard, 1852)", Trabalho apresentado em International Association of Astacology 10th Symposium, In Freshwater Crayfish , ************.

10.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Pardal, M. A. 1994. "Influence of dredging and water circulation on the subtidal macrobenthic community structure in the Mondego estuary (Western Portugal)", Trabalho apresentado em Séminaire Franco Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, In Coastal and Estuarine Processes, Coimbra.

11.	Marques, João C. S; Santos, T. M; Cabral, J. A. 1994. "Effects of intertidal macroalgae blooms on the feeding of the wading birds in the Mondego estuary (West Portugal): a preliminary analysis and its relevance for a future model", Trabalho apresentado em Séminaire Franco Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, In Modelling of Coastal and Estuarine Processes, Coimbra.

12.	Marques, João C. S; Martins, I.; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. 1994. "Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda), Enteromorpha spp. (Ulvales: Chlorophyta) and organic matter: top-bottom or bottom-top control? The answer by an ecological model", Trabalho apresentado em Séminaire Franco Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, In Modelling of Coastal and Estuarine Processes, Coimbra.

13.	Marques, João C. S; Fernandes, M. A. S; Mendonça, M. I. R; Madeira, V. M. C. 1994. "Procambarus clarkii energy and nutrient transfer capacities in the Lower Mondego river valley (Portugal)", Trabalho apresentado em International Association of Astacology 10th Symposium, In Freshwater Crayfish , ************.

14.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. 1993. "Rice and crayfish production in the Lower Mondego river valley (Portugal): A management model for farmer", Trabalho apresentado em International Congress on Modelling and Simulation, In Proceedings of the International Congress on Modelling and Simulation , Perth.

15.	Marques, João C. S; Silveira, S.; Nogueira, A.; Ribeiro, R.; Gonçalves, F.; Soares, A. M. V. M. 1993. "Crescimento e reprodução de Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea: Mysidacea) no estuário do Mondego", Trabalho apresentado em 2º Encontro de Planctonologistas Portugueses, In Bol. UCA. U. Algarve, ************.

16.	Marques, João C. S; Adão, H; Anastácio, P.. 1992. "Lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), espécie exótica em Portugal: Bioecologia, impacto e controlo", Trabalho apresentado em 3ª Conferência Nacional sobre a Qualidade do Ambiente, In Actas da 3ª Conferência Nacional sobre a Qualidade do Ambiente, Aveiro.

17.	Marques, João C. S; Adão, H; Anastácio, P. M. 1991. "Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Crustacea, Decapoda), espécie exótica em Portugal: Situação actual e perspectivas", Trabalho apresentado em 4º Congresso Sobre o Alentejo, In Actas 4º Congresso Sobre o Alentejo, Sines.

18.	Marques, João C. S; Guilhermino, L.. 1988. "Moluscos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies", Trabalho apresentado em Actas Col. Luso-Esp. Bacias Hidrog. e Rec. Zoológicos, In Actas Col. Luso-Esp. Bacias Hidrog. e Rec. Zoológicos, Porto.

19.	Marques, João C. S; Nogueira, A.; Rodrigues, L. B. 1988. "Crustáceos Peracarídeos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies", Trabalho apresentado em Actas Col. Luso-Esp. Bacias Hidrog. e Rec. Zoológicos, In Actas Col. Luso-Esp. Bacias Hidrog. e Rec. Zoológicos, Porto.

20.	Marques, João C. S; André, J.; Girão, R.; Gonçalves, F.; Guilhermino, L.; Mortágua, A.. 1984. "Estudo bionómico dos povoamentos bentónicos do estuário do Mondego (Portugal). Resultados preliminares", Trabalho apresentado em 4º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, In Actas do 4º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, Lisboa.

21.	Marques, João C. S; Marques, V. C. S. R. M; Calvário, J.; Melo, R.; Santos, R.. 1982. "Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato rochoso) da costa ocidental portuguesa. Zona intertidal.", Trabalho apresentado em 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, In Oecologia aquatica, ************.

Outra produção científica Other scientific production

1.	Marques, João C. S. 1989. "Amphipoda (crustacea) bentónicos da costa portuguesa : estudo taxonómico, ecológico e biogeográfico", 394 pp.. Coimbra: 00.

Apresentação oral de trabalho Oral work presentation

1.

Marques, João C. S; Pereira, P.; Vale, C.; Ferreira, A.; Pereira, E.; Pardal, M. A. Seasonal variation of chemical composition of surface sediments in the Mondego river estuary,SEDNET Conferences – Monitoring sediment quality at river basin scale. Understanding the behaviour and fate of pollutants,2004 (Outra). Dias 29 a 31 de Janeiro.

2.

Marques, João C. S; Dolbeth, M.; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Bouslama, M. F; Gtari, M. E; Charfi-Cheikhrouha, F.. Comparison of Talorchestia brito (Amphipoda, Talitridae) biology, dynamics, and secondary production in Atlantic (Portugal) and Mediterranean (Tunisia) populations,XI International Colloquium on Amphipoda,2003 (Comunicação). Dias 25 a 30 de Março.

3.	Marques, João C. S; Patrício, J.; Ulanowicz, R.; Pardal, M. A. Ascendency as an ecological indicator: A case study in a temperate eutrophic estuary,38th European Marine Biology Symposium,2003 (Comunicação). Dias 8 a 12 de Setembro.

4.	Marques, João C. S; Cardoso, P. G; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Ferreira, S. M; Raffaelli, D.. Dynamic changes in seagrass assemblages under eutrophication and implications for recovery,38th European Marine Biology Symposium,2003 (Comunicação). Dias 8 a 12 de Setembro.

5.	Marques, João C. S; Neto, J. M; Pardal, M. A; Flindt, M. R. Restoration and management of Zostera noltii meadows in a disturbed shallow temperate estuary,38th European Marine Biology Symposium,2003 (Comunicação). Dias 8 a 12 de Setembro.

6.	Marques, João C. S; Adão, H.; Vincx, M.. Seasonal dynamics of meiofauna in Zostera noltii Hornem sediments in the Mira estuary (SW Portugal),38th European Marine Biology Symposium,2003 (Outra). Dias 8 a 12 de Setembro.

7.	Marques, João C. S; Ferreira, S. M; Jensen, K. T; Warberg, R.; Pardal, M. A. Can biotoc processes in estuarine ecosystems be understood, without knowing the diversity of macroparasites? ,38th European Marine Biology Symposium,2003 (Outra). Dias 8 a 12 de Setembro.

8.	Marques, João C. S; Neto, J. M; Flindt, M. R; Pardal, M. A. Intertidal vegetation dynamics. Narural and anthropogenic influences,38th European Marine Biology Symposium,2003 (Outra). Dias 8 a 12 de Setembro.

9.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Flindt, M. R; Pardal, M. A. The effect of Zostera noltii, Spartina marítima, and Scirpus maritimus on spring sediment pore-water profiles, in a temperate intertidal estuary,38th European Marine Biology Symposium,2003 (Outra). Dias 8 a 12 de Setembro.

10.

Marques, João C. S; Martins, I.; Maranhão, P.. Modelling the effects of salinity variation on Echinogammarus marinus Leach (Amphipoda, Gammaridae) density and biomass in the Mondego estuary (Western Portugal),XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2002 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Outubro.

11.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Cabral, J. A; Múrias, T.. The presence of algae mats influences the distribution of waders (Aves, Charadrii) on intertidal mudflats?,XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2002 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Outubro.

12.	Marques, João C. S; Neto, J. M; Flindt, M. R; Pardal, M. A. Seasonal growth rates of Zostera noltii Hornem. On the Mondego estuary (Central Portugal),XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2002 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Outubro.

13.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. M; Fonseca, J. C; Morgado, F.. Interannual variation in the biochemical composition of Mesopodopsis slabberi (Crustácea: Mysidacea),XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2002 (Outra). Dias 22 a 25 de Outubro.

14.

Marques, João C. S; Pastorinho, M. R; Fonseca, J. C; Morgado, F. M; Azeiteiro, U. M. M. Morphometry, production, biochemistry, and histochemistry of the suprabenthic mysid Mesopodopsis slabberi Van Beneden (Crustácea: Mysidacea) in the Mondego estuary (Western Coast of Portugal),XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2002 (Outra). Dias 22 a 25 de Outubro.

15.	Marques, João C. S; Rodrigues, E.; Azeiteiro, U. M. M; Antunes, C.; Pastorinho, M. R; Bacelar-Nicolau, P.; Morgado, F.. Suprabenthos distribution in the Mondego estuary (Western Portugal),XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2002 (Outra). Dias 22 a 25 de Outubro.

16.	Marques, João C. S; Bacelar-Nicolau, P.; Nicolau, L. B; Morgado, F.; Pastorinho, R.; Fonseca, J. C; Azeiteiro, U. M. Dynamics of pelagic environmental parameters, chlorophyll a and bacterioplankton of the Mondego estuary,Plankton Symposium,2001 (Comunicação). Dias 20 a 22 de Setembro.

17.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Jørgensen, S. E; Azeiteiro, U. M. M. The exergy concept in ecology – an useful instrument for environmental management,Plankton Symposium,2001 (Comunicação). Dias 20 a 22 de Setembro.

18.

Marques, João C. S; Bouslama, M. F; Charfi-Cheikhrouha, F.; Chelazzi, L.; Colombini, I.; ElCtari, M.; Fallaci, M.; Gonçalves, S. C; Pardal, M. A; Scapini, F.. Biology, population dynamics, and productivity of Talitrus saltator at Cabedelo (Western Coast of Portugal), Ucellina (Western coast of Italy), and Zouaraa (North-Western coast of Tunisia): A comparative study between Atlantic and Mediterranean populations,International Workshop Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes,2001 (Comunicação). Dias 18 a 23 de Outubro.

19.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Gonçalves, S. C; Pardal, M. A. A model for Amphipod (Talitrus saltator) population dynamics,International Workshop Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes,2001 (Comunicação). Dias 18 a 23 de Outubro.

20.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Gonçalves, S. C; Pardal, M. A. Biochemical analysis in sandy beach Arthropods,International Workshop Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes,2001 (Comunicação). Dias 18 a 23 de Outubro.

21.	Marques, João C. S; Vieira, L.; Morgado, F.; Ré, P.; Azeiteiro, U. M. Population dynamics, biometry and production of Acartia tonsa (Crustacea: Copepoda) in the Mondego estuary and trophic pelagic implications,Plankton Symposium,2001 (Outra). Dias 20 a 22 de Setembro.

22.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Bandarra, N. M; Cardoso, C.; Azeiteiro, U. M. M; Pastorinho, M. R; Morgado, F. M. Biochemical analysis in the plankton compartment from the Mondego estuary,Plankton Symposium,2001 (Outra). Dias 20 a 22 de Setembro.

23.

Marques, João C. S; Pastorinho, M. R; Antunes, C. P. Q; Pereira, M. L; Azeiteiro, U. M. M; Morgado, F. M. Histochemistry and histology in planktonic ecophysiological processes determination in a temperate estuary (Mondego river estuary, Portugal),Plankton Symposium,2001 (Outra). Dias 20 a 22 de Setembro.

24.

Marques, João C. S; Adão, H.; Vincx, M.. Temporal variationin the composition and structure of meiofauna (especially of the free-living nematodes) in the sediments of seagrass beds, Zostera noltii, in the Mira estuary (southwest coast of Portugal),XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

25.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Paiva, A. A; Freitas, A. M; Madeira, V. M. C; Jørgensen, S. N. Nuclear DNA in the determination of weighing factors to estimate exergy from organism’s biomass,XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

26.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Flindt, M. R; Pardal, M. A. Seasonal nutrient efflux in bare bottom and Spartina maritima covered pools in the Mondego estuary (Portugal),XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

27.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Pardal, M. A. Impact of macroalgae blooms on intertidal macroinvertebrates: Experimental evidente from the Mondego estuary (Portugal),XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

28.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Lillebø, A. I. Impact of macroalgae blooms on the macrobenthic communities of Mondego river (Portugal),XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

29.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Bengala, N.. Biology, population dynamics, and production of Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) in the Mondego estuary (Portugal),XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

30.	Marques, João C. S; Margalho, R.; Pardal, M. A; Azeiteiro, U. M; Neto, J.. Term evolution (1990 – 1998) of subtidal macrobenthic communities in the Mondego estuary (Portugal),XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Comunicação). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

31.	Marques, João C. S; Pardal, M. A. Impact of macroalgae blooms on the macrobenthic communities of the Mondego estuary (Portugal),ASLO Aquatic Sciences Meeting – Research Across Boundaries,2000 (Comunicação). Dias 5 a 9 de Junho.

32.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. Environmental data and distribution of N:P ratios in a temperate estuary,ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

33.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Fonseca, J. C; Nielsen, S. N. Modelling the pelagic compartment in the Mondego estuary southern arm,ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

34.

Marques, João C. S; Bacelar-Nicolau, P.; Fonseca, J. C; Azeiteiro, U. M; Morgado, F.. Assessing the bacterial diversity and community composition of the Mondego estuary (Western Portugal),ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

35.

Marques, João C. S; Cardoso, P.; Lillebø, A. I; Pardal, M. A; Ferreira, S.. Impact of eutrophication on Hydrobia ulvae population dynamics in the Mondego estuary (Western Portugal),ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

36.

Marques, João C. S; Ferreira, S. M; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Cardoso, P. G. Impact of macroalgae blooms on the population dynamics, production, and life cycle of Cyathura carinata (Krøyer). Evidence from the Mondego estuary,ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

37.

Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Azeiteiro, U. M; Verde, M. P; Pastorinho, M. R; Morgado, F. M. Ligth, turbidity, nutrients, and chlorophyll in the water column of the Mondego estuary (Western Portugal),ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

38.

Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Pardal, M. A; Azeiteiro, U. M. Estimation of ecological exergy using weighing parameters determined from DNA contents of organisms. A study case,ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

39.

Marques, João C. S; Pereira, M. J; Fonseca, J. C; Morgado, F. M. Biochemical composition changes in the mysid Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) after fasting and refeeding periods,ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

40.

Marques, João C. S; Pinhal, I.; Grilo, A.; Fonseca, J. C; Morais, P. V; Azeiteiro, U. M; Morgado, F. M; Costa, M. S. D. Changes in total bacteria, and heterotrophyc plate counts in the bacterial community from the Mondego estuary (Portugal),ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

41.

Marques, João C. S; L. Tavares, A.; Fonseca, J. C; Vieira, L. R; Azeiteiro, U. M; Morgado, F. M. Biochemical composition changes in the mysid Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) after fasting and refeeding periods,ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

42.

Marques, João C. S; Vieira, L. R; Fonseca, J. C; L. Tavares, A.; Azeiteiro, U. M; Morgado, F. M. Assesing the nutritional condition of the suprabenthic mysid Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) in the Mondego estuary (Western Portugal),ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

43.

Marques, João C. S; Vieira, L. R; Fonseca, J. C; L. Tavares, A.; Azeiteiro, U. M; Morgado, F. M. Assesing the nutritional condition of the suprabenthic mysid Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) in the Mondego estuary (Western Portugal),ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium,2000 (Comunicação). Dias 3 a 7 de Julho.

44.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Fonseca, J. C. Ecoenergetics of Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea Mysidacea) in the Mondego estuary (Wesyern Portugal),XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,2000 (Outra). Dias 22 a 25 de Fevereiro.

45.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Paiva, A. A; Freitas, A. M; Madeira, V. M. C; Jørgensen, S. E. Nuclear DNA in the determination of weighting factors to estimate exergy from organisms biomass,EcoSummit 2000 – Integrating the Sciences,2000 (Outra). Dias 18 a 22 de Junho.

46.	Marques, João C. S; Vieira, L.; Morgado, F.; Azeiteiro, U.; Pereira, M. J. Impacto humano sobre as condições físico-químicas, nutrientes, clorofila a e ciclo anual do fitoplâncton no estuário do Mondego,Conferência Ibérica sobre protecção ambiental,Viseu,2000 (Outra). Dias 12 a 14 de Julho.

47.

Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Jesus, L.. Distribution, population dynamics, estimates of production, and biochemical composition of Mesopodopsis slabberi Van Benneden (Crustacea: Mysidacea) in relation to its life cycle in a temperate estuary (Western Portugal: Mondego river estuary),X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Comunicação). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

48.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Pardal, M. A; Lopes, R. J. Impact of macroalgae blooms on the benthic upper trophic levels in the Mondego estuary (Portugal),X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Comunicação). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

49.

Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Pardal, M. A. Population structure, dynamics, and production of Hydrobia ulvae (Pennant) (Mollusca: Procobranchia) along an eutrophication gradient in the Mondego estuary (Portugal),X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Comunicação). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

50.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Pardal, M. A; Flindt, M.. Temporal mineralization studies of Spartina maritima under mass balance control with and without meio and macrofauna,X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Comunicação). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

51.	Marques, João C. S; Neto, J. M; Metelo, I.; Pardal, M. A. Dinâmica anual dos moluscos na Reserva Natural da Berlenga,X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Comunicação). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

52.	Marques, João C. S; Pardal, M. A. Impact of macroalgae blooms in the biology, production, and dynamics of three species of Crustacea (Peracarida) in the Mondego estuary (Western Portugal),X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Comunicação). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

53.	Marques, João C. S; Adão, H.; Vincx, M.. Community structure and temporal variation of meiofauna of the sediments of seagrass beds, Zostera noltii, in the Mira estuary (South West coast of Portugal),10th International Meiofauna Conference,1998 (Comunicação). Dias 27 a 31 de Julho.

54.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. CRISP (Crayfish and Rice Integrated System of Production) – Articulation of several sub-models,49th Anuual Meeting of the American Institute of Biological Sciences, ISEM Conference,1998 (Comunicação). Dias 2 a 6 de Agosto.

55.

Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Pardal, M. A; Frias, A. F; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. Applying thermodynamic orientors as indicators in environmental management: Exergy and its estimation,49th Anuual Meeting of the American Institute of Biological Sciences, ISEM Conference,1998 (Comunicação). Dias 2 a 6 de Agosto.

56.

Marques, João C. S; Cardoso, P.; Lillebø, A. I; Pardal, M. A; Flindt, M.. Importância da Macrofauna bentónica nos processos de degradação das macrófitas de sapal (Spartina maritima e Scirpus maritimus) no estuário do Mondego,3º Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Comunicação). Dias 3 a 5 de Dezembro.

57.	Marques, João C. S; Martins, I.. Modelo do crescimento de Enteromorpha spp. no estuário do Mondego,Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Comunicação). Dias 3 a 5 de Dezembro.

58.	Marques, João C. S; Adão, H.; Vincx, M.. Variação temporal e vertical da meiofauna dos sedimentos associados aos povoamentos de Zostera noltii no estuário do Miro,X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Outra). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

59.

Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. Temporal and spatial structure of the hyperbenthic community along an estuarine gradient (Western Portugal: Mondego river estuary) and its relation to environmental variables. Population dynamics and production of Mesopodopsis slabberi Van Benneden,X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Outra). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

60.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Bengala, N.. Amphipods population dynamics on brown seaweed Fucus spp. In the Mondego estuary, Portugal,X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Outra). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

61.	Marques, João C. S; Metelo, I.; Neto, J. M; Pardal, M. A. Variação anual dos Crustáceos na Reserva Natural da Berlenga,X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Outra). Dias 23 a 26 de Fevereiro.

62.	Marques, João C. S; Neto, J. M; Metelo, I.; Riccobene, R.; Pardal, M. A. Caracterização da biocenose de Poliquetas da Reserva Natural da Berlenga,3º Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

63.	Marques, João C. S; Neto, J. M; Metelo, I.; Pardal, M. A. Dinâmica anual dos Poliplacóforos na Reserva Natural da Berlenga,3º Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

64.	Marques, João C. S; Ferreira, S. M; Pardal, M. A; Lillebø, A. I. Estudos de impacto ambiental. Será um ano de amostragem suficiente? Um caso estudado (Cyathura carinata),3º Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

65.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Bengala, N.. Estrutura da comunidade macrobentónica do povoamento de Fucus spp. do estuário do rio Mondego,3º Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

66.	Marques, João C. S; Margalho, R.; Neto, J. M; Azeiteiro, U. M; Pardal, M. A. O estuário do Mondego: Uma década de estudos das comunidades macrobentónicas subtidais. Impactos das dragagens regulares na área do porto comercial,3º Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

67.	Marques, João C. S; Metelo, I.; Neto, J. M; Pardal, M. A. Caracterização das comunidades de Chthamalus sp da Reserva Natural da Berlenga,3º Encontro Nacional de Ecologia,1998 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

68.

Marques, João C. S; Pardal, M. A; Raposo, J. M; Macedo, F.; Lillebø, A. I; Seabra-Santos, F. J. Quantificação dos nutrientes ao longo de um gradiente de eutrofização no estuário do Mondego: Influência nos produtores primários,1º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Comunicação). Dias 6 e 7 de Dezembro.

69.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Mieiro, C. L; Carvalho, R.; Ávila, S.. Avaliação do risco ambiental inerente à utilização de um novo método químico no controlo de uma praga agrícola na região do Baixo Mondego,2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Comunicação). Dias 3 a 5 de Dezembro.

70.	Marques, João C. S; Martins, I.; Fontes, M. G. Growth and decay of Enteromorpha spp. in the Mondego estuary (Western Portugal),Muddy Coasts’ 97,1997 (Comunicação). Dias 1 a 5 de Setembro.

71.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. Physicochemical conditions for plankton in the Mondego river estuary (Western Portugal), a tidal system in a temperate area,2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

72.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M; Jesus, L.. Distribution and population dynamics of the Mysid Mesopodopsis slabberi Van Benneden in a temperate estuary (Western Portugal: Mondego river estuary),2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

73.	Marques, João C. S; Azeiteiro, U. M. Composition and seasonality of crepuscular Peracarid zooplankton from the Mondego river estuary (Western Portugal),2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

74.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Múrias, T.. Padrões de actividade de aves limícolas no estuário do Mondego: Variação tidal e temporal,2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

75.	Marques, João C. S; Martins, I.; Oliveira, J. M. Modelo de um produtor primário importante no estuário do Mondego: Enteromorpha spp – Diagrama conceptual e equações preliminares,2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

76.	Marques, João C. S; Jesus, L.; Azeiteiro, U. M; Fonseca, J. C. Biometrical relationships and temporal variation in biochemical composition of Mesopodopsis slabberi (Van Benneden) from the Mondego river estuary (Western Portugal),2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

77.	Marques, João C. S; Maranhão, P.. Influência da temperatura e da salinidade na duração do período de desenvolvimento embrionário de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae),2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

78.	Marques, João C. S; Frias, A. F; Anastácio, P. M; Cabral, J. A. Potenciais efeitos da aplicação de um surfactante, Genapol OXD – 080, sobre as comunidades de macroinvertebrados em campos agrícolas e valas de irrigação,2º Encontro Nacional de Ecologia,1997 (Outra). Dias 3 a 5 de Dezembro.

79.

Marques, João C. S; Cabral, J. A; Múrias, T.; Lopes, R.. Optimização alimentar como sintoma dos efeitos da eutrofização na eficiência predatória das aves limícolas no estuário do Mondego: Um estudo eco-etológico,II Congresso Nacional de Etologia, Sociedade Portuguesa de Etologia,1996 (Comunicação). Dias 12 e 13 de Fevereiro.

80.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. Analysis of the properties of exergy and biodiversity along an estuarine gradient of eutrophication,IX Simpósio Ibérico de Estudo de Benthos Marinho,1996 (Comunicação). Dias 19 a 23 de Fevereiro.

81.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Lopes, M. F. Term evolution of the subtidal macrobenthic community structure in the Mondego estuary (Western Portugal), IX Simpósio Ibérico de Estudo de Benthos Marinho,1996 (Comunicação). Dias 19 a 23 de Fevereiro.

82.	Marques, João C. S; Teles-Ferreira, C.; Silva, J. G.; Almeida, J.. Estrutura trófica dos povoamentos macrobentónicos das Zosteráceas do Estuário do rio Mira (Portugal),IX Simpósio Ibérico de Estudo de Benthos Marinho,Alcalá de Henares ,1996 (Comunicação). Dias 19 a 23 de Fevereiro.

83.	Marques, João C. S. Usage of Biodiversity and Exergy as ecological indicators of ecosystems integrity. A case study,Ecological Summit 96,1996 (Comunicação). Dias 19 a 23 de Agosto.

84.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Lillebø, A. I; Scherzberg, F. I. Biology, production and dynamics of Amphithoe ferox along an eutrophication gradient in the Mondego estuary (Western Portugal),2nd European Crustacean Conference,1996 (Comunicação). Dias 2 a 6 de Setembro.

85.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Martins, I.. Influence of eutrophication in the biology, production, and dynamics of Cyathura carinata (Krøyer) in the Mondego estuary (Western Portugal),2nd European Crustacean Conference,1996 (Comunicação). Dias 2 a 6 de Setembro.

86.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Metelo, I.; Neto, J. M. Influence of macroalgae blooms on the population dynamics of Melita palmata (Amphipoda) along an eutrophication gradient (Mondego estuary, Western Portugal),2nd European Crustacean Conference,1996 (Comunicação). Dias 2 a 6 de Setembro.

87.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. Crayfish (Procambarus clarkii) effects on initial stages of rice growth,International Association of Astacology 11th Symposium,1996 (Outra). Dias 11 a 16 de Agosto.

88.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. Organic content and physiological condition of crayfish (Procambarus clarkii) throughout the year in the Lower Mondego river valley, Portugal,International Association of Astacology 11th Symposium,1996 (Outra). Dias 11 a 16 de Agosto.

89.	Marques, João C. S; Cabral, J.; Anastácio, P. M. Organic content and physiological condition of crayfish (Procambarus clarkii) throughout the year in the Lower Mondego river valley, Portugal,International Association of Astacology 11th Symposium,1996 (Outra). Dias 11 a 16 de Agosto.

90.

Marques, João C. S; Cabral, J.; Anastácio, P. M; Carvalho, R.. A non-harmful chemical method of red swamp crayfish (Procambarus clarkii) population control and non target organisms’ problematics in the Lower Mondego river valley, Portugal,International Association of Astacology 11th Symposium,1996 (Outra). Dias 11 a 16 de Agosto.

91.

Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Madeira, V. M. C. Oxygen uptake inhibition in Procambarus clarkii, Louisiana crayfish by biodegradable surfactants: An ecotechnological approach for population control in rice fields,International Association of Astacology 11th Symposium,1996 (Outra). Dias 11 a 16 de Agosto.

92.	Marques, João C. S; Frias, A. F; Anastácio, P. M. Ecological aspects of egg resorption in red swamp crayfish (Procambarus clarkii),International Association of Astacology 11th Symposium,1996 (Outra). Dias 11 a 16 de Agosto.

93.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Bengala, N.. Biology, population dynamics and production of Echinogammarus marinus Leach (Amphipoda) in the intertidal rocky area of the Mondego estuary (Portugal): Impact of water circulation,2nd European Crustacean Conference,1996 (Outra). Dias 2 a 6 de Setembro.

94.	Marques, João C. S; Maranhão, P.. Modelo da dinâmica populacional de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) no estuário do Mondego: Diagrama conceptual,1º Encontro Nacional de Ecologia,1996 (Outra). Dias 6 e 7 de Dezembro.

95.	Marques, João C. S; Martins, I.. Modelo trófico do estuário do Mondego: Diagrama conceptual,1º Encontro Nacional de Ecologia,1996 (Outra). Dias 6 e 7 de Dezembro.

96.

Marques, João C. S; Martins, I.; Metelo, I.; Neto, J.. Eutrophication processes in the Mondego estuary: Growth of Enteromorpha spp. with and without grazing effects,4th International Conference on Aquatic Ecosystem Health: Integrated / Multitrophic Strategies - Microbes to Fish,1995 (Comunicação). Dias 14 a 18 de Maio.

97.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. Spatial and temporal variation of exergy along an estuarine gradient of eutrophication,The 9th International Conference on State of the Art of Ecological Modelling (ISEM’95),1995 (Comunicação). Dias 11 a 15 de Agosto.

98.	Marques, João C. S; Lopes, R. J; Cabral, J. A; Múrias, T.. Contribuição para o conhecimento da dieta de Calidris alpina e Pluvialis squatarola no estuário do Mondego,Simpósio Sobre Ecologia Alimentar de Aves,Lisboa,1995 (Comunicação). Dias 8 a 10 de Dezembro.

99.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. Evaluation of profitability on a rice-crayfish double cropping system in Portugal,The 9th International Conference on The State of the Art of Ecological Modelling (ISEM’95),1995 (Outra). Dias 11 a 15 de Agosto.

100.	Marques, João C. S; Cabral, J.; Múrias, T.; Lopes, R.. Impacto da eutrofização ao nível do topo da cadeia trófica estuarina: Um estudo no estuário do Mondego,Congresso Nacional de Conservação da Natureza,1995 (Outra). Dias 15 a 17 de Novembro.

101.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Pardal, M. A. Influence of dredging and water circulation on the subtidal macrobenthic community structure in the Mondego estuary (Western Portugal),Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime,1994 (Comunicação). Dias 11 a 13 de Julho.

102.	Marques, João C. S; Múrias, T.; Cabral, J.. Some effects of intertidal macroalgae blooms on the feeding of wading birds in the Mondego estuary (Western Portugal),Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime,1994 (Comunicação). Dias 11 a 13 de Julho.

103.

Marques, João C. S; Martins, I.; Jørgensen, S.; Nielsen, S. N. Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda), Enteromorpha sp. (Ulvales: Chlorophyta) and organic matter: Top-bottom or bottom-top control?. The answer by an ecological model,Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime,1994 (Comunicação). Dias 11 a 13 de Julho.

104.	Marques, João C. S; Múrias, T.; Cabral, J. A. Some effects of intertidal macroalgae blooms on the feeding of wading birds in the Mondego estuary (Western Portugal),CSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas,1994 (Comunicação). Dias 5 a 9 de Setembro.

105.

Marques, João C. S; Lopes, M. F. R; Pardal, M. A; Cavaleiro, M. L; Macedo, M. F; Baptista, A. I; P, P. A; Duarte, D. N. The influence of physicochemical environmental factors on the macrobenthic fauna in the Mondego estuary (Portugal),ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas,1994 (Comunicação). Dias 5 a 9 de Setembro.

106.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. Sex-ratio of Procambarus clarkii. A comparison with data obtained in central Portugal,International Association of Astacology 10th Symposium,1994 (Outra). Dias 9 a 15 de Abril .

107.	Marques, João C. S; Baptista, P. A. P; Anastácio, P. M. Population structure of adult Procambarus clarkii throughout the main reproductive period in Central Portugal,International Association of Astacology 10th Symposium,1994 (Outra). Dias 9 a 15 de Abril .

108.	Marques, João C. S; Fernandes, M. A. S; Mendonça, I.; Madeira, V. M. C. Procambarus clarkii: Energy and nutrient transfer capacities in the Lower Mondego River Valley (Portugal),International Association of Astacology 10th Symposium,1994 (Outra). Dias 9 a 15 de Abril .

109.	Marques, João C. S; Frias, A. F; Anastácio, P. M. S; Baptista, P. A. P. Female crayfish (Procambarus clarkii) fecundity in Central Portugal, International Association of Astacology 10th Symposium,1994 (Outra). Dias 9 a 15 de Abril .

110.	Marques, João C. S; Cabral, J. A; Múrias, T.; Lopes, R.. Macroalgae blooms and macrohabitat selection by waders: A study in the Mondego estuary (Western Portugal),XXI International Ornithological Congress Hofburg,1994 (Outra). Dias 20 a 25 de Agosto .

111.	Marques, João C. S; Frias, A. F; Anastácio, P. M; Baptista, P. A. P. Fertility of crayfish (Procambarus clarkii) females over the year in the Lower Mondego river valley, central Portugal,INTECOL, VI International Congress of Ecology,1994 (Outra). Dias 21 a 26 de Agosto.

112.	Marques, João C. S; Baptista, P. A. P; Anastácio, P. M. Adult crayfish (Procambarus clarkii) population structure in the Lower Mondego river valley, central Portugal,INTECOL, VI International Congress of Ecology,1994 (Outra). Dias 21 a 26 de Agosto.

113.	Marques, João C. S; Múrias, T.; Cabral, J. A; Lopes, R.. Significance of the salinas as low-water feeding habitats for waders in the Mondego estuary (Western Portugal), as compared to mud flats,XXI International Ornithological Congress Hofburg,1994 (Outra). Dias 20 a 25 de Agosto.

114.	Marques, João C. S; Lillebø, A. I; Pardal, M. A. Biology and production of Hydrobia ulvae (Pennant) in the Mondego estuary (Portugal): Preliminary results,ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas,1994 (Outra). Dias 5 a 9 de Setembro.

115.

Marques, João C. S; Martins, I.; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda), Enteromorpha sp. (Ulvales: Clorophyta) and organic matter: Top-bottom or bottom-top control? The answer by an ecological model,ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas,1994 (Outra). Dias 5 a 9 de Setembro.

116.

Marques, João C. S; Pardal, M. A; Macedo, M. F; Valente, A. M; Lopes-Almeida, J. P; Seabra-Santos, F. J. Nutrient loading estimates in the south arm of the Mondego estuary (Portugal),Relations with eutrophication. ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas,1994 (Outra). Dias 5 a 9 de Setembro.

117.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Fontes, M. G. Life history, dynamics and production of Amage adspersa (Grube) (Polychaeta) in the Mondego estuary (Portugal), 1994,ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas,1994 (Outra). Dias 5 a 9 de Setembro.

118.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M; Nielsen, S. N; Jørgensen, S. E. Rice and crayfish production in the Lower Mondego river valley (Portugal): A management model for farmers,International Congress on Modelling and Simulation,1993 (Comunicação). Dias 6 a 10 de Dezembro.

119.	Marques, João C. S; Nielsen, S. N; Bendoricchio, G.; Jørgensen, S. E. The MUST Project. MAST days and EUROMAR market, Commission of the European Communities,DG XII, MAST programme,1993 (Comunicação). Dias 15 a 17 de Março.

120.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Madeira, V. C. Influence of temperature on the accumulation of essential (Zn) and non-essential (Cd) trace metals by red swamp crayfish Procambarus clarkii (Girard).,International Senckenberg - Symposium on Crustacea Decapoda,1993 (Outra). Dias 18 a 22 de Outubro.

121.	Marques, João C. S; Anastácio, P. M. Population structure and recruitment of the red swamp crayfish (Procambarus clarkii) in wetlands from Central Portugal,International Senckenberg - Symposium on Crustacea Decapoda,1993 (Outra). Dias 18 a 22 de Outubro.

122.	Marques, João C. S; Fonseca, J. C; Madeira, V. M. C. Controle da hematose no lagostim vermelho por tensioactivos: Controlo populacional,9º Congresso Nacional de Bioquímica - Sociedade Portuguesa de Bioquímica,1993 (Outra). Dias 5 a 8 de Dezembro.

123.	Marques, João C. S; Pardal, M. A; Bellan, G.. Ecological distribution and seasonal variation of subtidal polychaetes populations in the Mondego estuary (Portugal),4TH International Polychaete Conference,1992 (Comunicação). Dias 27 de Julho a 1 de Agosto.

124.	Marques, João C. S; Cruz, S.; Martins, I.; Teles-Ferreira, C.. Life history, dynamics and production of Cyathura carinata (Krøyer) (Isopoda) in the Mondego estuary (Portugal),6TH European Ecological Congress,1992 (Comunicação). Dias 7 a 12 de Setembro.

125.	Marques, João C. S; Silveira, S.; Nogueira, A.; Ribeiro, R.; Gonçalves, F.; Soares, A. M. V. M. Crescimento e reprodução de Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea: Mysidacea) no estuário do Mondego,2º Encontro de Planctonologistas Portugueses,1992 (Comunicação). Dias 2 a 4 de Dezembro.

126.	Marques, João C. S; Adão, H.; Anastácio, P.. Lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), espécie exótica em Portugal: Bioecologia, impacto e controlo,3ª Conferência Nacional sobre a Qualidade do Ambiente,1992 (Outra). Dias 5 a 7 de Fevereiro.

127.	Marques, João C. S; Maranhão, P.; Pardal, M. A. Structure and seasonal variation of the macrofaunal subtidal communities in an estuary under severe human impact: The Mondego estuary (Portugal),6TH European Ecological Congress,1992 (Outra). Dias 7 a 12 de Setembro.

128.	Marques, João C. S; Bellan-Santini, D.. Crustáceos Anfípodes (Gammaridea e Caprellidea) da plataforma continental do sudoeste de Portugal,Simpósio “A Plataforma Continental Portuguesa, evolução e processos condicionantes”,1991 (Comunicação). Dias 22 a 24 de Maio.

129.	Marques, João C. S; Adão, H.; Anastácio, P. M. Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Crustacea, Decapoda), espécie exótica em Portugal: Situação actual e perspectivas,4º Congresso Sobre o Alentejo,1991 (Comunicação). Dias 30 de Maio a 1 de Junho.

130.	Marques, João C. S; Nogueira, A.. Life cycle, population dynamics, and production of Echinogammarus marinus (Leach) (Amphipoda) in the Mondego estuary (Portugal),Epicontinental Seas Environment Colloquium,1990 (Outra). Dias 20 a 22 de Março.

131.	Marques, João C. S; Seabra-Santos, F.; Reis, R. B. P.; Soares, A. M. V. M; Nogueira, A.; Almeida, J. P. L.; Gonçalves, F.; Ribeiro, R.; Duarte, D. N; Pardal, M. A. Estuário do Mondego: Uma abordagem interdisciplinar,Encontro Nacional de Estuários,1990 (Outra). Dias 26 e 27 de Março.

132.	Marques, João C. S. Crustáceos Anfípodes da Costa Portuguesa: Considerações Biogeográficas,Colóquio sobre a Conservação dos Recursos Vivos Marinhos,1989 (Comunicação). Dias 25 a 27 de Setembro.

133.	Marques, João C. S; Guilhermino, L.. Moluscos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies,Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas e Recursos Zoológicos,1988 (Comunicação). Dias 23 a 25 de Março.

134.

Marques, João C. S; Nogueira, A.; Rodrigues, L. B. Crustáceos Peracarídeos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies,. Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas e Recursos Zoológicos,1988 (Comunicação). Dias 23 a 25 de Março.

135.	Marques, João C. S; Gonçalves, F.; Ribeiro, R.. Estuário do Mondego (zona intertidal): Análise quantitativa da repartição espacial dos poliquetas. Inverno e Verão.,Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas e Recursos Zoológicos,1988 (Outra). Dias 23 a 25 de Março.

136.	Marques, João C. S; André, J.; Girão, R.; Gonçalves, F.; Guilhermino, L.; Mortágua, A.. Estudo bionómico dos povoamentos bentónicos do estuário do Mondego (Portugal). Resultados preliminares,4º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho,1984 (Comunicação). Dias 9 a 11 de Abril.

137.	Marques, João C. S; Reis, C. S; Marques, V. M; Calvário, J.; Melo, R.; Santos, R.. Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato móvel) da costa ocidental portuguesa,2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho,1982 (Comunicação). Dias: 19 a 23 de Março.

138.	Marques, João C. S; Marques, V. M; Reis, C. S; Calvário, J.; Melo, R.; Santos, R.. Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato rochoso) da costa ocidental portuguesa. Zona intertidal,2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho,1982 (Comunicação). Dias: 19 a 23 de Março.

139.	Marques, João C. S; Costa, I.. Crustáceos Decápodes do Estuário do Tejo: Biologia das populações de Carcinus maenas, Crangon crangon, Palaemon longirostris e Palaemon serratus,Workshop on estuarine processes: An application to the Tagus estuary,1982 (Outra). Dias 13 a 16 de Dezembro.

Curso de curta duração lecionado Taught short course

1.

Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Patrício, J.; Martins, I.; Teixeira, H.; Pinto, R.. Environmental Quality Assessment, 2013 (Especialização), promovido por No âmbito da Pós Graduação (Mestrado e Doutoramento) da Universidade de Coimbra. Duração: 12 dias., Tipo de participação: Docente.

2.	Marques, João C. S. Ecologia de Estuários , 2013 (Especialização), promovido por Universidade Estadual de Paraíba. Duração: 12 dias., Tipo de participação: Docente. 2 edições – 6 a 17 de fevereiro de 2012; 11 a 22 de março de 2013, oferecidos no âmbito da Pós-Graduação da UEPB.

3.

Marques, João C. S. Estuarine Ecology , 2013 (Especialização), promovido por Universidade Federal de Belo Horizonte . Duração: 5 dias., Tipo de participação: Docente. 1 edição – 4 a 8 de março de 2013, oferecido no âmbito da Pós-Graduação da UFMG, em articulação com o curso oferecido na UEPB. Práticas comuns aos dois cursos oferecidas na segunda semana de curso na UEPB.

4.	Marques, João C. S; Patten, B. C; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Fath, Brian. Environmental management and modelling , 2006 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

5.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling , 2005 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

6.	Marques, João C. S. Course on Ecosystem Theory , 2005 (Especialização), promovido por Na Danish Pharmaceutical University (DFU). Duração: 5 dias., Tipo de participação: Docente.

7.	Marques, João C. S. Curso Intensivo de Hidrobiologia , 2005 (Especialização), promovido por Instituto Superior de Educação (ISE) . Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

8.	Marques, João C. S; Patten, B.C.; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Fath, Brian. Environmental management and modelling , 2004 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

9.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling , 2003 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias..

10.	Marques, João C. S; Patten, B. C; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Fath, Brian. Environmental management and modelling , 2002 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 13 dias., Tipo de participação: Docente.

11.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Freire, Fausto. Principles of pollution abatement , 2002 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

12.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Freire, Fausto. Principles of pollution abatement , 2001 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

13.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling , 2000 (Especialização), promovido por Universidade de coimbra. Duração: 11 dias..

14.	Marques, João C. S; Patten, B.C.; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Fath, Brian. Environmental management and modelling , 1999 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

15.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling , 1998 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

16.	Marques, João C. S; Patten, B.C.; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N; Fath, Brian. Environmental management and modelling , 1997 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

17.	Marques, João C. S. Contaminación marina , 1997 (Especialização). Duração: 5 dias., Tipo de participação: Docente. 9 edições - Colabora anualmente, desde 1997, neste curso intensivo de Verão, com duração de 5 dias.

18.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling , 1996 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

19.	Marques, João C. S; Patten, B.C.; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecosystem theory and modelling , 1995 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

20.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling , 1994 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 12 dias., Tipo de participação: Docente.

21.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling , 1993 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 11 dias., Tipo de participação: Docente.

22.	Marques, João C. S; Jørgensen, S. E; Nielsen, S. N. Ecological Modelling, 1992 (Especialização), promovido por Universidade de Coimbra. Duração: 12 dias., Tipo de participação: Docente.

23.	Marques, João C. S; Beveridge, M.; Muir, J. F; Soares, A. M. V. M. Environmental issues and aquaculture development, 1991 (Especialização). 1 edição - 17 a 24 de Julho.

24.	Marques, João C. S; Davoult, D.; Andrade, F.. Sampling strategies and methods of numerical analysis in aquatic ecology , 1990 (Especialização). 1 edição - 3 a 14 de Dezembro.

Desenvolvimento de material didáctico ou pedagógico Didactic and pedagogic material development

1.	Marques, João C. S. Hidrobiologia,1997.

Organização de evento Event organization

1.	Marques, João C. S. Simpósio ECSA 47 - Integrative tools and methods in assessing ecological quality in estuarine and coastal systems worldwide,2010 (Simpósio / Organização). De 14 a 19 de Setembro .

2.	Marques, João C. S; Borja, Angel. Simpósio 16: Integrative tools and methods in assessing ecological integrity in estuarine and coastal systems,2007 (Simpósio / Organização). De 22 a 27 de Maio.

3.	Marques, João C. S. ECSA 2001 – Estuários e zona costeira do norte de Portugal: Ponto da situação,2001 (Simpósio / Organização). De 15 a 17 de Julho .

4.	Marques, João C. S. Fronteiras da Ciência,1998 (Conferência / Organização). De 15 a 17 de Junho.

5.	Marques, João C. S. X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho,1998 (Simpósio / Organização). De 23 a 26 de Fevereiro.

Orientações Orientations

Outros Trabalhos Other production

Participação no júri de Graus Académicos Academic Degrees jury participation

Participação em outros júris Other jury participation

Participação em Comissões de Avaliação Evaluation comissions participation

Participação em eventos Event participation

Participação editorial em revistas Magazine editorial participation

Orientações Orientations

Tese de Doutoramento Phd Thesis

Concluídas Completed

1.

HelenaVeríssimo, Long term ecological response of subtidal macrobenthic communities to natural and human induced changes in a temperate ne atlantic estuary. Implications for management and restoration, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador). Co-orientação com Brian Fath, Universidade de Towson, USA.

2.	Rute Pinto , Assessment of ecosystem’s servives and goods in the Mondego river estuary and catchment area, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador). Co-orientação com Tiago Domingos, IST.

3.	Tiago Gonçalo Martins Verdelhos , “Impact assessment of multiple stressors on the Mondego estuary: A multidimensional approach on the Bilvalve Scrobicularia plana” , 2010. (Co-orientador).

4.	Heliana Lilita Gonçalves Teixeira , “Benthic macroinvertebrates as ecological indicators for estuarine and coastal ecosystems. Assessment and intercalibration”, 2010. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

5.	Sílvia Correia Gonçalves , “Macrofaunal key Crustaceans in Atlantic and Mediterranean exposed sandy beaches. Does knowledge on key species bio-ecology have a role in assessing global changes?”. , 2007. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

6.	Joana Mateus Patrício, “How well do ecological indicators assess environmental status?”, 2005. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

7.	Maria Helena Soares Martins Adão , “Dynamics of Meiofauna in the Zostera noltii community in the Mira estuary (South-Western Coast of Portugal)”, 2004. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

8.	Sandra Paula Mendes da Cruz , Ecologia dos Peracarídeos (Crustácea) bentónicos da zona entre marés da Ria Formosa, 2004. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

9.	João Castro , Predação humana no litoral rochoso Alentejano: Caracterização, impacte ecológico e conservação, 2004. Tese (Ecologia) - Universidade de Évora (Co-orientador).

10.	Paulo Jorge de Sousa Maranhão, Resposta ecofisiológica de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) a variações ambientais. Desenvolvimento de um modelo ecológico de dinâmica populacional, 2002. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

11.	Ana Isabel Lilleb Batista , “The effect of salt marshes plants on the nutrient dynamics in the Mondego estuary (Portugal)”, 2001. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

12.	Irene Isabel da Cruz Martins , “Green macroalgae and seagrasses in a shallow eutrophic estuary (the Mondego estuary, Portugal): Dynamics, controlling factors and possible evolutionary scenarios”, 2000. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

13.	Miguel Ângelo do Carmo Pardal , Impacto da eutrofização nas comunidades bentónicas do Braço Sul do estuário do Mondego (Portugal), 1999. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

14.	Ulisses Manuel de Miranda Azeiteiro , Ecologia pelágica do Braço Sul do estuário do rio Mondego, 1999. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

15.	João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral , “Quantitative assessment of the environmental impact of an ecotechnological alternative to control crayfish in rice fields”, 1999. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

16.	Tiago Ferrand Múrias dos Santos , “Effect of habitat loss on waders (Aves, Charadrii) in the Mondego estuary (Portugal)”, 1998. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

17.	Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio , “Ecological engineering of crayfish and rice production: Data and sub-models for CRISP (Crayfish and Rice Integrated System of Production”, 1998. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

Em curso Ongoing

1.

Vasco Manuel Jorge Soares Mantas , Remote sensing of oceanic and coastal fronts off central Portugal (2000 – 2010). An integrated environmental perspective, 2013. Tese (Ciências do Ambiente) - Universidade de Coimbra (Co-orientador). Co-orientação com Alcides Pereira, Departamento de Ciências da Terra, Universidade de Coimbra – Conclusão em 2017.

2.

Pieter Robert Adriaan van der Linden , A biological trait approach to assess ecosystem functioning of soft bottom communities in coastal and transitional ecosystems, 2013. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador). Co-orientação com Joana Mateus Patrício, IMAR – CMA, Universidade de Coimbra e Angel Borja, AZTI Tecnalia, Espanha – Conclusão em 2017.

3.	Ana Margarida Ferreira, ************, 2013. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador). Co-orientação com Sónia Seixas, Universidade Aberta – Conclusão em 2017.

4.	Márcia Luísa Bessa da Silva , “Novo índice de Integração de Risco para determinação holística do impacto ecológico de contaminantes”, 2012. (Co-orientador).

5.	Ana Sofia Rosa Santos Alves , “Use of benthic meiofauna in evaluating marine ecosystems’ health: How useful can free-living marine nematodes be for Ecological Quality Status (EQS) assessment in transitional waters?” , 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

6.	Thiago Drumond Teixeira Correia Couto , “Carbon balance and flows in young vs. mature salt marshes under different temperature and light scenarios”, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

7.	Ana Filipa da Silva Bessa , “Ecological status and functioning evaluation of sandy beach ecosystems: A macrobenthic communities approach. (ESSAY)", 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

8.	Filipe Rafael dos Santos Ceia , “Trophic relationships between coastal seabirds and the marine environment”, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

9.	Alan Tainá de Souza , “Effects of climate change on the population dynamics and productivity of key-species from European estuarine ecosystems”, 2012. Tese (Ciências do Mar) - Universidade do Porto (Co-orientador).

10.	Zara Fani Gonçalves Teixeira, “Relilience-based Management scenarios: the HUPRESS BOX applied to estuarine social-ecological systems (IMPRESS”, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

11.	Pedro de Almeida Lança Bica Vinagre , “Ecological quality status assessment of rocky shore macrobenthic communities along a latitudinal gradient: Development of tools for implementing the European Water Framework Directive”, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

Dissertação de Mestrado Master degree dissertation

Concluídas Completed

1.	José David Costa Cunha , Efeitos da nutrição de praias na comunidade macrofaunal de uma praia arenosa da costa ocidental Portuguesa, 2012. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

2.	Antónia Juliana Pais Costa , “The rocky shore macrozoobenthic communities of Buarcos Bay”, 2011. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

3.	Pieter van der Linden , “The functional composition of the benthic invertebrate community of the Mondego estuary: insights within the functioning of this ecosystem”, 2011. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

4.	Nuno Januário Figueiredo Leite , “Population dynamics and productivity of Echinogammarus marinus (Leach) in the Mondego estuary throughout three decades”, 2011. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

5.	Ana Vanessa Pinto Modesto , “Spatial and temporal variation of Corbicula flumínea (Müller, 1774) in the Mondego estuary", 2011. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

6.	Augusta da Conceição de Jesus Duarte , Variação temporal da comunidade macrobentónica subtidal do sector polihalino do braço Sul do do estuário do Mondego. Contributo para a avaliação do estado ecológico, 2010. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

7.	João Nuno dos Reis Franco , “Population dynamics of Corbicula flumínea (Muller, 1774) in the mesohaline and oligohaline areas of the Mondego estuary: spatial intrusion and ecological response", 2010. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

8.	Ana Eduarda Saraiva Pereira Campos , “Influence of hydrodynamics and sediment grain sise in environmental quality of estuarine polyhaline sector”, 2010. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

9.	Dimitri Vilhena Barroso , “Spatial and temporal variability of benthic producers and consumers ¿ 13 C and ¿15 N signatures in the Mondego estuary food web", 2010. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

10.	Ana Margarida da Graça Carriço , “Spatial and temporal heterogeneity of macrofauna assemblages in the polyhaline sector of a mesotidal estuary”, 2010. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

11.

Alexandra Maria Martins Guerra , Modelos de dinâmica populacional de Echinogammarus marinus do estuário do Mondego: Calibrações para 3 populações diferentes e análise de cenários referentes a alterações climáticas e flutuações de sex-ration, 2010. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

12.	Luísa da Costa Marques , “Do macrofauna assemblages reflect Zostera noltii meadows temporal dynamics associated with natural and anthropogenic disturbances?”, 2010. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

13.	Thiago Couto, Avaliação do Estado de Qualidade Ecológica em ecossistemas estuarinos: Qual a influência da malha dos crivos utilizados na amostragem de macroinvertebrados bentónicos ?, 2009. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

14.	Pedro de Almeida Bica Lança Vinagre, “The Mondego estuary mesohaline and oligohaline macrozoobenthic communities. A contribution for their Ecological Quality Status Assessment”, 2009. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

15.	Helena Leite Veríssimo de Carvalho, “A tentative harmonisation of the OSPAR Convention and the European Water Framework Directive ecological criteria for transitional waters quality assessment. Mondego estuary case study”, 2007. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

16.	Rute Pinto, “Application of multimetric índices and their performance in assessing ecological condition. The Mondego estuary case study”, 2007. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

17.	Francisco Miguel de Sousa Leitão, Estudo comparativo da mortalidade induzida pela faca de mariscar e draga de mão na comunidade macrobentónica associada aos bancos de pesca de berbigão (Cerastoderma edule, L. 1758), 2004. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

18.	Rita de Sousa Braga e Sá, Ecologia do regime alimentar e interacções tróficas das principais espécies de peixes do baixo estuário do rio Guadiana e do sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António, 2004. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

19.	Maria de Jesus Dias Vicente , Aplicação da CUFES (Continuous Underway Fish Egg Sampler) na avaliação de ovos e lervas de Sardina pilchardus (Walbaum, 1792) e outros pelágicos, 2002. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

20.	Sílvia Correia Gonçalves, Biologia, dinâmica populacional e produção de Talitrus saltator (Crustacea: Amphipoda) numa praia arenosa da costa ocidental Portuguesa, 2002. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

21.	Pedro Afonso, Padrões espaciais na estrutura da comunidade de Peixes costeiros dos Açores, 2002. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

22.	Joana Mateus Patrício, Aplicação da Ascendência como indicador ecológico. Um caso estudado, 2002. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

23.	Telmo Alexandre Fernandes Morato Gomes , Ecologia alimentar e relações tróficas de nove espécies de peixes demersais dos Açores, 2001. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

24.	João Miguel Magalhães Neto , Variação espacial e temporal dos moluscos do substrato rochoso da ilha da Berlenga, 2000. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

25.	Pedro Agostinho da Silva Baila Madeira Antunes , Sistema Integrado de Ecotecnologia – Complexo – Industrial. Tratamento e reutilização das águas residuais, 2000. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

26.	Teresa Alexandra Sousa Pina , Aspectos da reprodução de savelha, Alosa fallax fallax (Lacépède, 1803) nos rios Mira e Guadiana, 2000. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

27.	Jaime Miguel Costa Aníbal , Impacte da macroepifauna sobre as macroalgas Ulvales (Chlorophyta) na Ria Formosa, 1999. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

28.	Júlio César Coutinho Fonseca , Utilização de conteúdos nucleares de ADN na estimativa de Exergia a partir da biomassa de organismos, 1999. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

29.	Eduardo Bruno Oliveira Esteves, Factores que influenciam a abundância e a condição nutricional das larvas de peixes nos rios Mira e Guadiana, 1999. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

30.	Ricardo Jorge da Silva Pereira Lopes , Impacto das aves limícolas sobre os macroinvertebrados nas áreas intertidais do estuário do Mondego (Portugal), 1999. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

31.	Ana Isabel Lilleb Baptista, Estrutura populacional, dinâmica e produção de Hydrobia ulvae (Pennant) (Mollusca: Prosobranchia) ao longo de um gradiente de eutrofização no estuário do Mondego (Portugal), 1997. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

32.	Maria Antónia Pacheco Ilhéu, Lagostim vermelho dos pântanos (Procambarus clarkii, Girard): Ecologia e impacto trófico, 1996. Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

33.	Carla Maria Teles Ferreira , Estrutura trófica da comunidade macrobentónica dos povoamentos de Zostera noltii Hornem. e Zostera marina L. do estuário do rio Mira (Portugal), 1995. Dissertação (Ecologia Animal) - Universidade de Coimbra (Orientador).

34.	Irene Isabel da Cruz Martins , Modelling the effects of green macroalgae blooms on the population dynamics of Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda) in the Mondego estuary (Portugal), 1995. Dissertação (Ecologia Animal) - Universidade de Coimbra (Co-orientador).

35.	João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral , Impacto da eutrofização da distribuição e eficiência alimentar das aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Estudo preliminar, 1995. Dissertação (Ecologia Animal) - Universidade de Coimbra (Orientador).

36.	Maria de Fátima Rosa Lopes , Influência de alguns factores abióticos na estrutura das comunidades bentónicas subtidais no estuário do Mondego (Portugal), 1995. Dissertação (Ecologia Animal) - Universidade de Coimbra (Orientador).

37.	Isabel Maria Ramos de Mendonça , Variação sazonal da composição bioquímica e conteúdo energético do lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), na região do Baixo Mondego (Portugal), 1995. Dissertação (Ecologia Animal) - Universidade de Coimbra (Orientador).

38.	Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio, Ciclo biológico e produção do lagostim vermelho da Louisiana (Procambarus clarkii, Girard) na região do Baixo Mondego, 1993. Dissertação (Ecologia Animal) - Universidade de Coimbra (Orientador).

39.

Tiago Ferrand de Almeida Múrias dos Santos, Variação temporal nos padrões de ocorrência e tácticas de alimentação de aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Sua relação com as alterações na disponibilidade de presas, 1993. Dissertação (Ecologia Animal) - Universidade de Coimbra (Orientador).

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização Specialization course conclusion monograph

Concluídas Completed

1.

Fuensanta Salas Herrero, Definição de condições de referência para diferentes tipos de águas de transição e costeiras de Portugal: Utilização das comunidades bentónicas de dez sistemas estuarinos da costa Portuguesa no processo de delimitação geral dos sistemas costeiros Portugueses, 2004. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento da Doutora Fuensanta Salas Herrero, da Universidade de Murcia, Espanha, de 1 de Outubro de 2002 a 30 de Dezembro de 2004. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra. Plano de trabalho: Definição de condições de referência para diferentes tipos de águas de transição e costeiras de Portugal: Utilização das comunidades bentónicas de dez sistemas estuarinos da costa Portuguesa no processo de delimitação geral dos sistemas costeiros Portugueses. Abordagem da informação relativa aos organismos bentónicos como parte dos dados requeridos para a divisão dos sistemas costeiros em tipos (sensu Directiva Quadro da Água -Directiva 2000/60/CE) e para o estabelecimento de condições de referência, com base nos critérios da DQA e na sua interpretação. Inclusão das comunidades bentónicas num conjunto de mapas de tipologia para os principais sistemas estuarinos Portugueses. .

2.

Ana Isabel Lilleb Batista, Estudo dos perfis de azoto (amónia e nitrato) e de fósforo (fostato) em sedimentos arenoso e lodoso no estuário do Mondego, 2002. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento da Doutora Ana Isabel Lillebø Batista, de 1 de Maio de 2001 a 30 de Abril de 2002. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra. .

3.

Irene Isabel da Cruz Martins, Desenvolvimento de um modelo numérico da produtividade de macroalgas estuarinas sob os efeitos da descarga excessiva de nutrientes, maioritariamente provenientes de fontes antropogénicas. Preparação de um instrumento com uma razoável capacidade de previsão da produtividade de macroalgas à escala do sistema, partindo do conhecimento efectivo dos factores e processos que condicionam o desenvolviment, 2001. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento da Doutora Irene Isabel da Cruz Martins, de 1 de Dezembro de 2000 a 31 de Dezembro de 2001. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

4.

Tiago Ferrand Múrias dos Santos, Avaliação da qualidade das salinas como áreas importantes para a conservação das aves limícolas (ordem Charadrii): Estudo piloto com o Pilrito-de-Peito-Preto Calidris alpina. , 2001. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento (PRAXIS XXI – BPD/16382/98) do Doutor Tiago Ferrand Múrias dos Santos, de 1 de Outubro de 1999 a 30 de Setembro de 2001. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

5.

M gens René Flindt, Wetland Ecology and Technology (FMRX-CT96-0051), 1998. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Ecologia) - University of Odense, Bolseiro(a) de University of Odense (Orientador). Plano de trabalho: Estudo de processos de interface sedimento/água na zona intertidal do estuário do Mondego (Portugal), com vista ao esclarecimento de algumas questões essenciais no tocante à dinâmica de nutrientes no estuário. Estudo da remineralização do fósforo a partir da matéria orgânica no sedimento em função da formação de ambientes redutores em poças de água na maré vazia. Análise da influência do coberto vegetal neste processo através do estudo comparativo de situações com e sem presença de sapais de Zostera noltii, Spartina maritima e Scirpus maritimus. .

Em curso Ongoing

1.	Rute Isabel da Costa Pinto, Functions and servisses of estuaries related to ecosystems’ stability: A comparative case study in the Mondego and Mira estuaries, Portugal, 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Biologia) - Universidade de Coimbra (Orientador).

2.

Ana Marta Gonçalves, Estudo da influência das pressões naturais e antropogénicas na qualidade dos recursos alimentares em cadeias tróficas estuarinas, 2012. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Ana Marta Gonçalves, a partir de 1 de Abril de 2012, por um período de 3 anos extensível. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

3.

Monica Martinez Haro, Análise custo/benefício da inclusão complementar de linhas de evidência ecotoxicológicas na classificação de estado ecológico de ambientes estuarinos no âmbito da Directiva Quadro da Água Europeia, 2011. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Monica Martinez Haro, a partir de 1 de Abril de 2011, por um período de 3 anos extensível. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

4.

Paula Chaínho, Padrões biogeográficos em comunidades de macroinvertebrados estuarinos: Influência de diferentes escalas espaciais na avaliação do estado ecológico, 2008. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Paula Chaínho, a partir de 1 de Janeiro de 2008, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no Instituto de Oceanografia, Faculdade de Ciências de Lisboa e no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

5.

João Neto, Aplicação da abordagem DPSIR ao estuário do Mondego eelaboração de recomendações para a gestão sustentável do sistema, 2008. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) do Doutor João Neto, a partir de 1 de Janeiro de 2008, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

6.	Joana Mateus Patrício, Estudo da relevância em avaliação de qualidade ambiental de alterações induzidas por eventos climáticos extremos, 2007. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Ecologia) - Universidade de Coimbra, Bolseiro(a) de Universidade de Coimbra (Orientador).

7.

Joana Mateus Patrício, Estudo da relevância em avaliação de qualidade ambiental de alterações induzidas por eventos climáticos extremos, 2007. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Joana Mateus Patrício, a partir de 1 de Janeiro de 2007, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra e no Instituto de Oceanografia, Faculdade de Ciências de Lisboa.

Trabalho de conclusão de curso de Bacharelato/Licenciatura Bachelor/Licenciate degree conclusion work

Em curso Ongoing

1.

Alexandra Sofia Baptista Vicente Baeta, Impacto de invasões e mudança climática sobre o funcionamento de ecossistemas costeiros, 2011. (Orientador). Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Alexandra Sofia Baptista Vicente Baeta, a partir de 1 de Abril de 2011, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Orientação de outra natureza Other orientation

Concluídas Completed

1.	João José Roma de Paços Pereira de Castro, Impacte da exploração comercial na estrutura, dinâmica e produção da população de Marphysa sanguinea (Annelida: Polychaeta) no estuário do Sado, 1993. Universidade de Évora (Orientador).

2.	António José Arsénio Nogueira, ANAMOD - Extracção dos componentes modais de distribuições de frequências de variáveis biométricas, 1992. Universidade de Coimbra (Orientador).

3.	Maria Helena Soares Martins Adão, Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Decapoda, Cambaridae) espécie exótica em Portugal: Considerações sobre a bioecologia e aspectos da sua biologia populacional na barragem de Monte Novo (Alentejo, Portugal), 1991. Universidade de Évora (Orientador).

Outros Trabalhos Other production

1.	Marques, João C. S. Participação nas missões SEPLAT 10, 1986. Esta missão, de duração variável entre duas semanas a um mês, destinaram-se à prospecção da plataforma continental portuguesa (até ao limite de 500 m de profundidade), tendo em vista a cartografia dos sedimentos.

2.	Marques, João C. S. Participação nas missões SEPLAT 9 , 1985. Esta missão, de duração variável entre duas semanas a um mês, destinaram-se à prospecção da plataforma continental portuguesa (até ao limite de 500 m de profundidade), tendo em vista a cartografia dos sedimentos.

3.	Marques, João C. S. Participação nas missões SEPLAT 4, 1980. Esta missão destinou-se à prospecção da plataforma continental portuguesa (até ao limite de 500 m de profundidade), tendo em vista a cartografia dos sedimentos.

Participação no júri de Graus Académicos Academic Degrees jury participation

Doutoramento Phd

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ricardo Manuel Oliveira Ramalho. Dispersal and population regulation of the red swamp crayfish Procambarus clarkia, 2012. Tese (Biologia) - Universidade de Évora.

2.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Joana Reis de Almeida. Ecological relevance of molecularand functional alterations induced by pollutants on juvenile seabass (Dicentrarchus labrax L.), 2012. Tese (Ecologia) - Universidade do Porto.

3.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Cristina Reis Campos. Ecological segregation and competition amongst European robins Erithacus rubecula in Iberian winter quarters: the role of sex, age, and geographic origin, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

4.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Dalila do Rosário Encarnação Serpa. Study of the physical, chemical and biological processes in semi-intensive fishponds: development of a mathematical model as a tool for managing white seabream (Diplodus sargus) production, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade do Algarve.

5.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Rute Isabel da Costa Pinto. Mondego basin and estuary management: The role of ecosystem services (e) valuation for human wellbeing endeavour, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

6.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Helena Leite Veríssimo de Carvalho. Response of benthic communities to natural and human-induced changes in a temperate estuary. Implications for recovery and management, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

7.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de César Dinis Santos Capinha. Predicting the distribution of invasive decapods across space and time, 2012. Tese (Ecologia) - Universidade de Évora.

8.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Blanche Saint-Beat. Modélisation du role du biofilm dans le fonctionnement du réseau trophique de la vasière de Brouage (Bassin de Marennes-Oléron): Influence sur les flux de Carbone et consequences sur la stabilité, 2012. Tese (Biologia) - Université de La Rochelle.

9.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Vera Lia Oliveira Sequeira. Bluemouth, Helicolenus dactylopterus (Delaroche, 1809) biology and stock structure in Portuguese waters, 2011. Tese (Biologia) - Universidade de Lisboa.

10.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Susana de Oliveira Braga da Silva França. Spatial and temporal variation of fish assemblages in estuarine systems: Habitat use, dependence, and connectivity, 2011. Tese (Biologia) - Universidade de Lisboa.

11.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Vítor Hugo Rodrigues Paiva. Foraging tactics, activity at-sea and sea area usage by Cory's Shearwaters (Calonectris diomedea borealis) in the North Atlantic. University of Coimbra (concluded February 2010), 2010. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

12.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Tiago Gonçalo Martins Verdelhos. Impact assessment of multiple stressors on the Mondego estuary: A multidimensional approach on the Bilvalve Scrobicularia plana, 2010. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

13.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Heliana Lilita Gonçalves Teixeira. Benthic macroinvertebrates as ecological indicators for estuarine and coastal ecosystems. Assessment and intercalibration, 2010. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

14.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Alexandra Sofia Baptista Vicente Baeta. Food webs in intertidal ecosystems. A stable isotope approach and trophic network analysis, 2010. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

15.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Teresa Catry. Inter-annual and seasonal variation in feeding ecology of tropical seabirds on Aride Island, Seychelles. University of Coimbra, 2009. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

16.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Rita Maria Pina Vasconcelos. Contribution of estuarine nursery areas to be structure and biocontamination of stocks of commercially important fish species along the Portuguese coast, 2009. Tese (Biologia) - Universidade de Lisboa.

17.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pierre-Yves Pascal. “Devenir dês bacteries dans les réseaux trophiques des vasières intertidales : Le cas de Brouage (Baie des Marennes-Oleron)", 2008. Tese (Biologia) - Université de La Rochelle.

18.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Celia Ojeda Martinez. Indicators selection for the assessment of marine protected areas, 2008. Tese (Biologia) - Universidad de Alicante.

19.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Teresa Peters Castro Simas. “Primary production in the Tagus estuary – nutrient enrichment and the role of salt marshes”, 2007. Tese (Biologia) - Universidade de Lisboa.

20.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Iñigo Muxika. “AMBI, una herramienta para la evaluación del estado de las comunidades bentónicas: modo de uso y aplicación a la Directiva Marco del Agua”, 2007. Tese (Biologia) - Universidad del Pais Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea.

21.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Cármen Ivelize Van-Dúmen do Sacramento Neto dos Santos. Comunidades de macroinvertebrados e peixes associadas à pradaria marinha de Halodule wrightii (Ascherson, 1868) na Laguna de Mussulo, Angola, 2007. Tese (Biologia) - Universidade de Lisboa.

22.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Sílvia Correia Gonçalves. “Macrofaunal key Crustaceans in Atlantic and Mediterranean exposed sandy beaches. Does knowledge on key species bio-ecology have a role in assessing global changes?", 2007. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

23.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Verónica Jacinta Lopes Ferreira. “Factors affecting decomposition of submerged litter and associated microbes and invertebrates", 2007. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

24.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Eduardo Bruno Oliveira Esteves. Ecology of the early life-history stages of shad Alosa fallax fallax (Lacépède, 1803) in the river Mira, with a note on Alosa sp larvae in the river Guadiana, 2006. Tese (Ecologia) - Universidade do Algarve.

25.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Marcos Duarte Mateus. A process-oriented biogeochemical model for marine ecosystems: Development, numerical study, and application, 2006. Tese (Ecologia) - Universidade Técnica de Lisboa.

26.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria João Feio. “Macroinvertebrates in the Mondego River basin bioassessment”, 2005. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

27.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Patrícia Gonçalves Cardoso. “Long-term changes within macrobenthic assemblages of a temperate estuary under eutrophication”, 2005. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

28.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de António Domingos de Sousa Abreu. Povoamentos malacológicos de substrato móvel ao longo da plataforma insular sul da ilha da Madeira, 2005. Tese (Biologia) - Universidade da Madeira.

29.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Anabela Clara Barreto Marques Novais. Ecologia da lontra (Lutra lutra L.): Chaves de identificação de peixes consumidos, dieta no Rio Paiva e actividades científicas e investigativas no ensino, 2005. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

30.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Inês Vasconcelos de Albergaria Pinheiro Moreira. Comportamento territorial do Trigueirão (Miliaria calandra; Aves: Emberezidae): Selecção de habitat, qualidade do território e actividade de canto, 2005. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

31.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Joana Mateus Patrício. How well do ecological indicators assess environmental status? , 2005. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

32.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Susana Margarida de Freitas Ferreira. Long-term survey of key macrobenthic species in a temperate eutrophic estuary and the influence of trematode parasites, 2005. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

33.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Rosa de Fátima Lopes de Freitas. Benthic biotopes remote sensing using single beam acoustics, 2005. Tese (Ecologia) - Universidade de Aveiro.

34.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Kim Araújo Stobberup. The Cape Verde coastal ecosystem: A study of community structure, trophic interactions, and exploitation pattern, 2005. Tese (Ecologia) - Universidade do Algarve.

35.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Helena Soares Martins Adão. Dynamics of meiofauna in association with Zostera noltii seagrass beds in the Mira estuary (SW Portugal), 2004. Tese (Biologia) - Universidade de Évora.

36.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Sandra Paula Mendes da Cruz. Ecologia dos Peracarídeos (Crustácea) bentónicos da zona entre marés da Ria Formosa, 2004. Tese (Ecologia) - Universidade do Algarve.

37.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Mohamed Sghaïer Achouri. Biologie, dynamique et génétique dês populations du genre Porcellionides en Tunisie (Crustacé, Isopode Oniscidea), 2004. Tese (Ciências Biológicas ) - Universidade de Túnis - El Manar.

38.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Jaime Miguel Costa Aníbal. Processos ecológicos que controlam a dinâmica das macroalgas Ulvales (Chlorophyta) na Ria Formosa, 2004. Tese (Ecologia) - Universidade do Algarve.

39.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ricardo Jorge da Siulva Pereira Lopes. “Ecology of migrating and wintering Dunlins (Calidris alpina) using a south temperate estuary, the Mondego estuary (Portugal)”, 2004. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

40.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Miguel Magalhães Neto. “Nutrient enrichment in a temperate macro-tidal system. Scenario analysis and contribution to coastal management)”, 2004. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

41.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de José Manuel Lopes Rodrigues. “Validation of a terrestrial model ecosystem”, 2003. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

42.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Isabel Maria Cunha Antunes Lopes. “Among and within-population variability of metal tolerance by Cladocerans”, 2003. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

43.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Isabel Luci Pisa Mata da Conceição. Utilização de cruzamentos controlados e de perfis de AND na investigação da variabilidade genética dos nemátodes-de-quisto da batateira, Globodera spp, 2003. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

44.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Daniela Barroso da Cunha Pereira. Modulação da libertação de glutamato por mecanismos de sinalização intracelular envolvendo cinases de resíduos de tirosina no hipocampo adulto, 2003. Tese (Biologia, especialidade de Biologia Celular) - Universidade de Coimbra.

45.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Anabela Pinto Rolo. Cholestasis and hepatic ischemia: Bile acids therapy. Cellular mechanisms with relevance to mitochondrial function, 2003. Tese (Biologia, especialidade de Biologia Celular) - Universidade de Coimbra.

46.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de José Paulo Filipe Afonso de Sousa. Effects of Eucalyptus globulus plantations on soil Collembola and on fauna mediated soil biological processes. Comparison with autochtonous forests, 2003. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

47.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Isabel Maria Madaleno Domingos. A enguia-europeia, Anguilla anguilla (L., 1758), na bacia hidrográfica do rio Mondego, 2003. Tese (Biologia, especialidade Ecologia e Biossistemática) - Universidade de Lisboa.

48.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Luís Cláudio de Brito Brandão Guerreiro Quinta-Nova. “Aperfeiçoamento de sistemas de classificação da vegetação sob a perspectiva do seu interesse faunístico recorrendo a critérios estruturais em sistemas agro-florestais”, 2002. Tese (Ciências do Ambiente ) - Universidade de Évora.

49.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Emília Cunha. “Physical control of biological processes in a coastal upwelling system: Comparison of the effects”, 2002. Tese (Biologia Ramos de Ciências do Mar ) - Universidade de Lisboa.

50.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Filomena Meireles Abrantes de Macedo Dinis. “Comportamento dinâmico da produtividade primária fitoplanctónica ”, 2002. Tese (Engenharia do Ambiente ) - Universidade Nova de Lisboa.

51.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Fuensanta Salas Herrero. “Valoración y aplicabilidad de los índices e indicadores biológicos de contaminación orgânica en la gestión del médio marino ”. , 2002. Tese (Biologia) - Universidad de Murcia.

52.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Armando Jorge Amaral Matias Cristóvão. “Development of retina cells in culture: Ionotropic glutamate receptors and neurosecretion”, 2002. Tese (Biologia, especialidade de Biologia Celular) - Universidade de Coimbra.

53.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria José Moreno da Cunha. Variabilidade genética de populações portuguesas de nemátodes-de-quisto da batateira, 2002. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

54.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Paulo Jorge de Sousa Maranhão. Resposta ecofisiológica de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) a variações ambientais. Desenvolvimento de um modelo ecológico de dinâmica populacional, 2002. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

55.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Filipe José Oliveira Costa. “Integrated research on ecology, genetics, and ecotoxicology of Gammarus locusta (L.): The model organism approach”, 2002. Tese (Ciências do Ambiente ) - Universidade Nova de Lisboa.

56.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Isabel Lilleb Batista. “The effect of salt marshes plants on the nutrient dynamics in the Mondego estuary (Portugal)”, 2001. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

57.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Cristina Maria Moreira. “Eucalyptus globules leaves: Morphological and chemical barriers to decomposition in streams”, 2001. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

58.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Margarida de Lurdes de Jesus Bastos de Cristo. “Trophic ecology of the Norway lobster Nephrops norvegicus (L.) (Crustacea: Nephropidae) in the Mediterranean and adjacent Atlantic: Diets, evacuation rates, and daily rations”, 2001. Tese (Ecologia Especialidade Ecologia de Comunidades ) - Universidade do Algarve.

59.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Marina Pais Ribeiro da Cunha. “Peracaridean Crustacea in Ria de Aveiro (NW Portugal): taxonomic composition and spatio-temporal structure of the assemblages; life history and secondary production of Corophium multisetosum Stock, 1952 (Amphipoda, Corophiidae)”, 2000. Tese (Biologia) - Universidade de Aveiro.

60.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral. “Quantitative assessment of the environmental impact of an ecotechnological alternative to control crayfish in rice fields”, 2000. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

61.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Irene Isabel da Cruz Martins. “Green macroalgae and seagrasses in a shallow eutrophic estuary (the Mondego estuary, Portugal): Dynamics, controlling factors and possible evolutionary scenarios”, 2000. Tese (Biologia, especialidade em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

62.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Miguel Ângelo do Carmo Pardal. “Impacto da eutrofização nas comunidades bentónicas do Braço Sul do estuário do Mondego (Portugal)”, 1999. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

63.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Tiago Ferrand Múrias dos Santos. “Effect of habitat loss on waders (Aves, Charadrii) in the Mondego estuary (Portugal)”, 1998. Tese (Biologia) - Universidade de Coimbra.

64.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio. “Ecological engineering of crayfish and rice production: Data and sub-models for CRISP (Crayfish and Rice Integrated System of Production”), 1998. Tese (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

65.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de José Rosa de Oliveira Calvário. Estrutura e dinâmica das comunidades macrobênticas da Ria Formosa (Ria Faro - Olhão), 1996. Tese (Ciências Biológicas: especialidade Ecologia marinha) - Universidade do Algarve.

66.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Amparo Marti Gil. “Anfípodos de los fondos de substratos blandos de las islas Chafarinas (Mar de Alborán): Faunística y ecologia", 1996. Tese (Biologia) - Universitat de Valencia.

67.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Mercedes Conradi Barrena. “Distribución espaciotemporal de los peracáridos (Crustacea) asociados a Bugula neritina (L., 1758) en la bahía de Algeciras. Aspectos faunísticos y zoogeográficos”, 1995. Tese (Ciências do Mar ) - Universidad de Cádiz.

68.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Manuel Pereira de Almeida Costa.  Bio-ecologia de Cardium edule (Lineu, 1767) e de Cardium glaucum (Bruguière, 1789) nos estuários de Odeceixe e de Aljezur (Sudoeste de Portugal), 1994. Tese (Ciências do Ambiente, especialidade de Ecologia Aquática ) - Universidade de Évora.

69.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Esperanza Cano Sánchez. “Estudios biológicos sobre Procambarus clarkii Girard (Decapoda Cambaridae) en las marismas del Bajo Guadalquivir”, 1994. Tese (Biologia) - Universidad de Sevilla.

70.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Sofia Júdice Gamito Pires. “The benthic ecology of some Ria Formosa lagoons, with reference to the potential for production of the gilthead seabream (Sparus aurata L.)”, 1994. Tese (Biologia) - Universidade do Algarve.

71.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de António Jimeno Fernández. “Contribucion al estudio de los Anfipodos de las costas mediterraneas catalanas”, 1993. Tese (Ciências Biológicas ) - Universidad de Barcelona.

Mestrado Master degree

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de José David Costa Cunha. Efeitos da nutrição de praias na comunidade macrofaunal de uma praia arenosa da costa ocidental Portuguesa, 2012.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

2.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Nadia Ivonne Ordóñez Román. A cost-effective tool-box to assess ecological receptors at most risk in a potentially pesticide contaminated south European big man-made reservoir, 2012.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

3.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Fredrik Duvholt Haug. The role of breeding experience on the foraging specialization of a pelagic marine predator, the Cory’s sheawater, 2012.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

4.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Thaís de Toledo Ribas. Payments for environmental services as a policy for conserving the Portuguese Montado ecosystem. (Opponent), 2011.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

5.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Antónia Juliana Pais da Costa. The rocky shore macrozoobenthic communities of Buarcos Bay, 2011.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

6.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Nuno Januário Figueiredo Leite. Population dynamics and productivity of Echinogammarus marinus (Leach) in the Mondego estuary throughout three decades, 2011.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

7.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Vanessa Pinto Modesto. Spatial and temporal variation of Corbicula flumínea (Müller, 1774) in the Mondego estuary, 2011.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

8.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pieter van der Linden. The functional composition of the benthic invertebrate community of the Mondego estuary: insights within the functioning of this ecosystem, 2011.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

9.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ahmed M. M. Abdel-Moneim. A short-term sublethal feeding inhibition assay, using zebra fish Danio rerio, 2011.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

10.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Franca Sangiorgio. Mediterranean and Black Sea macrofauna: Comparing sampling strategies, 2011.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Aveiro.

11.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Augusta da Conceição de Jesus Duarte. “ Variação temporal da comunidade macrobentónica subtidal do sector polihalino do braço Sul do do estuário do Mondego”, 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

12.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Nuno dos Reis Franco. “Population dynamics of Corbicula flumínea (Muller, 1774) in the mesohaline and oligohaline areas of the Mondego estuary: spatial intrusion and ecological response”, 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

13.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Eduarda Saraiva Pereira Campos. “Influence of hydrodynamics and sediment grain sise in environmental quality of estuarine polyhaline sector”, 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

14.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Dimitri Vilhena Barroso . “Spatial and temporal variability of benthic producers and consumers ¿ 13 C and ¿15 N signatures in the Mondego estuary food web, 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

15.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Margarida da Graça Carriço. “Spatial and temporal heterogeneity of macrofauna assemblages in the polyhaline sector of a mesotidal estuary”., 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

16.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Alexandra Maria Martins Guerra. “Modelos de dinâmica populacional de Echinogammarus marinus do estuário do Mondego: Calibrações para 3 populações diferentes e análise de cenários referentes a alterações climáticas e flutuações de sex-ration”, 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

17.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Luísa da Costa Marques. “Do macrofauna assemblages reflect Zostera noltii meadows temporal dynamics associated with natural and anthropogenic disturbances?”, 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

18.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Isabel Del Arco Ochoa. Ecological state of selected urban streams in Coimbra, Portugal, 2010.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

19.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Thiago Couto.  “Avaliação do Estado de Qualidade Ecológica em ecossistemas estuarinos: Qual a influência da malha dos crivos utilizados na amostragem de macroinvertebrados bentónicos?”, 2009.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

20.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pedro de Almeida Lança Vinagre. “The Mondego estuary mesohaline and oligohaline macrozoobenthic communities. A contribution for their Ecological Quality Status Assessment”, 2009.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

21.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Helena Leite Veríssimo de Carvalho . “A tentative harmonisation of the OSPAR Convention and the European Water Framework Directive ecological criteria for transitional waters quality assessment. Mondego estuary case study”, 2007.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

22.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Rute Pinto . Application of multimetric índices and their performance in assessing ecological condition. The Mondego estuary case study, 2007.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

23.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Eduardo M. S. L. A. Ferreira . Aplicação da genética populacional à gestão de recursos silvestres: o caso do javali (Sus scrofa L.), 2006.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

24.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Andrea Florella Ribeiro Franco . Modelling shrimp population dynamics: Application to Maputo Bay, Mozambique, 2006.  Dissertação (Ecologia, Gestão e Modelação de Recursos Marinhos) - Universidade Nova de Lisboa.

25.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Manuel Alberto Nogueira Henriques Rosa . Mercúrio e amêijoa: Uma relação perigosa? , 2006.  Dissertação (Métodos Instrumentais e Controlo de Qualidade Analítica) - Universidade de Aveiro.

26.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Francisco Miguel de Sousa Leitão . Estudo comparativo da mortalidade induzida pela faca de mariscar e draga de mão na comunidade macrobentónica associada aos bancos de pesca de berbigão (Cerastoderma edule, L. 1758), 2004.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

27.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Rita de Sousa Braga e Sá . Ecologia do regime alimentar e interacções tróficas das principais espécies de peixes do baixo estuário do rio Guadiana e do sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António, 2004.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

28.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Joana Mateus Patrício. Aplicação da Ascendência como indicador ecológico. Um caso estudado, 2003.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

29.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Marina Paula Dolbeth Henriques da Silva . The effects of eutrophication on the secondary production of an intertidal community, 2003.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

30.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de José Manuel da Costa Pereira. Influência de factores climáticos e da abundância de tunídeos nas populações reprodutores de garajau-rosado Sterna dougalli e garajau-comum Sterna hirundo e a importância do conteúdo energético da dieta para garajau-rosado, 2003.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

31.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Teresa Barros Cardoso . Variação espacial e temporal de nutrientes no rio Vouga, 2003.  Dissertação (Ecologia, Gestão e Modelação de Recursos Marinhos) - Universidade Nova de Lisboa.

32.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria de Jesus Dias Vicente . Aplicação da CUFES (Continuous Underway Fish Egg Sampler) na avaliação de ovos e larvas de Sardina pilchardus (Walbaum, 1792) e outros pelágicos, 2002.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

33.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Sílvia Correia Gonçalves . Biologia, dinâmica populacional e produção de Talitrus saltator (Crustacea: Amphipoda) numa praia arenosa da costa ocidental Portuguesa, 2002.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

34.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pedro Afonso . Padrões espaciais na estrutura da comunidade de Peixes costeiros dos Açores, 2002.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

35.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Luís Miguel dos Santos Russo Vieira . Caracterização do Pelagos do braço sul do estuário do Mondego, 2002.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

36.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Telmo Alexandre Fernandes Morato Gomes . Ecologia alimentar e relações tróficas de nove espécies de peixes demersais dos Açores, 2001.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

37.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Sérgio Paulo Ávila Campos Marques . Sistemática e ecologia dos moluscos (Gastropoda, Bivalvia e Polyplacophora) litorais em São Vicente, Capelas (São Miguel, Açores), 2001.  Dissertação (Biologia Ecologia Insular e Evolução) - Universidade da Madeira.

38.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Miguel Magalhães Neto . Variação espacial e temporal dos moluscos do substrato rochoso da ilha da Berlenga, 2000.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

39.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Paula Cristina de Oliveira Castro . Senescência, decomposição e nutrição azotada em Spartina maritima no estuário do rio Mondego, 2000.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

40.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria João da Silva Martins . Estudo fitossociológico e cartográfico da paisagem vegetal natural e semi-natural do litoral centro de Portugal entre a prais de Mira e a Figueira da Foz, 2000.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

41.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Teresa Carrett Silveirinha Sottomayor Neuparth . Gammarus locusta e Corophium volutator (Amphipoda) em estudos de ecotoxicologia sedimentar: Biologia e sensibilidade a ambientes sedimentares perturbados, 2000.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Lisboa.

42.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pedro Agostinho da Silva Baila Madeira Antunes . Sistema Integrado de Ecotecnologia – Complexo – Industrial. Tratamento e reutilização das águas residuais, 2000.  Dissertação (Hidráulica e Recursos Hídricos) - Universidade de Coimbra.

43.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Teresa Alexandra Sousa Pina . Aspectos da reprodução de savelha, Alosa fallax fallax (Lacépède, 1803) nos rios Mira e Guadiana, 2000.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

44.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Jaime Miguel Costa Aníbal. Impacte da macroepifauna sobre as macroalgas Ulvales (Chlorophyta) na Ria Formosa, 1999.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Coimbra.

45.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria João de Medeiros Brazão Lopes Feio. Estudos sobre a biologia trófica de Sericostoma vittatum (Trichoptera), 1999.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Coimbra.

46.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Anabela Marisa de Jesus Rodrigues Azul. Ectomicorrizas associadas ao sobreiro (Quercus suber L.), 1999.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Coimbra.

47.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Júlio César Coutinho Fonseca . Utilização de conteúdos nucleares de ADN na estimativa de Exergia a partir da biomassa de organismos, 1999.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

48.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Eduardo Bruno Oliveira Esteves. Factores que influenciam a abundância e a condição nutricional das larvas de peixes nos rios Mira e Guadiana, 1999.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

49.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ricardo Jorge da Silva Pereira Lopes . Impacto das aves limícolas sobre os macroinvertebrados nas áreas intertidais do estuário do Mondego (Portugal), 1999.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

50.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Domingues de Almeida. Flora exótica subespontânea de Portugal Continental (plantas vasculares): Catálogo das plantas vasculares exóticas que ocorrem sunespontâneas em Portugal Continental e compilação de informações sobre estas plantas, 1999.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

51.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Susana Alice Soares da Silva. Integração de medidas de contaminação química, estrutura de comunidades bentónicas e toxicidade sedimentar na comparação de situações de pré e pós-funcionamento do emissário submarino da Guia, 1998.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Aveiro.

52.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ana Isabel Lilleb Baptista. Estrutura populacional, dinâmica e produção de Hydrobia ulvae (Pennant) (Mollusca: Prosobranchia) ao longo de um gradiente de eutrofização no estuário do Mondego (Portugal), 1997.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

53.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ascenção dos Anjos Alves Ravara. Estudo da comunidade de Poliquetas da Plataforma Continental ao largo de Aveiro, 1997.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Aveiro.

54.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria de La Salete Bernardino Rodrigues. Parâmetros populacionais da fauna piscícola e uso do habitat por Salmo trutta L. num rio de montanha (rio Olo, parque natural do Alvão), 1996.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

55.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Mário Jorge Bandeira Correia Lopes. “Overwintering Euphausiids in the Northern North Sea and their importance in the fish food web”, 1996.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Aveiro.

56.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Antónia Pacheco Ilhéu. Lagostim vermelho dos pântanos (Procambarus clarkii, Girard): Ecologia e impacto trófico, 1996.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

57.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Diana Mendes Boaventura. Povoamentos macrobentónicos de substrato rochoso da região central da Costa Portuguesa: Distribuição, estrutura e funcionamento, 1996.  Dissertação (Biologia) - Universidade de Lisboa.

58.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Carla Maria Teles Ferreira. Estrutura trófica da comunidade macrobentónica dos povoamentos de Zostera noltii Hornem. e Zostera marina L. do estuário do rio Mira (Portugal), 1995.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

59.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Irene Isabel da Cruz Martins. “Modelling the effects of green macroalgae blooms on the population dynamics of Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda) in the Mondego estuary (Portugal).”, 1995.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

60.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral. Impacto da eutrofização da distribuição e eficiência alimentar das aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Estudo preliminar. , 1995.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

61.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Miguel Ângelo do Carmo Pardal. Variação espacial e temporal das populações de Poliquetas no estuário do Mondego. Dinâmica e produção de Amage adspersa (Grube, 1863), 1995.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

62.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria de Fátima Rosa Lopes. Influência de alguns factores abióticos na estrutura das comunidades bentónicas subtidais no estuário do Mondego (Portugal), 1995.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

63.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Isabel Ramos de Mendonça. Variação sazonal da composição bioquímica e conteúdo energético do lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), na região do Baixo Mondego (Portugal), 1995.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

64.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Paulo Jorge de Sousa Maranhão. Bioacumulação de metais pesados em Procambarus clarkii, lagostim vermelho da Louisiana: Implicações para a sua utilização como recurso alimentar., 1994.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

65.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio. Ciclo biológico e produção do lagostim vermelho da Louisiana (Procambarus clarkii, Girard) na região do Baixo Mondego, 1993.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

66.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Tiago Ferrand Almeira Múrias dos Santos . Variação temporal nos padrões de ocorrência e tácticas de alimentação de aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Sua relação com as alterações na disponibilidade de presas, 1993.  Dissertação (Ecologia) - Universidade de Coimbra.

Provas de Aptidão Pedagógica/Capacidade Científica Evaluation of Pedagogic Readiness/Cientific Ability

1.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João José Roma de Paços Pereira de Castro. Impacte da exploração comercial e estrutura, dinâmica e produção da população de Marphysa sanguinea (Annelida: Polychaeta) no estuário do Sado, 1993. Trabalho de Conclusão de Curso (Provas de Aptidão Pedagógica/Capacidade Científica em Ecologia) - Universidade de Évora.

2.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de António José Arsénia Nogueira. ANAMOD - Extracção dos componentes modais de distribuições de frequências de variáveis biométricas, 1992. Trabalho de Conclusão de Curso (Provas de Aptidão Pedagógica/Capacidade Científica em Ecologia) - Universidade de Coimbra.

3.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Helena Soares Martins Adão. Trabalho de Síntese: Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Decapoda, Cambaridae) espécie exótica em Portugal: Considerações sobre a bioecologia e aspectos da sua biologia populacional na barragem de Monte Novo (Alentejo, Portugal), 1991. Trabalho de Conclusão de Curso (Provas de Aptidão Pedagógica/Capacidade Científica em Ecologia) - Universidade de Évora.

Provas Públicas Equivalente ao Doutoramento Phd equivalent public evaluation

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pedro Afonso A. dos Santos. ************, 2009. Tese (Biologia) - Universidade dos Açores.

2.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Telmo Alexandre Morato Gomes. ************, 2009. Tese (Biologia) - Universidade dos Açores.

3.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Marina Parra Carreiro e Silva. ************, 2009. Tese (Biologia) - Universidade dos Açores.

Agregação Aggregation

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Pedro Manuel da Silva Duarte. ************, 2011. Agregação em (Ciências da Vida) - Universidade Fernando Pessoa. 16 and 17 May 2011 Opponent of “Relatório da Disciplina” – Ecological Modelling.

2.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Henrique Miguel Leite de Freitas Pereira. ************, 2011. Agregação em (Ecologia) - Universidade de Lisboa.

3.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Jaime Albino Ramos. ************, 2010. Agregação em (Ciências da Vida) - Universidade de Coimbra. 21 e 22 de Janeiro de 2010 Opponent of Lição de Síntese: As Aves Marinhas como indicadores ecológicos.

4.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Isabel Violante Caçador. ************, 2008. Agregação em (Ecologia) - Universidade de Lisboa. 7 e 8 de Julho de 2008 Opponent in the discussion of the Curriculum Vitae.

5.

Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral. *************, 2007. Agregação em (Ciências Exactas, Naturais e Tecnológicas ) - Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro. 19 e 20 de Abril de 2007 Arguente da Lição de Síntese: Introdução aos fundamentos básicos do conceito de Integridade Ecológica.

6.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria da Natividade Ribeiro Vieira. ************, 2007. Agregação em (Zoologia) - Universidade do Porto. 1 e 2 de Outubro de 2007.

7.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Ester Tavares Álvares Serrão. ***********, 2007. Agregação em (Ciências do Mar e do Ambiente ) - Universidade do Algarve. 3 e 4 de Dezembro de 2007.

8.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Carlos Jorge Bandeira Duarte. ************, 2006. Agregação em (Zoologia) - Universidade de Coimbra. 2 e 3 de Fevereiro de 2006.

9.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Ulisses Manuel de Miranda Azeiteiro. *************, 2006. Agregação em (Biologia, Grupo de Disciplinas de Ecologia) - Universidade Aberta. 5 e 6 de Maio de 2006.

10.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Leonel Paulo Sul de Serrano Gordo. ************, 2006. Agregação em (Biologia Animal ) - Universidade de Lisboa. 30 de Junho e 1 de Julho de 2006.

11.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Karim Erzini. ************, 2006. Agregação em (Ciências do Mar e do Ambiente ) - Universidade do Algarve. 12 e 13 de Julho de 2006 Arguente do Curriculum Vitae e do Programa da Disciplina: Dinâmica de Populações.

12.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Rui Godinho Lobo Girão Ribeiro. ************, 2006. Agregação em (Zoologia) - Universidade de Coimbra. 18 e 19 de Setembro de 2006.

13.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Henrique Manuel Roque Nogueira Cabral. ************, 2006. Agregação em (Biologia Animal ) - Universidade de Lisboa. 2 e 3 de Novembro de 2006 Arguente do Curriculum Vitae e do Programa da Disciplina: Ecologia de Peixes.

14.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Maria Helena Ferrão Ribeiro da Costa. ************, 2006. Agregação em (Qualidade Ambiental ) - Universidade Nova de Lisboa. 12 e 13 de Dezembro de 2006.

15.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Rui Orlando Pimenta Santos. ************, 2005. Agregação em (Ciências do Mar e do Ambiente ) - Universidade do Algarve. 10 e 11 de Outubro de 2005.

16.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Henrique José de Barros Brito Queiroga. ************, 2004. Agregação em (Biologia) - Universidade de Aveiro. 14 e 15 de Outubro de 2004 Arguente da Lição de Síntese: O controlo da dispersão horizontal nas larvas de crustáceos decápodes.

17.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de João Pedro Salgueiro Gomes Ferreira. ************, 2004. Agregação em (Qualidade Ambiental ) - Universidade Nova de Lisboa. 3 e 4 de Novembro de 2004 Arguente do Curriculum Vitae e do Programa da disciplina: Modelação Ecológica.

18.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Jorge Manuel Pataca Leal Canhoto. ************, 2004. Agregação em (Botânica) - Universidade de Coimbra. 29 e 30 de Novembro de 2004.

19.	Marques, João Carlos de Sousa. Participação no júri de Isabel Maria de Oliveira Abrantes. ************, 2002. Agregação em (Zoologia) - Universidade de Coimbra. 14 e 15 de Novembro de 2002.

Participação em outros júris Other jury participation

Concursos de aquisição Aquisition concourse

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso Professor Auxiliar , 2013.

Concurso de Professor Catedrático Cathedratic professor tender

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso professor Catedrático Biologia Marinha, 2013. Universidade de Lisboa.

2.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso professor Catedrático Botânica , 2013. Universidade de Lisboa.

3.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Catedrático do Departamento de Ciências da Vida, Universidade de Coimbra, 2012. Universidade de Coimbra. 4 de Janeiro de 2012. Vogal. .

4.	Marques, João Carlos de Sousa. ************, 2012. Universidade do Porto.

5.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Catedrático do Departamento de Zoologia e Antropologia da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, área de Zoologia, 2011. 11 de Março de 2011. Vogal.

6.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Catedrático do Departamento de Zoologia e Antropologia da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, área de Zoologia, 2008. Universidade do Porto. 27 de Maio de 2008. Vogal.

7.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de dois lugares de Professor Catedrático do Departamento de Biologia Vegetal da Faculdade de Ciências de Lisboa, especialidade Ecologia e Biossistemática Vegetal, 2006. Universidade de Lisboa. 17 de Maio de 2006.

8.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de dois lugares de Professor Catedrático do Departamento de Zoologia da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra, especialidade Ecologia, 2005. Universidade de Coimbra. 27 de Junho de 2005. Presidente do júri e Vogal.

Concurso de Professor Associado Associate professor tender

1.	Marques, João Carlos de Sousa. ************, 2013. Universidade do Porto.

2.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado, área de Ecologia, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa, 2012. Universidade Nova de Lisboa.

3.	Marques, João Carlos de Sousa. ************, 2012. Universidade dos Açores.

4.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Departamento de Zoologia e Antropologia da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, área de Zoologia, 2009. Universidade do Porto. 2 de Outubro de 2009. Vogal .

5.

Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Grupo de Disciplinas de Qualidade Ambiental, com a disciplina de Modelação Ecológica, da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa, 2006. Universidade Nova de Lisboa. 4 de Maio de 2006.

6.

Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Departamento de Zoologia da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra, área de Zoologia. Especialidade Ecologia, 2006. Universidade de Coimbra. 18 de Setembro de 2006. Presidente do júri e Vogal.

7.

Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Departamento de Zoologia da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra, área de Zoologia. Especialidade Biologia Celular, 2006. Universidade de Coimbra. 7 de Novembro de 2006. Presidente do júri e Vogal.

8.

Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Departamento de Zoologia da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra, área de Zoologia. Especialidade Ecologia, 2005. Universidade de Coimbra. 29 de Junho de 2005. Presidente do júri e Vogal.

9.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Departamento de Zoologia da Faculdade de Ciências e Tecnologia daUniversidade de Coimbra na área de Biologia Celular, 2004. Universidade de Coimbra. 5 de Fevereiro de 2004. Vogal.

10.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de um lugar de Investigador Principal no Departamento de Oceanografia e Pescas da Universidade dos Açores na área de Biologia e área afim de Recursos Pesqueiros, 2004. Universidade dos Açores. 12 de Março de 2004. Vogal.

11.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de cinco lugares de Professor Associado da Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente da Universidade do Algarve, área de Ciências do Mar e do Ambiente, 2004. Universidade do Algarve. 31 de Março e 18 de Junho de 2004. Vogal.

12.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Departamento de Zoologia da Faculdade de Ciências e Tecnologia daUniversidade de Coimbra na área de Biologia Celular / Bioenergética, 2003. Universidade de Coimbra. 11 de Fevereiro de 2003. Vogal.

13.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado do Departamento de Zoologia da Faculdade de Ciências e Tecnologia daUniversidade de Coimbra na área de Biologia Celular / Neurobiologia, 2003. Universidade de Coimbra. 11 de Fevereiro de 2003 Vogal.

14.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Associado da Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro na área de Ciências Exactas, Naturais e Tecnológicas: Ecologia Geral e Aplicada, 2003. Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro. 16 de Abril de 2003. Vogal.

Concurso de Professor Coordenador Coordinator professor tender

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso Professor Coordenador da área de Biologia Marinha da ESTM do IPL, 2013. Instituto Politécnico de Leiria.

Concurso de Professor Adjunto Adjunt professor tender

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso Professor Coordenador da área de Biologia Molecular da ESM do IPL, 2013. Instituto Politécnico de Leiria.

2.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Auxiliar, área de Engenharia do Ambiente, Universidade Aberta, 2012. Universidade Aberta. 23 de Fevereiro de 2012. Vogal.

3.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Adjunto do Instituto Politécnico de Leiria na área Biologia / Ecologia Marinha, 2003. Instituto Politécnico de Leiria. 9 de Maio de 2003.

4.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Adjunto do Instituto Politécnico de Leiria na área Biologia / Avaliação de qualidade ambiental e gestão de sistemas costeiros, 2003. Instituto Politécnico de Leiria. 9 de Maio de 2003.

5.	Marques, João Carlos de Sousa. Concurso para provimento de uma vaga de Professor Adjunto do Instituto Politécnico de Leiria na área Biologia / Sistemática e Morfologia, 2002. Instituto Politécnico de Leiria. 4 de Dezembro de 2002.

Participação em Comissões de Avaliação Evaluation comissions participation

1.	Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao 5º Programa Quadro (2000 2006), no âmbito do Programa Energy, Environment, and Sustainable development, “Key Action Sustainable Marine Ecosystems, 2001.

2.	Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao 5º Programa Quadro (2000 2006), no âmbito do Programa Environment, and Sustainable development, “Key Action” Global Change, Climate and Biodiversity, 2000.

3.	Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao 5º Programa Quadro (2000 2006), no âmbito do Programa Energy, Environment, and Sustainable development, “Key Action” Sustainable Marine Ecosystems, 1999.

4.	Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao Programa Marine Science and Technology, MAST III (1994 1998), no âmbito SME (“Small Medium Enterprises”) – CRAFT (“Cooperative Research Awards”) proposals, 1998.

5.	Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos ao Programa Marine Science and Technology, MAST III (1994 1998), no âmbito SME (“Small Medium Enterprises”) - TSM (“Technology Stimulation Measures”), 1997.

6.	Avaliação do projecto “Scavenging marine Amphipods: Food selectivity and carrion availability in temperate vs. tropical ecosystems”, 1996, Natural Environment Research Council.

7.	Membro do Painel de avaliação nomeado pela Comissão Europeia, Direcção geral XII, para apreciação dos projectos submetidos em 15 de Outubro de 1996 (Fases I + II) ao Programa Marine Science and Technology, MAST III , 1996.

8.	Membro do painel de avaliação nomeado pela JNICT (Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica - Portugal) para apreciação dos projectos submetidos ao Programa CIÊNCIA, Medida G, Ciências e Tecnologias do Mar, 1991, Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica.

Participação em eventos Event participation

Participação como Keynote Speaker Participation as Keynote Speaker

1.	“Biodiversity, Resilience and sustainable management of coastal and estuarine ecosystems”, 2011 (Outra). Nome do evento: VII Jornadas Nacionales y V Internacionales Sobre Naturaleza y Medio Ambiente. Dia 18 de Novembro Duração: 60 minutos.

2.	“Sustentabilidade ecológica e utilização de recursos marinhos”, 2011 (Encontro). Nome do evento: Encontro Mar Português. Dia 17 de Novembro Duração: 30 minutos.

3.	“New classes of ecological indicators for environmental quality assessment”, 2011 (Conferência). Dia 18 de Agosto Duração: 60 minutos.

4.	“Biodiversity, Resilience and Sustainability in marine ecosystems management”, 2011 (Workshop). Nome do evento: “Workshop” sobre Gestão de Bacias Hidrográficas". Dia 12 de Agosto Duração: 45 minutos.

5.	“New classes of ecological indicators for environmental quality assessment”, 2011 (Conferência). Dia 11 de Agosto Duração: 60 minutos.

6.	“O conceito de Serviços dos Ecossistemas na gestão de recursos marinhos”, 2011 (Outra). Nome do evento: Debate sobre a Economia do Mar. Dia 19 de Abril Duração: 45 minutos.

7.	“Ecological research on the Mondego estuary and the Portuguese L-TER Programme”, 2010 (Conferência). Nome da Instituição: University of Vigo e ECIMAT. Dia 5 de Março Duração: 45 minutos.

8.	The City and the Sea – Aquatic landscapes, 2010 (Conferência). Dia 15 de Fevereiro Duração: 60 minutos.

9.	Avaliação de Qualidade Ambiental: Águas costeiras e de transição, 2006 (Outra). Nome do evento: Semana Cultural da Universidade de Coimbra. Dia 7 de Março Duração: 45 m.

10.	Investigação em Ciências Aquáticas na Universidade de Coimbra, 2006 (Outra). Nome do evento: Semana Cultural da Universidade de Coimbra; Cidade do evento: Coimbra. Dia 7 de Março. Duração: 30 m .

11.	Research in aquatic sciences at the University of Coimbra, 2006 (Conferência). Dia 13 de Janeiro. Duração: 45 m .

12.	“Long term development of benthic communities under human impact induced stress. A case study. Applying the ecosystem’s perspective in Ecology”, 2006 (Congresso). Nome da Instituição: AZTI – Tecnalia. Dia 13 de Janeiro. Duração: 60 m.

13.

Na integrated view on the Mediterranean coastal, transitional, and inland aquatic systems as a resource for the future, 2005 (Conferência). Nome do evento: International Conference The Mediterranean coastal areas from watershed to the sea: interactions and changes. Dias 10 a 14 de Novembro. Duração: 45 minutos.

14.	O papel da investigação científica na implementação e desenvolvimento da Universidade de Cabo Verde, 2005 (Conferência). Nome da Instituição: Instituto Superior de Educação (ISE). Dia 27 de Outubro. Duração: 60 minutos.

15.	O papel da investigação marinha e ambiental no desenvolvimento dos pequenos países insulares, 2005 (Conferência). Nome da Instituição: Instituto Nacional de Desenvolvimento das Pescas (INDP). Dia 24 de Outubro Duração: 60 minutos.

16.	Coastal oceans and estuarine research priorities, 2005 (Workshop). Nome do evento: Workshop Building Portugal – United States ocean science relations; Nome da Instituição: FLAD. Dias 14 e 15 de Abril. Duração: 30 minutos. .

17.

The Mediterranean coastal areas from watershed to the sea: interactions and changes, 2005 (Conferência). Nome do evento: International Conference The Mediterranean coastal areas from watershed to the sea: interactions and changes; Nome da Instituição: Universidade de Florença, Itália, em colaboração com a Comissão Europeia. Dias 10 a 14 de Novembro. Participação como cientista convidado. Membro da Comissão Científica.

18.	Ecological indicators behaviour along a recovery experiment and theoretical considerations, 2004 (Conferência). Nome do evento: E.C.O.L.E. de la Mer. Dia 19 de Novembro. Duração: 60 minutos.

19.	IMAR – Institute of Marine Research, Coimbra Interdisciplinary Centre: Organisation, activities, research team, scientific production, and funding, 2004 (Conferência). Nome do evento: 22. E.C.O.L.E. de la Mer. Dia 19 de Novembro. Duração: 60 minutos.

20.	Long term development of benthic communities under human impact induced stress, 2004 (Conferência). Nome do evento: E.C.O.L.E. de la Mer. Dia 18 de Novembro. Duração: 60 minutos.

21.	Ambiente e recursos naturais: O mar e os oceanos, 2004 (Encontro). Nome do evento: I Encontro de Biólogos da Comunidade de Países de Língua Portuguesa. Dias 28 de Setembro a 3 de Outubro. Duração: 30 minutos.

22.	Visão geral da investigação científica na Universidade de Coimbra, 2004 (Conferência). Nome do evento: Conferência “Investigação, Cultura, Produção e Divulgação do Conhecimento Científico”. Dia 11 de Outubro. Duração: 45 minutos.

23.	Using Exergy in understandig ecosysrtems. MAST experience and later, 2004 (Simpósio). Nome do evento: 18. Mini-Symposium “A tribute to Sven Erik Jørgensen”. Dias 3 e 4 de Setembro. Duração: 45 minutos.

24.	Long term development of benthic communities under human impact induced stress, 2004 (Conferência). Nome do evento: X Taller de la Cátedra del Médio Ambiente. Dias 7 a 9 de Julho. Duração: 60 minutos.

25.	Long term development of benthic communities under human impact induced stress, 2004 (Simpósio). Nome do evento: Interdisciplinary Symposium on Wetlands. Dias 25 a 28 de Maio. Duração: 60 minutos.

26.	Interpretation of long term data within a framework of ecosystem theories. Further exploitation of data from the EU Project MUST (MAS2-CT92-0036), 2003 (Outra). Nome do evento: Reunião Anual do Instituto do Mar de 2003. Dias 4 a 6 de Dezembro. Duração: 60 minutos.

27.	Interpretation of long term data within a framework of ecosystem theories. A case study on benthic communities, 2003 (Simpósio). Nome do evento: II Symposium “Island Ecosystems – A Conservation and Molecular Approach. Dias 5 a 9 de Outubro. Duração: 60 minutos.

28.

Interpretação do impacto da eutrofização e da gestão fluvial à luz de algumas teorias dos ecossistemas, 2003 (Seminário). Nome do evento: Ciclo de Seminários Inovação IPN/FCTUC, Ambiente, Energia e Desenvolvimento Sustentável. Seminário 11: Indústria e Impacto Ambiental. Dia 28 de Maio. Duração: 45 minutos.

29.	Past, present and future role of PNPs in science, development, and diffusion. A view to the Portuguese case , 2003 (Congresso). Nome do evento: First World Environmental Education Congress. Dias 20 a 24 de Maio Duração: 45 minutos.

30.	Stress induced changes in estuarine benthic communities. Interpreting the impact of eutrophication and river management within a framework of ecosystem theories , 2002 (Simpósio). Nome do evento: XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho. Dias 22 a 25 de Outubro Duração: 60 minutos. .

31.

Biological effects and health in estuarine animal communities , 2002 (Workshop). Nome do evento: Workshop Recent development in estuarine and coastal science and management; Nome da Instituição: Reserva Natural do Estuário do Tejo e patrocinado por “The British Council”. Dias 2 a 7 de Abril. Duração: 45 minutos.

32.	XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 2002 (Simpósio). Nome do evento: XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho; Nome da Instituição: Universidade de Sevilha e pelo “Gibraltar Museum”. Dias 22 a 25 de Outubro. Conferencista convidado – conferência inaugural.

33.	Impacto da eutrofização e gestão de caudais num sistema estuarino. Um caso estudado de alteração das comunidades bentónicas por pressão ambiental, 2001 (Congresso). Nome do evento: Conferência Ibérica sobre protecção ambiental; Nome da Instituição: Instituto Piaget. Duração: 60 minutos.

34.

Stress induced changes in the Mondego benthic communities. The impact of eutrophication and river management interpreted within the framework of ecosystem theories, 2001 (Conferência). Nome do evento: ECSA 2001 – Estuários e zona costeira do norte de Portugal: Ponto da situação. Dias 15 a 17 de Junho. Conferência introdutória da sessão. Duração: 45 minutos.

35.	Diversity, Biodiversity, Conservation and Sustainability, 2001 (Simpósio). Nome do evento: I Symposium “Island Ecosystems – A Conservation and Molecular Approach. Dias 5 a 9 de Março. Duração: 60 minutos.

36.	Conferência Ibérica sobre protecção ambiental, 2001 (Conferência). Nome do evento: Conferência Ibérica sobre protecção ambiental; Nome da Instituição: Instituto Piaget. Dias 12 a 14 de Julho. Conferencista convidado.

37.	I Symposium “Island Ecosystems – A Conservation and Molecular Approach”, 2001 (Simpósio). Nome do evento: I Symposium “Island Ecosystems – A Conservation and Molecular Approach”. Dias 5 a 9 de Março. Conferencista convidado.

38.

What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes, 2001 (Workshop). Nome do evento: International Workshop Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes; Nome da Instituição: Universidade de Florença, Itália, em colaboração com a Comissão Europeia. Dias 18 e 23 de Outubro. Participação como cientista convidado.

39.	Ecological indicators , 2000 (Workshop). Nome do evento: Workshop on Ecosystem Theory: Application to environmental management of aquatic ecosystems. Dias 31 de Maio a 3 de Junho. Duração: 45 minutos.

40.	Diversidade e Biodiversidade: Qual poderá ser o seu significado em termos de desenvolvimento sustentável? , 1999 (Outra). Nome do evento: Ciclo de Colóquios; Nome da Instituição: Universidade Aberta. Dia 15 de Janeiro. Duração: 45 minutos.

41.

Oceans Ecology, Governance and Global Change, 1998 (Workshop). Nome do evento: Workshop Oceans Ecology, Governance and Global Change; Nome da Instituição: FLAD – Fundação Luso Americana para o Desenvolvimento; Cidade do evento: Lisboa. Dias 25 e 26 de Junho. Participação como cientista convidado, tendo integrado o Painel de Debate “Oceans Governance”.

42.	Seminário Mudança Global, 1997 (Seminário). Nome do evento: Seminário Mudança Global; Nome da Instituição: “International Council of Scientific Unions” (ICSU) no âmbito do “IGBP - Global Change”; Cidade do evento: Lisboa. Dias 15 e 16 de Maio. Participação como cientista convidado.

43.	Desenvolvimento de modelos ecológicos: Breve resumo histórico e perspectivas actuais, 1996 (Encontro). Nome do evento: 1º Encontro Nacional de Ecologia. Dias 6 e 7 de Dezembro. Duração: 30 minutos.

44.	Quantification and usage of exergy as holistic ecological indicator of ecosystems integrity. A case study, 1996 (Workshop). Nome do evento: Workshop “Unifying Goal Functions”. Dias 31 de Agosto a 4 de Setembro. Duração: 60 minutos.

45.	Unifying Goal Functions, 1996 (Workshop). Nome do evento: Workshop: Unifying Goal Functions. Dias 31 de Agosto a 4 de Setembro. Participação como conferencista convidado, tendo desempenhado funções de presidente da sessão “Goal functions of socio-economic system componentes”.

46.	Recent development of marine sciences at Coimbra University. Present and future role of the IMAR network, 1995 (Simpósio). Nome do evento: Commemorative Symposium Centennial of Portuguese Oceanography. Dias 1 a 3 de Fevereiro. Duração: 45 minutos.

47.	Eutrophication in portuguese estuaries: A proposal for modelling approach, 1993 (Workshop). Nome do evento: Workshop on Coastal Oceans; Nome da Instituição: JNICT/FLAD/USNSF. Dias 4 a 7 de Maio. Duração: 45 minutos.

48.	Ecosystem Theory, 1993 (Workshop). Nome do evento: Post-graduate Workshop / Course on Ecosystem Theory; Nome da Instituição: Royal Danish School of Pharmacy. 16 a 27 de Agosto. Participação como cientista convidado.

49.	Biodiversity and Ecosystem Function in a European Perspective, 1993 (Workshop). Nome do evento: Workshop: Biodiversity and Ecosystem Function in a European Perspective; Nome da Instituição: Universidade de Londres, Wye College, Kent, United Kingdom. Financiado pelo programa EC e UNESCO/Diversitas.

50.	Workshop on Coastal Oceans, 1993 (Workshop). Nome do evento: Workshop on Coastal Oceans; Nome da Instituição: JNICT/FLAD/USNSF.

51.	Proteccção do Ambiente Marítimo, 1992 (Conferência). Nome do evento: Seminário sobre Proteccção do Ambiente Marítimo; Nome da Instituição: Fundação Luso Americana para o Desenvolvimento. Dia13 de Fevereiro. Participação como cientista convidado.

Participação como Membro da Comissão Científica Participation as Member of the Program Committee

1.

Simpósio ECSA 47 - Integrative tools and methods in assessing ecological quality in estuarine and coastal systems worldwide, 2010 (Simpósio). Nome do evento: Simpósio ECSA 47 - Integrative tools and methods in assessing ecological quality in estuarine and coastal systems worldwide; Nome da Instituição: pelo IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra, e pelo Centro de Oceanografia da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa. Dias 14 a 19 de Setembro. - Presidente da Comissão Organizadora e da Comissão Científica .

2.	XV Simpósio Ibérico de Biologia Marinha, 2009 (Simpósio). Nome do evento: XV Simpósio Ibérico de Biologia Marinha; Nome da Instituição: Museu Municipal de Funchal. Dias 9 a 13 de Setembro. .

3.	Plankton Symposium, 2001 (Simpósio). Nome do evento: Plankton Symposium; Nome da Instituição: IMAR – Instituto do Mar. Dias 20 a 22 de Setembro.

4.	ASLO Aquatic Sciences Meeting – Research across boundaries, 2000 (Encontro). Nome do evento: ASLO Aquatic Sciences Meeting – Research across boundaries; Nome da Instituição: organisado pela American Society of Limnology and Oceanography (ASLO). Dias 5 a 9 de Junho.

5.	XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 2000 (Simpósio). Nome do evento: XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho. Dias 22 a 25 de Fevereiro.

6.	International Conference on Sustainable Management of Coastal Ecosystems, 1999 (Conferência). Nome do evento: International Conference on Sustainable Management of Coastal Ecosystems; Nome da Instituição: Universidade Fernando Pessoa. Dias 3 a 5 de Novembro.

7.	1st Interdisciplinary Symposium on Estuarine Processes, 1998 (Simpósio). Nome do evento: 1st Interdisciplinary Symposium on Estuarine Processes; Nome da Instituição: Universidade do Algarve. Dias 15 a 17 de Junho. Membro do Comité Científico.

8.	X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 1998 (Simpósio). Nome do evento: X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho; Nome da Instituição: IMAR – Instituto do Mar. Dias 23 a 26 de Fevereiro. Presidente do Simpósio e membro da Comissão Científica.

Participação como Membro da Comissão de Honra Participation as Member of the Honour Committee

1.	Encontro de Biólogos da Comunidade de Países de Língua Portuguesa, 2004 (Encontro). Nome do evento: Encontro de Biólogos da Comunidade de Países de Língua Portuguesa. Dias 28 de Setembro a 3 de Outubro. Membro do Painel das Ciências do Mar.

Participação como Moderador Participation as Chairman

1.	2º Encontro Nacional de Ecologia, 1997 (Encontro). Nome do evento: 2º Encontro Nacional de Ecologia; Nome da Instituição: Sociedade Portuguesa de Ecologia (SPECO). Dias 3 a 5 de Dezembro.

2.	1º Encontro Nacional de Ecologia, 1996 (Encontro). Nome do evento: 1º Encontro Nacional de Ecologia; Nome da Instituição: Sociedade Portuguesa de Ecologia (SPECO). Dias 6 e 7 de Dezembro. Moderador da sessão “Modelação Ecológica”.

Participação como Relator Participation as Commentator

1.

MM-ARS, Materials Management and Regional Sustainability, 1994 (Workshop). Nome do evento: MM-ARS, Materials Management and Regional Sustainability; Cidade do evento: Viena. Dias 24 a 28 de Abril. Participação como cientista convidado, tendo desempenhado funções de relator de um dos grupos de trabalho.

Outro tipo de participação Other kind of participation

1.	Building Portugal – United States ocean science relations, 2005 (Workshop). Nome do evento: Workshop Building Portugal – United States ocean science relations; Nome da Instituição: FLAD. Dias 14 e 15 de Abril.

2.	II Congresso Nacional da Ordem dos Biólogos: A Biologia do Futuro, 2005 (Congresso). Nome do evento: II Congresso Nacional da Ordem dos Biólogos: A Biologia do Futuro; Nome da Instituição: Seminário de Vilar. Dias 3 a 5 de Março. Membro da Comissão Executiva.

3.	XI International Colloquium on Amphipoda, 2003 (Outra). Nome do evento: XI International Colloquium on Amphipoda; Nome da Instituição: Universidade de Tunis. Dias 25 a 30 de Março.

4.	ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 2000 (Outra). Nome do evento: ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium. Dias 3 a 7 de Julho.

5.	EcoSummit 2000 – Integrating the Sciences, 2000 (Outra). Nome do evento: EcoSummit 2000 – Integrating the Sciences. Dias 18 a 22 de Junho.

6.	49 th Annual Meeting of the American Institute of Biological Sciences, 1998 (Encontro). Nome do evento: 49 th Annual Meeting of the American Institute of Biological Sciences; Nome da Instituição: ISEM Society. Dias 2 a 6 de Agosto.

7.	Ecological Summit 96, 1996 (Congresso). Nome do evento: Ecological Summit 96; Nome da Instituição: International Society of Ecological Modelling (ISEM) e pela Elsevier. Dias 19 a 23 de Agosto. Membro do “Steering Committee” .

8.	IX Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, 1996 (Simpósio). Nome do evento: IX Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho. Dias 19 a 23 de Fevereiro.

9.	Commemorative Symposium Centennial of Portuguese Oceanography, 1996 (Simpósio). Nome do evento: Commemorative Symposium Centennial of Portuguese Oceanography. Dias 1 a 3 de Fevereiro.

10.	The 9th International Conference on the State of the Art of Ecological Modelling (ISEM’95), 1995 (Conferência). Nome do evento: The 9th International Conference on the State of the Art of Ecological Modelling (ISEM’95). Dias 11 a 15 de Agosto.

11.	4th International Conference on Aquatic Ecosystem Health: Integrated / Multitrophic Strategies - Microbes to Fish, 1995 (Conferência). Nome do evento: 4th International Conference on Aquatic Ecosystem Health: Integrated / Multitrophic Strategies - Microbes to Fish. Dias 14 a 18 de Maio.

12.	ECOTECHNICS 95 - International Symposium on Ecological Engineering, 1995 (Simpósio). Nome do evento: ECOTECHNICS 95 - International Symposium on Ecological Engineering. Dias 29 a 31 de Março.

13.	ECSA 24 Symposium, Northern and southern estuaries and coastal areas, 1994 (Simpósio). Nome do evento: ECSA 24 Symposium, Northern and southern estuaries and coastal areas. Dias 5 a 9 de Setembro.

14.	Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, 1994 (Seminário). Nome do evento: Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime. Dias 11 a 13 de Julho.

15.	International Congress on Modelling and Simulation, 1993 (Congresso). Nome do evento: International Congress on Modelling and Simulation. Dias 6 a 10 de Dezembro.

16.	MAST days and EUROMAR market, 1993 (Outra). Nome do evento: MAST days and EUROMAR market; Nome da Instituição: Commission of the European Communities, DG XII, MAST programme. Dias 15 a 17 Março de 1993.

17.	International Conference on the State of the Art in Ecological Modelling and Ecological Engineering, 1992 (Conferência). Nome do evento: International Conference on the State of the Art in Ecological Modelling and Ecological Engineering. Dias 28 de Setembro a 2 de Outubro.

18.	6TH European Ecological Congress, 1992 (Congresso). Nome do evento: 6TH European Ecological Congress. Dias 7 a 12 de Setembro.

19.	Reunião Aquacultura da Comissão Arco Atlântico, 1992 (Outra). Nome do evento: Reunião Aquacultura da Comissão Arco Atlântico. Dias 19 e 20 de Março.

20.	3ª Conferência Nacional Sobre a Qualidade do Ambiente, 1992 (Conferência). Nome do evento: 3ª Conferência Nacional Sobre a Qualidade do Ambiente; Nome da Instituição: Universidade de Aveiro. Dias 5 a 7 de Fevereiro.

21.	4º Congresso sobre o Alentejo, 1991 (Congresso). Nome do evento: 4º Congresso sobre o Alentejo; Nome da Instituição: Câmara Municipal de Sines. Dias 30 de Maio a 1 de Junho.

22.

Biogeochemical processes in estuaries, 1991 (Outra). Nome do evento: Intensive Course: Biogeochemical processes in estuaries; Nome da Instituição: European Institute for Advanced Studies in Oceanography (EIASO) e European Association for Science and Technology (EAST). A participação neste curso intensivo incluiu uma aula teórica (2 horas), para apresentação de resultados próprios.

23.	A Plataforma Continental Portuguesa, evolução e processos condicionantes, 1990 (Simpósio). Nome do evento: Simpósio A Plataforma Continental Portuguesa, evolução e processos condicionantes; Nome da Instituição: JNICT - MAR. Dias 22 a 24 de Maio.

24.	Encontro Nacional de Estuários, 1990 (Encontro). Nome do evento: Encontro Nacional de Estuários; Nome da Instituição: Faculdade de Ciências de Lisboa. Dias 26 e 27 de Março.

25.	Epicontinental Seas Environment Colloquium, 1990 (Outra). Nome do evento: Epicontinental Seas Environment Colloquium; Nome da Instituição: IFREMER / Région Nord-Pas de Calais. Dias 20 a 22 de Março.

26.	Modelling of marine ecosystems, 1990 (Outra). Nome do evento: Intensive Course: Modelling of marine ecosystems; Nome da Instituição: European Institute for Advanced Studies in Oceanography (EIASO) e European Association for Science and Technology (EAST).

27.	Colóquio sobre a Conservação dos Recursos Vivos Marinhos, 1989 (Outra). Nome do evento: Colóquio sobre a Conservação dos Recursos Vivos Marinhos; Nome da Instituição: INIP / Liga para a Protecção da Natureza. Dias 25 a 27 de Setembro.

28.	Seminário sobre a situação actual e perspectivas no desenvolvimento da Aquacultura em Portugal, 1989 (Seminário). Nome do evento: Seminário sobre a situação actual e perspectivas no desenvolvimento da Aquacultura em Portugal; Nome da Instituição: Universidade de Algarve. Dias 18 a 20 de Janeiro.

29.	Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas. e Recursos Zoológicos, 1988 (Outra). Nome do evento: - Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas. e Recursos Zoológicos. Dias 23 a 25 de Março.

30.	Ecologia bêntica marinha: Macrobenthos e Meiobenthos, 1988 (Outra). Nome do evento: Ecologia bêntica marinha: Macrobenthos e Meiobenthos; Nome da Instituição: Serviços Nacionais de Parques e Reservas e Conservação da Natureza (SNPRCN); Cidade do evento: Faro / Universidade do Algarve.

31.

Sandy beaches ecology: Community structure and population dynamics, 1988 (Seminário). Nome do evento: Sandy beaches ecology: Community structure and population dynamics; Nome da Instituição: Centro de Sistemática e Ecologia da Universidade de Coimbra; Cidade do evento: Coimbra / Museu e Laboratório Zoológico.

32.	Seminário sobre Software Estatístico, 1987 (Seminário). Nome do evento: Seminário sobre Software Estatístico; Nome da Instituição: Associação Portuguesa de Informática (API); Cidade do evento: Lisboa / LNEC.

33.	Seminar on Scientific and Technical Co-Operation in Oceanology in Europe, 1985 (Seminário). Nome do evento: Seminar on Scientific and Technical Co-Operation in Oceanology in Europe; Nome da Instituição: Conselho da Europa. Dias 16 a 19 de Dezembro.

34.	VIth International Colloquium on Amphipod Crustaceans, 1985 (Outra). Nome do evento: VIth International Colloquium on Amphipod Crustaceans; Nome da Instituição: Universidade de Amsterdam. Dias 28 de Junho a 3 de Julho.

35.	4º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, 1984 (Simpósio). Nome do evento: 4º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho. Dias 9 a 11 de Abril.

36.

Colóquio para a protecção das zonas ribeirinhas (litoral marítimo, margens fluviais e lacustres, 1983 (Outra). Nome do evento: Colóquio para a protecção das zonas ribeirinhas (litoral marítimo, margens fluviais e lacustres; Nome da Instituição: Liga para a Protecção da Natureza. Dias 8 a 12 de Novembro.

37.	Workshop on estuarine processes: An application to the Tagus estuary, 1982 (Workshop). Nome do evento: Workshop on estuarine processes; Nome da Instituição: CNA/UNESCO. Dias 13 a 16 de Dezembro.

38.	2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, 1981 (Simpósio). Nome do evento: 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho. Dias 19 a 23 de Março.

39.	1º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, 1979 (Simpósio). Nome do evento: 1º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho. Dias 9 a 11 de Abril.

Participação editorial em revistas Magazine editorial participation

1.	Marques, João Carlos de Sousa. Marine Biology, Função ou tipo de participação: Reviewer, Editora: SPRINGER VERLAG.
2.	Marques, João Carlos de Sousa. Estuarine Coastal and Shelf Science, Função ou tipo de participação: Reviewer.
3.	Marques, João Carlos de Sousa. Estuarine and Coastal Science Association.
4.	Marques, João Carlos de Sousa. Journal of the Marine Biological Association, Função ou tipo de participação: Reviewer.
5.	Marques, João Carlos de Sousa. Crustaceana, Função ou tipo de participação: Reviewer.
6.	Marques, João Carlos de Sousa. International Journal of Ecodynamics, desde 2005/01/03, Função ou tipo de participação: Corpo editorial, Editora: WIT Press .
7.	Marques, João Carlos de Sousa. Journal of Ecodynamics, desde 2004/01/02, Função ou tipo de participação: Corpo editorial.
8.	Marques, João Carlos de Sousa. Acta Oecologica, desde 1998/01/02, Função ou tipo de participação: Editor, Editora: ELSEVIER .
9.	Marques, João Carlos de Sousa. Journal of Crustacean Biology, desde 1995/01/02, Função ou tipo de participação: Editor, Editora: Allen Press Inc..
10.	Marques, João Carlos de Sousa. Ecological Modelling, desde 1992/01/02, Função ou tipo de participação: Corpo editorial, Editora: ELSEVIER.
11.	Marques, João Carlos de Sousa. Ecological Indicators, de 2007/01/02 até 2012/04/04, Função ou tipo de participação: Corpo editorial, Editora: ELSEVIER.
12.	Marques, João Carlos de Sousa. The Scientific World, de 2001/01/02 até 2002/01/02, Função ou tipo de participação: Reviewer.