Curriculum Vitae

Oscar Manuel Lima Dias

Data da última atualização »Last update : 31/07/2017


Oscar Manuel Lima Dias. Concluiu Programa Doutoral em Engenharia Química e Biológica pela Universidade do Minho em 2013. Publicou 9 artigos em revistas especializadas e 17 trabalhos em actas de eventos, possui 4 capítulos de livros publicados. Possui 1 software e outros 5 itens de produção técnica. Entre 2010 e 2015 participou em 4 projectos de investigação. Actualmente participa em 2 projectos de investigação. Actua nas áreas de Engenharia e Tecnologia com ênfase em Biotecnologia Industrial e Engenharia e Tecnologia com ênfase em Engenharia Electrotécnica, Electrónica e Informática. Nas suas actividades profissionais interagiu com 20 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. No seu curriculum DeGóis os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Metabolic Engineering, Systems Biology, Bioinformatics, merlin, Metabolic Models Reconstruction, Dynamics and Control, Genome annotation, Genome-Scale Metabolic Models, Kluyveromyces lactis e metabolic functions.


Endereço de acesso a este CV:

http://www.degois.pt/visualizador/curriculum.jsp?key=4887530253329669


Dados pessoais (Personal data)
Nome completo
Full name
Oscar Manuel Lima Dias
Nome em citações bibliográficas
Quoting name
Dias, O.
Categoria profissional
Position
Investigador Auxiliar
Domínio científico de atuação
Scientific domain
Engenharia e Tecnologia-Biotecnologia Industrial.
Engenharia e Tecnologia-Engenharia Electrotécnica, Electrónica e Informática.
Endereço profissional
Professional address
Universidade do Minho
Escola de Engenharia
Centro de Engenharia Biológica (CEB) - Laboratório Associado IBB
Universidade do Minho, Campus de Gualtar
Braga
4710-057 Braga
Portugal
Telefone: (+351)253604421
Correio electrónico: odias@ceb.uminho.pt
Sexo
Gender
Masculino»Male




Graus Académicos (Academic Degrees)
2009-2013 Doutoramento
Phd
Programa Doutoral em Engenharia Química e Biológica (4 anos » years) .
Universidade do Minho, Portugal.

2006-2008 Mestrado
Master degree
Mestrado em Informática.
Universidade do Minho, Portugal.

1999-2005 Licenciatura
Licentiate degree
Engenharia Biológica.
Universidade do Minho, Portugal.





Vínculos profissionais (Professional Positions)
Universidade do Minho
Set/2016-Actual Investigador Auxiliar
Jul/2013-Ago/2016 Assistente de Investigação
Fev/2013-Jul/2013 Assistente de Investigação
Mar/2009-Fev/2013 Outra Situação
Mar/2008-Dez/2008 Assistente de Investigação
Out/2006-Mar/2008 Assistente de Investigação





Projetos de Investigação (Research projects)
Participação como Investigador
Participation as Researcher
2015-2018
Analysis and optimization of industrial microorganisms under dynamic process conditions-Analysis and optimization of industrial microorganisms under dynamic process conditions
Referência do projeto»Project reference: ERA-IB-2/0002/2014.

2014-2017
Designer yeast strain library optimized for metabolic engineering applications-Designer yeast strain library optimized for metabolic engineering applications
Referência do projeto»Project reference: ERA-IB-2/0003/2013.

2012-2015
PEM - Metabolic Engineering Platform- PEM - Metabolic Engineering Platform
Referência do projeto»Project reference: ADI-QREN- 23060.

2012-2014
Caracterização dos princípios de design de circuitos metabólicos prevalentes-Finding the naturally evolved design principles of prevalent metabolic circuits
Referência do projeto»Project reference: PTDC/QUI-BIQ/119657/2010.

2011-2013
Reconstrução in silico de redes celulares de Streptococcus pneumoniae e avaliação do seu impacto na virulência-In silico reconstruction of Streptococcus pneumoniae cellular networks and their impact on virulence
Referência do projeto»Project reference: PTDC/EBB-EBI/113824/2009.

2010-2013
AshByofactory - Ashbya gossypii: uma fábrica celular manipulada por engenharia metabólica de sistemas-AshByofactory - Ashbya gossypii: a systems metabolic engineered cell factory
Referência do projeto»Project reference: PTDC/EBB-EBI/101985/2008.






Línguas (Languages)
Compreende
Understandig
Inglês (Bem), Francês (Bem), Espanhol (Bem).
Fala
Speaking
Inglês (Bem), Francês (Bem), Espanhol (Pouco).

Reading
Inglês (Bem), Francês (Bem), Espanhol (Pouco).
Escreve
Writing
Inglês (Bem), Francês (Pouco), Espanhol (Razoavelmente).




Produção científica, técnica e artística/cultural (Scientific, technical and artistical/cultural production)
Capítulos de livros publicados
Published book chapters
1. Barbosa, Pedro; Dias, Oscar; Arrais, Joel P; Rocha, Miguel. 2014. Metagenomic Analysis of the Saliva Microbiome with Merlin.  In 8th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2014), ed. Julio Saez-Rodriguez, Miguel P. Rocha, Florentino Fdez-Riverola, Juan F. De Paz Santana, 191 - 199. ISBN: 978-3-319-07580-8. Cham: Springer International Publishing.
2. Dias, Oscar; Rocha, Isabel. 2013. Systems Biology in Fungi.  In Molecular Biology of Food and Water Borne Mycotoxigenic and Mycotic Fungi, ed. Russel Paterson and Nelson Lima, 1 - 1. ISBN: 9781466559868. Boca Raton: CRC Press.
3. Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2010. Merlin: Metabolic models reconstruction using genome-scale information.  In Computer Applications in Biotechnology, ed. Julio R. Banga, Philippe Bogaerts, Jan F.M. Van Impe, Denis Dochain, Ilse Smets, 120 - 125. . Belgium: IFAC-PapersOnline.
4. Pinto, José P; Dias, Oscar; Lourenço, Anália; Carneiro, Sónia; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel; Rocha, Miguel. 2009. Data Integration Issues in the Reconstruction of the Genome-Scale Metabolic Model of Zymomonas Mobillis.  In 2nd International Workshop on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics (IWPACBB 2008), ed. Juan M. CorchadoJuan F. PazMiguel P. RochaFlorentino Fernández Riverola, 92 - 101. ISBN: 978-3-540-85860-7. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.

Artigos em revistas com arbitragem científica
Papers in periodics with scientific refereeing
1. Dias, Oscar; Gomes, Daniel; Vilaca, Paulo; Cardoso, Joao; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2016. "Genome-wide Semi-automated Annotation of Transporter Systems", IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 1: 1 - 1.
2. Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2015. "Reconstructing genome-scale metabolic models with merlin", Nucleic Acids Research 43, 8: 3899 - 3910.
3. Dias, Oscar; Pereira, Rui; Gombert, Andreas K; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2014. " iOD907, the first genome-scale metabolic model for the milk yeast Kluyveromyces lactis", Biotechnology Journal 9, 6: 776 - 790.
4. Gomes, Daniel; Aguiar, Tatiana Q; Dias, Oscar; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2014. "Genome-wide metabolic re-annotation of Ashbya gossypii: new insights into its metabolism through a comparative analysis with Saccharomyces cerevisiae and Kluyveromyces lactis", BMC Genomics 15, 1: 810 - 810.
5. Dias, Oscar; Gombert, Andreas K; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2012. "Genome-wide metabolic (re-) annotation of Kluyveromyces lactis", BMC Genomics 13, 1: 517 - 517.
6. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2010. "A Comparison between Bright Field and Phase-Contrast Image Analysis Techniques in Activated Sludge Morphological Characterization", Microscopy and Microanalysis 16, 02: 166 - 174.
7. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Elias, R.A.V.; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2010. "Dilution and Magnification Effects on Image Analysis Applications in Activated Sludge Characterization", Microscopy and Microanalysis 16, 05: 561 - 568.
8. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2009. "Correlation between sludge settling ability and image analysis information using partial least squares", Analytica Chimica Acta 642, 1-2: 94 - 101.
9. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2008. "Monitoring of activated sludge settling ability through image analysis: validation on full-scale wastewater treatment plants", Bioprocess and Biosystems Engineering 32, 3: 361 - 367.

Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica
Papers in conference proceedings with scientific refereeing
1. Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2015. "MEtabolic models Reconstruction using genome scaLe INformation (merlin) - assessment and validation", Trabalho apresentado em Copenhagen Biosciences Conferences - 7th Conference: Cell Factories and Biosustainability, In Copenhagen Biosciences Conferences - 7th Conference: Cell Factories and Biosustainability - Abstract Book, Copenhagen.
2. Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2015. "Merlin Latest Developments for Pathways Analysis", Trabalho apresentado em MPA2015 - Metabolic Pathway Analysis 2015, In MPA2015 - Metabolic Pathway Analysis: Programme and Abstracts, Braga.
3. Dias, Oscar; Saraiva, João; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2015. "Towards a Genome-Scale Metabolic Model of the Streptococcus Pneumoniae R6 Avirulent Strain", Trabalho apresentado em COBRA 2015 - 4th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis, In COBRA 2015 - 4th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis conference proceedings, Heidelberg.
4. Dias, Oscar; Liu, Filipe; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2014. "Prediction of protein subunits using KEGG BRITE", Trabalho apresentado em COBRA 2014 - 3rd Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis, In COBRA 2014 - 3rd Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis conference proceedings, Charlottesville.
5. Gomes, Daniel; Dias, Oscar; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2013. "Reconstruction of a genome-scale metabolic model for the filamentous fungus Ashbya gossypii", Trabalho apresentado em PYFF5 - 5th Conference on Physiology of Yeast and Filamentous Fungi, In PYFF5 - 5th Conference on Physiology of Yeast and Filamentous Fungi, Montpellier.
6. Dias, Oscar; Gombert, Andreas K; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2013. "Towards a genome-scale metabolic model for the Kluyveromyces lactis yeast. ", Trabalho apresentado em 9th European Congress of Chemical Engineering / 2nd European Congress of Applied Biotechnology, In 9th European Congress of Chemical Engineering / 2nd European Congress of Applied Biotechnology, The Hague.
7. Gomes, Daniel; Dias, Oscar; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2012. "Reconstruction of a genome-scale metabolic model for the riboflavin producer fungus Ashbya gossypii", Trabalho apresentado em EMBO Conference Series - From Functional Genomics to Systems Biology, In EMBO Conference Series - From Functional Genomics to Systems Biology - Book of abstracts, Heidelberg.
8. Dias, Oscar; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2011. "Towards genome-wide semi-automated transporter system annotation", Trabalho apresentado em 12th International Conference on Systems Biology – ICSB 2011, In Proceedings of the 12th International Conference on Systems Biology – ICSB 2011, Mannheim.
9. Dias, Oscar; Gomes, Daniel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2011. "Revealing new biotechnological potentialities of the riboflavin producer fungus Ashbya gossypii by means of the construction and analysis of its metabolic network", Trabalho apresentado em MicroBiotec'11, In MicroBiotec'11- Book of Abstracts, Braga.
10. Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Rocha, Isabel; Ferreira, Eugénio C. 2009. " Metabolic reconstruction of less characterized microorganisms: a new methodology for reaction identification from genome sequencing data.", Trabalho apresentado em JORNADAS DE BIOINFORMÁTICA, In JB'2009 - Challenges in Bioinformatics : proceedings, Lisboa.
11. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2008. "Bright field versus phase contrast microscopy in activated sludge image acquisition methodologies", Trabalho apresentado em Chemical and Biological Engineering Conference - CHEMPOR 2008, In Proceedings of the 10th International Chemical and Biological Engineering Conference - CHEMPOR 2008, Braga.
12. Dias, Oscar; Mesquita, Daniela P; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2008. "Dilution effects on aggregates and filaments contents in automated image analysis methodologies", Trabalho apresentado em International Symposium on Sanitary and Environmental Engineering : SIDISA 08, In Proceedings of the International Symposium on Sanitary and Environmental Engineering : SIDISA 08, Florence.
13. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2008. "Evaluation of activated sludge systems by image analysis procedures", Trabalho apresentado em International Symposium on Sanitary and Environmental Engineering: SIDISA 08, In Proceedings of the International Symposium on Sanitary and Environmental Engineering: SIDISA 08, Florence.
14. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2008. "Relationship between sludge volume index and biomass structure within activated sludge systems", Trabalho apresentado em XVII Congresso Brasileiro de Engenharia Química - COBEQ 2008, In Anais do XVII Congresso Brasileiro de Engenharia Química - COBEQ 2008, Recife.
15. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. 2008. "Correlation between sludge settleability and image analysis information using Partial Least Squares ", Trabalho apresentado em CAC2008 - Proceedings of the 11th International Conference on Chemometrics in Analytical Chemistry, In CAC2008 - Proceedings of the 11th International Conference on Chemometrics in Analytical Chemistry, Montpellier.
16. Mesquita, Daniela P; Dias, Oscar; Ferreira, Eugénio C. 2007. "Monitoring activated sludge systems from wastewater treatment plants: automated image analysis procedures and their relation with operating parameters", Trabalho apresentado em Congresso Micro '07 - Biotec '07 - XXIII JPG, In Livro de Actas do Congresso Micro '07 - Biotec '07 - XXIII JPG, Lisboa.

Trabalhos completos/resumidos em eventos sem arbitragem científica
Papers in conference proceedings without scientific refereeing
1. Dias, Oscar; Gomes, Daniel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. 2012. "Reconstructing genome-scale metabolic models with merlin : the Ashbya gossypii case study", Trabalho apresentado em 3rd Meeting of the Institute for Biotechnology and Bioengineering, In 3rd Meeting of the Institute for Biotechnology and Bioengineering - Book of Abstracts, Lisboa.



Software sem registo ou patente
Software without patent or official record
1. Dias, Oscar. merlin - metabolic models reconstruction using genome-scale information,2010.

Apresentação oral de trabalho
Oral work presentation
1. Dias, Oscar; Rocha, Isabel; Gombert, Andreas K; Ferreira, Eugénio C. Towards a genome-scale metabolic model for the Kluyveromyces lactis yeast,2015 (Congresso).
2. Dias, Oscar; Gombert, Andreas K; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. iOD962 - the first genome-scale metabolic model of Kluyveromyces lactis,Bioinformatics Open Days 2013,Braga,2013 (Conferência ou palestra).
3. Dias, Oscar; Gomes, Daniel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. Reconstructing genome-scale metabolic models with merlin: the Ashbya gossypii case study,3rd Meeting of the Institute for Biotechnology and Bioengineering,Lisboa,2012 (Conferência ou palestra).
4. Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C; Rocha, Isabel. Merlin: Metabolic models reconstruction using genome-scale information,11th International Symposium on Computer Applications in Biotechnology - CAB 2010,Leuven,2010 (Simpósio).
5. Dias, Oscar; Mesquita, Daniela P; Amaral, António L; Ferreira, Eugénio C. Dilution effects on aggregates and filaments contents in automated image analysis methodologies,International Symposium on Sanitary and Environmental Engineering : SIDISA 08,Florence,2008 (Simpósio).





Dados Complementares (Additional data)


Participação no júri de Graus Académicos
Academic Degrees jury participation


Doutoramento
Phd
1. Dias, Oscar. Participação no júri de Joana Rute Calça Xavier. Systems Analysis of Minimal Metabolic Networks in Prokaryotes, 2016. Tese (Programa Doutoral em Engenharia Química e Biológica) - Universidade do Minho.
2. Dias, Oscar. Participação no júri de Rafael de Castro Carreira. Algorithms and Computational Tools for Metabolic Flux Analysis, 2015. Tese (Programa Doutoral em Engenharia Biomédica) - Universidade do Minho.


Mestrado
Master degree
1. Dias, Oscar. Participação no júri de Manuel José Gil Nogueira Ferreira. Analysis of transcriptomic data for inference of the function of the ATXN3 gene in neuronal cells, 2015.  Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade do Minho.
2. Dias, Oscar. Participação no júri de Bárbara Correia Brito. In silico Optimization of organic acids production, 2015.  Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade do Minho.
3. Dias, Oscar. Participação no júri de Joana Margarida Miguel. Reconstrução do Modelo Metabólico do Actinobaccilus succinogenes, 2014.  Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade do Minho.
4. Dias, Oscar. Participação no júri de Hugo Miguel Melo Giesteira. Development of an integrated platform for the in silico phenotype simulation of microbial strains, 2014.  Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade do Minho.
5. Dias, Oscar. Participação no júri de José Carlos Ribeiro Pacheco. PGP: Prokaryote Gene Prediction software, 2013.  Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade do Minho.


Participação em eventos
Event participation
Participação como Membro da Comissão Científica
Participation as Member of the Program Committee
1. Metabolic Pathways Analysis 2015, 2015 (Congresso).
Nome do evento: Metabolic Pathways Analysis 2015; Nome da Instituição: Biochemical Society; Cidade do evento: Braga / Braga.








Indicadores de produção (Production indicators)

Total
Produção científica
Scientific production
30

Livros e capítulos
Books and book chapters
4
Capítulos de livros publicados
Published book chapters
4
Artigos científicos em revistas
Papers in periodics
9
Com arbitragem científica
With scientific refereeing
9
Trabalhos em eventos
Papers in conference proceedings
17
Com arbitragem científica
With scientific refereeing
16
Sem arbitragem científica
Without scientific refereeing
1

Total
Produção técnica
Technical production
6

Software 1
Software sem registo ou patente
Software without patent or official record
1
Outros tipos de produção técnica
Other technical production
5

Total
Dados complementares
(Additional data)
8

Participação no Júri de Graus Académicos
Academic Degrees jury participation
7
Participação em Eventos
Event participation
1


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Página gerada pela Plataforma de Curricula DeGóis promovida pela FCT e pelo Gávea/DSI/UM em 27-10-2018 às 06:25:53
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