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1. personal data
2. academic degree
3. professional activities
4. administrative and science management experience
5. area of scientific activity
6. supervising experience
7. research projects
8. prizes and awards
9. patents
10. member of academic juris
11. membership in scientific societies
12. referee and editor of scientific journals
13. publications
14. language skills
15. other information
1. personal data
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name
João Carlos de Sousa Marques
address
MARE - Marine and Environmental Sciences Centre, University of Coimbra
contact data
tel.
fax.
email jcmimar@ci.uc.pt
Orcid http://orcid.org/0000-0001-8865-8189
 
2. academic degree
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year academic degree institution
1980 Graduation in Biology U.Lisboa
1985 Scientific and Pedagogic Capacity Test in Invertebrates Taxonomy and Ecology U.Coimbra
1989 Ph.D. in Animal Ecology U.Coimbra
1997 Aggregation in Zoology U.Coimbra
 
3. previous and current scientific and/or professional activities
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period position institution
2004 - present Full Professor Department of Life Sciences (former Zoology Dep.), Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
2000 - 2004 Associate Professor Department of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
1989 - 2000 Assistant Professor Department of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
1985 - 1989 Assistant Department of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
1982 - 1985 Trainee Assistant Department of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
 
4. administrative and science management experience
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year position institution
2018 - present Director MARE - Marine and Environmental Sciences Centre (Portugal)
2013 - 2016 President - Scientific Board - Natural and Environmental Sciences FCT-Foundation for Science and Technology
2009 - 2016 Counsellor General Council - University of Coimbra
2007 - 2009 President of the Scientific Board Dep.of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
2006 - 2018 Vice-President IMAR – Institute of Marine Research (research network)
2003 - 2007 Vice-Rector for Scientific Research U.Coimbra, Portugal
1999 - 2003 President of the Scientific Board Dep. of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
1999 Vice-President of the Scientific Board Dep. of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
1997 - 2006 President IMAR – Institute of Marine Research (research network)
1996 - 2003 Coordinator of the M. Sc. Course on Ecology Dep. of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
1994 - 1997 Vice-President IMAR – Institute of Marine Research (research network)
1992 - 1994 Member of the Board of Directors IMAR – Institute of Marine Research (research network)
1988 - 1995 Member of the Board of Directors Dep. of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal
 
5. area of scientific activity
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domain of specialization
Biological and Ecological processes in aquatic ecosystems; Environmental quality assessment and management; Ecological modelling
 
present investigation interests
a) Communities structure and functioning;
b) Populations biology, dynamics, and production;
c) Pollution and environmental quality assessment;
d) Ecological Indicators;
e) Network analysis;
f) Implementation of environmental European Directives;
g) Ecosystem services.
 
other skills/activities
Science management.
 
6. supervising experience
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M.Sc thesis and scientific and pedagogic capacity tests
1. Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Decapoda, Cambaridae) espécie exótica em Portugal: Considerações sobre a bioecologia e aspectos da sua biologia populacional na barragem de Monte Novo (Alentejo, Portugal). Trabalho de Síntese da Licenciada Maria Helena Soares Martins Adão, para prestação de Provas de Aptidão Pedagógica e Capacidade Científica, 1991, Universidade de Évora (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

2. ANAMOD - Extracção dos componentes modais de distribuições de frequências de variáveis biométricas. Trabalho de Síntese do Licenciado António José Arsénio Nogueira, para prestação de Provas de Aptidão Pedagógica e Capacidade Científica, 1992, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

3. Ciclo biológico e produção do lagostim vermelho da Louisiana (Procambarus clarkii, Girard) na região do Baixo Mondego. Dissertação do Licenciado Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1993, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

4. Variação temporal nos padrões de ocorrência e tácticas de alimentação de aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Sua relação com as alterações na disponibilidade de presas. Dissertação do Licenciado Tiago Ferrand de Almeida Múrias dos Santos para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1993, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

5. Impacte da exploração comercial na estrutura, dinâmica e produção da população de Marphysa sanguinea (Annelida: Polychaeta) no estuário do Sado. Trabalho de Síntese do Licenciado João José Roma de Paços Pereira de Castro, para prestação de Provas de Aptidão Pedagógica e Capacidade Científica, 1993, Universidade de Évora (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

6. Bioacumulação de metais pesados em Procambarus clarkii, lagostim vermelho da Louisiana: Implicações para a sua utilização como recurso alimentar. Dissertação do Licenciado Paulo Jorge de Sousa Maranhão para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1994, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

7. Estrutura trófica da comunidade macrobentónica dos povoamentos de Zostera noltii Hornem. e Zostera marina L. do estuário do rio Mira (Portugal). Dissertação da Licenciada Carla Maria Teles Ferreira para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1995, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

8. Modelling the effects of green macroalgae blooms on the population dynamics of Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda) in the Mondego estuary (Portugal). Dissertação da Licenciada Irene Isabel da Cruz Martins para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1995, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-Orientação com Sven Erik Jørgensen, da Royal Danish School of Pharmacy, Dinamarca).

9. Impacto da eutrofização da distribuição e eficiência alimentar das aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Estudo preliminar. Dissertação do Licenciado João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1995, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

10. Variação espacial e temporal das populações de Poliquetas no estuário do Mondego. Dinâmica e produção de Amage adspersa (Grube, 1863). Dissertação do Licenciado Miguel Ângelo do Carmo Pardal para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1995, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

11. Influência de alguns factores abióticos na estrutura das comunidades bentónicas subtidais no estuário do Mondego (Portugal). Dissertação da Licenciada Maria de Fátima Rosa Lopes para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1995, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

12. Variação sazonal da composição bioquímica e conteúdo energético do lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), na região do Baixo Mondego (Portugal). Dissertação da Licenciada Isabel Maria Ramos de Mendonça para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1995, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

13. Parâmetros populacionais da fauna piscícola e uso do habitat por Salmo trutta L. num rio de montanha (rio Olo, parque natural do Alvão). Dissertação da Licenciada Maria de La Salete Bernardino Rodrigues para obtenção do grau de Mestre em Ecologia Animal, 1996, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Rui Cortes, Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro).

14. Lagostim vermelho dos pântanos (Procambarus clarkii, Girard): Ecologia e impacto trófico. Dissertação da Licenciada Maria Antónia Pacheco Ilhéu para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 1996, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

15. Estrutura populacional, dinâmica e produção de Hydrobia ulvae (Pennant) (Mollusca: Prosobranchia) ao longo de um gradiente de eutrofização no estuário do Mondego (Portugal). Dissertação da Licenciada Ana Isabel Lillebø Baptista para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 1997, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

16. Impacte da macroepifauna sobre as macroalgas Ulvales (Chlorophyta) na Ria Formosa. Dissertação do Licenciado Jaime Miguel Costa Aníbal para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 1999, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

17. Utilização de conteúdos nucleares de ADN na estimativa de Exergia a partir da biomassa de organismos. Dissertação do Licenciado Júlio César Coutinho Fonseca para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 1999, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

18. Factores que influenciam a abundância e a condição nutricional das larvas de peixes nos rios Mira e Guadiana. Dissertação do Licenciado Eduardo Bruno Oliveira Esteves para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 1999, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

19. Impacto das aves limícolas sobre os macroinvertebrados nas áreas intertidais do estuário do Mondego (Portugal). Dissertação do Licenciado Ricardo Jorge da Silva Pereira Lopes para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 1999, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

20. Variação espacial e temporal dos moluscos do substrato rochoso da ilha da Berlenga. Dissertação do Licenciado João Miguel Magalhães Neto para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2000, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

21. Sistema Integrado de Ecotecnologia – Complexo – Industrial. Tratamento e reutilização das águas residuais. Dissertação do Licenciado Pedro Agostinho da Silva Baila Madeira Antunes para obtenção do grau de Mestre em Hidráulica e Recursos Hídricos, 2000, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-Orientação com José Simão Antunes do Carmo, Departamento de Engenharia Civil, FCTUC).

22. Aspectos da reprodução de savelha, Alosa fallax fallax (Lacépède, 1803) nos rios Mira e Guadiana. Dissertação da Licenciada Teresa Alexandra Sousa Pina para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2000, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Pedro Andrade, UCTRA, Universidade do Algarve).

23. Ecologia alimentar e relações tróficas de nove espécies de peixes demersais dos Açores. Dissertação do Licenciado Telmo Alexandre Fernandes Morato Gomes para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2001, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Ricardo Serrão Santos, DOP, Universidade dos Açores).

24. Aplicação da CUFES (Continuous Underway Fish Egg Sampler) na avaliação de ovos e lervas de Sardina pilchardus (Walbaum, 1792) e outros pelágicos. Dissertação da Licenciada Maria de Jesus Dias Vicente para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2002, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Sofia Gamito, UCTRA, Universidade do Algarve).

25. Biologia, dinâmica populacional e produção de Talitrus saltator (Crustacea: Amphipoda) numa praia arenosa da costa ocidental Portuguesa. Dissertação da Licenciada Sílvia Correia Gonçalves, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2002, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

26. Padrões espaciais na estrutura da comunidade de Peixes costeiros dos Açores. Dissertação do Licenciado Pedro Afonso, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2002, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Ricardo Serrão Santos, DOP, Universidade dos Açores).

27. Caracterização do Pelagos do braço sul do estuário do Mondego. Dissertação do Licenciado Luís Miguel dos Santos Russo Vieira, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2002, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Ulisses Azeiteiro, Universidade Aberta, Delegação do Porto).

28. Aplicação da Ascendência como indicador ecológico. Um caso estudado. Dissertação da Licenciada Joana Mateus Patrício, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2002, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

29. Estudo comparativo da mortalidade induzida pela faca de mariscar e draga de mão na comunidade macrobentónica associada aos bancos de pesca de berbigão (Cerastoderma edule, L. 1758). Dissertação do Licenciado Francisco Miguel de Sousa Leitão, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2004, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Miguel Baptista Gaspar, IPIMAR, Algarve).

30. Ecologia do regime alimentar e interacções tróficas das principais espécies de peixes do baixo estuário do rio Guadiana e do sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António. Dissertação da Licenciada Rita de Sousa Braga e Sá, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2004, Universidade de Coimbra. (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Co-orientação com Karim Erzini, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve).

31. “A tentative harmonisation of the OSPAR Convention and the European Water Framework Directive ecological criteria for transitional waters quality assessment. Mondego estuary case study”. Dissertação da Licenciada Helena Leite Veríssimo de Carvalho para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2007, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

32. “Application of multimetric índices and their performance in assessing ecological condition. The Mondego estuary case study”. Dissertação da Licenciada Rute Pinto, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2007, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

33. “Avaliação do Estado de Qualidade Ecológica em ecossistemas estuarinos: Qual a influência da malha dos crivos utilizados na amostragem de macroinvertebrados bentónicos ?” Dissertação do Licenciado Thiago Couto, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2009, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com Muito Bom) (Orientação).

34. “The Mondego estuary mesohaline and oligohaline macrozoobenthic communities. A contribution for their Ecological Quality Status Assessment”. Dissertação do Licenciado Pedro de Almeida Bica Lança Vinagre, para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2009, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 18 valores) (Orientação).

35. “ Variação temporal da comunidade macrobentónica subtidal do sector polihalino do braço Sul do do estuário do Mondego. Contributo para a avaliação do estado ecológico”. Dissertação da Licenciada Augusta da Conceição de Jesus Duarte para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 18 valores) (Orientação).

36. “Population dynamics of Corbicula flumínea (Műller, 1774) in the mesohaline and oligohaline areas of the Mondego estuary: spatial intrusion and ecological response. Dissertação do Licenciado João Nuno dos Reis Franco para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 17 valores) (Orientação).

37. “Influence of hydrodynamics and sediment grain sise in environmental quality of estuarine polyhaline sector”. Dissertação da Licenciada Ana Eduarda Saraiva Pereira Campos para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 16 valores) (Orientação).

38. “Spatial and temporal variability of benthic producers and consumers б 13 C and б15 N signatures in the Mondego estuary food web. Dissertação do Licenciado Dimitri Vilhena Barroso para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 16 valores) (Orientação).

39. “Spatial and temporal heterogeneity of macrofauna assemblages in the polyhaline sector of a mesotidal estuary”. Dissertação da Licenciada Ana Margarida da Graça Carriço para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 17 valores) (Orientação).

40. “Modelos de dinâmica populacional de Echinogammarus marinus do estuário do Mondego: Calibrações para 3 populações diferentes e análise de cenários referentes a alterações climáticas e flutuações de sex-ration”. Dissertação da Licenciada Alexandra Maria Martins Guerra para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 18 valores) (Orientação).

41. “Do macrofauna assemblages reflect Zostera noltii meadows temporal dynamics associated with natural and anthropogenic disturbances?”. Dissertação da Licenciada Luísa da Costa Marques para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 17 valores) (Orientação).

42. “The rocky shore macrozoobenthic communities of Buarcos Bay”. Dissertação da Licenciada Antónia Juliana Pais Costa para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2011, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 16 valores) (Orientação).

43. “The functional composition of the benthic invertebrate community of the Mondego estuary: insights within the functioning of this ecosystem”. Dissertação do Licenciado Pieter van der Linden para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2011, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 19 valores) (Orientação).

44. “Population dynamics and productivity of Echinogammarus marinus (Leach) in the Mondego estuary throughout three decades”. Dissertação do Licenciado Nuno Januário Figueiredo Leite para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2011, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 18 valores) (Orientação).

45. “Spatial and temporal variation of Corbicula flumínea (Müller, 1774) in the Mondego estuary. Dissertação da Licenciada Ana Vanessa Pinto Modesto para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2011, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 16 valores) (Orientação).

46. “Efeitos da nutrição de praias na comunidade macrofaunal de uma praia arenosa da costa ocidental Portuguesa”. Dissertação do Licenciado José David Costa Cunha para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2012, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 17 valores) (Orientação).

47. “Intertidal meiofauna communities along the south atm of Mondego estuary: Spatial and temporal variability in relation to Environmental parameters. Dissertação da Licenciada Conceição Alexandra Costa Caetano para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2013, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 19 valores) (Orientação).

48. “A spatially oriented ecosystem-based model to evaluate ecosystem impacts of fisheries”. Dissertação da Licenciada Joana Carolina Raposo de Brito para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2016, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 19 valores) (Orientação).

49. “Spatial Representation of Biodiversity and Ecosystem Services by Protected Areas in Amazonia”. Dissertação do Licenciado Kevin Moull para obtenção do grau de Mestre no International Master in Applied Ecology, 2017, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 18 valores) (Orientação).

50. “Ecotoxicological and biochemical impacts of S-Metolachlor and Terbuthylazine in scrobicularia plana”. Dissertação da Licenciada Irene Bermúdez Gutiérrez para obtenção do grau de Mestre em Biologia, 2018, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 19 valores) (Co-orientação).

51. “Economic potential of marine bivalves of the Portuguese coast: ecological and biochemical characterization”. Dissertação da Licenciada Daniela Carolina da Costa Silva para obtenção do grau de Mestre em Ecologia, 2018, Universidade de Coimbra (Classificação: Aprovado com 19 valores) (Co-orientação).

 
Ph.D thesis
Concluded

1. “Effect of habitat loss on waders (Aves, Charadrii) in the Mondego estuary (Portugal)”. Dissertação do Mestre Tiago Ferrand Múrias dos Santos para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 1998, Universidade de Coimbra (Orientação).

2. “Ecological engineering of crayfish and rice production: Data and sub-models for CRISP (Crayfish and Rice Integrated System of Production”. Dissertação do Mestre Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 1998, Universidade de Coimbra (Orientação).

3. Impacto da eutrofização nas comunidades bentónicas do Braço Sul do estuário do Mondego (Portugal). Dissertação do Mestre Miguel Ângelo do Carmo Pardal para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 1999, Universidade de Coimbra (Orientação).

4. Ecologia pelágica do Braço Sul do estuário do rio Mondego. Dissertação do Mestre Ulisses Manuel de Miranda Azeiteiro para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 1999, Universidade de Coimbra (Co-Orientação com Pedro Miguel Alfaia Barcia Ré, FCUL).

5. “Quantitative assessment of the environmental impact of an ecotechnological alternative to control crayfish in rice fields”. Dissertação do Mestre João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 1999, Universidade de Coimbra (Orientação).

6. “Green macroalgae and seagrasses in a shallow eutrophic estuary (the Mondego estuary, Portugal): Dynamics, controlling factors and possible evolutionary scenarios”. Dissertação da Mestre Irene Isabel da Cruz Martins para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2000, Universidade de Coimbra (Orientação).

7. “The effect of salt marshes plants on the nutrient dynamics in the Mondego estuary (Portugal)”. Dissertação da Mestre Ana Isabel Lillebø Batista para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2001, Universidade de Coimbra (Co-Orientação com Mogens Rene Flindt, Universidade de Odense, Dinamarca).

8. Resposta ecofisiológica de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) a variações ambientais. Desenvolvimento de um modelo ecológico de dinâmica populacional. Dissertação do Mestre Paulo Jorge de Sousa Maranhão para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2002, Universidade de Coimbra (Orientação).

9. “Dynamics of Meiofauna in the Zostera noltii community in the Mira estuary (South-Western Coast of Portugal)”. Trabalho de investigação de Maria Helena Soares Martins Adão para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2004, Universidade de Évora (Co-orientação com Magda Vincx, Universidade de Ghent, Bélgica).

10. Ecologia dos Peracarídeos (Crustácea) bentónicos da zona entre marés da Ria Formosa. Trabalho de investigação da Licenciada Sandra Paula Mendes da Cruz para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2004, Universidade do Algarve (Co-Orientação com Sofia Gamito, Universidade do Algarve).

11. “Ecology of migrating and wintering Dunlins (Calidris alpina) using a south temperate estuary, the Mondego estuary (Portugal)”. Trabalho de investigação de Ricardo Lopes para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2004, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Liv Wennerberg, Orgon State University, EUA).

12. Predação humana no litoral rochoso Alentejano: Caracterização, impacte ecológico e conservação.Trabalho de investigação de João Castro para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, Universidade de Évora (Co-orientação com Steven Hawkins, Universidade de Liverpool, UK).

13. “How well do ecological indicators assess environmental status?”. Trabalho de investigação da Mestre Joana Mateus Patrício para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2005, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Robert Ulanowicz, Laboratório de Cheasapeake, EUA, e Sven Erik Jørgensen, Royal Danish School of Pharmacy, Dinamarca).

14. “Macrofaunal key Crustaceans in Atlantic and Mediterranean exposed sandy beaches. Does knowledge on key species bio-ecology have a role in assessing global changes?”. Trabalho de investigação da Mestre Sílvia Correia Gonçalves para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2007, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Pedro Anastácio, Universidade de Évora).

15. “Impact assessment of multiple stressors on the Mondego estuary: A multidimensional approach on the Bilvalve Scrobicularia plana” Trabalho de Investigação do Mestre Tiago Gonçalo Martins Verdelhos para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Miguel Pardal, Universidade de Coimbra).

16. “Benthic macroinvertebrates as ecological indicators for estuarine and coastal ecosystems. Assessment and intercalibration”. Trabalho de Investigação da Mestre Heliana Lilita Gonçalves Teixeira para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Co-Orientação com Fuensanta Salas Herrero, Universidade de Múrcia, Espanha.

17. “Food webs in intertidal ecosystems. A stable isotope approach and trophic network analysis” Trabalho de Investigação da Mestre Alexandra Sofia Baptista Vicente Baeta para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2010, Universidade de Coimbra (Co-Orientação com Nathalie Niquil, Universidade de La Rochelle, França).

18. “Long term ecological response of subtidal macrobenthic communities to natural and human induced changes in a temperate ne atlantic estuary. Implications for management and restoration”. Trabalho de investigação da Mestre Helena Veríssimo para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2012, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Brian Fath, Universidade de Towson, USA).

19. Assessment of ecosystem’s servives and goods in the Mondego river estuary and catchment area. Trabalho de investigação da Mestre Rute Pinto para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2012, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Tiago Domingos, IST).

20. “Trophic relationships between coastal seabirds and the marine environment”. Trabalho de investigação do Mestre Filipe Rafael dos Santos Ceia para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2013, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Jaime Ramos, Universidade de Coimbra).

21. “Effects of climate change on the population dynamics and productivity of key-species from European estuarine ecosystems”. Trabalho de investigação do Mestre Alan Tainá de Souza para obtenção do grau de Doutor em Ciências do Mar, 2013, Universidade do Porto (Co-orientação com Irene Martins, Universidade de Bangor, UK).

22. “Carbon balance and flows in young vs. mature salt marshes under different temperature and light scenarios”. Trabalho de investigação do Mestre Thiago Drumond Teixeira Correia Couto para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2014, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Isabel Caçador, Universidade de Lisboa).

23. “Ecological status and functioning evaluation of sandy beach ecosystems: A macrobenthic communities approach. (ESSAY). Trabalho de investigação da Mestre Ana Filipa da Silva Bessa para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2014, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Felicita Scapini, Universidade de Florença).

24. “Use of benthic meiofauna in evaluating marine ecosystems’ health: How useful can free-living marine Nematodes be for Ecological Quality Status (EQS) assessment in transitional waters?” Trabalho de investigação da Mestre Ana Sofia Rosa Alves para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, 2015, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Maria José Rosado Costa, Universidade de Lisboa).

25. "Resilience do land use induced impacts: Methodological improvements for precautionary ecological management in coastal ecosystems". Trabalho de investigação da Mestre Zara Fani Gonçalves Teixeira para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, Universidade de Coimbra, 2016.

26. “Climate Change Impacts on Salt Marsh Vegetation Ecophysiology and Dynamics” Trabalho de Investigação do Mestre Bernardo Afonso de Aranha Alhandra Duarte para obtenção do grau de Doutor em Ecologia Marinha, Universidade de Lisboa, 2016 (co-orientação com Isabel Caçador, Faculdade de Ciências de Lisboa).

27. “Development of tools for the ecological quality status assessment of rocky shore benthic macroinvertebrate communities”. Trabalho de investigação do Mestre Pedro de Almeida Lança Bica Vinagre para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, Universidade de Coimbra, 2017 (Orientador; Co-orientação com João Neto, Universidade de Coimbra, Angel Borja, AZTI Tecnalia, Espanha e Steven Hawkins, Universidade de Southampton, U.K.).

28. “Remote sensing of oceanic fronts off central Portugal (2003 – 2014). An integrated environmental approach”. Trabalho de investigação de Vasco Manuel Jorge Soares Mantas para obtenção do Grau de Doutor em Ciências do Ambiente, Universidade de Coimbra, 2017 (Co-orientação com Alcides Pereira, Departamento de Ciências da Terra, Universidade de Coimbra).

29. “A trait-based approach to investigate macrobenthic community functioning in estuarine and coastal ecosystems”. Trabalho de investigação de Pieter Robert Adriaan van der Linden para obtenção do Grau de Doutor em Ecologia, Universidade de Coimbra, 2017 (Co-orientação com Angel Borja, AZTI Tecnalia, Espanha).

30. “Exergia como indicador de condição ambiental em bacias hidrográficas na savana neotropical”. Trabalho de investigação de Marden Seabra Linares para obtenção do Grau de Doutor em Ecologia, Conservação e Manejo da Vida Silvestre, Universidade Federal de Minhas Gerais, Brasil, 2017 (Co-orientador com Marcos Callisto, UFMG, Brasil).

31. “Coastal zone integrated management, from theory to practice. Avencas Beach, Cascais”. Trabalho de investigação de Ana Margarida Ferreira para obtenção do Grau de Doutor em Ecologia, Universidade de Coimbra, 2018 (Co-orientação com Sónia Seixas, Universidade Aberta).

32. “Evaluation of the Ecological Impact of Contaminants”. Trabalho de investigação de Márcia Luísa Bessa da Silva para obtenção do Grau de Doutor em Biologia, Universdidade de Aveiro, 2018 (co-orientação com Fernando José Mendes Gonçalves e Ruth Pereira).


Ongoing


33. “Climate change and pollutants as synergic drivers of biological invasions”. Trabalho de investigação de Antónia Juliana Pais da Costa para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Monica Martinez-Haro, MARE – UC e Andy J Green (Doñana Biological Station, EBD, Spain).

34. “A holistic approach to evaluate the effects of trace metals contamination from the population to the ecosystem level: Implications for the environment quality status in transitional water bodies”. Trabalho de investigação de Carmen Alexandra Costa Pedro para obtenção do grau de Doutor em Ecologia, Universidade de Coimbra (Co-orientação com Sílvia Correia Gonçalves, MARE – Instituto Politécnico de Leiria.




 
Post-docs
1. Bolsa de Pós-Doutoramento do Doutor Møgens René Flindt, da Universidade de Odense, Dinamarca, de 1 de Dezembro de 1996 a 31 de Maio de 1998. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra, no âmbito do projecto Wetland Ecology and Technology (FMRX-CT96-0051), financiado pela União Europeia.

Plano de trabalho:
Estudo de processos de interface sedimento/água na zona intertidal do estuário do Mondego (Portugal), com vista ao esclarecimento de algumas questões essenciais no tocante à dinâmica de nutrientes no estuário. Estudo da remineralização do fósforo a partir da matéria orgânica no sedimento em função da formação de ambientes redutores em poças de água na maré vazia. Análise da influência do coberto vegetal neste processo através do estudo comparativo de situações com e sem presença de sapais de Zostera noltii, Spartina maritima e Scirpus maritimus.

2. Bolsa de Pós-Doutoramento do Doutor John Strand, da Universidade de Lund, Suécia, de 1 de Maio de 1998 a 31 de Outubro de 1999. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra, no âmbito do projecto Wetland Ecology and Technology (FMRX-CT96-0051), financiado pela União Europeia.

Plano de trabalho:
Estudo de processos fotossintéticos em populações de macrófitas e respectivas epífitas em ambientes estuarinos e dulçaquícolas. Avaliação da influência de factores fisico-químicos ambientais na eficiência dos processos produtivos, com vista à calibração de modelos de crescimento de macrófitas e de competição macrófitas vs. Macroalgas.

3. Bolsa de Pós-Doutoramento da Doutora Irene Isabel da Cruz Martins, de 1 de Dezembro de 2000 a 31 de Dezembro de 2001. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho:
Desenvolvimento de um modelo numérico da produtividade de macroalgas estuarinas sob os efeitos da descarga excessiva de nutrientes, maioritariamente provenientes de fontes antropogénicas. Preparação de um instrumento com uma razoável capacidade de previsão da produtividade de macroalgas à escala do sistema, partindo do conhecimento efectivo dos factores e processos que condicionam o desenvolvimento destes produtores primários em zonas costeiras, visando aumentar a capacidade de gestão ambiental relativamente ao estuário do Mondego.

4. Bolsa de Pós-Doutoramento da Doutora Ana Isabel Lillebø Batista, de 1 de Maio de 2001 a 30 de Abril de 2002. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho:
Estudo dos perfis de azoto (amónia e nitrato) e de fósforo (fostato) em sedimentos arenoso e lodoso no estuário do Mondego. Num prévio estudo comparativo sobre a variação sazonal (ciclos de 24 horas em Julho e Novembro de 2000) do fluxo de nutrientes em poças intertidais formadas na baixa-mar, em presença e ausência de coberto vegetal, verificou-se, embora o teor de matéria orgânica no sedimento reflectisse a disponibilidade de nutrientes, que a presença de Spartina maritima e a sua dinâmica influenciou de forma sensível o fluxo de amónia e de fósforo. Tendo em conta que os sedimentos constituem a maior fonte de nutrientes para esta espécie de macrófita, colocou-se como hipótese que, durante o dia, pudesse ocorrer competição entre dois processos, respectivamente a capacidade de adsorção por parte da rizosfera de S. maritima e o fluxo de nutrientes do sedimento. Para esclarecer esta questão, completando o estudo da dinâmica de nutrientes na interface sedimento/água, tornou-se comparativo o estudo comparativo dos perfis de sedimento nas duas situações (presença e ausência de coberto de S. marítima).

5. Bolsa de Pós-Doutoramento (PRAXIS XXI – BPD/16382/98) do Doutor Tiago Ferrand Múrias dos Santos, de 1 de Outubro de 1999 a 30 de Setembro de 2001. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho:
Avaliação da qualidade das salinas como áreas importantes para a conservação das aves limícolas (ordem Charadrii): Estudo piloto com o Pilrito-de-Peito-Preto Calidris alpina. Foi abordada a importância das salinas como área de alimentação para os diferentes segmentos das populações migradoras de C. alpina, em comparação com a zona intertidal. Neste contexto, foram analisadas as condições bióticas e abióticas prevalecentes nas salinas, que as tornam atractivas como áreas de alimentação, procurando determinar como é que a utilizaação deste habitat por C. alpina se relaciona com a actividade salineira e com os estado de conservação das salinas.

6. Bolsa de Pós-Doutoramento da Doutora Fuensanta Salas Herrero, da Universidade de Murcia, Espanha, de 1 de Outubro de 2002 a 30 de Dezembro de 2004. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho:
Definição de condições de referência para diferentes tipos de águas de transição e costeiras de Portugal: Utilização das comunidades bentónicas de dez sistemas estuarinos da costa Portuguesa no processo de delimitação geral dos sistemas costeiros Portugueses. Abordagem da informação relativa aos organismos bentónicos como parte dos dados requeridos para a divisão dos sistemas costeiros em tipos (sensu Directiva Quadro da Água -Directiva 2000/60/CE) e para o estabelecimento de condições de referência, com base nos critérios da DQA e na sua interpretação. Inclusão das comunidades bentónicas num conjunto de mapas de tipologia para os principais sistemas estuarinos Portugueses.

7. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Joana Mateus Patrício, a partir de 1 de Janeiro de 2007, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Universidade de Coimbra e no Instituto de Oceanografia, Faculdade de Ciências de Lisboa.

Plano de trabalho: Estudo da relevância em avaliação de qualidade ambiental de alterações induzidas por eventos climáticos extremos.

8. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Paula Chaínho, a partir de 1 de Janeiro de 2008, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no Instituto de Oceanografia, Faculdade de Ciências de Lisboa e no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Padrões biogeográficos em comunidades de macroinvertebrados estuarinos: Influência de diferentes escalas espaciais na avaliação do estado ecológico.

9. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) do Doutor João Neto, a partir de 1 de Janeiro de 2008, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Aplicação da abordagem DPSIR ao estuário do Mondego eelaboração de recomendações para a gestão sustentável do sistema.

10. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Alexandra Sofia Baptista Vicente Baeta, a partir de 1 de Abril de 2011, por um período de 3 anos extensível a 6 após avaliação intercalar dos resultados. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Impacto de invasões e mudança climática sobre o funcionamento de ecossistemas costeiros.

11. Bolsa de Pós-Doutoramento (FP7 Project WISER; contrato FCT) da Doutora Heliana Lilita Gonçalves Teixeira, a partir de 1 de janeiro de 2011, por um período de 2 anos. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Desenvolvimento e aplicação de indicadores ecológicos no âmbito da implementação da Diretiva Quadro da Água Europeia.

12. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Monica Martinez Haro, a partir de 1 de Abril de 2011, por um período de 3 anos extensível. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Análise custo/benefício da inclusão complementar de linhas de evidência ecotoxicológicas na classificação de estado ecológico de ambientes estuarinos no âmbito da Directiva Quadro da Água Europeia.

13. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Ana Marta Gonçalves, a partir de 1 de Abril de 2012, por um período de 3 anos extensível. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Estudo da influência das pressões naturais e antropogénicas na qualidade dos recursos alimentares em cadeias tróficas estuarinas.

14. Bolsa de Pós-Doutoramento (FP7 Project DEVOTES) da Doutora Helena Veríssimo, a partir de 1 de janeiro de 2013, por um período de 1 ano. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Application of biological traits based approaches in assessing Good Environmental Status in the the scope of the European MSD.

15. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Rute Isabel da Costa Pinto, a partir de 1 de janeiro de 2013, por um período de 3 anos. Trabalho desenvolvido no IMAR – Instituto do Mar, Centro do Mar e Ambiente, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Functions and services of estuaries related to ecosystems’ stability: A comparative case study in the Mondego and Mira estuaries, Portugal.

16. Bolsa de Pós-Doutoramento (contrato) da Doutora Ana Filipa da Silva Bessa, a partir de 1 de março de 2015, por um período de 3 anos. Trabalho desenvolvido no MARE – Marine and Environmental Aciences Centre, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Microplastics contamination and speciation in the Mondego estuary sediments and foodweb..

17. Bolsa de Pós-Doutoramento de Bernardo Afonso de Aranha Alhandra Duarte, a partir de 1 de março de 2016, por um período de 3 anos, renovável. Trabalho desenvolvido no MARE - Marine and Environmental Sciences Centre, Universidade de Coimbra.

Plano de trabalho: Impacts of climate change and anthropogenic contaminants on the blue carbon cycle and key marine organisms (BLUE-CHANGE)

 
7. coordination/participation of research projects
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COORDINATOR:
 
With Portuguese national financial support
“Louisiana crayfish (Procambarus clarkii), alien species in Portugal: Bioecology, impact and control” (JNICT: PEAM/C/CNT/106/91) (1992 - 1994);

“Mondego estuary: Term evolution of the benthic communities and impact of excessive nutrients release” (JNICT: PBIC/C/MAR/1301/92) (1993 - 1995);

“Characterization of the intertidal and subtidal rocky-shore communities of the Berlengas islands reserve” (Protocol IMAR/ICN) (1995 - 1997).

“Birds Virtual – Learn with Birds in the Internet”, Programme “Ciência Viva” (1998).
Coordinated together with Ricardo Lopes (1998).

“To understand Birds migration”, Programme “Ciência Viva II” (1999). Coordinated together with Ricardo Lopes (1999).

“Virtual dictionary of Ornithology”, Programme “Nónio” (1999). Coordinated together with Ricardo Lopes (1999).

“Human impact on mater and energy estuarine dynamics – basis for the integrated management of estuarine ecosystems” (PRAXIS / C/ MGS / 11238/ 1998) (1999 – 2001).

“Ecological adaptation and genetic divergence in changing sandy shores. Concepts and guidelines for beach protection and management” (POCTI/MGS 36553/99) (2001 – 2004).

“Dynamic model of stress induced changes on benthic communities” – DYNAMOD (POCTI/MGS/37431/2001) (2003 – 2005).

“Effects of natural stress generated by freshwater discharges in the benthic invertebrate estuarine communities and its influence on the assessment of the benthic ecological status” – EFICAS (POCI/MAR/61324/2004) (2005 – 2008)

“Caracterização do estuário do rio Mondego e estabelecimento de cenários de gestão em termos da qualidade da água e da integridade do ecossistema” (INAG) (2002 – 2004).

“Estudo piloto do estuário do Mondego no âmbito da implementação do programa Objectivos de Qualidade Ambiental – Eutrofização (EcoQOs – Eutro – OSPAR). Harmonização dos critérios OSPAR com a Directiva Quadro da Água Europeia” (INAG) (2004 – 2006).

System dynamic response to an ample artificial RE-establishment of the upstream CONNECTion between the two arms of the Mondego estuary (Portugal): Implications for recovery, ecological quality status, and management – RECONNECT.(PTDC/MAR/64627/2006) (2008-2011).

Minho, Mondego, and Mira estuaries observatory: Long term variation of ecological status as a response to natural and human induced changes. Implications for management and restoration – 3M RECITAL (LTER/BIA-BEC/0019/2009) (2010 - 2013).

Monitorização das comunidades biológicas costeiras e estuarinas associada à intervenção do prolongamento do molhe norte do porto da Figueira da Foz, na fase de obra - IPTM (2009 - 2010).

CentroAdapt – Centro de Vanguarda em Adaptações às Alterações Climáticas - CCDRC (2017-2019).











 
With EU financial support
Integrated management of red swamp crayfish populations in rice fields - An application of cleaner technologies and ecotechnology (AIR) (AIR3-CT94-2432). The partners in this project were the IMAR (Institute of Marine Research) - University of Coimbra, the Royal School of Pharmacy, Denmark (RSP), the University of Seville, Spain (USE), and HOECHST Portuguesa S.A. (HOEPOR), Portugal (EU: AIR-3-CT94- 2432) (1995 - 1997).
 
SENIOR SCIENTIFIC OFFICER OF CONTRACTOR PARTNER:
 
With Portuguese national financial support
“Louisiana red swamp crayfish in Portugal: Population control by non harmful chemical method”. The partners in this project were the Departments of Biochemistry and Zoology, University of Coimbra, HOECHST Portuguesa S.A. (HOEPOR), and the Royal Danish School of Pharmacy (RSP) (Denmark). Coordinator: Vítor M. C. Madeira, University of Coimbra , (JNICT/FEDER: STRD/AMB/008) (1993 - 1995).

“Evaluation of marine ecosystems integrity using holistic ecological indicators. An application to an eutrophication gradient in the Mondego estuary”. Coordinator: Helena Maria O. Freitas, Institute of Marine Research (IMAR), Coimbra (JNICT: PBICT/MAR/2253/95) (1996 - 1998).

“Extensive aquaculture in Ria Formosa: Validation of an ecological modelling” (PBICT/MAR/2226/95). Coordinator: Maria Sofia J. Gamito Pires, Institute of Marine Research (IMAR), UCTRA, Algarve University (PBICT/MAR/2226/95) (1996 - 1998).

“Patterns, processes, and variation in intertidal rocky-shore communities of the Portuguese continental coast: A biogeographic approach”. Coordinator: Pedro Ré, Institute of Marine Research (IMAR), Guia Marine Laboratory, University of Lisbon (PRAXIS 2/2.1/MAR/1746/95) (1997 –1999).

“Community structure and spatial and temporal variability of resources from the higher continental slope from Algarve”. Coordinator: Teresa Cerveira Borges, UCTRA, Algarve University (PRAXIS 2/2.1/MAR/1744/95) (1997 - 1999).

“Cross-shore processes on contrasting environments” (PDCTM/MAR/15265/99) (2000 – 2003). Coordinator: João Alveirinho Dias, Institute of Marine Research, IMAR - CIMA, Algarve University.

“TICOR – Typology and Reference Conditions for Transitional and Coastal Portuguese Waters” (2002 – 2003). Coordinator: João Gomes Ferreira, IMAR-CMA, New University of Lisbon.

“MONAE – Monitoring Plan for Water Quality and Ecology for Portuguese Transitional and Coastal Waters” (2004 – 2005). Coordinator: João Gomes Ferreira, IMAR-CMA, New University of Lisbon.

RECITAL - Condições de Referência e Intercalibração nas Águas de Transição e Costeiras Portuguesas (2005 – 2006). Coordinator: Alice Newton, Institute of Marine Research, IMAR -CIMA, Algarve University.

EEMA - Avaliação do Estado Ecológicos das Massas de Água costeiras e de transição e do potencial ecológico das massas de água fortemente modificadas. (2010 - 2012).
Coordinator: INAG. Role in the project: National Focal Point for the Benthos Quality Element on the behalf of INAG (2009 - 2012).

CLEF - The combined impacts of invasion and climate change on coastal ecosystem functioning(PTDC/AAC-AMB/102866/2008)(2011 - 2014).
Coordinator: Francisco Arenas, CIIMAR, Universidade do Porto.

Monitorização das comunidades biológicas costeiras e estuarinas associada à intervenção do prolongamento do molhe norte do porto da Figueira da Foz, no período pós obra - IPTM (2011 - 2012).

Plano Intermunicipal de Adaptação às Alterações Climáticas da CIM da região de Coimbra - CIM Região de Coimbra (2016-2017).

PORBIOTA - Portuguese E-Infrastructure for Information and Research on Biodiversity - FCT (2017-2019).

Programa de Monitorização dos Fatores Biológicos e Ecológicos Aquáticos no Rio Mondego ma Envolvente da Central Termoelétrica de Lares - EDP (2017-2018).

SUSpENsE – Sustainable built environment under natural hazards and extreme events - PT2020 (2017-2020).
 
With EU financial support
Marine Universal Structural Model (MUST). (EU: MAS2-CT92-0036) (1993 - 1995).
The partners in this project were the Royal School of Pharmacy, Denmark (RSP), the Institut of Industrial Chemistry from the University of Padova, (ICIUP), Italy, and the Department of Zoology, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra (DZUC), Portugal.
Coordinator: Sven Erik Jørgensen (RSP).

Red swamp crawfish in Portugal: Population control through a non harmful chemical method (1993 – 1995) (Stride - STRD/AMB/0008).
The partners in this project were the Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra (FCTUC), the Instituto Florestal – Portugal (IFP), HOECHST, and the Royal Danish School of Pharmacy (Denmark).
Coordinator: Vítor Manuel Calado Madeira (FCTUC).

Wetland Ecology and Technology (TMR) (ERBFMRXCT960051).
The partners in this project were the Christian-Albrechts - University of Kiel, Ecosystem Research Center, Germany, the Freshwater Biological Institute, Denmark, the Royal Danish School of Pharmacy, Denmark, the Institut of Industrial Chemistry from the University of Padova - Italy, the University of Utrecht, Netherlands, the IMAR - Instituto do Mar, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra - Portugal, and the University of Lund, Sweden.
Coordinator: Klaus Dieren (Christian-Albrechts - University of Kiel, Germany) (1996 - 2000).

MECO - Bases for the integrated sustainable management of Mediterranean sensitive coastal ecosystems (FP4-IC18-CT98-0270).
The partners in this project were the Department of Animal Biology and Genetics from the University of Florence, Italy, the “Agence de Protection et Amenagement du Littoral” (APAL), Tunisia, the “Institut Scientifique Charia Ibn Battota”, Rabat, Morocco, the International Environment Institute (IEI) , Valleta, Malta, the IMAR – Institute of Marine Research, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal, the Centre for Urban and Regional Studies (CURS), University of Birmingham, U. K., the “Faculté de Sciences”, University of Tunis, Tunisia, and the School of Biological Sciences, University of Birmingham, U. K.
Coordinator: Felicita Scapini, USF, Italy (1998 – 2000).

MEDCORE - From river catchement areas to the sea: a comparative and integrated approach to the ecology of Mediterranean coastal zones for sustainable management (FP5-ICA3-CT-2002-10003)(2002-2005).
The partners in this project were the Department of Animal Biology and Genetics from the University of Florence, Italy, the Institute of Ecosystem Study, CNR, Florence, Italy, the University of Alicante, Spain, the IMAR – Institute of Marine Research, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal, the “Institut Scientifique Charia Ibn Battota”, Rabat, Morocco, the “Faculté de Sciences”, University of Tunis, Tunisia, the Foundation for International Studies, University of Malta, Malta, the Centre for Environment and Development for the Arab Region and Europe (CEDARE), Egypt; the “Agence pour la Protection et Amenagement du Littoral (APAL), Tunisia, the University of Barcelona, Spain, the “Faculté des Sciences de Tetouan”, and the Institute of Graduate Studies and Research, University of Alexandria, Egypt.
Coordinator: Felicita Scapini, USF, Italy (2002 – 2005).

WADI - Sustainable management of Mediterranean coastal fresh and transitional water bodies: a socioeconomic and environmental analysis of changes and trends to enhance and sustain stakeholders benefits - (FP6-INCO-CT-2005-015226)(2005-2008).
The partners in this project are the Department of Animal Biology and Genetics from the University of Florence, Italy, the Institute of Ecosystem Study, CNR, Florence, Italy, the University of Alicante, Spain, the IMAR – Institute of Marine Research, Centro Interdisciplinar de Coimbra, Faculty of Sciences and Technology, University of Coimbra, Portugal, CSIC-CEAB, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Centro de Estúdios Avanzados de Blanes, Spain , the University of Malta, International Environment Institute, Malta, the Université Mohamed V, Institute Scientifique de Rabat, Rabat, Morocco, the Université Abdelmaleck Essaâdi, Faculte de Sciences de Tétouan, Morocco, the “Faculté de Sciences”, University of Tunis, Tunisia, the “Agence pour la Protection et Amenagement du Littoral (APAL), Tunisia, and the Centre for Environment and Development for the Arab Region and Europe (CEDARE), Egypt.
Coordinator: Felicita Scapini, USF, Italy (2005 – 2007).

WISER - Water Bodies in Europe: Integrative systems to assess ecological status and recovery(FP7-ENV-2008-226273)(2009-2012).
The partners in this project are the Universität Duisburg-Essen, Germany, the Norsk Institutt for Vannforskning, Norway, the Consiglio Nazionale delle Ricerche, Italy, the University of Salento, Italy, the Instytut Ochrony Srodowisak, Poland, The IMAR - Instituto do Mar, Portugal, the Esti Maaulikoolestonian University of Life Sciences, Estonia, the Stichting Deltares, Netherlands, the Fundacion Azti, Spain, the Forschungssverbund Berlin E. V., Germany, the Suomen Ymparistokeku, Finland, the Commission of the European Communities - Diroctorate General Joint Research Centre,Belgium, the Universitatet Fuer Bodenkultur Wien, Austria, Universita Degli Studi di Roma La Sapienza, Italy, the Alterra B. V., Netherlands, the Institute of Oceanology - Bulgarian Academy of Sciences, Bulgaria, The Centre National du Machinisme Agrocole, du Genie Rural, des Eaux et des Forets, Fance, the Bournemouth University, U. K., the Aarhus University, Denmark, the Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Spain, the University of Hull, U. K., the University College, Londen, U. K., the National Environment Research Council, U. K., the Sveriges Lantbruksuniversitet, Sweden, The provost Fellows & Scholars of the College of the Holy Undivided Trinity of Queen Elizabeth Near Dublin, Ireland.
Coordinator: Prof. Daniel Hering (Universität Duisburg-Essen, Germany.

ESAWADI - Utilizing the Ecosystem Services Approach for Water Framework Directive Implementation ERA-IWRM/0001/2009 (2010-2012)
The partners in this project are Asconit Consultants SAS (France), CREDOC (France; SEECON Deutschland GmbH (Germany); INTERSUS (Germany); IMAR – Institute of Marine Research (Portugal).
Coordinator: Philippe Blanchet (Asconit Consultants, France).

DEVOTES - DEVelopment Of innovative Tools for understanding marine biodiversity and assessing good Environmental Status (ENV.2012 - Grant agreement no: 308392)(2012-2016).
(Information to be completed).
 
8. prizes and awards
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2005 – Prémio Estímulo à Excelência - Fundação para a Ciência e a Tecnologia; 2017 – Prigogine Gold Medal Award, Wessex Institute of Technology (UK) and University of Siena (Italy)
 
9. patents
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10. member of academic juris
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M.Sc thesis and scientific and pedagogic capacity tests
1.Scientific and Pedagogic Capacity Test of Dr. Maria Helena Soares Martins Adão, 16 and 17 of December, 1991, University of Évora (Portugal). Title: “Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Decapoda, Cambaridae) espécie exótica em Portugal: Considerações sobre a bioecologia e aspectos da sua biologia populacional na barragem de Monte Novo (Alentejo, Portugal)” (Opponent).

2.Scientific and Pedagogic Capacity Test of Dr. António José Arsénia Nogueira, 24 and 25 of March, 1992, University of Coimbra (Portugal). Title: “ANAMOD - Extracção dos componentes modais de distribuições de frequências de variáveis biométricas” )” (Opponent).

3.M.Sc Examination of Dr. Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio, 13 of May, 1993, University of Coimbra (Portugal). Title: “Ciclo biológico e produção do lagostim vermelho da Louisiana (Procambarus clarkii, Girard) na região do Baixo Mondego”.

4.M.Sc Examination of Dr. Tiago Ferrand Almeira Múrias dos Santos , 27 of July, 1993, University of Coimbra (Portugal). Title: “Variação temporal nos padrões de ocorrência e tácticas de alimentação de aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Sua relação com as alterações na disponibilidade de presas”.

5.Scientific and Pedagogic Capacity Test of Dr. João José Roma de Paços Pereira de Castro, 28 and 29 of July, 1993, University of Évora (Portugal). Title: “Impacte da exploração comercial e estrutura, dinâmica e produção da população de Marphysa sanguinea (Annelida: Polychaeta) no estuário do Sado” (Opponent).

6.M.Sc Examination of Dr. Paulo Jorge de Sousa Maranhäo, 14 of November 1994, University of Coimbra, Portugal. Title: “Bioacumulação de metais pesados em Procambarus clarkii, lagostim vermelho da Louisiana: Implicações para a sua utilização como recurso alimentar”.

7.M.Sc Examination of Dr. Carla Maria Teles Ferreira, 25 of January, 1995, University of Coimbra (Portugal). Title: “Estrutura trófica da comunidade macrobentónica dos povoamentos de Zostera noltii Hornem. e Zostera marina L. do estuário do rio Mira (Portugal)”.

8.M.Sc Examination of Dr.Irene Isabel da Cruz Martins, 27 of February, 1995, University of Coimbra (Portugal). Title: Modelling the effects of green macroalgae blooms on the population dynamics of Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda) in the Mondego estuary (Portugal).

9.M.Sc Examination of Dr. João Alexandre F. A. S. Cabral, 20 of April, 1995, University of Coimbra (Portugal). Title: “Impacto da eutrofização da distribuição e eficiência alimentar das aves limícolas no estuário do Mondego (Portugal). Estudo preliminar”.

10.M.Sc Examination of Dr. Miguel Ângelo do Carmo Pardal, 25 of May, 1995, University of Coimbra (Portugal). Title: “Variação espacial e temporal das populações de Poliquetas no estuário do Mondego. Dinâmica e produção de Amage adspersa (Grube, 1863)”.

11.M.Sc Examination of Dr.Maria de Fátima Rosa Lopes, 30 of June, 1995, University of Coimbra (Portugal). Title: “Influência de alguns factores abióticos na estrutura das comunidades bentónicas subtidais no estuário do Mondego (Portugal)”.

12.M.Sc Examination of Dr.Maria Isabel de Ramos Mendonça, 26 of October, 1995, University of Coimbra (Portugal). Title: “Variação sazonal da composição bioquímica e conteúdo energético do lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), na região do Baixo Mondego (Portugal)”.

13.M.Sc Examination of Dr. Maria de La Salete Bernardino Rodrigues, 15 of January, 1996, University of Coimbra (Portugal). Title: “Parâmetros populacionais da fauna piscícola e uso do habitat por Salmo trutta L. num rio de montanha (rio Olo, parque natural do Alvão)”.

14.Equivalence to the M.Sc. degree in “Ciências Costeiras” of Dr. Mário Jorge Bandeira Correia Lopes, M.Sc. in Applied Fish Biology, University of Plymouth, U. K., 3 of June, 1996, University of Aveiro. Title: “Overwintering Euphausiids in the Northern North Sea and their importance in the fish food web” (rapporteur).

15.M.Sc Examination of Dr. Maria Antónia Pacheco Ilhéu, 15 of July, 1996, University of Coimbra (Portugal). Title: “Lagostim vermelho dos pântanos (Procambarus clarkii, Girard): Ecologia e impacto trófico” (President of the Jury).

16.M.Sc Examination of Dr. Diana Mendes Boaventura, 22 of July, 1996, University of Lisbon (Portugal). Title: “Povoamentos macrobentónicos de substrato rochoso da região central da Costa Portuguesa: Distribuição, estrutura e funcionamento” )” (Opponent).

17.M.Sc Examination of Dr.Ana Isabel Lillebø Baptista, 17 of January, 1997, University of Lisbon (Portugal). Title: “Estrutura populacional, dinâmica e produção de Hydrobia ulvae (Pennant) (Mollusca: Prosobranchia) ao longo de um gradiente de eutrofização no estuário do Mondego (Portugal)” (President of the Jury).

18.M.Sc Examination of Dr. Ascenção dos Anjos Alves Ravara, 24 of September, 1997, University of Aveiro (Portugal). Title: “Estudo da comunidade de Poliquetas da Plataforma Continental ao largo de Aveiro” )” (Opponent).

19.M.Sc Examination of Dr. Susana Alice Soares da Silva, 21 of December, 1998, University of Aveiro (Portugal). Title: “Integração de medidas de contaminação química, estrutura de comunidades bentónicas e toxicidade sedimentar na comparação de situações de pé e pós-funcionamento do emissário submarino da Guia” )” (Opponent).

20.M.Sc Examination of Dr. Jaime Miguel Costa Aníbal, 3 of March, 1999, University of Coimbra (Portugal). Title: “Impacte da macroepifauna sobre as macroalgas Ulvales (Chlorophyta) na Ria Formosa” (President of the Jury).

21.M.Sc Examination of Dr. Maria João de Medeiros Brazão Lopes Feio, 13 of April, 1999, University of Coimbra (Portugal). Title: “Estudos sobre a biologia trófica de Sericostoma vittatum (Trichoptera)” (President of the Jury).

22.M.Sc. Examination of Dr. Anabela Narisa de Jesus Rodrigues Azul, 15 of June 1999, University of Coimbra. Title: “Ectomicorrizas associadas ao sobreiro (Quercus suber L.)” (President of the Jury).

23.M.Sc. Examination of Júlio César Coutinho Fonseca, 15 of October 1999, University of Coimbra. Title: ” Utilização de conteúdos nucleares de ADN na estimativa de Exergia a partir da biomassa de organismos” (President of the Jury).

24.M.Sc. Examination of Eduardo Bruno Oliveira Esteves, 5 of November 1999, University of Coimbra. Title: “Factores que influenciam a abundância e a condição nutricional das larvas de peixes nos rios Mira e Guadiana” (President of the Jury).

25.M.Sc. Examination of Ricardo Jorge da Silva Pereira Lopes, 9 of November 1999, University of Coimbra. Title: “Impacto das aves limícolas sobre os macroinvertebrados nas áreas intertidais do estuário do Mondego (Portugal)” (President of the Jury).

26.M.Sc. Examination of João Domingues de Almeida, 26 of November 1999, University of Coimbra. Title: “Flora exótica subespontânea de Portugal Continental (plantas vasculares): Catálogo das plantas vasculares exóticas que ocorrem sunespontâneas em Portugal Continental e compilação de informações sobre estas plantas” (President of the Jury).

27.M.Sc. Examination of João Miguel Magalhães Neto, 7 of January 2000, University of Coimbra. Title: “Variação espacial e temporal dos moluscos do substrato rochoso da ilha da Berlenga” (President of the Jury).

28.M.Sc. Examination of Paula Cristina de Oliveira Castro, 11 of January 2000, University of Coimbra. Title: “Senescência, decomposição e nutrição azotada em Spartina maritima no estuário do rio Mondego” (President of the Jury).

29.M.Sc. Examination of Maria João da Silva Martins, 14 of January 2000, University of Coimbra. Title: “Estudo fitossociológico e cartográfico da paisagem vegetal natural e semi-natural do litoral centro de Portugal entre a prais de Mira e a Figueira da Foz” (President of the Jury).

30.M.Sc. Examination of Maria Teresa Carrett Silveirinha Sottomayor Neuparth, 18 of January 2000, Faculty of Sciences and Technology, New University of Lisbon. Title: “Gammarus locusta e Corophium volutator (Amphipoda) em estudos de ecotoxicologia sedimentar: Biologia e sensibilidade a ambientes sedimentares perturbados” (Opponent).

31.M.Sc. Examination of Pedro Agostinho da Silva Baila Madeira Antunes, 20 of January 2000, University of Coimbra. Title: “Sistema Integrado de Ecotecnologia – Complexo – Industrial. Tratamento e reutilização das águas residuais”.

32.M.Sc. Examination of Teresa Alexandra Sousa Pina, University of Coimbra, 9 of May 2000. Title: “Aspectos da reprodução de savelha, Alosa fallax fallax (Lacépède, 1803) nos rios Mira e Guadiana” (President of the Jury).

33.M.Sc. Examination of Telmo Alexandre Fernandes Morato Gomes, University of Coimbra, 19 of March 2001. Title: “Ecologia alimentar e relações tróficas de nove espécies de peixes demersais dos Açores” (President of the Jury).

34.M.Sc. Examination of Sérgio Paulo Ávila Campos Marques, University of Azores, 11 of May 2001. Title: “Sistemática e ecologia dos moluscos (Gastropoda, Bivalvia e Polyplacophora) litorais em São Vicente, Capelas (São Miguel, Açores)” (Opponent).

35.M.Sc. Examination of Maria de Jesus Dias Vicente, University of Coimbra, 29 January 2002. Title: “Aplicação da CUFES (Continuous Underway Fish Egg Sampler) na avaliação de ovos e larvas de Sardina pilchardus (Walbaum, 1792) e outros pelágicos” (President of the Jury).

36.M.Sc. Examination of Sílvia Correia Gonçalves, University of Coimbra, 14 March 2002. Title: “Biologia, dinâmica populacional e produção de Talitrus saltator (Crustacea: Amphipoda) numa praia arenosa da costa ocidental Portuguesa” (President of the Jury).

37.M.Sc. Examination of Pedro Afonso, University of Coimbra, 6 June 2002. Title: “Padrões espaciais na estrutura da comunidade de Peixes costeiros dos Açores”.

38.M.Sc. Examination of Luís Miguel dos Santos Russo Vieira, University of Coimbra, 3 October 2002. Title: “Caracterização do Pelagos do braço sul do estuário do Mondego” (President of the Jury).

39.M.Sc. Examination of Joana Mateus Patrício, University of Coimbra, 16 January 2003. Title: “Aplicação da Ascendência como indicador ecológico. Um caso estudado” (President of the Jury).

40.M.Sc. Examination of Marina Paula Dolbeth Henriques da Silva, University of Coimbra, 13 February 2003. Title: “The effects of eutrophication on the secondary production of an intertidal community” (President of the Jury).

41.M.Sc. Examination of José Manuel da Costa Pereira, University of Coimbra, 1 April 2003. Title: “Influência de factores climáticos e da abundância de tunídeos nas populações reprodutores de garajau-rosado Sterna dougalli e garajau-comum Sterna hirundo e a importância do conteúdo energético da dieta para garajau-rosado” (President of the Jury).

42.M.Sc. Examination of Ana Teresa Barros Cardoso, University of Coimbra, 30 of September 2003. Title: “Variação espacial e temporal de nutrientes no rio Vouga” (Opponent).

43.M.Sc. Examination of Francisco Miguel de Sousa Leitão, University of Coimbra, 20 of January 2004. Title: “Estudo comparativo da mortalidade induzida pela faca de mariscar e draga de mão na comunidade macrobentónica associada aos bancos de pesca de berbigão (Cerastoderma edule, L. 1758)” (President of the Jury).

44.M.Sc. Examination of Rita de Sousa Braga e Sá, University of Coimbra, 16 of March 2004. Title: “Ecologia do regime alimentar e interacções tróficas das principais espécies de peixes do baixo estuário do rio Guadiana e do sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António” (President of the Jury).

45.M.Sc. Examination of Eduardo M. S. L. A. Ferreira, University of Coimbra, 10 of March 2006. Title: “Aplicação da genética populacional à gestão de recursos silvestres: o caso do javali (Sus scrofa L.)”. (President of the Jury).

46.M.Sc. Examination of Andrea Florella Ribeiro Franco, New University of Lisbon, July 2006. Title: “Modelling shrimp population dynamics: Application to Maputo Bay, Mozambique” (Opponent).

47.M.Sc. Examination of Manuel Alberto Nogueira Henriques Rosa, University of Aveiro, 20 of September 2006. Title: “Mercúrio e amêijoa: Uma relação perigosa?” (Opponent).

48. M.Sc. Examination of Helena Leite Veríssimo de Carvalho, University of Coimbra, 30 of January 2007. Title: “A tentative harmonisation of the OSPAR Convention and the European Water Framework Directive ecological criteria for transitional waters quality assessment. Mondego estuary case study”. (President of the Jury).

49. M.Sc. Examination of Rute Pinto, University of Coimbra, April 2007. Title: “Application of multimetric índices and their performance in assessing ecological condition. The Mondego estuary case study.” (President of the Jury).

50. M.Sc. Examination of Thiago Couto, University of Coimbra, July 2009. Title: “Avaliação do Estado de Qualidade Ecológica em ecossistemas estuarinos: Qual a influência da malha dos crivos utilizados na amostragem de macroinvertebrados bentónicos ?”.

51. M.Sc. Examination of Pedro de Almeida Lança Vinagre, University of Coimbra, July 2009. Title: “The Mondego estuary mesohaline and oligohaline macrozoobenthic communities. A contribution for their Ecological Quality Status Assessment”.

52. M.Sc. Examination of Augusta da Conceição de Jesus Duarte, University of Coimbra, September 2010. Title: “ Variação temporal da comunidade macrobentónica subtidal do sector polihalino do braço Sul do do estuário do Mondego”.

53. M.Sc. Examination of João Nuno dos Reis Franco, University of Coimbra, September 2010. Title: “Population dynamics of Corbicula flumínea (Műller, 1774) in the mesohaline and oligohaline areas of the Mondego estuary: spatial intrusion and ecological response”.

54. M.Sc. Examination of Ana Eduarda Saraiva Pereira Campos, University of Coimbra, September 2010. Title: “Influence of hydrodynamics and sediment grain sise in environmental quality of estuarine polyhaline sector”.

55. M.Sc. Examination of Dimitri Vilhena Barroso University of Coimbra, September 2010. Title:“Spatial and temporal variability of benthic producers and consumers б 13 C and б15 N signatures in the Mondego estuary food web.

56. M.Sc. Examination of Ana Margarida da Graça Carriço, University of Coimbra, September 2010. Title:“Spatial and temporal heterogeneity of macrofauna assemblages in the polyhaline sector of a mesotidal estuary”.

57. M.Sc. Examination of Alexandra Maria Martins Guerra, University of Coimbra, September 2010. Title: “Modelos de dinâmica populacional de Echinogammarus marinus do estuário do Mondego: Calibrações para 3 populações diferentes e análise de cenários referentes a alterações climáticas e flutuações de sex-ration”.

58. M.Sc. Examination of Luísa da Costa Marques, University of Coimbra, September 2010. Title:“Do macrofauna assemblages reflect Zostera noltii meadows temporal dynamics associated with natural and anthropogenic disturbances?”.

59. M.Sc. Examination of Ana Isabel Del Arco Ochoa, University of Coimbra, September 2010. Title: Ecological state of selected urban streams in Coimbra, Portugal.

60. M.Sc. Examination of Thaís de Toledo Ribas, University of Coimbra, September 2011. Title: Payments for environmental services as a policy for conserving the Portuguese Montado ecosystem. (Opponent).

61. M.Sc. Examination of Antónia Juliana Pais da Costa, University of Coimbra, September 2011. Title: The rocky shore macrozoobenthic communities of Buarcos Bay.

62. M.Sc. Examination of Nuno Januário Figueiredo Leite, University of Coimbra, September 2011. Title: Population dynamics and productivity of Echinogammarus marinus (Leach) in the Mondego estuary throughout three decades.

63. M.Sc. Examination of Ana Vanessa Pinto Modesto, University of Coimbra, September 2011. Title: Spatial and temporal variation of Corbicula flumínea (Müller, 1774) in the Mondego estuary.

64. M.Sc. Examination of Pieter van der Linden, University of Coimbra, September 2011. Title: The functional composition of the benthic invertebrate community of the Mondego estuary: insights within the functioning of this ecosystem.

65. M.Sc. Examination of Ahmed M. M. Abdel-Moneim, University of Coimbra, September 2011. Title: A short-term sublethal feeding inhibition assay, using zebra fish Danio rerio.

66. M.Sc. Examination of Franca Sangiorgio, University of Aveiro, December 2011. Title: Mediterranean and Black Sea macrofauna: Comparing sampling strategies. (Opponent).


67. M.Sc Examination of José David Costa Cunha, University of Coimbra, July de 2012. Title: Efeitos da nutrição de praias na comunidade macrofaunal de uma praia arenosa da costa ocidental Portuguesa.

68. M.Sc. Examination of Nadia Ivonne Ordóñez Román, University of Coimbra, 6 of September 2012. Title: A cost-effective tool-box to assess ecological receptors at most risk in a potentially pesticide contaminated south European big man-made reservoir. President.

69. M.Sc Examination of Fredrik Duvholt Haug, University of September, 17 of September 2012. Title: The role of breeding experience on the foraging specialization of a pelagic marine predator, the Cory’s sheawater. President.

70. M.Sc Examination of Conceição Alexandra Costa Caetano, 20 of September 2013. Title: Intertidal meiofauna communities along the south arm of Mondego estuary: Spatial and temporal variability in relation to environmental parameters.

71. M.Sc Examination of Joana Carolina Raposo de Brito, 15 of July 2016. Title: A spatially oriented ecosystem-based model to evaluate ecosystem impacts of fisheries.
 
Ph.D thesis
1.Ph.D Examination of Dr. Antonio Jimeno Fernandez, 16 of November, 1993, University of Barcelona (Spain). Title: “Contribucion al estudio de los Anfipodos de las costas mediterraneas catalanas” (Opponent).

2.Ph.D Examination of Dr. Ana Manuel Pereira de Almeida Costa, 17 of February, 1994, University of Évora (Portugal). Title: “Bio-ecologia de Cardium edule (Lineu, 1767) e de Cardium glaucum (Bruguière, 1789) nos estuários de Odeceixe e de Aljezur (Sudoeste de Portugal)” (Opponent).

3.Ph.D Examination of Dr. Esperanza Cano Sánchez, 10 of November, 1994, University of Seville (Spain). Title: “Estudios biológicos sobre Procambarus clarkii Girard (Decapoda Cambaridae) en las marismas del Bajo Guadalquivir” (Opponent).

4.Ph.D Examination of Dr. Maria Sofia Júdice Gamito Pires, 2 of December, 1994, University of Algarve (Portugal). Title: “The benthic ecology of some Ria Formosa lagoons, with reference to the potential for production of the gilthead seabream (Sparus aurata L.)” (Opponent).

5.Ph.D Examination of Dr. Mercedes Conradi Barrena, 28 of June, 1995, University of Cadiz (Spain). Title: “Distribución espaciotemporal de los peracáridos (Crustacea) asociados a Bugula neritina (L., 1758) en la bahía de Algeciras. Aspectos faunísticos y zoogeográficos” (Opponent).

6.Ph.D Examination of Dr. José Rosa de Oliveira Calvário, 27 of May, 1996, University of Algarve (Portugal). Title: “Estrutura e dinâmica das comunidades macrobênticas da Ria Formosa (Ria Faro - Olhão)” (Opponent).

7.Ph.D Examination of Dr. Amparo Marti Gil, 25 of October, 1996, University of València (Spain). Title: “Anfípodos de los fondos de substratos blandos de las islas Chafarinas (Mar de Alborán): Faunística y ecologia” (Opponent).

8.Ph.D Examination of Dr. Tiago Ferrand Múrias dos Santos, 12 of March, 1998, University of Coimbra (Portugal). Title: “Effect of habitat loss on waders (Aves, Charadrii) in the Mondego estuary (Portugal)”.

9.Ph.D Examination of Dr. Pedro Manuel Silva Gentil Anastácio, 6 of April, 1998, University of Coimbra (Portugal). Title: “Ecological engineering of crayfish and rice production: Data and sub-models for CRISP (Crayfish and Rice Integrated System of Production”.

10.Ph.D Examination of Dr. Miguel Ângelo do Carmo Pardal, 5 of February, 1999, University of Coimbra (Portugal). Title: “Impacto da eutrofização nas comunidades bentónicas do Braço Sul do estuário do Mondego (Portugal)”.

11.Ph.D Examination of Maria Marina Pais Ribeiro da Cunha, 10 of January 2000, University of Aveiro. Title: “Peracaridean Crustacea in Ria de Aveiro (NW Portugal): taxonomic composition and spatio-temporal structure of the assemblages; life history and secondary production of Corophium multisetosum Stock, 1952 (Amphipoda, Corophiidae)” (Opponent).

12.Ph.D Examination of João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral, 6 of April 2000, University of Coimbra. Title: “Quantitative assessment of the environmental impact of an ecotechnological alternative to control crayfish in rice fields”.

13.Ph.D Examination of Irene Isabel da Cruz Martins, 5 of July 2000, University of Coimbra. Title: “Green macroalgae and seagrasses in a shallow eutrophic estuary (the Mondego estuary, Portugal): Dynamics, controlling factors and possible evolutionary scenarios”.

14.Ph.D Examination of Ana Isabel Lillebø Batista, 28 of March 2001, University of CoimbraTitle: “The effect of salt marshes plants on the nutrient dynamics in the Mondego estuary (Portugal)”.

15.Ph.D Examination of Cristina Maria Moreira, 3 of April 2001, University of Coimbra. Title: “Eucalyptus globules leaves: Morphological and chemical barriers to decomposition in streams”.

16.Ph.D Examination of Margarida de Lurdes de Jesus Bastos de Cristo, 24 of April 2001, University of Algarve. Title: “Trophic ecology of the Norway lobster Nephrops norvegicus (L.) (Crustacea: Nephropidae) in the Mediterranean and adjacent Atlantic: Diets, evacuation rates, and daily rations” (Opponent).

17.Ph.D Examination of Luís Cláudio de Brito Brandão Guerreiro, 4 january 2002, University of Évora. Title: “Aperfeiçoamento de sistemas de classificação da vegetação sob a perspectiva do seu interesse faunístico recorrendo a critérios estruturais em sistemas agro-florestais” (Opponent).

18.Ph.D Examination of Maria Emília Cunha, 18 February 2002, University of Lisbon. Title: “Physical control of biological processes in a coastal upwelling system: Comparison of the effects ” (Opponent).

19.Ph.D Examination of Maria Filomena Meireles Abrantes de Macedo Dinis, 27 February 2002, New University of Lisbon. Tithe: “Comportamento dinâmico da produtividade primária fitoplanctónica ” (Opponent).

20.Ph.D Examination of Fuensanta Salas Herrero, 4 June 2002, University of Múrcia. Title: “Valoración y aplicabilidad de los índices e indicadores biológicos de contaminación orgânica en la gestión del médio marino ” (Opponent).

21.Ph.D Examination of Armando Jorge Amaral Matias Cristóvão, 21 June 2002, University of Coimbra. Title: “Development of retina cells in culture: Ionotropic glutamate receptors and neurosecretion”.

22.Ph.D Examination of Maria José Moreno da Cunha, 1 July 2002, University of Coimbra. Title: “Variabilidade genética de populações portuguesas de nemátodes-de-quisto da batateira”.

23.Ph.D Examination of Paulo Jorge de Sousa Maranhão, 8 November 2002, University of Coimbra. Title: “Resposta ecofisiológica de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) a variações ambientais. Desenvolvimento de um modelo ecológico de dinâmica populacional”.

24.Ph.D Examination of Filipe José Oliveira Costa, 3 December 2002, Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa. Title: “Integrated research on ecology, genetics, and ecotoxicology of Gammarus locusta (L.): The model organism approach” (Opponent).

25.Ph.D Examination of José Manuel Lopes Rodrigues, 19 March 2003, University of Coimbra. Title: “Validation of a terrestrial model ecosystem”.

26.Ph.D Examination of Isabel Maria Cunha Antunes Lopes, 12 May 2003, University of Coimbra. Title: “Among and within-population variability of metal tolerance by Cladocerans”.

27.Ph.D Examination of Isabel Luci Pisa Mata da Conceição, 14 June 2003, University of Coimbra. Title: “Utilização de cruzamentos controlados e de perfis de AND na investigação da variabilidade genética dos nemátodes-de-quisto da batateira, Globodera spp”.

28.Ph.D Examination of Daniela Barroso da Cunha Pereira, 30 July 2003, University of Coimbra. Title: “Modulação da libertação de glutamato por mecanismos de sinalização intracelular envolvendo cinases de resíduos de tirosina no hipocampo adulto”.

29.Ph.D Examination of Anabela Pinto Rolo, 22 of September 2003, University of Coimbra. Title: “Cholestasis and hepatic ischemia: Bile acids therapy. Cellular mechanisms with relevance to mitochondrial function”.

30.Ph.D Examination of José Paulo Filipe Afonso de Sousa, 3 of October 2003, University of Coimbra. Title: “Effects of Eucalyptus globulus plantations on soil Collembola and on fauna mediated soil biological processes. Comparison with autochtonous forests”.

31.Ph.D Examination of Isabel Maria Madaleno Domingos, 6 of October 2003, University of Lisbon. Title: “A enguia-europeia, Anguilla anguilla (L., 1758), na bacia hidrográfica do rio Mondego” (Opponent).

32.Ph.D Examination of Maria Helena Soares Martins Adão, 9 of January 2004, University of Évora. Title: “Dynamics of meiofauna in association with Zostera noltii seagrass beds in the Mira estuary (SW Portugal)”.

33.Ph.D Examination of Sandra Paula Mendes da Cruz, 23 of April 2004, University of Algarve. Title: “Ecologia dos Peracarídeos (Crustácea) bentónicos da zona entre marés da Ria Formosa”.

34.Ph.D Examination of Mohamed Sghaïer Achouri, 5 of June 2004, University of Tunis. Title: “ Biologie, dynamique et génétique dês populations du genre Porcellionides en Tunisie (Crustacé, Isopode Oniscidea) ” (Opponent).

35.Ph.D Examination of Jaime Miguel Costa Aníbal, 14 of July 2004, University of Algarve. Title: “Processos ecológicos que controlam a dinâmica das macroalgas Ulvales (Chlorophyta) na Ria Formosa” (Opponent).

36.Ph.D Examination of Ricardo Jorge da Siulva Pereira Lopes, 24 of September 2004, University of Coimbra. Title: “Ecology of migrating and wintering Dunlins (Calidris alpina) using a south temperate estuary, the Mondego estuary (Portugal)” (President of the Jury).

37.Ph.D Examination of João Miguel Magalhães Neto, 12 of November 2004, University of Coimbra. Title: “Nutrient enrichment in a temperate macro-tidal system. Scenario analysis and contribution to coastal management)” (President of the Jury).

38.Ph.D Examination of Maria João Feio, 10 of February 2005, Universidade de Coimbra. Title: “Macroinvertebrates in the Mondego River basin bioassessment” (President of the Jury).

39.Ph.D Examination of Patrícia Gonçalves Cardoso, 11 of July 2005, University of Coimbra. Title: “Long-term changes within macrobenthic assemblages of a temperate estuary under eutrophication (President of the Jury).

40.Ph.D Examination of António Domingos de Sousa Abreu, 15 of July 2005, University of Madeira. Title: Povoamentos malacológicos de substrato móvel ao longo da plataforma insular sul da ilha da Madeira. (Opponent).

41.Ph.D Examination of Anabela Clara Barreto Marques Novais, 18 of July 2005, University of Coimbra. Title: Ecologia da lontra (Lutra lutra L.): Chaves de identificação de peixes consumidos, dieta no Rio Paiva e actividades científicas e investigativas no ensino (President of the Jury).

42.Ph.D Examination of Maria Inês Vasconcelos de Albergaria Pinheiro Moreira, 21 of November 2005, University of Coimbra. Title: Comportamento territorial do Trigueirão (Miliaria calandra; Aves: Emberezidae): Selecção de habitat, qualidade do território e actividade de canto (President of the Jury).

43.Ph.D Examination of Joana Mateus Patrício, 22 of November 2005, University of Coimbra. Title: How well do ecological indicators assess environmental status? (President of the Jury).

44.Ph.D Examination of Susana Margarida de Freitas Ferreira, 22 of November 2005, University of Coimbra. Title: Long-term survey of key macrobenthic species in a temperate eutrophic estuary and the influence of trematode parasites. (President of the Jury).

45.Ph.D Examination of Rosa de Fátima Lopes de Freitas, 12 of December 2005, University of Aveiro. Title: Benthic biotopes remote sensing using single beam acoustics (Opponent).

46.Ph.D Examination of Kim Araújo Stobberup, 15 of December 2005, University of Algarve. Title: The Cape Verde coastal ecosystem: A study of community structure, trophic interactions, and exploitation pattern (Opponent).

47.Ph.D Examination of Eduardo Bruno Oliveira Esteves, 22 of September 2006, University of Algarve. Title: Ecology of the early life-history stages of shad Alosa fallax fallax (Lacépède, 1803) in the river Mira, with a note on Alosa sp larvae in the river Guadiana.

48.Ph.D Examination of Marcos Duarte Mateus, 27 of October 2006, IST, Technical University of Lisbon. Title: A process-oriented biogeochemical model for marine ecosystems: Development, numerical study, and application.

49. Ph.D Examination of Verónica Jacinta Lopes Ferreira, 12 of January 2007, University of Coimbra. Title: “Factors affecting decomposition of submerged litter and associated microbes and invertebrates. President of the Jury.

50. Ph.D Examination of Maria Teresa Peters Castro Simas, 17 of January 2007, New University of Lisbon. Title: “Primary production in the Tagus estuary – nutrient enrichment and the role of salt marshes”.

51. Ph.D Examination of Iñigo Muxika, 19 of October 2007, University of the Basque Country. Title: “AMBI, una herramienta para la evaluación del estado de las comunidades bentónicas: modo de uso y aplicación a la Directiva Marco del Agua”.Opponent.

52. Ph.D Examination of Cármen Ivelize Van-Dúmen do Sacramento Neto dos Santos, 19 of November 2007, Faculty of Sciences, University of Lisbon. Title: Comunidades de macroinvertebrados e peixes associadas à pradaria marinha de Halodule wrightii (Ascherson, 1868) na Laguna de Mussulo, Angola. Opponent.

53. Ph.D Examination of Sílvia Correia Gonçalves, 9 of November 2007, University of Coimbra. Title: “Macrofaunal key Crustaceans in Atlantic and Mediterranean exposed sandy beaches. Does knowledge on key species bio-ecology have a role in assessing global changes? President of the Jury.

54. Ph.D Examination of Pierre-Yves Pascal, 24 of Janeiry 2008, University of La Rochelle, France. Title: “Devenir dês bacteries dans les réseaux trophiques des vasières intertidales : Le cas de Brouage (Baie des Marennes-Oleron). Opponent and President of the Jury.

55. Ph.D Examination of Celia Ojeda Martinez, 24 of July 2008, University of Alicante, Spain. Title: Indicators selection for the assessment of marine protected areas. Opponent.

56. Ph.D Examination of Teresa Catry, 22 of January 2009, University of Coimbra, Portugal. Title: Inter-annual and seasonal variation in feeding ecology of tropical seabirds on Aride Island, Seychelles. University of Coimbra.

57. Equivalence Jury to the Ph.D degree of Pedro Afonso A. dos Santos, 9 June 2009, University of Azores.

58. Equivalence Jury to the Ph.D degree of Telmo Alexandre Morato Gomes, 9 June 2009, University of Azores.

59. Equivalence Jury to the Ph.D degree of Marina Parra Carreiro e Silva, 9 June 2009, University of Azores.

60. Ph.D Examination of Rita Maria Pina Vasconcelos, 7 of December 2009, University of Lisbon, Portugal. Title: Contribution of estuarine nursery areas to be structure and biocontamination of stocks of commercially important fish species along the Portuguese coast.

61. Ph.D Examination of Vítor Hugo Rodrigues Paiva, February 2010, University of Coimbra. Title: Foraging tactics, activity at-sea and sea area usage by Cory's Shearwaters (Calonectris diomedea borealis) in the North Atlantic. University of Coimbra (concluded February 2010). President of the Jury.

62. Ph.D Examination of Tiago Gonçalo Martins Verdelhos, 15 of June 2010, University of Coimbra, Portugal. Title: Impact assessment of multiple stressors on the Mondego estuary: A multidimensional approach on the Bilvalve Scrobicularia plana. President of the Jury.

63. Ph.D Examination of Heliana Lilita Gonçalves Teixeira, 21 of September 2010, University of Coimbra, Portugal. Title: Benthic macroinvertebrates as ecological indicators for estuarine and coastal ecosystems. Assessment and intercalibration.

64. Ph.D Examination of Alexandra Sofia Baptista Vicente Baeta, 22 of September 2010, University of Coimbra, Portugal. Food webs in intertidal ecosystems. A stable isotope approach and trophic network analysis.

65. Ph.D Examination of Vera Lia Oliveira Sequeira, 20 of January 2011, University of Lisbon, Portugal. Title: Bluemouth, Helicolenus dactylopterus (Delaroche, 1809) biology and stock structure in Portuguese waters.

66. Ph.D Examination of Susana de Oliveira Braga da Silva França, 30 of September 2011, University of Lisbon, Portugal. Title: Spatial and temporal variation of fish assemblages in estuarine systems: Habitat use, dependence, and connectivity.

67. Ph.D Examination of Ricardo Manuel Oliveira Ramalho, 30 of January 2012, University of Évora, Portugal. Title: Dispersal and population regulation of the red swamp crayfish Procambarus clarkia. Opponent.

68. Ph.D Examination of Joana Reis de Almeida, 25 of July 2012, University of Oporto, Title: Ecological relevance of molecularand functional alterations induced by pollutants on juvenile seabass (Dicentrarchus labrax L.). Opponent.

69. Ph.D Examination of Ana Cristina Reis Campos, 20 of September 2012, University of Coimbra, Title: Ecological segregation and competition amongst European robins Erithacus rubecula in Iberian winter quarters: the role of sex, age, and geographic origin. President.

70. Ph.D Examination of Dalila do Rosário Encarnação Serpa, 24 of September 2012, University of Algarve, Title: Study of the physical, chemical and biological processes in semi-intensive fishponds: development of a mathematical model as a tool for managing white seabream (Diplodus sargus) production.

71. Ph.D Examination of Rute Isabel da Costa Pinto, 13 of November 2012, University of Coimbra, Title: Mondego basin and estuary management: The role of ecosystem services (e) valuation for human wellbeing endeavour. President.

72. Ph.D Examination of Helena Leite Veríssimo de Carvalho, 16 of November 2012, University of Coimbra, Title: Response of benthic communities to natural and human-induced changes in a temperate estuary. Implications for recovery and management.

73. Ph.D Examination of César Dinis Santos Capinha, 4 of December 2012, University of Évora, Title: Predicting the distribution of invasive decapods across space and time. Opponent.

74. Ph.D Examination of Blanche Saint-Beat, 11 of December 2012, University of La Rochelle (France), Title: Modélisation du role du biofilm dans le fonctionnement du réseau trophique de la vasière de Brouage (Bassin de Marennes-Oléron): Influence sur les flux de Carbone et consequences sur la stabilité. Rapporteur and Opoponent.

75. Ph.D Examination of Roberto Carlos Domingues Martins, 28 of February 2013, University of Aveiro, Title: The Portuguese continental shelf soft-bottom benthic habitats. Opponent.

76. Ph.D Examination of Sofia Nunes Henriques Margarido Pires, 25 of July 2013, University of Lisbon, Title: Marine fish assemblages as indicators of anthropogenic pressures: Identifying sensitive metrics. Opponent.

77. Ph.D Examination of Alan Tainá de Souza, 25 of November, 2013, University of Porto, Title: Abundance, structure, and distributional patterns of core secondary producers in a temperate estuary: Driving factors and climate change scenario simulations.

78. Ph.D Examination of Susana Isabel Eusébio Coelho, 14 of January, 2014, University of Algarve, Title: Environmental conditions and biotic communities in Foz de Almargem and Salgados coastal lagoons, Algarve (South Portugal). Opponent.

79. PhD Examination of Isabella Ascione, 11 of September 2014, Instituto Superior Técnico (IST), University of Lisboa, Title: Development and application of a process-oriented model for benthic marine systems. Opponent.

80. PhD Examination of Maria Alexandra Sousa Dias Cartaxana, 2 of October 2014, Faculty of Sciences, University of Lisbon, Title: Biology and ecology of the White prawn Palaemon longirostris H. Milne Edwards, 1837 (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae) in the Mira River, Portugal. Opponent.

81. PhD Examination de Sílvia Susana Ferreira Pedro, 18 of February 2015, Faculty of Sciences, University of Lisbon, Title: Metal cycling in salt marshes and intertidal mudflats: Influence of plants, invertebrates, and fishes. Opponent.

82. PhD Examination of Noémie Wouters, 14 of May 2015, Faculty of Sciences, University of Lisbon, Title: Effectiveness of resilience assessment tools in different case studies. Opponent.

83. PhD Examination of Bernardo Afonso de Aranha Alhandra Duarte, 16 of June 2016, Faculty of Sciences, University of Lisbon, Title: Climate change impacts on salt marsh vegetation ecophysiology and dynamics.

84. PhD Examination of Pedro Emanuel Ferreira dos Reis Vieira, 31 of October 2017, Department of Biology, University of Aveiro, Title: Biodiversity and evolution of the coastal peracaridean fauna of Macaronesia and Northeast Atlantic. Opponent.


 
Aggregation examinations
1.Aggregation examination in Zoology of Isabel Maria de Oliveira Abrantes, 14 and 15 November 2002, University of Coimbra.

2.Aggregation examination in Biology of Henrique José de Barros Brito Queiroga, 14 and 15 of October 2004, University of Aveiro (Opponent).

3.Aggregation examination in Environmental Quality of João Pedro Salgueiro Gomes Ferreira, 3 and 4 of November 2004, New University of Lisbon (Opponent).

4.Aggregation examination in Botany of Jorge Manuel Pataca Leal Canhoto, 29 and 30 of November 2004, University of Coimbra.

5.Aggregation examination in Marine and Environmental Sciences of Rui Orlando Pimenta Santos, 10 and 11 of October 2005, University of Algarve.

6.Aggregation examination in Biology, Expertise in Ecologia, of Ulisses Manuel de Miranda Azeiteiro, 5 and 6 of May 2006, Open University, Lisbon. (Opponent).

7.Aggregation examination in Zoology, Expertise Molecular and Celular Biology, of Carlos Jorge Bandeira Duarte, 2 and 3 of February 2006, University of Coimbra. (President of the Hury).

8.Aggregation examination in Animal Biology of Leonel Paulo Sul de Serrano Gordo, 30 of June and 1 of July 2006, University of Lisbon.

9.Aggregation examination in Marine and Environmental Sciences ofKarim Erzini, 12 and 13 of July 2006, University of Algarve (Opponent).

10.Aggregation examination in Zoology of Rui Godinho Lobo Girão Ribeiro, 18 and 19 of September 2006, University of Coimbra (President of the Jury).

11.Aggregation examination in Animal Biology of Henrique Manuel Roque Nogueira Cabral, 2 and 3 of November 2006, University of Lisbon (Opponent).

12.Aggregation examination in Environmental Quality of Maria Helena Ferrão Ribeiro da Costa, 12 and 13 of December 2006, New University of Lisbon (Opponent).

13.Aggregation examination in Mathematics, Natural Sciences, and Technologies of João Alexandre Ferreira Abel dos Santos Cabral, 19 and 20 of April 2007, University of Trás-os-Montes e Alto Douro (Opponent).

14. Aggregation Examination in Zoology of Maria da Natividade Ribeiro Vieira, 1 and 2 of October 2007, University of Porto.

15. Aggregation Examination in Marine and Environmental Sciences - Ecology of Maria Ester Tavares Álvares Serrão, 3 and 4 of December 2007, University of Algarve.

16. Aggregation Examination in Ecology of Maria Isabel Violante Caçador, University of Lisbon, 7 and 8 of July 2008. Opponent in the discussion of the Curriculum Vitae.

17. Aggregation Examination in Life Sciences of Jaime Albino Ramos, 21 and 22 January 2010, Universidade de Coimbra. Opponent of Lição de Síntese: As Aves Marinhas como indicadores ecológicos.

18. Aggregation Examination in Life Sciences of Pedro Manuel da Silva Duarte, Universidade Fernando Pessoa, 16 and 17 May 2011. Opponent of “Relatório da Disciplina” – Ecological Modelling.

19. Aggregation Examination of Henrique Miguel Leite de Freitas Pereira, University of Lisboa, 13 and 14 of December 2011. Opponent in the discussion of the Curriculum Vitae.

20. Aggregation Examination of Alice Newton, University of Algarve, 30 of June and 1 of July 2014. General Rapporteur regarding the candidate’s acceptance for defence and Opponent in the discussion of Lição de Síntese: Ocean Acidification.

21. Aggregation Examination of Maria Alexandra Anica Teodósio, University of Algarve, 11 and 12 of June 2015. Opponent in the discussion of the Curricular Unit: Ecossistemas Marinhos.

22. Aggregation Examination of Gonçalo Jorge Pestana Calado, University of Porto, 24 and 25 of October 2016. Opponent in the discussion of Lição de Síntese: História da Biologia Marinha.

23. Aggregation Examaination of Cristina Branquinho, University of Lisbon, 23 and 24 of January 2017. Opponent in the Curriculum Vitae discussion.

24. Aggregation Examination of Pedro Miguel Raposo Almeida, University of Évora, 7 and 8 of May, 2018.

25. Aggregation Examination of Miguel José Batista Gastar, University of Algarve, 13 and 14 of June, 2018.

26. Aggregation Examination of Pedro Rui Correia de Oliveira Beja, University of Oporto, 7 and 8 of January, 2019.


 
11. membership in scientific societies
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- Portuguese Biologists Association
- Portuguese Natural Sciences Society
- Portuguese Centre of Underwater Activities
- Portuguese Ecological Society
- Crustacean Society
- European Association of Marine Sciences and Techniques (EAMST)
- International Society for Ecological Modelling (ISEM)
- International Ecological Engineering Society (IEES)
- American Society of Limnology and Oceanography (ASLO)
 
12. referee and editor of scientific journals
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Editorial Board of Ecological Modelling, ELSEVIER (1992 - present).

Editorial Board of International Journal of Ecodynamics, WIT Press (2005 - present).

Editorial Board of the Ecological Indicators Journal, ELSEVIER (2007 2010).

Executive Editor of Acta Oecologica, ELSEVIER (1998 – 2008).

Associate Editor of “The Scientific World” (www.thescientificworld.com), domain: Ecosystems and Communities, Bicester, UK (2001 – 2002).

Associate Editor of Ocean and Coastal Management Journal, ELSEVIER (2009 - 2016).

Associate Editor of Ecological Indicators Journal, ELSEVIER (2011 - 2015).

Editor in Chief of the Ecological Indicators Journal, ELSEVIER (2016 - present)


Reviewer, in a regular basis, of papers submitted to the following scientific journals: Marine Biology, SPRINGER VERLAG, Berlim, Germany; Marine Pollution Bulletin, ELSEVIER, Ecological Indicators, ELSEVIER, Estuarine Coastal and Shelf Science, ELSEVIER, Journal of the Marine Biological Association, U.K., Crustaceana, Netherlands, and Marine Environmental Research, ELSEVIER, Journal of Sea Research, Elsevier, Science of Total Environment, etc.
 
13. publications
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|books| |book chapters| |book reviews| |proceedings (int)|
|proceedings (nat)| |national journals| |oral presentations| |posters|  
papers in international scientific periodicals with referee (ISI)
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Citations (June 2019): 6841

Citations (June 2019 – without self citations): 5525

Number of articles in which is cited (June 2019): 4061

Number of articles in which is cited (June 2019 – without self citations): 3819

Índice h (WOS) (excluding self citations): 43

Índice h (SCOPUS) (excluding self citations): 46

Published or accepted for publication



298 Duarte, B., A. R. Matos, S. Pedro, J. C. Marques, H. Adão, I. Caçador, 2019. Dwarf eelgrass (Zostera noltii) leaf fatty acid profile during a natural restoration process: physiological and ecological implications. Ecological Indicators (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2019.105452).

297 Bessa, F., N. Ratcliffe, V. Otero, P. Sobral, J. C. Marques, C. M. Waluda, P. N. Trathan, J. C. Xavier, 2019. Microplastics in penguins from the Antarctic region. Scientific Reports (accepted for publication).

296 Mantas, V. M., A. J. S. C. Pereira & J. C. Marques, 2019. Partitioning the ocean using dense time series of Earth Observation data. Regions and natural boundaries in the Western Iberian Peninsula. Ecological Indicators, 103: 9-21 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2019.03.045).

295 Rocha, C. P., H. N. Cabral, C. Nunes, M. A. Coimbra, F. Gonçalves, J. C. Marques & A. M. M. Gonçalves, 2019. Biochemical impacts in adult and juvenile farmed European seabass and gilthead seabream from semi-intensive aquaculture of southern European estuarine systems. Environmental Science and Pollution Research (DOI: 10.1007/s11356-019-04825-8)
.
294 Pais-Costa, A. J., I. Varó, M. Martinez-Haro, P. A.Vinagre, A. J.Green, F. Hortas, J. C. Marques & I. Sanchez, 2019. Life history and physiological responses of native and invasive brine shrimps exposed to Zinc. Aquatic Toxicology, 210: 148-157 (https://doi.org/10.1016/j.aquatox.2019.02.023).

293 Gutiérrez, I. B., A. F. Mesquita, C. Nunes, M. A. Coimbra, F. J. M. Gonçalves, J. C. Marques, & A. M. M. Gonçalves, 2019. Impacts of S-metolachlor and terbuthylazine in fatty acid and carbohydrate composition of the benthic clam Scrobicularia plana. Ecotoxicology and Environmental Safety, 173: 293-304 (https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2019.02.034).

292 Duarte, B., D. Prata, A. R. Matos, M. T. Cabrita, I. Caçador, J. C. Marques, H. N. Cabral, P. Reis-Santos, V. F. Fonseca, 2019. Ecotoxicity of the lipid-lowering drug Bezafibrate on the bioenergetics and lipid metabolism of the diatom Phaeodactylum Tricornutum. Science of Total Environment, 650: 2085-2094 (DOI: 10.1016/j.scitotenv.2018.09.354).

291 Gutiérrez, I. B., A. F. Mesquita, F. J. M. Gonçalves, J. C. Marques, & A. M. M. Gonçalves, 2019. Biomarkers' responses of the benthic clam Scrobicularia plana to the main active ingredients (S-metolachlor and Terbuthylazine) of a common herbicide. Ecological Indicators, 96: 611-619 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.09.044).

290 Nielsen, S. N. & J. C. Marques. Commemorating a true ecological holist. Ecological Indicators, 100: 1-3. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.10.064

289 Marques, J. C., 2019. Coastal systems in transition: The game of possibilities for sustainability under global climate change. Ecological Indicators, 100: 11-19.
(https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2017.10.055).

288 Vieira, R., S. M. Marques, J. M. Neto, P. Barría, J. C. Marques, F. J. M. Gonçalves & A. M. M. Gonçalves, 2018. Brain as a target organ of climate events: environmental induced biochemical changes in three marine fish species. Ecological Indicators, 95: 815-824 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.08.019).

287 Vinagre, C., V. Mendonça, A. A. Flores, A. Baeta & J. C. Marques, 2018. Complex food webs of tropical intertidal rocky shores (SE Brazil) - an isotopic perspective. Ecological Indicators, 95: 485-491 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.07.065).

286 Duarte, B., A. R. Matos, C. Gameiro, F. J. M. Gonçalves, I. Caçador, J. L. L. E. Pereira, J. Canáro, J. C. Marques, M. Pacheco, P. Pereira, R. Rosa, T. Cabrita & T. Vidal, 2018. Phytoplankton community-level bio-optical assessment in a naturally mercury contaminated Antarctic ecosystem (Deception Island). Marine Environmental Research (https://doi.org/10.1016/j.marenvres.2018.07.01).

285 Souza, A. T., M. I. Ilarri, S. Timóteo, J. C. Marques & I. Martins, 2018. Assessing the effects of temperature and salinity oscillations on a key mesopredator fish from European coastal systems. Science of Total Environment 640-641: 1332-1345 (https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2018.05.348).

284 Caro, C. C., R. Pinto & J. C. Marques, 2018. Use and Usefulness of Open Sources Databases for European Marine Ecosystem Services Assessment. Ecological Indicators, 95: 41-52 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.06.070).

283 Duarte, B., H. Silva, J. M. Dias, N. Slimi, J. C. Marques & I. Caçador, 2018. Functional and ecophysiological traits of Halimione portulacoides and Sarcocornia perennis ecotypes in Mediterranean salt marshes under different tidal exposures. Ecological Research. (DOI: 10.1007/s11284-018-1632-y)

282 Filimonova, V., C. Nys, K. A. C. De Schamphelaere, F. Gonçalves, J. C. Marques, A. M. M. Gonçalves & M. De Troch. Ecotoxicological and biochemical mixture effects of an herbicide and a metal at the marine primary producer diatom Thalassiosira weissflogii and the primary consumer copepod Acartia tonsa. Environmental Science and Pollution Research 22: 22180-22195 (https://doi.org/10.1007/s11356-018-2302-x).

281 Duarte, B., I. Martins, R. Rosa, A. R. Matos, M. Y. Roleda, T. Reusch, A. H. Engelen, E. A. Serrao, G. A. Pearson, J. C. Marques, I. Caçador, C. M. Duarte & A. Jüterbock, 2018. Climate change impacts on seagrass meadows and macroalgal forests: an integrative perspective on acclimation and adaptation potential. Frontiers in Marine Science, section Global Change and the Future Ocean (doi: 10.3389/fmars.2018.00190).

280 Rodrigues, M.O., N. Abrantes, F. J. M. Gonçalves, H. Nogueira, J. C. Marques & A. M. M. Gonçalves, 2018. Spatial and temporal distribution of microplastics in water and sediments of a freshwater system (Antuã River, Portugal). Science of Total Environment, 633: 1549-1559 (https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2018.03.233).

279 Rodrigues, M., A. M. M. Gonçalves, F. J. M. Gonçalves, H. Nogueira, J.C. Marques & N. Abrantes, 2018. Effectiveness of a methodology of microplastics isolation for environmental monitoring in freshwater systems. Ecological Indicators, 89: 488-495 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.02.038).

278 Filimonova, V., M. De Troch, F. Gonçalves, J. C. Marques, S. M. Marques, A. M. M. Gonçalves, F. De Laender, 2018. Effects of a herbicide and copper mixture on the quality of marine plankton. Ecotoxicology and Environmental Safety, 156: 9-17 (https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2018.02.038).

277 Duarte, B., A. R. Matos, J. C. Marques & I. Caçador, 2018. Leaf fatty acid remodeling in the salt-excreting halophytic grass Spartina patens along a salinitygradient. Plant Physiology and Biochemistry, 124 (https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2018.01.007).

276 Pérez-Romero, J.A., Y. L. Idaszkin YL, B. Duarte B, A. Baeta A, J. C. Marques JC, S. Redondo-Gómez, I. Caçador, & E. Mateos-Naranjo, 2018. Atmospheric CO2 enrichment effect on the Cu-tolerance of the C4 cordgrass Spartina densiflora. Journal of Plant Physiology: 220:155-166. (doi: 10.1016/j.jplph.2017.11.005).

275 Duarte, B., J. Carreiras, J. A. Pérez-Romero, E. Mateos-Naranjo, S. Redondo-Gómez, A. R. Matos, J. C. Marques & I. Caçador, 2018. Halophyte fatty acids as biomarkers of anthropogenic-driven contamination in Mediterranean marshes: Sentinel species survey and development of an integrated biomarker response (IBR) index. Ecological Indicators, 87: 86-96 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2017.12.050).

273 Seabra Linares M., M. Callisto, & J. C. Marques, 2018. Thermodynamic based indicators illustrate how run-of-river impoundment in a neotropical savanna river attracts invasive species and alters the benthic macroinvertebrate assemblages' complexity. Ecological Indicators (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.01.040).


273 Bessa, F., P. Barria, J.M. Neto, J. P.G.L. Frias, V. Otero, P. Sobral & J.C. Marques, 2018. Occurrence of microplastics in commercial fish from a natural estuarine environment. Marine Pollution Bulletin,128: 575-584 (https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2018.01.044)

272 Vinagre, C., R. Silva, V. Mendonça, A. Flores, A. Baeta. J. C. Marques, 2018. Food web organization following the invasion of habitat-modifying Tubastraea spp. corals appears to favour the invasive borer bivalve Leiosolenus aristatus. Ecological Indicators, 85: 1204-1209 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2017.11.056).


271 Mesquita A.F., F. Gonçalves, T. Verdelhos, J. C Marques & A. M. M. Gonçalves, 2018. Fatty acids profiles modifications in the bivalves Cerastoderma edule and Scrobicularia plana in response to copper sulphate. Ecological Indicators, 85: 318-328 (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolind.2017.10.007).

270 Seabra Linares, M., M. Callisto & J. C. Marques, 2017. Compliance of secondary production and eco-exergy as indicators of benthic macroinvertebrates assemblages' response to canopy cover conditions in Neotropical headwater streams. Science of Total Environment, 613-614: 1543-1550.
(https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2017.08.282).

269 Baeta, A., L. R. Vieira, A. V. Lírio, C. Canhoto, J. C Marques & L. Guilhermino, 2017. Use of stable isotope ratios of fish larvae as indicators to assess diets and patterns of anthropogenic nitrogen pollution in estuarine ecosystems. Ecological Indicators 83: 112-121 (https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2017.07.062).

268 Duarte, B., M. T. Cabrita, C. Gameiro, A. R. Matos, R. Godinho, J. C. Marques & I. Caçador, 2017. Disentangling the photochemical salinity tolerance in Aster tripolium L.: connecting biophysical traits with changes in fatty acid composition. Plant Biol J, 19: 239–248. doi:10.1111/plb.12517


267 Bessa da Silva, M., N. Abrantes, C. Patinha, E. F. da Silva, J. C. Marques, F. Gonçalves & R. Pereira, 2017. Soil ecotoxicological screening (tier 1) for a diffuse-contaminated drainage area surrounding a lacustrine ecosystem in the Centre of Portugal. J. Soils Sediments (DOI:10.1007/s11368-017-1735-z).


266 Goodwin, K. D., L. R. Thompson, B. Duarte, T. Kahlke, A. R. Thompson, J. C. Marques & I. Caçador, 2017. DNA sequencing as tool to monitor marine ecological status. Frontiers in Marine Science, section Marine Ecosystem Ecology (Front. Mar. Sci. | doi: 10.3389/fmars.2017.00107).

265 Ferreira. A. M., A. S. Alves, J. C. Marques, & S. Seixas, 2017. Ecosystem response to different management options in Marine Protected Areas (MPA): A case study of intertidal rocky shore communities. Ecological Indicators, 81: 471-480 (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolind.2017.06.028).

264 Duarte, B., J. M. Neto, J. C. Marques, J. B. Adams & I. Caçador, 2017. Marine angiosperm indices used to assess ecological status within the Water Framework Directive and South African National Water Act: learning from differences and common issues. Ecological Indicators (accepted for publication).

263 Vinagre, P. A., A. J. Pais-Costa, S. J. Hawkins, A. Borja, J. C. Marques, & J. M. Neto, 2017. Addressing a gap in the Water Framework Directive implementation: Rocky shores assessment based on benthic macroinvertebrates. Ecological Indicators, 78: 489-501. (DOI: 10.1016/j.ecolind.2017.03.044).

262 Duarte, B., S. Pedro, J. C. Marques, H. Adão & I. Caçador, 2017. Zostera noltii development probing using chlorophyll a transient analysis (JIP-test) under field conditions: integrating physiological insights into a photochemical stress index. Ecological Indicators, 76:219-229 (DOI: 10.1016/j.ecolind.2017.01.023).

261 Van der Linden, P. A. Marchini, C. J. Smith, M. Dolbeth, L. R. L. Simone, J. C. Marques, J. Molozzi, C. R.. Medeiros, & J. Patrício, 2017. Functional changes in polychaete and mollusc communities within two tropical estuaries. Estuarine Coastal and Shelf Science (DOI: 10.1016/j.ecss.2016.12.019).

260 Vinagre, P. A., H. Veríssimo, A. J. Pais-Costa, S. J. Hawkins, A. Borja, J. C. Marques & J. M. Neto, 2017. Do structural and functional attributes show concordant responses todisturbance? Evidence from rocky shore macroinvertebratecommunities. Ecological Indicators 75: 57-72 (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolind.2016.12.023).

259 Duarte, B., N. Vaz, J. Valentim, J. M. Dias, H. Silva, J. C. Marques, N. Sleimi & I. Caçador, 2017. Revisiting the outwelling hypothesis: Modelling marsh detrital metal exports under extreme climatic events. Marine Chemistry (DOI: 10.1016/jmarchem.2016.12.002).

258 Linares, M. S., M: Callisto & J. C. Marques, 2017. Invasive bivalves increase benthic communities complexity in neotropical reservoirs Ecological Indicators, 75: 279-285 (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolind.2016.12.046).

257 Ferreira, A. M., R. Pinto, A.Gandarinho, J. C Marques & S. Seixas, 2017. Integrating marine ecosystem conservation and ecosystems services economic valuation: Implications for coastal zones governance. Ecological Indicators, 77: 114 – 122 (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolind.2017.01.036).

256 Gonçalves, A. M., D. V. Barroso, T.L. Serafim, T. Verdelhos, J. C. Marques, F. Gonçalves, 2017. The biochemical response of two commercial bivalve species to exposure to strong salinity changes illustrated by selected biomarkers. Ecological Indicators, 77: 59-66 (DOI: 10.1016/j.ecolind.2017.01.020).

255 Gonçalves, S. C. & J. C. Marques, 2017. Assessement and management of environmental quality conditions in marine sandy beaches for its sustainable use - virtues of the population based approach. Ecological indicators, 74, 140-146 (DOI: 10.1016/j.ecolind.2016.11.024).

254 Veríssimo, H., T. Verdelhos, A. Baeta, P. van der Linden, A. C. Garcia & J. C. Marques, 2017. Comparison of thermodynamic-oriented indicators and trait-based indices ability to track environmental changes: Response of benthic macroinvertebrates to management in a temperate estuary. Ecological Indicators (doi: 10.1016/j.ecolind.2016.10.040).

253 Gaspar, R., L. Marques, L. Pinto, A. Baeta, L. Pereira, I. Martins, J. C. Marques & J. M. Neto, 2017. Origin here, impact there. The need of integrated management for river basins and coastal areas. Ecological Indicators, 72: 794-802 (DOI: 10.1016/j.ecolind.2016.09.013).

252 Bessa da Silva, M., N. Abrantes, T.A.P. Rocha-Santos, A.C. Duarte, A.C. Freitas, A.M. Gomes, A.P. Carvalho, J.C. Marques, F. Gonçalves & R. Pereira, 2016. Effects of dietary exposure to herbicide and of the nutritive quality ofcontaminated food on the reproductive output of Daphnia magna. Aquatic Toxicology, 179: 1-7. (http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2016.08.008).

251 Nobrega-Silva, C. J. Patricio, J. C. Marques, M. dos Santos Olimpio, J. N. B. Farias &, J. Molozzi, 2016. Is polychaete family-level sufficient to assess impact on tropical estuarine gradients? Acta Oecologica, 77: 50-58 (http://dx.doi.org/10.1016/j.actao.2016.08.009).

250 Martinez-Haro, M., A. J. Pais-Costa, T. Verdelhos, J. C. Marques & P. Acevedo, 2016. Optimising a clearance index based on neutral red as an indicator of physiological stress for bivalves. Ecological Indicators, 71: 514-521 (doi:10.1016/j.ecolind.2016.07.025).

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97 Lopes, R J, M. A. Pardal, T. Múrias, J. A.Cabral & J.C.Marques, 2006. Influence of macroalgal mats on abundance and distribution of dunlin Calidris alpina in estuaries: a long-term approach. Marine Ecology Progress Series, 323: 11-20.

96 Marques S. C., M., U. M. Azeiteiro, J.C. Marques, J. M. Neto and M. A. Pardal, 2006. Zooplankton and ichthyoplankton communities in a temperate estuary: spatial and temporal patterns. Journal of Plankton Research 28 (3): 297-312.

95 Patrício, J. & J. C. Marques, 2006. Mass balanced models of the food web in three areas along a gradient of eutrophication symptoms in the south arm of the Mondego estuary (Portugal). Ecological Modelling, 197: 21-34.

94 Lopes, R. J., J. C. Marques, & L. Wenerberg, 2006. Migratory connectivity and temporal aggregation of Dunlin (Calidris alpina) in Portugal – evidence from morphology, ringing recoveries and mtDNA. Journal of Ornithology 147: 385-394.

93 Vassallo, P., M. Fabiano, L. Vezzulli, R. Sandulli, J.C. Marques & S.E. Jørgensen, 2006. Assessing the health of coastal marine ecosystems: A holistic approach based on sediment micro and meio-benthic measures. Ecological Indicators 6: 525-542.

92 Salas, F., J. Patrício, C. Marcos, M. A. Pardal, A. Pérez-Ruzafa & J. C. Marques, 2006 Are Taxonomic Distinctness measures compliant to other ecological indicators in assessing ecological status? Marine Pollution Bulletin 52 (2): 162-174.

91 Patrício, J., F. Salas, M. A. Pardal, S. E. Jørgensen & J. C. Marques, 2006. Ecological indicators performance during a re-colonisation experiment and its compliance with ecosystem theories. Ecological Indicators 6 (1): 43 - 57.

90 Patrício, J., R. Ulanowicz, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2006. Ascendency as ecological indicator for environmental quality assessment at the ecosystem level: a case study. Hydrobiologia, 555: 19-30.

89 Leitão, R., F. Martinho, J. M. Neto, H. Cabral, J. C. Marques & M. Pardal, 2006. Feeding ecology, population structure, and distribution of Pomatoschistus microps (Krøyer, 1838) and Pomatoschistus minutus (Pallas, 1770) in a temperate estuary, Portugal. Estuarine Coastal and Shelf Science, 66: 231-239.

88 Santos, T. M., J. A. Cabral, R. J. Lopes, M. A. Pardal, J. C. Marques & J. Goss-Custard, 2005. Competition for feeding in waders: A case study in an estuary of south temperate Europe (Mondego, Portugal). Hydrobiologia, 544: 155-166.

87 Lillebø, A.I., J.M. Neto, I. Martins, T. Verdelhos, S. Leston, P.G. Cardoso, S.M. Ferreira, J.C. Marques & M.A. Pardal, 2005. Management of a shallow temperate estuary to control eutrophication: the effect of hydrodynamics on the system nutrient loading. Estuarine Coastal and Shelf Science 65: 697-707.

86 Baeta, A., H. Cabral, J. M. Neto, J. C. Marques & M. A. Pardal, 2005. Biology, population dynamics, and secondary production of the green crab Carcinus maenas (L.). Estuarine Coastal and Shelf Science, 65: 43-52.

85 Gonçalves, S. C., M. A. Pardal, P. G. Cardoso, S. M. Ferreira and J. C. Marques, 2005. Biology, population dynamics, and production of Tylos europaeus (Isopoda, Tylidae) in the Western Coast of Portugal. Marine Biology, 147 (3): 631-641.

84 Verdelhos, T., J. M. Neto, J. C. Marques & M. A. Pardal, 2005. The effect of eutrophication abatement on the bivalve Scrobicularia plana. Estuarine Coastal and Shelf Science, 63: 261-268.

83 Cardoso, P. G., A. Brandão, M. A. Pardal, D. Raffaelli & J. C. Marques, 2005. The resilience of Hydrobia ulvae populations to anthropogenic and natural disturbances. Marine Ecology Progress Series, 289: 191-199.

82 Ferreira, S. M., K. T. Jensen, P. A. Martins, S. F. Sousa, J. C. Marques & M. A. Pardal, 2005. Impact of microphallid trematodes on the survivorship, growth, and reproduction of an isopod (Cyathura carinata). Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 318: 191-199.

81 Martins, I., J. M. Neto, M. G. Fontes, J. C. Marques & M. A. Pardal, 2005. Seasonal variation in short-term survival Zostera noltii transplants in a declining meadow: Implications for management in eutropic estuaries. Aquatic Botany, 82: 132-142.

80 Jørgensen, S. E., N. Ladegaard, M. Debeljak & J. C. Marques, 2005. Calculations of Exergy for organisms. Ecological Modelling, 185: 165-175.

79 Lopes, R. J., T. Múrias, J. A. Cabral & J. C. Marques, 2005. A ten year study of variation, trends and seasonality of shorebird community in the Mondego estuary, Portugal. Waterbirds 28 (1): 8-18.

78 Salas, F., C. Marcos, A. Pérez-Ruzafa & J. C. Marques, 2005. Application of the Exergy Index as ecological indicator of organically enrichment areas in the Mar Menor Lagoon (South-Eastern Spain). Energy, 30: 2505-2522.

77 Pereira, P., C. Vale, A. M. Ferreira, E. Pereira, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2005. Seasonal variation on surface sediments composition in Mondego River estuary. Journal of Environmental Science and Health, Part A – Toxic/Hazardous Substances & Environmental Engineering A40: 317-329.

76 Fabiano, M., P. Vassallo, L. Vezzulli, V. S. Salvo & J. C. Marques, 2004. Temporal and spatial change of Exergy and Ascendency in different benthic marine ecosystems. Energy, 29 (11): 1697-1712.

75 Ferreira, S. M., M. A. Pardal, A. I. Lillebø, P. G. Cardoso & J. C. Marques, 2004. Population dynamics of Cyathura carinata (Isopoda) in a eutrophic temperate estuary. Estuarine Coastal and Shelf Science, 61 (4): 669-677.

74 Cardoso, P. G., M. A.Pardal, D. Raffaelli, A. Baeta & J. C. Marques, 2004. Macroinvertebrate response to different species of macroalgal mats and the role of disturbance history. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 308 (2): 207-220.

73 Lillebø, A. I., J. M. Neto, M. R. Flindt, J. C. Marques & M. A. Pardal, 2004. Phosphorous dynamics in a temperate intertidal estuary: Contribution to management of coastal areas. Estuarine Coastal and Shelf Science, 61: 101-109.

72 Salas, F. J. M. Neto, A. Borja & J. C. Marques, 2004. Evaluation of the applicability of a Marine Biotic Índex to characterise the status of estuarine ecosystems: The case of Mondego estuary (Portugal). Ecological Indicators, 4: 215-225.

71 Patrício, J., R. Ulanowicz, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2004. Ascendency as ecological indcator: A case study on estuarine pulse eutrophication. Estuarine Coastal and Shelf Science, 60 (1): 23-35.

70 Cardoso, P. G., M. A. Pardal, A. I. Lillebø, S. M. Ferreira, D. Raffaelli & J. C. Marques, 2004. Dynamic changes in seagrass assemblages under eutrophication and implications for recovery. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 302

 
books
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7 Bastianoni, S. J. C. Marques, F. Müller, B. Patten, R. E. Ulanowicz, S. E. Jørgensen, E. Tiezzi, S. N. Nielsen (editor) & B. D. Fath (editor), 2019. A New Ecology: Systems Perspective. 2nd Edition, Elsevier, 316 pp. ISBN 0444637575 (ISBN13: 9780444637574).

6 Jørgensen, S. E, J. C. Marques & S. N. Nielsen, 2016. Inregrated Environmental Management: A transdisciplinary approach. CRC Press, Taylor and Francis Group, Boca Raton, 369 p (ISBN – 13:978-1-4987-0510-3).

5 Marques, J. C., F. Salas, J. Patrício, J. Neto & H. Teixeira, 2009. Ecological Indicators for Coastal and Estuarine Environmental Assessment - A User Guide. WIT PRESS, 208 p.

4 Jørgensen, S. E., B. Fath, S. Bastianoni, J. C. Marques, F. Müller, S. N. Nielsen, B. C. Patten, E. Tiezzi, & R. Ulanowicz, 2007. A new Ecology. Systems perspective. Elsevier, 275 p.

3 Salas, F., J. Patrício & J. C. Marques, 2006. Ecological indicators in coastal and estuarine environmental quality assessment. A user friendly guide for practitioners. Imprensa da Universidade de Coimbra, 165 p.

2 Ferreira, J. G., P. F. Abreu, A. Bettencourt, S. B. Bricker, J. C. Marques, J. J. Melo, A. Newton, A. Nobre, J. Patrício, F. Rocha, R. Rodrigues, F. Salas, M. C. Silva, T. Silva, C. V. Soares, P. E. Stacey, C. Vale, M. De Wit & W. J. Wolff, 2006. Monitoring plan for water quality ecology of Portuguese transitional and coastal waters. Edição IMAR/INAG, 141 p.

1 Bettencourt, A., S. B. Bricker, J. G. Ferreira, A. Franco, J. C. Marques, J. J. Melo, A. Nobre, L. Ramos, C. S. Reis, F. Salas, M. C. Silva, T. Simas & W. Wolff, 2004. Typology and reference conditions for Portuguese transitional and coastal waters. Development of guidelines for the application of the European Union Water Framework Directive. Edição IMAR/INAG, 98 p.
 
book chapters
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INTERNATIONAL EDITIONS

18 Gonçalves, A. M. M., J. C. Marques & F. Gonçalves (in press). "Fatty Acids' Profiles of Aquatic Organisms: Revealing the impacts of Environmental and Anthropogenic Stressors" In: Fatty Acids. Angel Catala (eds). InTech Open publisher. ISBN 978-953-51-5279-8

17 Caçador, I., B. Duarte, J. C. Marques & N. Sleime, 2015. Carbon mitigation: a salt marsh ecosystem service in times of change. In Khan, M. A., M. Otzurk, B. Gul. & M. Ahmed (Eds), Halophytes for Food Security in Dry Lands, Academic Press, Waltham, Massachusetts, USA, 368 p, ISBN: 978-0-12-801854-5

16 Pinto, R. & J. C. Marques, 2015. Ecosystem Services in Estuarine Systems: Implications for Management. In Chícharo, L., F. Müller & N. Fohrer (eds) Ecosystem Services and River Basin Ecohydrology, Springer, Dordrecht, 341 p. ISBN 978-94-017-9845-7, DOI 10.1007/978-94-017-9846-4.

15 Blancher, P., C. Vignon, E. Catalon,. B. Maresca, A. Dujin, X. Mordet, I. Borowski, L. Neubaer, S. Rotter, E. Interwies, M. C. Cunha, J. C. Marques, R. Pinto, C. Palma, 2011. Ecosystem services approach for Water Framework Directive implementation. Management of natural resources, sustainable development, and ecological hazards III: Ecology and the Environment 148: 1743-3541.

14 Borja A, Basset A, Bricker S, Dauvin J-C, Elliott M, Harrison T, Marques J-C, Weisberg SB, and West R (2012) Classifying Ecological Quality and Integrity of Estuaries. In: Wolanski E and McLusky DS (eds.) Treatise on Estuarine and Coastal Science, Vol 1, pp. 125–162. Waltham: Academic Press.

13 Martins I. & J. C. Marques, 2011. Estuary Ecosystem Models In S. E. Jørgensen (ed) Handbook of Ecological Models in Ecosystem and Environmental Management - Applied Ecology and Environmental Management 2. CRC Press, 636 p: 63 – 135.

12 Pinto, R., J. Patrício, F. Salas, J. M Neto & J. C. Marques, 2009. Assessing ecosystem services and goods: Socio economic and ecological aspects in the Mondego Basin. In Scapini, F., J. M. Boffa, L. F. Cassar, E. Conrad & M. Nardi (Eds) Sustainable management of Mediterranean coastal fresh and transitional water bodies: A sócio-economic and environmental analysis of changes and trends to enhance and sustain stakeholder benefits. Firenze University Press (ISBN 978-88-6453-015-4).

11 Marques, J. C. 2008. Overview of ecological indicators for coastal and marine environments. In Ecology Encyclopedia, Elsevier, 619-630.

10 Marques, J. C., F. Salas, J. M. Patrício, and M. A. Pardal, 2005. Application of ecological indicators to assess environmental quality in coastal zones and transitional waters. Two case studies. In S.E. Jørgensen, R. Costanza & X. Fu-Liu (eds) Handbook of ecological indicators for assessment of ecosystem health. Chapter 3, p. 67-104, CRC Press.

9 Jørgensen, S. E., F.-L. Xu, J., F. Salas, & J. C. Marques, 2005. Application of indicators for the assessment of ecosystem health. In S.E. Jørgensen, R. Costanza & X. Fu-Liu (eds) Handbook of ecological indicators for assessment of ecosystem health, Chapter 2, p. 5-66, CRC Press.

8 Marques, J. C. & P. Anastácio, 2002. Integration and interpretation of ecological data at population level. In F. Scapini (ed.) Baseline research for the integrated sustainable management of Mediterranean sensitive coastal ecosystems. A manual for coastal managers, scientists and all those stydying coastal processes and management in the Mediterranean. Instituto Agronomico per l’Oltremare, Italy, p. 155-164.

7 Marques, J. C., 2002. Biological framework – Diversity and Biodiversity. In F. Scapini (ed.) Baseline research for the integrated sustainable management of Mediterranean sensitive coastal ecosystems. A manual for coastal managers, scientists and all those stydying coastal processes and management in the Mediterranean. Instituto Agronomico per l’Oltremare, Italy, p. 33-36.

6 Patten, B. C., B. D. Fath, J. S. Choi, S. Bastianoni, S. R. Borret, S. Brandt-Williams, M. Debeljak, J. Fonseca, W. E. Grant, D. Karnawati, J. C. Marques, A. Mosere, F. Müller, C. Pahl-Wostl, R. Seppelt, W. H., Steinborn & Yu. M. Svirezhev, 2002. Complex Adaptive Hierarchical Systems – chapter 4. In Costanza , B. & S. E. Jorgensen, S. E. (eds) Understanding and Solving Environmental Problems in the 21st Century, Elsevier, p. 95-99.

5 Patten, B. C., B. D. Fath, J. S. Choi, S. Bastianoni, S. R. Borret, S. Brandt-Williams, M. Debeljak, J. Fonseca, W. E. Grant, D. Karnawati, J. C. Marques, A. Mosere, F. Müller, C. Pahl-Wostl, R. Seppelt, W. H., Steinborn & Yu. M. Svirezhev, 2002. Complex Adaptive Hierarchical Systems – chapter 3. In Costanza , B. & S. E. Jorgensen, S. E. (eds) Understanding and Solving Environmental Problems in the 21st Century, Elsevier, p. 41-94.

4 Antunes do Carmo, J. S. & J. C. Marques, 2001. River dynamics and restoration: A comprehensive management strategy. In Falconer, R. A. & W. R. Blain (eds) River basin management, 63-72, WIT Press, Southampton, Boston.

3 Marques, J. C & S. N. Nielsen & S. E. Jørgensen, 1998. Applying thermodynamic orientors: The use of Exergy as an indicator in environmental management. In Müller, F. & Leupelt, M. (eds) Ecotargets, goal functions, and orientors. Theoretical concepts and interdisciplinary fundamentals for an integrated, system-based environmental management, Chapter 5.3: 481 - 491, Springer-Verlag, Berlim.

2 Nielsen, S. N., S. E. Jørgensen & J. C. Marques, 1998. Case studies: Modelling approaches for the practical application of ecological goal functions. In Müller, F. & Leupelt, M. (eds) Ecotargets, goal functions, and orientors. Theoretical concepts and interdisciplinary fundamentals for an integrated, system-based environmental management. Chapter 2.14: 243 – 254, Springer-Verlag, Berlim.

1 Marques, J. C., M. A. Pardal, S. N. Nielsen & S. E. Jørgensen, 1998. Thermodynamic Orientors: Exergy as a holistic ecosystem indicator: A case study. In Müller, F. & Leupelt, M. (eds) Ecotargets, goal functions, and orientors. Theoretical concepts and interdisciplinary fundamentals for an integrated, system-based environmental management, Chapter 2.5: 87 - 101, Springer-Verlag, Berlim.


 
proceedings of international meetings with referee
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10 Anastácio, P. M., S. C. Gonçalves, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2002. A comparison of model structures for the simulation of amphipod (Talitrus saltator) population dynamics. Actas do "IEMSs 2002 (International Environmental Modelling and Software Society)", Lugano, Suiça, 24-27 Junho 2002. Vol 3, pags. 503-508.

9 Anastácio, P. M. & J. C. Marques, 1996. Crayfish (Procambarus clarkii) effects on initial stages of rice growth in the Lower Mondego river valley (Portugal). Proceedings of the International Association of Astacology 11th Symposium, Freshwater Crayfish 11: 608-617.

8 Cabral, J. A., P. M. Anastácio, R. Carvalho & J. C. Marques, 1996. A non-harmful chemical method of red swamp crayfish (Procambarus clarkii) population control and non-target organisms’ problematics in the Lower Mondego river valley, Portugal. Proceedings of the International Association of Astacology 11th Symposium, Freshwater Crayfish 11: 286-292.

7 Fonseca, J. C., V. M. C. Madeira & J. C. Marques, 1996. Oxygen uptake inhibition in Procambarus clarkii, Louisiana crayfish, by biodegradable surfactants: An ecotechnological approach for population control in rice fields. Proceedings of the International Association of Astacology 11th Symposium, Freshwater Crayfish 11: 235-242.

6 Maranhão, P., J. C. Marques & V. M. C. Madeira, 1995. Copper concentrations in soft tissues of the red swamp crayfish Procambarus clarkii (Girard, 1852). Proceedings of the International Association of Astacology 10th Symposium, Freshwater Crayfish 10: 282-286.

5 Fernandes, M. A. S., M. I. R. Mendonça, J. C. Marques & V. M. C. Madeira, 1995. Procambarus clarkii energy and nutrient transfer capacities in the Lower Mondego river valley (Portugal). Proceedings of the International Association of Astacology 10th Symposium, Freshwater Crayfish 10: 98-104.

4 Martins, I., J.C. Marques, S.E. Jørgensen, S. Nielsen, 1994. Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda), Enteromorpha spp. (Ulvales: Chlorophyta) and organic matter: top-bottom or bottom-top control? The answer by an ecological model. In Modelling of Coastal and Estuarine Processes, Eds. F. Seabra-Santos & A. Temperville, Proceedings of the Séminaire Franco Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, Coimbra, Portugal: 187-193.

3 Santos, T.M., J.A. Cabral & J.C. Marques, 1994. Effects of intertidal macroalgae blooms on the feeding of the wading birds in the Mondego estuary (West Portugal): a preliminary analysis and its relevance for a future model. In Modelling of Coastal and Estuarine Processes, Eds. F. Seabra-Santos & A. Temperville, Proceedings of the Séminaire Franco Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, Coimbra, Portugal: 71-81.

2 Marques, J.C., P. Maranhão & M.A. Pardal, 1994. Influence of dredging and water circulation on the subtidal macrobenthic community structure in the Mondego estuary (Western Portugal). In Coastal and Estuarine Processes, Eds. F. Seabra-Santos & A. Temperville, Proceedings of the Séminaire Franco Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, Coimbra, Portugal: 49 58.

1 Anastácio, P. M., S. N. Nielsen, J. C. Marques & S. E. Jørgensen, 1993. Rice and crayfish production in the Lower Mondego river valley (Portugal): A management model for farmers. Proceedings of the International Congress on Modelling and Simulation, Perth, Australia, Vol.4: 1687-1692.

 
national journals, from portugal or from abroad, with peer review
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28 Marques, J. C., 2006. North-Atlantic estuaries: Problems and perspectives. The Mondego estuary: environmental quality, management, and evolutive scenarios. Seine-Aval Special Issue, 9-12.

27 Carvalho, S., J. C. Marques, M. M. Banha & L. Cancela da Fonseca, 2003. Macrobenthic Crustácea of the Bay of S. Torpes (Portugal). Revista de Biologia (Lisboa), 21: 57-70.

26 Vieira, L., P. Ré, F. M. R. Morgado, M. Pereira, J. C. Marques & U. M. M. Azeiteiro, 2002. Distribution and production of Acartia bifilosa var. inermis from a temperate estuary (Mondego estuary, Portugal). Arquivos do Museu Bocage, Nova Série, 3 (17): 421-440.

25 Marques, J. C., 2001. Diversity and Biodiversity: What might be their significance in the scope of sustainable development? Bol. Mus. Mun. Funchal, Sup 6: 349-361.

24 Azeiteiro, U. M. M., J. C. Fonseca, F. Morgado & J. C. Marques, 2001. Production and energetic content of Mesopodopsis slabberi Van Beneden (Crustacea: Mysidacea) in the Mondego estuary (Western Portugal). Portugaliae Zoologica, 5 (3): 17-26.

23 Marques, J. C., 2001. Diversity, biodiversity, conservation, and sustainability. The Scientific World, 1: 534-543.

22 Mieiro, C. L., J. A. Cabral & J. C. Marques, 2001. Predation pressure of introduced mosquitofish (Gambusia holbrooki Girard), on the native zooplankton community A case study from representative habitats in the Lower Mondego River Valley (Portugal). Limnetica, 20 (2): 279-292.

21 Azeiteiro, U. M., J. C. Fonseca & J. C. Marques, 2001. Biometry, estimates of production, and seasonal variation in the biochemical composition of Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea: Mysidacea). Boletim do Instituto Espanhol de Oceanografia, 17 (1-2): 15-25.

20 Bacelar-Nicolau, P., J. C. Marques, F. Morgado, R. Pastorinho, L. B. Nicolau & U. M. Azeiteiro, 2001. Tide-induced variations in the bacterial community, and the physical and chemical properties of the water column of the Mondego estuary. Revista de Biologia (Lisboa), 19: 51-62.

19 Azeiteiro, U. M., J. C. Marques & P. Ré, 2000. Zooplankton assemblages in a shallow seasonally tidal estuary in temperate Atlantic Ocean (Western Portugal: Mondego estuary). Arquivos do Museu Bocage, Nova Série, 3 (12): 357-376.

18 Marques, J. C., M. A. Pardal & A. I. Lillebø, 1999. Comunidades biológicas do estuário do Mondego: Quinze anos de estudos. Cadernos de Ecologia, 2: 46-76.

17 Azeiteiro, U. M., J. C. Marques & P. Ré, 1999. Zooplankton annual cycle in the Mondego river estuary (Portugal). Arquivos do Museu Bocage, Nova Série, 3 (8): 239-263.

16 Lopes, R. J., J. A. Cabral, T. Múrias & J. C. Marques, 1998. Contribuição para o conhecimento da dieta do Pilrito-comum Calidris alpina e da Tarambola-cinzenta Pluvialis squatarola no estuário do Mondego. Airo, 9 (1-2): 27-32.

15 Pardal, M. A. & J. C. Marques, 1998. Impacto das actividades humanas na qualidade ecológica do estuário do Mondego. Possíveis soluções para o futuro. Sociedade e território, 27: 62-69.

14 Cabral, J. A., T Múrias, R. Lopes & J. C. Marques, 1996. Macroalgae blooms and macrohabitat selection by waders: a study in the Mondego estuary (Western Portugal). Airo, 7 (1): 1-6.

13 Fernandes, M. A. S., J. C. Marques & V. M. C. Madeira, 1994. Accurate measurement of triglycerides in crayfish Procambarus clarkii tissues. Ciência Biológica – Ecology and Systematics, 14 (1-2): 13-18.

12 Marques, J. C., L. B. Rodrigues & A. J. A. Nogueira, 1993. Intertidal benthic communities’ structure in the Mondego estuary (western Portugal): Reference situation. Vie Milieu, 43 (2-3): 177-187.

11 Pardal, M. A., A. M. Caldeira & J. C. Marques, 1992. Contribution to knowledge of the Polychaete fauna of Portugal. Part I. Orbiniida, Cossurida, and Spionida. Ciência Biológica – Ecology and Systematics, 12 (1-2): 1-25.

10 Marques, J. C. & D. Bellan-Santini, 1990. Benthic Amphipod Fauna (Crustacea) of the Portuguese Coast: Biogeographical considerations. Marine Nature, 3: 43-51.

9 Marques, J. C. & D. Bellan-Santini, 1990. Faune d'Amphipodes des milieux lagunaires du Portugal: Actualisation des données et comparaison avec d'autres systèmes atlantiques et mediterranéens. Mésogée, 50: 53-61.

8 Marques, J. C. & D. Bellan-Santini, 1986. Crustacés Amphipodes des côtes du Portugal: Faune du canal de Tavira, des salines de Marim (Ria Formosa) et de la lagune de Santo André. Anais da Faculdade de Ciências do Porto, 67 (1-4): 217-243.

7 Cunha, P., J. Calvário, J. C. Marques & P. Ré, 1986. Estudo Comparativo dos regimes alimentares de Raja brachyura Lafont, 1893, Raja clavata Linné, 1758, Raja montagui Fowler, 1910 e Raja naevus Muller & Henle, 1841 (Pisces, Rajidae), da costa portuguesa. Arquivos do Museu Bocage, sér. A, 3 (8): 137-154.

6 Marques, J.C. & D. Bellan-Santini, 1985. Contribuition à l'étude systématique et écologique des Amphipodes (Crustacea - Amphipoda) des côtes du Portugal. Premier inventaire des espèces (Gammariens et Caprelliens). Ciência Biológica – Ecology and Systematics, 5 (4): 299-353.

5 Marques, J. C. & I. Costa, 1984. Etude d'une collection de Crustacés Decapodes de l'estuaire du Tage (Portugal). Biologie des populations de Carcinus maenas (Decapoda, Brachyura), Crangon crangon, Palaemon longirostris et Palaemon serratus (Decapoda, Caridea). Ciência Biológica – Ecology and Systematics, 5 (2-3): 151-189.

4 Bellan-Santini, D. & J. C. Marques, 1984. Contribution à l'étude des Amphipodes des côtes du Portugal. Ciência Biológica – Ecology and Systematics, 5 (2-3): 131-149.

3 Calvário J. & J. C. Marques, 1983. Etude systématique et écologique d'une collection d'Amphipodes de la zone intertidale de l'estuaire du Tage (Portugal). Occurrence d'Orchestia kosswigi Ruffo, 1949 et d'Orchestia stephenseni Cecchini, 1928. Ciência Biológica – Ecology and Systematics, 5 (1): 79-95.

2 Marques, J. C., 1981. Contribuição para o estudo sistemático e ecológico dos Anfípodes do litoral português. Primeiros resultados acerca de uma colecção recolhida na faixa costeira do Cabo Carvoeiro à Ponta do Surdão. Ciência, 4ª ser., 1 (2-3): 45-72.

1 Calvário, J., J. C. Marques & A. Pousada, 1980. Occurrence of Sphoeroides cutaneus (Gunther, 1870) (Pisces, Tetrodontidae) off the Portuguese Coast. Arquivos do Museu Bocage, 2ª ser., 7 (10): 131-137.
 
proceedings of portuguese national meetings
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12 Pardal, M., J. C. Marques, A. Lillebø, J. Neto, Patrícia Cardoso, Susana Ferreira, 2003. Qualidade ambiental no estuário do Mondego: Duas décadas de estudos e futuros cenários. Jornadas Litoral 03, Figueira da Foz: 62-65.

11 Azeiteiro, U. M. M. & J. C. Marques, 2000. Variação espacio-temporal dos parâmetros ambientais (condições físico-químicas da água e nutrientes) no estuário do Mondego (Costa Ocidental Portuguesa). In Duarte, Vale & Prego Estudos de Biogeoquímica na Zona Costeira Ibérica, Actas do IX Simpósio Ibérico de Química Marinha: 301 – 316.

10 Azeiteiro. U. M. M., J. C. Fonseca, L. Jesus e J. C. Marques, 2000. Variação temporal da composição bioquímica de Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) no estuário do Mondego (Portugal). In Duarte, Vale & Prego (eds) Estudos de Biogeoquímica na Zona Costeira Ibérica, Actas do IX Simpósio Ibérico de Química Marinha: 99 – 115.

9 Adão, H. & J. C. Marques, 2000. Ecologia da Meiofauna dos sedimentos dos povoamentos de Zostera noltii no estário do Mira (Costa Sudoeste de Portugal). Actas do Seminário “A zona costeira do Alentejo”, Associação Eurocoast-Portugal: 123 – 130.

8 Silveira, S., A. Nogueira, R. Ribeiro, F. Gonçalves, J. C. Marques & A. M. V. M. Soares, 1993. Crescimento e reprodução de Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea: Mysidacea) no estuário do Mondego. Actas do 2º Encontro de Planctonologistas Portugueses, Bol. UCA. U. Algarve, UCTRA, 1: 444-452.

7 Marques, J. C., H. Adão & P. Anastácio, 1992. Lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), espécie exótica em Portugal: Bioecologia, impacto e controlo. Actas da 3ª Conferência Nacional sobre a Qualidade do Ambiente, Aveiro, I: 303-312.

6 Adão, H., J. C. Marques & P. M. Anastácio, 1991. Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Crustacea, Decapoda), espécie exótica em Portugal: Situação actual e perspectivas. Actas 4º Congresso Sobre o Alentejo, Sines (Portugal), 51-55.

5 Marques, J. C., A. Nogueira & L. B. Rodrigues, 1988. Crustáceos Peracarídeos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies. Actas Col. Luso-Esp. Bacias Hidrog. e Rec. Zoológicos, Porto, Portugal: 253-260.

4 Marques, J. C. & L. Guilhermino, 1988. Moluscos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies. Actas Col. Luso-Esp. Bacias Hidrog. e Rec. Zoológicos, Porto, Portugal: 245-252.

3 Marques, J. C., J. André, R. Girão, F. Gonçalves, L. Guilhermino & A. Mortágua, 1984. Estudo bionómico dos povoamentos bentónicos do estuário do Mondego (Portugal). Resultados preliminares. Actas do 4º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, Lisboa, 21-25 Maio. Vol. I: 147-157.

2 Monteiro Marques, V. C. Sousa Reis, J. Calvário, J. C. Marques, R. Melo & R. Santos, 1982. Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato rochoso) da costa ocidental portuguesa. Zona intertidal. Actas do 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, Oecologia aquatica, 6: 119-145.

1 Sousa Reis, C., V. Monteiro Marques, J. Calvário, J. C. Marques, R. Melo & R. Santos, 1982. Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato móvel) da costa ocidental portuguesa. Actas do 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, Oecologia aquatica, 6: 91-105.
 
editorial and book reviews
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4 Marques, J. C., 2004. Sven Erik Jørgensen, a whiff of fresh air in environmental science. A very Special Issue of Ecological Modelling, Lieber Amicorum – Sven Erik Jørgensen: 28-29.

3 Azeiteiro, U. M. M. & J. C. Marques, 2003. Editorial: Introducing plankton responses to environmental variability. Acta Oecologica, 24: S1.

2 Marques, J. C., 1999. Book review of “Integration of ecosystem theories: A pattern”, by Sven Erik Jørgensen, Kluwer Academic Publishers, Dondrecht, Boston, London, Second Revised Edition, 1997, 388 pp. ISBN Hb: 0-7923-4523-1; Pb: 0-7923-4524-X. In Ecological Modelling 117: 165-167.

1 Marques, J. C., 1999. Introducing CRISP - Crayfish Rice Integrated System of Production. Ecological Modelling, 123 (1): 1-3.
 
oral presentations
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1. Sousa Reis, C., V. Monteiro Marques, J. Calvário, J. C. Marques, R. Melo & R. Santos, 1982. Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato móvel) da costa ocidental portuguesa. 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, 19 a 23 de Março, Barcelona (Espanha).

2. Monteiro Marques, V. C. Sousa Reis, J. Calvário, J. C. Marques, R. Melo & R. Santos, 1982. Contribuição para o estudo dos povoamentos bentónicos (substrato rochoso) da costa ocidental portuguesa. Zona intertidal. 2º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, 19 a 23 de Março, Barcelona (Espanha).

3. Marques, J. C., J. André, R. Girão, F. Gonçalves, L. Guilhermino & A. Mortágua, 1984. Estudo bionómico dos povoamentos bentónicos do estuário do Mondego (Portugal). Resultados preliminares. 4º Simpósio Ibérico de Estudos de Benthos Marinho, 9 a 11 de Abril, Lisboa (Portugal).

4. Marques, J. C. & L. Guilhermino, 1988. Moluscos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies. Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas e Recursos Zoológicos, 23 a 25 de Março, Porto (Portugal).

5. Marques, J. C., A. Nogueira & L. B. Rodrigues, 1988. Crustáceos Peracarídeos do estuário do Mondego (zona intertidal). Inventariação faunística e análise da repartição ecológica das espécies. Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas e Recursos Zoológicos, 23 a 25 de Março, Porto (Portugal).

6. Marques, J. C., 1989. Crustáceos Anfípodes da Costa Portuguesa: Considerações Biogeográficas. Colóquio sobre a Conservação dos Recursos Vivos Marinhos, 25 a 27 de Setembro, Lisboa (Portugal).

7. Marques, J. C. & D. Bellan-Santini, 1991. Crustáceos Anfípodes (Gammaridea e Caprellidea) da plataforma continental do sudoeste de Portugal. Simpósio “A Plataforma Continental Portuguesa, evolução e processos condicionantes”, 22 a 24 de Maio, Lisboa (Portugal).

8. Adão, H., J. C. Marques & P. M. Anastácio, 1991. Procambarus clarkii (Girard, 1852) (Crustacea, Decapoda), espécie exótica em Portugal: Situação actual e perspectivas. 4º Congresso Sobre o Alentejo, 30 de Maio a 1 de Junho, Sines (Portugal).

9. Pardal, M. A., J. C. Marques & G. Bellan, 1992. Ecological distribution and seasonal variation of subtidal polychaetes populations in the Mondego estuary (Portugal). 4TH International Polychaete Conference, 27 de Julho a 1 de Agosto, Angers (França).

10. Marques, J. C., S. Cruz, I. Martins & C. Teles-Ferreira, 1992. Life history, dynamics and production of Cyathura carinata (Krøyer) (Isopoda) in the Mondego estuary (Portugal). 6TH European Ecological Congress, 7 a 12 de Setembro, Marseille (França).

11. Silveira, S., A. Nogueira, R. Ribeiro, F. Gonçalves, J. C. Marques & A. M. V. M. Soares, 1992. Crescimento e reprodução de Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea: Mysidacea) no estuário do Mondego. 2º Encontro de Planctonologistas Portugueses, 2 a 4 de Dezembro, Faro (Portugal).

12. Anastácio, P. M., S. N. Nielsen, J. C. Marques & S. E. Jørgensen, 1993. Rice and crayfish production in the Lower Mondego river valley (Portugal): A management model for farmers. International Congress on Modelling and Simulation, 6 a 10 de Dezembro, Perth, Australia.

13. Marques, J. C., P. Maranhão & M. Pardal, 1994. Influence of dredging and water circulation on the subtidal macrobenthic community structure in the Mondego estuary (Western Portugal). Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, 11 a 13 de Julho, Coimbra (Portugal).

14. Múrias, T., J. Cabral & J. C. Marques, 1994. Some effects of intertidal macroalgae blooms on the feeding of wading birds in the Mondego estuary (Western Portugal). Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, 11 a 13 de Julho, Coimbra (Portugal).

15. Martins, I., J. C. Marques, S. Jørgensen & S. N. Nielsen, 1994. Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda), Enteromorpha sp. (Ulvales: Chlorophyta) and organic matter: Top-bottom or bottom-top control?. The answer by an ecological model. Séminaire Franco - Portugais de Modélisation en Hydraulique Maritime, 11 a 13 de Julho, Coimbra (Portugal).

16. Múrias, T., J. A. Cabral & J. C. Marques, 1994. Some effects of intertidal macroalgae blooms on the feeding of wading birds in the Mondego estuary (Western Portugal). ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas, 5 a 9 de Setembro, Aveiro (Portugal).

17. Lopes, M. F. R., J. C. Marques, M. A. Pardal, M. L. Cavaleiro, M. F. Macedo, A. I. Baptista, P. A. P. & D. N. Duarte, 1994. The influence of physicochemical environmental factors on the macrobenthic fauna in the Mondego estuary (Portugal). ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas, 5 a 9 de Setembro, Aveiro (Portugal).

18. Martins, I., J. C. Marques, I. Metelo & J. Neto, 1995. Eutrophication processes in the Mondego estuary: Growth of Enteromorpha spp. with and without grazing effects. 4th International Conference on Aquatic Ecosystem Health: Integrated / Multitrophic Strategies - Microbes to Fish, 14 a 18 de Maio, Coimbra (Portugal).

19. Marques, J. C., M. A. Pardal, S. N. Nielsen and S. E. Jørgensen, 1995. Spatial and temporal variation of exergy along an estuarine gradient of eutrophication. The 9th International Conference on State of the Art of Ecological Modelling (ISEM’95), 11 a 15 de Agosto, Beiing (China).

20. Lopes, R. J., J. A. Cabral, T. Múrias & J. C. Marques, 1995. Contribuição para o conhecimento da dieta de Calidris alpina e Pluvialis squatarola no estuário do Mondego. Simpósio Sobre Ecologia Alimentar de Aves, 8 a 10 de Dezembro, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Lisboa (Portugal).

21. Cabral, J. A., T. Múrias, R. Lopes & J. C. Marques, 1996. Optimização alimentar como sintoma dos efeitos da eutrofização na eficiência predatória das aves limícolas no estuário do Mondego: Um estudo eco-etológico. II Congresso Nacional de Etologia, Sociedade Portuguesa de Etologia, 12 e 13 de Fevereiro, Lisboa (Portugal).

22. Marques, J. C., M. A. Pardal, S. N. Nielsen & S. E. Jørgensen, 1996. Analysis of the properties of exergy and biodiversity along an estuarine gradient of eutrophication. IX Simpósio Ibérico de Estudo de Benthos Marinho, 19 a 23 de Fevereiro, Alcalá de Henares (Espanha).

23. Marques, J. C., M. A. Pardal & M. F. Lopes, 1996. Term evolution of the subtidal macrobenthic community structure in the Mondego estuary (Western Portugal). IX Simpósio Ibérico de Estudo de Benthos Marinho, 19 a 23 de Fevereiro, Alcalá de Henares (Espanha).

24. Teles-Ferreira, C., J. C. Marques, J. Guerreiro da Silva & A. J. Almeida, 1996. Estrutura trófica dos povoamentos macrobentónicos das Zosteráceas do Estuário do rio Mira (Portugal). IX Simpósio Ibérico de Estudo de Benthos Marinho, 19 a 23 de Fevereiro, Alcalá de Henares (Espanha).

25. Marques, J. C., 1996. Usage of Biodiversity and Exergy as ecological indicators of ecosystems integrity. A case study. Ecological Summit 96, 19 a 23 de Agosto, Copenhagen (Dinamarca).

26. Pardal, M. A., J. C. Marques, A. I. Lillebø & F. I. Scherzberg, 1996. Biology, production and dynamics of Amphithoe ferox along an eutrophication gradient in the Mondego estuary (Western Portugal). 2nd European Crustacean Conference, 2 a 6 de Setembro, Liège (Bélgica).

27. Pardal, M. A., J. C. Marques & I. Martins, 1996. Influence of eutrophication in the biology, production, and dynamics of Cyathura carinata (Krøyer) in the Mondego estuary (Western Portugal). 2nd European Crustacean Conference, 2 a 6 de Setembro, Liège (Bélgica).

28. Pardal, M. A., J. C. Marques Metelo, I. & J. M. Neto, 1996. Influence of macroalgae blooms on the population dynamics of Melita palmata (Amphipoda) along an eutrophication gradient (Mondego estuary, Western Portugal). 2nd European Crustacean Conference, 2 a 6 de Setembro, Liège (Bélgica).

29. Pardal, M. A., J. M. Raposo, F. Macedo, A. I. Lillebø, J. C. Marques & F. J. Seabra-Santos, 1996. Quantificação dos nutrientes ao longo de um gradiente de eutrofização no estuário do Mondego: Influência nos produtores primários. 1º Encontro Nacional de Ecologia, 6 e 7 de Dezembro, Oeiras (Portugal).

30. Cabral, J. A., C. L. Mieiro, R. Carvalho, S. Ávila & J. C. Marques, 1997. Avaliação do risco ambiental inerente à utilização de um novo método químico no controlo de uma praga agrícola na região do Baixo Mondego. 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

31. Martins, I., M. G. Fontes & J. C. Marques, 1997. Growth and decay of Enteromorpha spp. in the Mondego estuary (Western Portugal). Muddy Coasts’ 97, 1 a 5 de Setembro, Wilhelmshaven (Alemanha).

32. Azeiteiro, U. M., L. Jesus & J. C. Marques, 1998. Distribution, population dynamics, estimates of production, and biochemical composition of Mesopodopsis slabberi Van Benneden (Crustacea: Mysidacea) in relation to its life cycle in a temperate estuary (Western Portugal: Mondego river estuary). X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

33. Cabral, J. A., M. A. Pardal, R. J. Lopes & J. C. Marques, 1998. Impact of macroalgae blooms on the benthic upper trophic levels in the Mondego estuary (Portugal). X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

34. Lillebø, A. I., M. A. Pardal & J. C. Marques, 1988. Population structure, dynamics, and production of Hydrobia ulvae (Pennant) (Mollusca: Procobranchia) along an eutrophication gradient in the Mondego estuary (Portugal). X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

35. Lillebø, A. I., M. A. Pardal, M. Flindt & J. C. Marques, 1998. Temporal mineralization studies of Spartina maritima under mass balance control with and without meio and macrofauna. X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

36. Neto, J. M., I. Metelo, J. C. Marques & M. A. Pardal, 1998. Dinâmica anual dos moluscos na Reserva Natural da Berlenga. X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

37. Pardal, M. A. & J. C. Marques, 1998. Impact of macroalgae blooms in the biology, production, and dynamics of three species of Crustacea (Peracarida) in the Mondego estuary (Western Portugal). X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

38. Adão, H., M. Vincx & J. C. Marques, 1998. Community structure and temporal variation of meiofauna of the sediments of seagrass beds, Zostera noltii, in the Mira estuary (South West coast of Portugal). 10th International Meiofauna Conference, 27 a 31 de Julho, Universidade de Plymouth, (Reino Unido).

39. Anastácio, P. M., S. N. Nielsen, S. E. Jørgensen & J. C. Marques, 1998. CRISP (Crayfish and Rice Integrated System of Production) – Articulation of several sub-models. 49th Anuual Meeting of the American Institute of Biological Sciences, ISEM Conference, 2 a 6 de Agosto, Baltimore (EUA).

40. Marques, J. C., J. C. Fonseca, M. A. Pardal, A. F. Frias, S. N. Nielsen & S. E. Jørgensen, 1998. Applying thermodynamic orientors as indicators in environmental management: Exergy and its estimation. 49th Anuual Meeting of the American Institute of Biological Sciences, ISEM Conference, 2 a 6 de Agosto, Baltimore (EUA).

41. Cardoso, P., A. I. Lillebø, M. A. Pardal, M. Flindt & J. C. Marques, 1998. Importância da Macrofauna bentónica nos processos de degradação das macrófitas de sapal (Spartina maritima e Scirpus maritimus) no estuário do Mondego. 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

42. Martins, I. & J. C. Marques, 1998. Modelo do crescimento de Enteromorpha spp. no estuário do Mondego. 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

43. Adão, H., M. Vincx & J. C. Marques, 2000. Temporal variationin the composition and structure of meiofauna (especially of the free-living nematodes) in the sediments of seagrass beds, Zostera noltii, in the Mira estuary (southwest coast of Portugal). XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

44. Fonseca, J. C., J. C. Marques, A. A. Paiva, A. M. Freitas, V. M. C. Madeira & S. N. Jørgensen, 2000. Nuclear DNA in the determination of weighing factors to estimate exergy from organism’s biomass. XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

45. Lillebø, A. I., M. R. Flindt, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2000. Seasonal nutrient efflux in bare bottom and Spartina maritima covered pools in the Mondego estuary (Portugal). XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

46. Lopes, R. J., M. A. Pardal & J. C. Marques, 2000. Impact of macroalgae blooms on intertidal macroinvertebrates: Experimental evidente from the Mondego estuary (Portugal). XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

47. Pardal, M. A., A. I. Lillebø & J. C. Marques, 2000. Impact of macroalgae blooms on the macrobenthic communities of Mondego river (Portugal). XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

48. Maranhão, P., N. Bengala & J. C. Marques, 2000. Biology, population dynamics, and production of Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) in the Mondego estuary (Portugal). XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

49. Margalho, R., M. A. Pardal, U. M. Azeiteiro, J. Neto & J. C. Marques, 2000. Term evolution (1990 – 1998) of subtidal macrobenthic communities in the Mondego estuary (Portugal). XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

50. Marques, J. C. & M. A. Pardal, 2000. Impact of macroalgae blooms on the macrobenthic communities of the Mondego estuary (Portugal). ASLO Aquatic Sciences Meeting – Research Across Boundaries, 5 a 9 de Junho, Copenhagen (Dinamarca).

51. Azeiteiro, U. M. & J. C. Marques, 2000. Environmental data and distribution of N:P ratios in a temperate estuary. ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

52. Azeiteiro, U. M., J. C. Fonseca, S. N. Nielsen & J. C. Marques, 2000. Modelling the pelagic compartment in the Mondego estuary southern arm. ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

53. Bacelar-Nicolau, P., J. C. Fonseca, U. M. Azeiteiro, F. Morgado & J. C. Marques. 2000. Assessing the bacterial diversity and community composition of the Mondego estuary (Western Portugal). ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

54. Cardoso, P., A. I. Lillebø, M. A. Pardal, S. Ferreira & J. C. Marques, 2000. Impact of eutrophication on Hydrobia ulvae population dynamics in the Mondego estuary (Western Portugal). ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

55. Ferreira, S. M., M. A. Pardal, A. I. Lillebø, P. G. Cardoso & J. C. Marques, 2000. Impact of macroalgae blooms on the population dynamics, production, and life cycle of Cyathura carinata (Krøyer). Evidence from the Mondego estuary. ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

56. Fonseca, J. C., U. M. Azeiteiro, M. P. Verde, M. R. Pastorinho, F. M. Morgado & J. C. Marques, 2000. Ligth, turbidity, nutrients, and chlorophyll in the water column of the Mondego estuary (Western Portugal). ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

57. Fonseca, J. C., M. A. Pardal, U. M. Azeiteiro & J. C. Marques, 2000. Estimation of ecological exergy using weighing parameters determined from DNA contents of organisms. A study case. ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

58. Pereira, M. J., J. C. Fonseca, F. M. Morgado, J. C. Marques & U. M. Azeiteiro. Phytoplankton composition in the Mondego estuary (Western Portugal). ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

59. Pinhal, I., A. Grilo, J. C. Fonseca, P. V. Morais, U. M. Azeiteiro, F. M. Morgado, J. C. Marques & M. S. Da Costa, 2000. Changes in total bacteria, and heterotrophyc plate counts in the bacterial community from the Mondego estuary (Portugal). ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

60. Tavares, A. L., J. C. Fonseca, L. R. Vieira, U. M. Azeiteiro, F. M. Morgado & J. C. Marques, 2000. Biochemical composition changes in the mysid Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) after fasting and refeeding periods. ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

61. Vieira, L. R., J. C. Fonseca, A. L. Taveres, U. M. Azeiteiro, F. M. Morgado & J. C. Marques, 2000. Assesing the nutritional condition of the suprabenthic mysid Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) in the Mondego estuary (Western Portugal). ECSA 31 – Managing eutrophication in estuaries and coastal waters: a challenge for the millennium, 3 a 7 de Julho, Bilbao (Espanha).

62. Bacelar-Nicolau, P., L. B. Nicolau, J. C. Marques, F. Morgado, R. Pastorinho, J. C. Fonseca & U. M. M. Azeiteiro, 2001. Dynamics of pelagic environmental parameters, chlorophyll a and bacterioplankton of the Mondego estuary. Plankton Symposium, 20 a 22 de Setembro, Espinho (Portugal).

63. Fonseca, J. C., J. C. Marques, U. M. M. Azeiteiro & S. E. Jørgensen, 2001. The exergy concept in ecology – an useful instrument for environmental management. Plankton Symposium, 20 a 22 de Setembro, Espinho (Portugal).

64. Marques, J. C., M. F. Bouslama, F. Charfi-Cheikhrouha, L. Chelazzi, I, Colombini, M. ElCtari, M. Fallaci, S. C. Gonçalves, M. A. Pardal & F. Scapini, 2001. Biology, population dynamics, and productivity of Talitrus saltator at Cabedelo (Western Coast of Portugal), Ucellina (Western coast of Italy), and Zouaraa (North-Western coast of Tunisia): A comparative study between Atlantic and Mediterranean populations. International Workshop Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes, 18 a 23 de Outubro, Florença (Itália).

65. Anastácio, P. M., S. C. Gonçalves, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2001. A model for Amphipod (Talitrus saltator) population dynamics. International Workshop Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes, 18 a 23 de Outubro, Florença (Itália).

66. Fonseca, J. C., S. C. Gonçalves, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2001. Biochemical analysis in sandy beach Arthropods. International Workshop Beaches – What Future? An integrated approach to the ecology and evolution of beahes and sand dunes, 18 a 23 de Outubro, Florença (Itália).

67. Martins, I., P. Maranhão & J. C. Marques, 2002. Modelling the effects of salinity variation on Echinogammarus marinus Leach (Amphipoda, Gammaridae) density and biomass in the Mondego estuary (Western Portugal). XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Outubro, Gibraltar – La Línea, Espanha.

68. Lopes, R. J., J. A. Cabral, T. Múrias & J. C. Marques, 2002. The presence of algae mats influences the distribution of waders (Aves, Charadrii) on intertidal mudflats? XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Outubro, Gibraltar – La Línea, Espanha.

69. Neto, J. M., M. R. Flindt, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2002. Seasonal growth rates of Zostera noltii Hornem. On the Mondego estuary (Central Portugal). XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Outubro, Gibraltar – La Línea, Espanha.

70. Dolbeth, M., M. A. Pardal, A. I. Lillebø, U. M. M. Azeiteiro & J. C. Marques, 2002. The effects of eutrophication and macroalgal blooms on the secondary production of a macrobenthic community. XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Outubro, Gibraltar – La Línea, Espanha.

71. Gonçalves, S., J. C. Marques, M. A. Pardeal, M. F. Bouslama, M. El Gtari & F. Charfi-Cheikhrouha, 2003. Comparison of Talorchestia brito (Amphipoda, Talitridae) biology, dynamics, and secondary production in Atlantic (Portugal) and Mediterranean (Tunisia) populations. XI International Colloquium on Amphipoda, 25 a 30 de Março, Tunis, Tunísia.

72. Patrício, J., R. Ulanowicz, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2003. Ascendency as an ecological indicator: A case study in a temperate eutrophic estuary. 38th European Marine Biology Symposium, 8 a 12 de Setembro, Aveiro (Portugal).

73. Cardoso, P. G., M. A. Pardal, A. I. Lillebø, S. M. Ferreira, D. Raffaelli & J. C. Marques, 2003. Dynamic changes in seagrass assemblages under eutrophication and implications for recovery. 38th European Marine Biology Symposium, 8 a 12 de Setembro, Aveiro (Portugal).

74. Neto, J. M., M. A. Pardal, M. R. Flindt & J. C. Marques, 2003. Restoration and management of Zostera noltii meadows in a disturbed shallow temperate estuary. 38th European Marine Biology Symposium, 8 a 12 de Setembro, Aveiro (Portugal).

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1. Marques, J. C. & I. Costa, 1982. Crustáceos Decápodes do Estuário do Tejo: Biologia das populações de Carcinus maenas, Crangon crangon, Palaemon longirostris e Palaemon serratus. Workshop on estuarine processes: An application to the Tagus estuary, 13 a 16 de Dezembro, Lisboa (Portugal).

2. Marques, J. C., F. Gonçalves & R. Ribeiro, 1988. Estuário do Mondego (zona intertidal): Análise quantitativa da repartição espacial dos poliquetas. Inverno e Verão. Colóquio Luso - Espanhol sobre Bacias Hidrográficas e Recursos Zoológicos, 23 a 25 de Março, Porto (Portugal).

3. Marques, J. C. & A. Nogueira, 1990. Life cycle, population dynamics, and production of Echinogammarus marinus (Leach) (Amphipoda) in the Mondego estuary (Portugal). Epicontinental Seas Environment Colloquium, 20 a 22 de Março, Lille (França).

4. Marques, J. C., F. Seabra-Santos, R. B. Pena dos Reis, A. M. V. M. Soares, A. Nogueira, J. P. Lopes de Almeida, F. Çonçalves, R. Ribeiro, D. N. Duarte & M. Pardal, 1990. Estuário do Mondego: Uma abordagem interdisciplinar. Encontro Nacional de Estuários, 26 e 27 de Março, Lisboa (Portugal).

5. Marques, J. C., H. Adão & P. Anastácio, 1992. Lagostim vermelho da Louisiana, Procambarus clarkii (Girard), espécie exótica em Portugal: Bioecologia, impacto e controlo. 3ª Conferência Nacional sobre a Qualidade do Ambiente, 5 a 7 de Fevereiro, Aveiro (Portugal).

6. Marques, J. C., P. Maranhão & M. A. Pardal, 1992. Structure and seasonal variation of the macrofaunal subtidal communities in an estuary under severe human impact: The Mondego estuary (Portugal). 6TH European Ecological Congress, 7 a 12 de Setembro, Marseille (França).

7. Nielsen, S. N., G. Bendoricchio, J. C. Marques & S. E. Jørgensen, 1993. The MUST Project. MAST days and EUROMAR market, Commission of the European Communities. DG XII, MAST programme, 15 a 17 de Março, Brussels (Bélgica).

8. Maranhão, P., J. C. Marques & V. C. Madeira, 1993. Influence of temperature on the accumulation of essential (Zn) and non-essential (Cd) trace metals by red swamp crayfish Procambarus clarkii (Girard). International Senckenberg - Symposium on Crustacea Decapoda, 18 a 22 de Outubro, Frankfurt (Alemanha).

9. Anastácio, P. M. & J. C. Marques, 1993. Population structure and recruitment of the red swamp crayfish (Procambarus clarkii) in wetlands from Central Portugal. International Senckenberg - Symposium on Crustacea Decapoda, 18 a 22 de Outubro, Frankfurt (Alemanha).

10. Fonseca, J. C. C., J. C. Marques & V. M. C. Madeira. Controle da hematose no lagostim vermelho por tensioactivos: Controlo populacional. 9º Congresso Nacional de Bioquímica - Sociedade Portuguesa de Bioquímica, 5 a 8 de Dezembro, 1993, Albufeira (Portugal).

11. Anastácio, P. M. & J. C. Marques. Sex-ratio of Procambarus clarkii. A comparison with data obtained in central Portugal. International Association of Astacology 10th Symposium, 9 a 15 de Abril de 1994,Adelaide (South Australia).

12. Baptista, P. A. P., Anastácio, P. M. & J. C. Marques. Population structure of adult Procambarus clarkii throughout the main reproductive period in Central Portugal. International Association of Astacology 10th Symposium, 9 a 15 de Abril de 1994, Adelaide (South Australia).

13. Fernandes, M. A. S., I. Mendonça, J. C. Marques e V. M. C. Madeira. Procambarus clarkii: Energy and nutrient transfer capacities in the Lower Mondego River Valley (Portugal). International Association of Astacology 10th Symposium, 9 a 15 de Abril de 1994, Adelaide (South Australia).

14. Frias, A. F., P. M. S. Anastácio, P. A. P. Baptista & J. C. Marques. Female crayfish (Procambarus clarkii) fecundity in Central Portugal. International Association of Astacology 10th Symposium, 9 a 15 de Abril de 1994, Adelaide (South Australia).

15. Cabral, J. A., T. Múrias, R. Lopes & J. C. Marques, 1994. Macroalgae blooms and macrohabitat selection by waders: A study in the Mondego estuary (Western Portugal). XXI International Ornithological Congress Hofburg, 20 a 25 de Agosto Vienna (Áustria).

16. Frias, A. F., P. M. Anastácio, P. A. P. Baptista e J. C. Marques, 1994. Fertility of crayfish (Procambarus clarkii) females over the year in the Lower Mondego river valley, central Portugal. INTECOL, VI International Congress of Ecology, 21 a 26 de Agosto, Manchester (U. K).

17. Baptista, P. A. P, P. M. Anastácio & J. C. Marques, 1994. Adult crayfish (Procambarus clarkii) population structure in the Lower Mondego river valley, central Portugal. INTECOL, VI International Congress of Ecology, 21 a 26 de Agosto, Manchester (U. K).

18. Múrias, T., J. A. Cabral, R. Lopes & J. C. Marques, 1994. Significance of the salinas as low-water feeding habitats for waders in the Mondego estuary (Western Portugal), as compared to mud flats. XXI International Ornithological Congress Hofburg, 20 a 25 de Agosto, Vienna (Áustria).

19. Lillebø, A. I., M.A. pardal & J. C. Marques, 1994. Biology and production of Hydrobia ulvae (Pennant) in the Mondego estuary (Portugal): Preliminary results. ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas, 5 a 9 de Setembro, Aveiro (Portugal).

20. Martins, I., J. C. Marques, S. E. Jørgensen & S, N, Nielsen, 1994. Cyathura carinata (Crustacea: Isopoda), Enteromorpha sp. (Ulvales: Clorophyta) and organic matter: Top-bottom or bottom-top control? The answer by an ecological model. ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas, 5 a 9 de Setembro, Aveiro (Portugal).

21. Pardal, M. A., M. F. Macedo, A. M. Valente, J. P. Lopes-Almeida, J. C. Marques & F. J. Seabra Santos, 1994. Nutrient loading estimates in the south arm of the Mondego estuary (Portugal). Relations with eutrophication. ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas, 5 a 9 de Setembro, Aveiro (Portugal).

22. Pardal, M. A., J. C. Marques & M. G. Fontes, 1994. Life history, dynamics and production of Amage adspersa (Grube) (Polychaeta) in the Mondego estuary (Portugal), 1994. ECSA 24 Symposium, Northern and Southern estuaries and coastal areas, 5 a 9 de Setembro, Aveiro (Portugal).

23. Anastácio, P. M., S. N. Nielsen, J. C. Marques and S. E. Jørgensen, 1995. Evaluation of profitability on a rice-crayfish double cropping system in Portugal. The 9th International Conference on The State of the Art of Ecological Modelling (ISEM’95), 11 a 15 de Agosto, Beijing (China).

24. Cabral, J., T. Múrias, R. Lopes & J.C. Marques, 1995. The impact of macroalgae blooms on the distribution and feeding efficiency of waders in the Mondego Estuary (West Portugal). 10 th International Waterfowl Ecology Symposium and Wader Study Group Conference, 15 a 21 de Setembro, Aveiro, (Portugal).

25. Cabral, J. A., T. Múrias, R. Lopes & J. C. Marques, 1995. Impacto da eutrofização ao nível do topo da cadeia trófica estuarina: Um estudo no estuário do Mondego. Congresso Nacional de Conservação da Natureza, 15 a 17 de Novembro, Lisboa (Portugal).

26. Anastácio, P.M. & J. C. Marques, 1996. Crayfish (Procambarus clarkii) effects on initial stages of rice growth. International Association of Astacology 11th Symposium, 11 a 16 de Agosto, Thunder Bay, Ontario (Canada).

27. Anastácio, P. M. & J. C. Marques, 1996. Organic content and physiological condition of crayfish (Procambarus clarkii) throughout the year in the Lower Mondego river valley, Portugal. International Association of Astacology 11th Symposium, 11 a 16 de Agosto, Thunder Bay, Ontario (Canada).

28. Cabral, J., P. M. Anastácio, R. Carvalho & J. C. Marques, 1996. A non-harmful chemical method of red swamp crayfish (Procambarus clarkii) population control and non target organisms’ problematics in the Lower Mondego river valley, Portugal. International Association of Astacology 11th Symposium, 11 a 16 de Agosto, Thunder Bay, Ontario (Canada).

29. Fonseca, J. C., V. M. C. madeira e J. C. Marques, 1996. Oxygen uptake inhibition in Procambarus clarkii, Louisiana crayfish by biodegradable surfactants: An ecotechnological approach for population control in rice fields. International Association of Astacology 11th Symposium, 11 a 16 de Agosto, Thunder Bay, Ontario (Canada).

30. Frias, A. F., P. M. Anastácio & J. C. Marques, 1996. Ecological aspects of egg resorption in red swamp crayfish (Procambarus clarkii). International Association of Astacology 11th Symposium, 11 a 16 de Agosto, Thunder Bay, Ontario (Canada).

31. Maranhão, P., J. C. Marques & N. Bengala, 1996. Biology, population dynamics and production of Echinogammarus marinus Leach (Amphipoda) in the intertidal rocky area of the Mondego estuary (Portugal): Impact of water circulation. 2nd European Crustacean Conference, 2 a 6 de Setembro, Liège (Bélgica).

32. Maranhão, P. & J. C. Marques, 1996. Modelo da dinâmica populacional de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae) no estuário do Mondego: Diagrama conceptual. 1º Encontro Nacional de Ecologia, 6 e 7 de Dezembro, Oeiras (Portugal.

33. Martins, I. & J. C. Marques, 1996. Modelo trófico do estuário do Mondego: Diagrama conceptual. 1º Encontro Nacional de Ecologia, 6 e 7 de Dezembro, Oeiras (Portugal).

34. Azeiteiro, U. M. & J. C. Marques, 1997. Physicochemical conditions for plankton in the Mondego river estuary (Western Portugal), a tidal system in a temperate area. 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

35. Azeiteiro, U. M., L. Jesus & J. C. Marques, 1997. Distribution and population dynamics of the Mysid Mesopodopsis slabberi Van Benneden in a temperate estuary (Western Portugal: Mondego river estuary). 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

36. Azeiteiro, U. M. & J. C. Marques, 1997. Composition and seasonality of crepuscular Peracarid zooplankton from the Mondego river estuary (Western Portugal). 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

37. Lopes, R. J., Múrias, T. & J. C. Marques, 1997. Padrões de actividade de aves limícolas no estuário do Mondego: Variação tidal e temporal. 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

38. Martins, I., J. M. Oliveira & J. C. Marques, 1997. Modelo de um produtor primário importante no estuário do Mondego: Enteromorpha spp – Diagrama conceptual e equações preliminares. 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

39. Jesus, L., U. M. Azeiteiro, J. C. Fonseca & J. C. Marques, 1997. Biometrical relationships and temporal variation in biochemical composition of Mesopodopsis slabberi (Van Benneden) from the Mondego river estuary (Western Portugal). 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

40. Maranhão, P. & J. C. Marques, 1997. Influência da temperatura e da salinidade na duração do período de desenvolvimento embrionário de Echinogammarus marinus (Amphipoda, Gammaridae). 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

41. Frias, A. F., J. C. Marques, P. M. Anastácio & J. A. Cabral, 1997. Potenciais efeitos da aplicação de um surfactante, Genapol OXD – 080, sobre as comunidades de macroinvertebrados em campos agrícolas e valas de irrigação. 2º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Coimbra (Portugal).

42. Adão, H., M. Vincx & J. C. Marques, 1998. Variação temporal e vertical da meiofauna dos sedimentos associados aos povoamentos de Zostera noltii no estuário do Miro. X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

43. Azeiteiro, U. M. & J. C. Marques, 1998. Temporal and spatial structure of the hyperbenthic community along an estuarine gradient (Western Portugal: Mondego river estuary) and its relation to environmental variables. Population dynamics and production of Mesopodopsis slabberi Van Benneden. X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

44. Maranhão, P., N. Bengala & J. C. Marques, 1998. Amphipods population dynamics on brown seaweed Fucus spp. In the Mondego estuary, Portugal. X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

45. Metelo, I., J. M. Neto, J. C. Marques & M. A. Pardal, 1998. Variação anual dos Crustáceos na Reserva Natural da Berlenga. X Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 23 a 26 de Fevereiro, Praia do Carvoeiro (Portugal).

46. Riccobene, R., I. Metelo, J. M. Neto, J. C. Marques & M. A. Pardal., 1998. Caracterização da biocenose de Poliquetas da Reserva Natural da Berlenga. 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

47. Neto, J. M., I. Metelo, J. C. Marques & M. A. Pardal, 1998. Dinâmica anual dos Poliplacóforos na Reserva Natural da Berlenga. 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

48. Ferreira, S. M., M. A. Pardal, A. I. Lillebø & J. C. Marques, 1998. Estudos de impacto ambiental. Será um ano de amostragem suficiente? Um caso estudado (Cyathura carinata). 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

49. Maranhão, P., N. Bengala & J. C. Marques, 1998. Estrutura da comunidade macrobentónica do povoamento de Fucus spp. do estuário do rio Mondego. 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

50. Margalho, R., J. C. Marques, J. M. Neto, U. M. Azeiteiro & M. A. Pardal, 1998. O estuário do Mondego: Uma década de estudos das comunidades macrobentónicas subtidais. Impactos das dragagens regulares na área do porto comercial. 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

51. Metelo, I., J. M. Neto, J. C. Marques & M. A. Pardal, 1998. Caracterização das comunidades de Chthamalus sp da Reserva Natural da Berlenga. 3º Encontro Nacional de Ecologia, 3 a 5 de Dezembro, Faro (Portugal).

52. Azeiteiro, U. M., J. C. Fonseca & J. C. Marques, 2000. Ecoenergetics of Mesopodopsis slabberi (Van Beneden) (Crustacea Mysidacea) in the Mondego estuary (Wesyern Portugal). XI Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Fevereiro, Málaga (Espanha).

53. Fonseca, J. C., J. C. Marques, A. A. Paiva, A. M. Freitas, V. M. C. Madeira & S. E. Jørgensen, 2000. Nuclear DNA in the determination of weighting factors to estimate exergy from organisms biomass. EcoSummit 2000 – Integrating the Sciences, 18 a 22 de Junho, Halifax, Nova Scotia (Canada).

54. Vieira, L., F. Morgado, U. Azeiteiro, J. C. Marques & M. J. Pereira, 2001. Impacto humano sobre as condições físico-químicas, nutrientes, clorofila a e ciclo anual do fitoplâncton no estuário do Mondego. Conferência Ibérica sobre protecção ambiental, 12 a 14 de Julho, Instituto Piaget, Viseu (Portugal).

55. Vieira, L., F. Morgado, J. C. Marques, P. Ré & U. M. M. Azeiteiro, 2001. Population dynamics, biometry and production of Acartia tonsa (Crustacea: Copepoda) in the Mondego estuary and trophic pelagic implications. Plankton Symposium, 20 a 22 de Setembro, Espinho (Portugal).

56. Fonseca, J. C., N. M. Bandarra, C. Cardoso, U. M. M. Azeiteiro, M. R. Pastorinho, F. M. Morgado & J. C. Marques, 2001. Biochemical analysis in the plankton compartment from the Mondego estuary. Plankton Symposium, 20 a 22 de Setembro, Espinho (Portugal).

57. Pastorinho, M. R., C. P. Q. Antunes, J. C. Marques, M. L. Pereira, U. M. M. Azeiteiro & F. M. Morgado, 2001. Histochemistry and histology in planktonic ecophysiological processes determination in a temperate estuary (Mondego river estuary, Portugal). Plankton Symposium, 20 a 22 de Setembro, Espinho (Portugal).

58. Azeiteiro, U. M. M., J. C. Fonseca & J. C. Marques, 2002. Interannual variation in the biochemical composition of Mesopodopsis slabberi (Crustácea: Mysidacea). XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Outubro, Gibraltar – La Línea, Espanha.

59. Pastorinho, M. R., J. C. Fonseca, F. Morgado, J. C. Marques & U. M. M. Azeiteiro, 2002. Morphometry, production, biochemistry, and histochemistry of the suprabenthic mysid Mesopodopsis slabberi Van Beneden (Crustácea: Mysidacea) in the Mondego estuary (Western Coast of Portugal). XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Outubro, Gibraltar – La Línea, Espanha.

60. Rodrigues, E., U. M. M. Azeiteiro, C. Antunes, M. R. Pastorinho, P. Bacelar-Nicolau, J. C. Marques & F. Morgado, 2002. Suprabenthos distribution in the Mondego estuary (Western Portugal). XII Simpósio Ibérico de Estudos de Bentos Marinho, 22 a 25 de Outubro, Gibraltar – La Línea, Espanha.

61. Adão, H., M. Vincx & J. C. Marques, 2003. Seasonal dynamics of meiofauna in Zostera noltii Hornem sediments in the Mira estuary (SW Portugal). 38th European Marine Biology Symposium, 8 a 12 de Setembro, Aveiro (Portugal).

62. Ferreira, S. M., K. T. Jensen, R. Warberg, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2003. Can biotoc processes in estuarine ecosystems be understood, without knowing the diversity of macroparasites? 38th European Marine Biology Symposium, 8 a 12 de Setembro, Aveiro (Portugal).

63. Neto, J. M., M. R. Flindt, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2003. Intertidal vegetation dynamics. Narural and anthropogenic influences. 38th European Marine Biology Symposium, 8 a 12 de Setembro, Aveiro (Portugal).

64. Lillebø, A. I., M. R. Flindt, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2003. The effect of Zostera noltii, Spartina marítima, and Scirpus maritimus on spring sediment pore-water profiles, in a temperate intertidal estuary. 38th European Marine Biology Symposium, 8 a 12 de Setembro, Aveiro (Portugal).

65. Pereira, P., C. Vale, A. Ferreira, E. Pereira, M. A. Pardal & J. C. Marques, 2004. Seasonal variation of chemical composition of surface sediments in the Mondego river estuary. SEDNET Conferences – Monitoring sediment quality at river basin scale. Understanding the behaviour and fate of pollutants, 29 a 31 de Janeiro, Lisboa (Portugal).

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