Curriculum Vitae

Patrícia Joana Morais Ferreira Oliveira

Data da última atualização »Last update : 10/09/2018


Patrícia Joana Morais Ferreira Oliveira. Concluiu Doutoramento em Áreas de Biologia Básica e Aplicada pela Universidade do Porto em 2012. No seu curriculum DeGóis os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: bioinformatics, cadherins, cancer, cis-regulatory elements e development.


Endereço de acesso a este CV:

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Dados pessoais (Personal data)
Nome completo
Full name
Patrícia Joana Morais Ferreira Oliveira
Nome em citações bibliográficas
Quoting name
Oliveira, Patrícia Joana Morais Ferreira
Domínio científico de atuação
Scientific domain
Ciências Médicas-Ciências da Saúde.
Ciências Exactas-Ciências da Computação e da Informação.
Endereço profissional
Professional address
Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto
Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto
Rua Dr. Roberto Frias s/n
Porto
4200-465 Porto
Portugal
Telefone: (+351)225570700Extensão: 3770
Fax: (+351)225570799
Correio electrónico: poliveira@ipatimup.pt
Homepage: www.ipatimup.pt
Sexo
Gender
Feminino»Female




Graus Académicos (Academic Degrees)
2007-2012 Doutoramento
Phd
Doutoramento em Áreas de Biologia Básica e Aplicada (4 anos » years) .
Universidade do Porto, Portugal.

2000-2006 Licenciatura
Licentiate degree
Bioquímica (4 anos » years) .
Universidade de Coimbra, Portugal.





Vínculos profissionais (Professional Positions)
Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto
Jan/2013-Actual Outra Situação

Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto
Jan/2010-Set/2014 Outra Situação

Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto
Fev/2012-Dez/2012 Outra Situação

Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto
Jan/2009-Dez/2012 Outra Situação

Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto
Jan/2007-Fev/2012 Outra Situação

British Columbia Cancer Agency
Jun/2010-Jul/2010 Outra Situação

Cluster in BioMedicine
Nov/2007-Mar/2009 Outra Situação





Línguas (Languages)
Compreende
Understandig
Inglês (Bem), Espanhol (Bem), Italiano (Bem).
Fala
Speaking
Inglês (Bem), Espanhol (Razoavelmente), Italiano (Razoavelmente).

Reading
Inglês (Bem), Espanhol (Razoavelmente), Italiano (Razoavelmente).
Escreve
Writing
Inglês (Bem), Espanhol (Pouco), Italiano (Pouco).




Prémios e títulos (Awards Prizes, and Honours)
2012 Segundo Melhor Poster na Área de Oncobiologia na Conferência I3S 2012, I3S (Consórcio IPATIMUP/IBMC/INEB).
2015 Finalista do "Young Investigator Award" da ESHG 2015, ESHG 2015.




Produção científica, técnica e artística/cultural (Scientific, technical and artistical/cultural production)
Artigos em revistas com arbitragem científica
Papers in periodics with scientific refereeing
1. Pinheiro, Hugo; Oliveira, Patrícia; Oliveira, Carla. 2015. "Hereditary Cancer Risk Assessment: Challenges for the Next-Gen Sequencing Era", Frontiers in Oncology 5, NA: NA - NA.

Artigos em revistas sem arbitragem científica
Papers in periodics without scientific refereeing
1. Gullo, Irene; Carvalho, Joana; Martins, Diana; Lemos, Diana; Monteiro, Ana; Ferreira, Marta; Das, Kakoli; Tan, Patrick; Oliveira, Carla; Carneiro, Fátima; Oliveira, Patrícia. 2018. "The Transcriptomic Landscape of Gastric Cancer: Insights into Epstein-Barr Virus Infected and Microsatellite Unstable Tumors", International Journal of Molecular Sciences 19, 7: 2079 - 2079.
2. Gullo, Irene; Oliveira, Patrícia; Athelogou, Maria; Gonçalves, Gilza; Pinto, Marta L; Carvalho, Joana; Valente, Ana; Pinheiro, Hugo; Andrade, Sara; Almeida, Gabriela M; Huss, Ralf; Das, Kakoli; Tan, Patrick; Machado, José C; Oliveira, Carla; Carneiro, Fátima. 2018. "New insights into the inflamed tumor immune microenvironment of gastric cancer with lymphoid stroma: from morphology and digital analysis to gene expression", Gastric Cancer, NA: NA - NA.
3. Ferreira, Pedro G; Muñoz-Aguirre, Manuel; Reverter, Ferran; Sá Godinho, C. P; Sousa, Abel; Amadoz, Alicia; Sodaei, Reza; Hidalgo, Marta R; Pervouchine, Dmitri; Carbonell-Caballero, Jose; Nurtdinov, Ramil; Breschi, Alessandra; Amador, Raziel; Oliveira, Patrícia; Çubuk, Cankut; Curado, João; Aguet, François; Oliveira, Carla; Dopazo, Joaquin; Sammeth, Michael; Ardlie, Kristin G; Guigó, Roderic. 2018. "The effects of death and post-mortem cold ischemia on human tissue transcriptomes", Nature Communications 9, 1: 490 - NA.
4. Bidarra, S. J; Oliveira, P.; Rocha, S.; Saraiva, D. P; Oliveira, C.; Barrias, C. C. 2016. "A 3D in vitro model to explore the inter-conversion between epithelial and mesenchymal states during EMT and its reversion", Scientific Reports 6, 1: NA - NA.
5. Oliveira, Patrícia; Carvalho, Joana; Rocha, Sara; Azevedo, Mafalda; Reis, Inês; Camilo, Vânia; Sousa, Bárbara; Valente, Sofia; Paredes, Joana; Almeida, Raquel; Huntsman, David; Oliveira, Carla. 2016. "Dies1/VISTA expression loss is a recurrent event in gastric cancer due to epigenetic regulation", Scientific Reports 6, 1: NA - NA.
6. Queirós, Pedro; Pinheiro, Hugo; Carvalho, Joana; Oliveira, Patrícia; Gullo, Irene; Carneiro, Fátima; Almeida, Gabriela M; Oliveira, Carla. 2015. "KRAS mutations in microsatellite instable gastric tumours: impact of targeted treatment and intratumoural heterogeneity", Virchows Archiv 467, 4: 383 - 392.
7. Pereira, B.; Sousa, S.; Barros, R.; Carreto, L.; Oliveira, P.; Oliveira, C.; Chartier, N.T.; Plateroti, M.; Rouault, J.-P.; Freund, J.-N.; Billaud, M.; Almeida, R.. 2013. "CDX2 regulation by the RNA-binding protein MEX3A: Impact on intestinal differentiation and stemness", Nucleic Acids Research 41, 7: 3986 - 39.
8. de-Freitas-Junior, Julio C. M; Carvalho, Sandra; Dias, Ana M; Oliveira, Patrícia; Cabral, Joana; Seruca, Raquel; Oliveira, Carla; Morgado-Díaz, José A; Reis, Celso A; Pinho, Salomé S; Tang, Chih-Hsin. 2013. "Insulin/IGF-I Signaling Pathways Enhances Tumor Cell Invasion through Bisecting GlcNAc N-glycans Modulation. An Interplay with E-Cadherin", PLoS ONE 8, 11: e81579 - e81579.
9. Paredes, Joana; Figueiredo, Joana; Albergaria, André; Oliveira, Patrícia; Carvalho, Joana; Ribeiro, Ana S; Caldeira, Joana; Costa, Ângela M; Simões-Correia, Joana; Oliveira, Maria J; Pinheiro, Hugo; Pinho, Salomé S; Mateus, Rita; Reis, Celso A; Leite, Marina; Fernandes, Maria S; Schmitt, Fernando; Carneiro, Fátima; Figueiredo, Céu; Oliveira, Carla; Seruca, Raquel. 2012. "Epithelial E- and P-cadherins: Role and clinical significance in cancer", Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Reviews on Cancer 1826, 2: 297 - 311.
10. Pinho, Salomé S; Oliveira, Patrícia; Cabral, Joana; Carvalho, Sandra; Huntsman, David; Gärtner, Fátima; Seruca, Raquel; Reis, Celso A; Oliveira, Carla; Deb, Sumitra. 2012. "Loss and Recovery of Mgat3 and GnT-III Mediated E-cadherin N-glycosylation Is a Mechanism Involved in Epithelial-Mesenchymal-Epithelial Transitions", PLoS ONE 7, 3: e33191 - e3.
11. Oliveira, Patrícia; Sanges, Remo; Huntsman, David; Stupka, Elia; Oliveira, Carla. 2012. "Characterization of the intronic portion of cadherin superfamily members, common cancer orchestrators", European Journal of Human Genetics 20, 8: 878 - 883.
12. Carneiro, Patrícia; Fernandes, Maria S; Figueiredo, Joana; Caldeira, Joana; Carvalho, Joana; Pinheiro, Hugo; Leite, Marina; Melo, Soraia; Oliveira, Patrícia; Simões-Correia, Joana; Oliveira, Maria J; Carneiro, Fátima; Figueiredo, Céu; Paredes, Joana; Oliveira, Carla; Seruca, Raquel. 2012. "E-cadherin dysfunction in gastric cancer - Cellular consequences, clinical applications and open questions", FEBS Letters 586, 18: 2981 - 29.
13. Pinheiro, H.; Carvalho, J.; Oliveira, P.; Ferreira, D.; Pinto, M.T.; Osoquot;rio, H.; Licastro, D.; Bordeira-carricquot;o, R.; Jordan, P.; Lazarevic, D.; Sanges, R.; Stupka, E.; Huntsman, D.; Seruca, R.; Oliveira, C.. 2012. "Transcription initiation arising from E-cadherin/CDH1 intron2: A novel protein isoform that increases gastric cancer cell invasion and angiogenesis", Human Molecular Genetics 21, 19: 4253 - 42.
14. Pinheiro, H.; Bordeira-Carrico, R.; Seixas, S.; Carvalho, J.; Senz, J.; Oliveira, P.; Inacio, P.; Gusmao, L.; Rocha, J.; Huntsman, D.; Seruca, R.; Oliveira, C.. 2009. "Allele-specific CDH1 downregulation and hereditary diffuse gastric cancer", Human Molecular Genetics 19, 5: 943 - 952.

Outra produção científica
Other scientific production
1. Oliveira, Patrícia J. M. F. 2012. "Identification of novel cis-regulatory elements in the cadherin superfamily and characterization of their role in cancer-related processes". Porto: Universidade do Porto.



Apresentação oral de trabalho
Oral work presentation
1. Oliveira, Patrícia J. M. F; Oliveira, Carla; Pinheiro, Hugo; Huntsman, David; Ferreira, Daniel; Vinagre, João; Carneiro, Fátima; Azevedo, Mafalda; Heravi-Moussavi, Ali; Burleigh, Angela; Carvalho, Joana; Vieira, André. Through the looking glass: the reversion of EMT,2015 (Comunicação).
2. Oliveira, Patrícia J. M. F; Oliveira, Carla. DNA/RNAomics applications in Cancer ,Módulo de Oncobiologia GABBA,Porto,2014 (Seminário).
3. Oliveira, Patrícia J. M. F; Carvalho, J.; Azevedo, Mafalda; Ferreira, Daniel; Heravi-Moussavi, Ali; Vinagre, João; Mendes, Nuno; Carneiro, Fátima; Huntsman, David; Seruca, Raquel; Oliveira, Carla. An in vitro model of Epithelial-Mesenchymal-Epithelial transitions as a novel tool to study cancer progression,Working Group Meeting in Warsaw,Warsaw,2013 (Comunicação).
4. Oliveira, Patrícia J. M. F. (Re)-Creating a dynamic EMT/MET in vitro model: from cells to RNA and maybe to novel biomarkers,IV Simpósio de Anatomia Patológica,Porto,2013 (Conferência ou palestra).
5. Oliveira, Patrícia J. M. F; Carvalho, Joana; Ferreira, Daniel; Heravi-Moussavi, Ali; Vinagre, João; Nunes, Joana; Máximo, Valdemar; Lima, Jorge; Huntsman, David; Seruca, Raquel; Oliveira, Carla. An in vitro model for Epithelial-Mesenchymal-Epithelial transitions as a novel tool to study cancer progression and metabolic alterations,XX Porto Cancer Meeting,Porto,2012 (Poster).
6. Oliveira, Patrícia J. M. F; Seruca, Raquel; Ferreira, Daniel; Azevedo, Mafalda; Vinagre, João; Mendes, Nuno; Carneiro, Fátima; Carvalho, Joana; Huntsman, David; Oliveira, Carla. An in vitro model for Epithelial-Mesenchymal-Epithelial transitions as a novel tool to study cancer progression,I3S Scientific Retreat,Povoa do Varzim,2012 (Poster).
7. Oliveira, Patrícia J. M. F; Azevedo, Mafalda; Carvalho, Joana; Mendes, Nuno; Ferreira, Daniel; Vinagre, João; Carneiro, Fátima; Huntsman, David; Seruca, Raquel; Oliveira, Carla. An in vitro model of Epithelial-Mesenchymal-Epithelial transitions as a novel tool to study cancer progression,SINAL 2012,Braga,2012 (Comunicação).
8. Oliveira, Patrícia J. M. F; Carvalho, Joana; Azevedo, Mafalda; Heravi-Moussavi, Ali; Ferreira, Daniel; Burleigh, Angela; Roskelley, Calvin; Stupka, Elia; Seruca, Raquel; Huntsman, David; Oliveira, Carla. Uncovering RNA-signatures underlying Epithelial-Mesenchymal transition and Mesenchymal-Epithelial transition,15th Annual GABBA Scientific Meeting,Porto,2011 (Comunicação).
9. Oliveira, Patrícia J. M. F; Heravi-Moussavi, Ali; Burleigh, Angela; Roskelley, Calvin; Seruca, Raquel; Huntsman, David; Oliveira, Carla. Using an EMT/MET in vitro model to approach novel intronic based-mechanisms underlying pathological cadherin impairment,European Human Genetics Conference,Amesterdão,2011 (Poster).
10. Oliveira, Patrícia J. M. F; Seruca, Raquel; Huntsman, David; Oliveira, Carla. Uncovering RNA-signatures underlying EMT and MET: targeting metastization,I3S Scientific Retreat,Póvoa do Varzim,2011 (Comunicação).
11. Oliveira, Patrícia J. M. F; Sanges, Remo; Huntsman, David; Stupka, Elia; Seruca, Raquel; Oliveira, Carla. The importance of being intron: lessons from within cadherins,13th Portugalia Genetica,Porto,2010 (Poster).
12. Oliveira, Patrícia J. M. F; Sanges, Remo; Seruca, Raquel; Huntsman, David; Stupka, Elia; Oliveira, Carla. Uncovering gene regulation: lessons from cadherin introns,XIX Porto Cancer Meeting,Porto,2010 (Poster).
13. Oliveira, Patrícia J. M. F; Sanges, Remo; Stupka, Elia; Petrera, Francesca; Huntsman, David; Licastro, Danilo; Oliveira, Carla. New approaches in the search for novel regulatory regions underlying cadherin impairment,14th Annual GABBA Scientific Meeting,Porto,2010 (Comunicação).
14. Oliveira, Patrícia J. M. F; Huntsman, David; Sanges, Remo; Oliveira, Carla; Seruca, Raquel; Stupka, Elia. From gene structure to regulation: the cadherin superfamily,I3S Scientific Retreat,Povoa do Varzim,2010 (Poster).
15. Oliveira, Patrícia J. M. F; Sanges, Remo; Seruca, Raquel; Huntsman, David; Stupka, Elia; Oliveira, Carla. Bioinformatic analysis of the cadherin superfamily,13th Annual GABBA Scientific Meeting,Porto,2009 (Comunicação).
16. Oliveira, Patrícia J. M. F; Sanges, Remo; Huntsman, David; Seruca, Raquel; Stupka, Elia; Oliveira, Carla. The importance of being intron: lessons from cadherins,13th Annual Meeting of the Portuguese Society for Human Genetics,Portugal,2009 (Comunicação).
17. Oliveira, Patrícia J. M. F; Oliveira, Carla; Huntsman, David; Seruca, Raquel; Stupka, Elia; Sanges, Remo. Bioinformatic analysis of the cadherin superfamily,12th Annual GABBA Scientific Meeting,Porto,2008 (Comunicação).
18. Oliveira, Patrícia J. M. F; Sanges, Remo; Huntsman, David; Stupka, Elia; Oliveira, Carla. Cadherin Regulation: Identification of novel cis-regulatory elements,11th Annual GABBA Scientific Meeting,Porto,2007 (Poster).

Organização de evento
Event organization
1. Oliveira, Patrícia J. M. F; Alves, João; Vinagre, João; Fernandes, Verónica; Dionísio, Maria R; Seca, Hugo. Uma Nova Perspectiva sobre o Genoma e A Comunicação Científica na Sociedade Portuguesa,2012 (Simpósio / Organização).
2. Oliveira, Patrícia J. M. F; Ataíde, Ricardo; Maia, Ana R; Cunha, Catarina; Vezillier, Julien; Bradic, Martina; Costa, Guilherme; Camboa, Nuno; Maia, Teresa; Manoel, Diogo; Barreira da S. R; Goulart, Luiz. Epigenetics: the Emperor's New Clothes?,2007 (Simpósio / Organização).





Dados Complementares (Additional data)


Orientações
Orientations


Dissertação de Mestrado
Master degree dissertation
Concluídas
Completed
1. Sara Jorge Moreira da Rocha, Establishment of a 3D model of EMT/MET induction using molecularly-designed ECM-like hydrogels, 2014. Dissertação (Mestrado Integrado em Bioengenharia) - Universidade do Porto (Co-orientador).







Indicadores de produção (Production indicators)

Total
Produção científica
Scientific production
16

Artigos científicos em revistas
Papers in periodics
15
Com arbitragem científica
With scientific refereeing
1
Sem arbitragem científica
Without scientific refereeing
14
Outros tipos de produção científica
Other scientific production
1

Total
Produção técnica
Technical production
20

Outros tipos de produção técnica
Other technical production
20

Total
Dados complementares
(Additional data)
1

Orientações
Orientations
1


Outras informações relevantes
Domain of Specialization: Bioinformatics Analysis of Next Generation Sequencing raw data (whole genome sequencing, exome sequencing, targeted DNA sequencing) using public and privately designed bioinformatics tools and pipelines; Analysis of Gene Expression and Tiling Microarrays using public and privately designed bioinformatics tools and pipelines; Data mining using Perl (programming language) and several online databases such as ENCODE, Ensembl, dbSNP; Database creation and management using MySQL; Data statistical analysis using R.


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