Curriculum Vitae

Francisco Rente de Pina Martins

Data da última atualização »Last update : 24/11/2017


Francisco Rente de Pina Martins. Concluiu Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento pela Universidade de Lisboa em 2007. É da Universidade de Lisboa. Publicou 9 artigos em revistas especializadas e 15 trabalhos em actas de eventos. Possui 6 softwares e outros 6 itens de produção técnica. Participou em 2 eventos em Portugal. Actua nas áreas de Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas e Ciências Exactas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação. Nas suas actividades profissionais interagiu com 95 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. No seu curriculum DeGóis os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Software, Phylogenetics, Sequence Data, FASTA, NEXUS, Perl, Biogeography, Cape Verde islands, cicadas e concatenation.


Endereço de acesso a este CV:

http://www.degois.pt/visualizador/curriculum.jsp?key=4345536984437757


Dados pessoais (Personal data)
Nome completo
Full name
Francisco Rente de Pina Martins
Nome em citações bibliográficas
Quoting name
Pina-Martins, Francisco
Domínio científico de atuação
Scientific domain
Ciências Naturais-Ciências Biológicas.
Ciências Exactas-Ciências da Computação e da Informação.
Endereço profissional
Professional address
Universidade de Lisboa
Faculdade de Ciências
Centro de Biologia Ambiental
Campo Grande, C2
1749-016 Lisboa
Portugal
Telefone: (+351)21757314
Fax: (+351)21750002
Correio electrónico: frmartins@fc.ul.pt
Sexo
Gender
Masculino»Male




Graus Académicos (Academic Degrees)
2006-2007 Mestrado
Master degree
Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento (1 anos » years) .
Universidade de Lisboa, Portugal.

2001-2005 Licenciatura
Licentiate degree
Biologia Ambiental (Marinha) (4 anos » years) .
Universidade de Lisboa, Portugal.





Formação complementar ( studies)
2010-2010 Outros
Others
A07 - Biologia; A56 - Técnicas de Laboratório.
Conselho Científco Pedagógico de Formação Contínua, Portugal.

2005-2006 Especialização/ Pós-Graduação
Specialization/ Postgraduation
Marcadores Moleculares.
Universidade de Lisboa, Portugal.





Vínculos profissionais (Professional Positions)
Universidade de Lisboa
Fev/2010-Actual Outra Situação

Centro de Formação Ordem de Santiago
Mar/2010-Mai/2010 Outra Situação

Universidade de Lisboa
Jan/2008-Jan/2010 Outra Situação

Universidade de Lisboa
Abr/2007-Dez/2007 Estagiário Investigador





Atividades de Formação Profissional (Professional education activities)


Centro de Formação Ordem de Santiago
Mar/2010-Mai / 2010
Formação profissional»Professional education:

   - Kits Experimentais para o Ensino da Biologia e Química






Outras atividades técnico científicas (Other technical-scientific activities)
Universidade de Lisboa
Fev/2010-Actual Faculdade de Ciências
Atividade realizada»Activity:

Tarefas de bioinformática em dados de NGS, Administrador de sistemas.






Línguas (Languages)
Compreende
Understandig
Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Bem), Francês (Bem).
Fala
Speaking
Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Bem), Francês (Pouco).

Reading
Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Pouco), Francês (Bem).
Escreve
Writing
Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Pouco), Francês (Pouco).




Produção científica, técnica e artística/cultural (Scientific, technical and artistical/cultural production)
Artigos em revistas com arbitragem científica
Papers in periodics with scientific refereeing
1. Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Fino, Joana; Paulo, Octávio S. 2017. " Structure_threader : An improved method for automation and parallelization of programs structure , fastStructure and MavericK on multicore CPU systems ", Molecular Ecology Resources 17, 6: e268 - e274.
2. Pina-Martins, Francisco; Vieira, Bruno M; Seabra, Sofia G; Batista, Dora; Paulo, Octávio S. 2016. "4Pipe4 – A 454 data analysis pipeline for SNP detection in datasets with no reference sequence or strain information", BMC Bioinformatics 17, 1: NA - NA.
3. Rodrigues, Ana S. B; Silva, Sara E; Pina-Martins, Francisco; Loureiro, João; Castro, Mariana; Gharbi, Karim; Johnson, Kevin P; Dietrich, Christopher H; Borges, Paulo A. V; Quartau, José A; Jiggins, Chris D; Paulo, Octávio S; Seabra, Sofia G. 2016. "Assessing genotype-phenotype associations in three dorsal colour morphs in the meadow spittlebug Philaenus spumarius (L.) (Hemiptera: Aphrophoridae) using genomic and transcriptomic resources", BMC Genetics 17, 1: NA - NA.
4. Pina-Martins, F.; Paulo, O.S.. 2016. "NCBI Mass Sequence Downloader –Large dataset downloading made easy", SoftwareX 5, NA: 80 - 83.
5. Modesto, Inês S; Miguel, Célia; Pina-Martins, Francisco; Glushkova, Maria; Veloso, Manuela; Paulo, Octávio S; Batista, Dora. 2014. "Identifying signatures of natural selection in cork oak (Quercus suber L.) genes through SNP analysis", Tree Genetics & Genomes 10, 6: 1645 - 1660.
6. Bradnam, Keith R; Fass, Joseph N; Alexandrov, Anton; Baranay, Paul; Bechner, Michael; Birol, Inanç; Boisvert, Sébastien; Chapman, Jarrod A; Chapuis, Guillaume; Chikhi, Rayan; Chitsaz, Hamidreza; Chou, Wen-Chi; Corbeil, Jacques; Del Fabbro, C; Docking, T R; Durbin, Richard; Earl, Dent; Emrich, Scott; Fedotov, Pavel; Fonseca, Nuno A; Ganapathy, Ganeshkumar; Gibbs, Richard A; Gnerre, Sante; Godzaridis, Élénie; Goldstein, Steve; Haimel, Matthias; Hall, Giles; Haussler, David; Hiatt, Joseph B; Ho, Isaac Y; Howard, Jason; Hunt, Martin; Jackman, Shaun D; Jaffe, David B; Jarvis, Erich D; Jiang, Huaiyang; Kazakov, Sergey; Kersey, Paul J; Kitzman, Jacob O; Knight, James R; al., et. 2013. "Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species", GigaScience 2, 1: NA - NA.
7. Seabra, Sofia G; Pina-Martins, Francisco; Marabuto, Eduardo; Yurtsever, S.; Halkka, O.; Quartau, José A; Paulo, Octávio S. 2010. "Molecular phylogeny and DNA barcoding in the meadow-spittlebug Philaenus spumarius (Hemiptera, Cercopidae) and its related species", MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION  56, 1: 462 - 467.
8. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2008. "Concatenator: Sequence Data Matrices Handling Made Easy", Molecular Ecology Resources 8, 6: 1254 - 1255.
9. Fonseca, Paulo J; Serrão, Ester A; Pina-Martins, Francisco; Silva, Pedro; Mira, Sara; Quartau, José A; Paulo, Octávio S; Cancela, Leonor. 2008. "The evolution of cicada songs contrasted with the relationships inferred from mitochondrial DNA (Insecta, Hemiptera)", BIOACOUSTICS-THE INTERNATIONAL JOURNAL OF ANIMAL SOUND AND ITS RECORDING 18, 1: 17 - 34.

Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica
Papers in conference proceedings with scientific refereeing
1. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2017. "Acorns of code: The role of bioinformatics in determining the consequences of climate change for cork oak populations.", Trabalho apresentado em 6th Bioinformatics Open Days, In 6th Bioinformatics Open Days, Braga.
2. Romeiras, Maria; Vieria, Ana; Veloso, M; Moura, M; Batista, Dora; Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S; Duarte, M. C. 2010. "Testing a DNA barcode application on the Portuguese wild relatives of Beta species.", Trabalho apresentado em 2nd Conference of the European Consortium for the Barcode of Life., In 2nd Conference of the European Consortium for the Barcode of Life., Braga.
3. Romeiras, Maria; Loureiro, J; Vieria, Ana; Castro, S; Pina-Martins, Francisco; Veloso, M; Moura, M; Batista, Dora; Paulo, Octávio S; Duarte, M. C. 2010. "Genetic diversity of the Portuguese wild Beta-Patellaria species complex using DNA barcoding and flow cytometry.", Trabalho apresentado em International Symposium FloraMac2010, In International Symposium FloraMac2010, Ponta Delgada.
4. Romeiras, Maria; Paulo, Octávio S; Coutrim, Helena; Pina-Martins, Francisco; Duarte, M. C; Pais, M. S. 2010. "Colonization and diversification patterns of Cape Verde endemic Echium L. species.", Trabalho apresentado em nternational Symposium FloraMac2010, In nternational Symposium FloraMac2010, Ponta Delgada.
5. Pina-Martins, Francisco; Lopes, Margarida C; Nunes, Vera L; MU, Böhme; TU, Berendonk; Ferrand, Nuno; Paulo, Octávio S. 2007. "Analysis of the genetic structure of Schereiber's green lizard, Lacerta schreiberi – conservation implications for an endemic species", Trabalho apresentado em 11th Congress of the European Society of Evolutionary Biology, In 11th Congress of the European Society of Evolutionary Biology, Uppsala.

Trabalhos completos/resumidos em eventos sem arbitragem científica
Papers in conference proceedings without scientific refereeing
1. Pina-Martins, Francisco. 2016. "Variação genómica do sobreiro (Quercus suber). Implicações da diversidade num cenário de alterações globais", Trabalho apresentado em JobShop Ciências 2016, In JobShop Ciências 2016, Lisboa.
Invited speaker.
2. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2016. "Adventures of a PhD: Developing software to tackle evolutionary biology problems – performance, automation and reproducibility.", Trabalho apresentado em 5th Bioinformatics Open Days, In 5th Bioinformatics Open Days, Braga.
3. Pina-Martins, Francisco; Batista, Dora; Pappas, Georgios; Paulo, Octávio S. 2015. "Uncorking the evolutionary history of cork oak populations. From past fragmentation to present unification – and future uncertainty.", Trabalho apresentado em XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 21st December 2015, In XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 21st December 2015, Almada.
4. Laurentino, Telma G; Pina-Martins, Francisco; Patrício, Pedro; Fino, Joana; Ceríaco, Luís; Alves, F.; Paulo, Octávio S. 2015. "May the Selection be with you. The interplay of Evolutionary Forces in the Speciation of Timon lepidus.", Trabalho apresentado em XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, In XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, Almada.
5. Pina-Martins, Francisco. 2015. "From Bench to Byte. A Biologist's path to Bioinformatics", Trabalho apresentado em 4th Bioinformatics open days, In 4th Bioinformatics open days, Lisboa/Braga.
6. Pina-Martins, Francisco; Batista, Dora; Paulo, Octávio S. 2014. "New SNPs mined from ESTs reveal lack of genetic structuring in Cork Oak populations.", Trabalho apresentado em X Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, In X Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, Lisboa.
7. Pina-Martins, Francisco; Vieira, Bruno M; Seabra, Sofia G; Batista, Dora; Paulo, O.S.. 2013. "Making the best of your 454 dataset using the 4Pipe4 analysis pipeline – from an unknown genome to a detailed SNPs analysis: A case study with a Quercus suber dataset.", Trabalho apresentado em XIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology, In XIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lisboa.
8. Modesto, Inês S; Miguel, Célia; Pina-Martins, Francisco; Glushkova, Maria; Veloso, M; Paulo, Octávio S; Batista, Dora. 2012. "Population frequency data of SNP markers in cork oak.", Trabalho apresentado em IUFRO 2012 conference “Genetics of Fagaceae and Nothofagaceae”, In IUFRO 2012 conference “Genetics of Fagaceae and Nothofagaceae”, Bordéus.
9. Vieira, Bruno M; Pina-Martins, Francisco; Seabra, Sofia G; Paulo, O.S.. 2011. "Analysis of software for the NGS technology: The Survival Guide", Trabalho apresentado em 24th European Conference on Operational Research, In 24th European Conference on Operational Research, Lisboa.
10. Vieria, Bruno; Pina-Martins, Francisco; Seabra, Sofia G; Paulo, Octávio S. 2010. "Analysis of software for the NGS technology: The Survival Guide", Trabalho apresentado em 24th European Conference on Operational Research, In 24th European Conference on Operational Research, Lisboa.



Software sem registo ou patente
Software without patent or official record
1. Pina-Martins, Francisco; Baptista, João; Paulo, Octávio S. PyRONA,2017.
2. Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Fino, Joana; Paulo, Octávio S. Structure_threader,2017.
3. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. NCBI Mass Downloader,2015.
5. Pina-Martins, Francisco; Vieira, Bruno M; Batista, Dora; Seabra, Sofia G; Paulo, Octávio S. 4Pipe4,2013.
4. Pina-Martins, Francisco. Radeon-tray,2013.
6. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. Concatenator,2007.

Curso de curta duração lecionado
Taught short course
1. Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Vieira, Bruno M; Paulo, Octávio S. Python 101- By biologists for biologists – second edition, 2014 (Extensão), promovido por FCUL.
Duração: 5 dias. Local: FCUL, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Docente.
2. Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Vieira, Bruno M; Paulo, Octávio S. Python 101- By biologists for biologists, 2012 (Extensão), promovido por FCUL.
Duração: 5 dias. Local: FCUL, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Organizador.
3. Pina-Martins, Francisco. Kits Experimentias para o ensino da Biologia e da Química, 2010 (Outra), promovido por Centro de Formação Ordem de Santiago.
Duração: 30 horas. Local: Agrupamento de escolas do Viso / Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Setúbal, Tipo de participação: Docente.
Curso para professores do ensino secundário. Componente de actualização de conhecimentos e componete de protocolos experimentais.
4. Paulo, Octávio S; Pina-Martins, Francisco. 1º Curso prático de Filogeografia, 2010 (Aperfeiçoamento), promovido por Centro de Biologia Ambiental.
Duração: 30 horas. Local: Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Outra.
Formador responsável pela componete prática do curso e pela parte teórica sobre o software "Sequencher". Participação na organização geral.

5. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2º Curso Prático de Análise Filogenética, 2009 (Aperfeiçoamento), promovido por Centro de Biologia Ambiental.
Duração: 30 horas. Local: Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Outra.
Formador responsável pela componete prática do curso e pela parte teórica sobre o software "Sequencher". Participação na organização geral.

6. Paulo, Octávio S; Pina-Martins, Francisco. 1º Curso Prático de Análise Filogenética, 2009 (Aperfeiçoamento), promovido por CoBiG² (Computational Biology and Genomics Group).
Duração: 30 horas. Local: Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Outra.
Formador responsável pela componete prática do curso e pela parte teórica sobre o software "Sequencher". Participação na organização geral.






Dados Complementares (Additional data)


Outros Trabalhos
Other production
1. Pina-Martins, Francisco. Arch linux User Repository (AUR), 2010.
Responsável pela manutenção de 5 pacotes da distribuição "Arch Linux". Três deles estão relacionados com biologia molecular. Mais informação em: .

2. Pina-Martins, Francisco. Ubuntu, 2010.
Participação na manutenção da qualidade de pacotes de biologia molecular na distribuição "Ubuntu Linux".




Participação em eventos
Event participation
Outro tipo de participação
Other kind of participation
1. Ciência 2010 - Encontro com a Ciência e Technologia, 2010 (Conferência).
Nome do evento: Ciência 2010 - Encontro com a Ciência e Technologia; Nome da Instituição: Ciência Viva; Cidade do evento: Lisboa / Centro de Congressos de Lisboa.
Participante nas várias conferências. Todas as áreas do conhecimento foram abordadas nesta conferência. Âmbito muito geral.
2. V Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 2009 (Conferência).
Nome do evento: V Encontro Nacional de Biologia Evolutiva; Nome da Instituição: Unidade de Investigação em Eco-Etologia; Centro de Biociências; Cidade do evento: Lisboa / ISPA - Instituto de Psicologia Aplicada.
Participante na conferência.








Indicadores de produção (Production indicators)

Total
Produção científica
Scientific production
24

Artigos científicos em revistas
Papers in periodics
9
Com arbitragem científica
With scientific refereeing
9
Trabalhos em eventos
Papers in conference proceedings
15
Com arbitragem científica
With scientific refereeing
5
Sem arbitragem científica
Without scientific refereeing
10

Total
Produção técnica
Technical production
12

Software 6
Software sem registo ou patente
Software without patent or official record
6
Outros tipos de produção técnica
Other technical production
6

Total
Dados complementares
(Additional data)
4

Outros Trabalhos
Other production
2
Participação em Eventos
Event participation
2


Outras informações relevantes
Experiência de programação em 'Perl' (incluíndo Perl/Tk) e 'Python'.
Experiência de "scripting" em 'bash' e outros ambientes de 'shell'.
Alguns conhecimentos de 'R' e 'C' (principalmente no uso de compiladores).
Experiência como administrador de sistemas.
Desde 2006, a administrar servidores Linux e Desktops Linux, Windows e Mac OS.
Co-responsável pelos seguintes websites: http://cobig2.
fc.
ul.
pt http://coec.
fc.
ul.
pt O programa Concatenator, apesar de ter apenas 3 citações, já foi descarregado 643 vezes desde 21-2-2010.
No entanto o seu pico de utilização terá sido durante 2009.
Está também referido em 2 websites estrangeiros: http://biogeographyca.
blogspot.
com/2009/04/softwareconcatenator.
html http://fyloshop.
webnode.
cz/news/concatenator/ E é também recomendado num site checo com perguntas e respostas sobre análise filogenética: http://www.
webnode.
cz/content/fyloshop.
webnode.
cz/news/jak-zmenit-format-interleaved-na-sequential/page/12/


Visualizações do curriculum [ 811 ]
 
Página gerada pela Plataforma de Curricula DeGóis promovida pela FCT e pelo Gávea/DSI/UM em 27-10-2018 às 03:12:36
Plataforma de Curricula DeGóis: http://www.degois.pt | Icons by Axialis Team
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