Francisco Rente de Pina Martins. Concluiu Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento pela Universidade de Lisboa em 2007. É da Universidade de Lisboa. Publicou 9 artigos em revistas especializadas e 15 trabalhos em actas de eventos. Possui 6 softwares e outros 6 itens de produção técnica. Participou em 2 eventos em Portugal. Actua nas áreas de Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas e Ciências Exactas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação. Nas suas actividades profissionais interagiu com 95 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. No seu curriculum DeGóis os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Software, Phylogenetics, Sequence Data, FASTA, NEXUS, Perl, Biogeography, Cape Verde islands, cicadas e concatenation.
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Nome completo Full name	Francisco Rente de Pina Martins
Nome em citações bibliográficas Quoting name	Pina-Martins, Francisco
Domínio científico de atuação Scientific domain	Ciências Naturais-Ciências Biológicas. Ciências Exactas-Ciências da Computação e da Informação.

Endereço profissional Professional address

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências Centro de Biologia Ambiental Campo Grande, C2 1749-016 Lisboa Portugal Telefone: (+351)21757314 Fax: (+351)21750002 Correio electrónico: frmartins@fc.ul.pt

Sexo Gender

Masculino»Male

2006-2007	Mestrado Master degree
Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento (1 anos » years) . Universidade de Lisboa, Portugal.

2001-2005	Licenciatura Licentiate degree
Biologia Ambiental (Marinha) (4 anos » years) . Universidade de Lisboa, Portugal.

2010-2010	Outros Others
A07 - Biologia; A56 - Técnicas de Laboratório. Conselho Científco Pedagógico de Formação Contínua, Portugal.

2005-2006	Especialização/ Pós-Graduação Specialization/ Postgraduation
Marcadores Moleculares. Universidade de Lisboa, Portugal.

Universidade de Lisboa

Fev/2010-Actual

Outra Situação

Centro de Formação Ordem de Santiago

Mar/2010-Mai/2010

Outra Situação

Universidade de Lisboa

Jan/2008-Jan/2010

Outra Situação

Universidade de Lisboa

Abr/2007-Dez/2007

Estagiário Investigador

Centro de Formação Ordem de Santiago

Mar/2010-Mai / 2010
Formação profissional»Professional education:    - Kits Experimentais para o Ensino da Biologia e Química

Universidade de Lisboa

Fev/2010-Actual	Faculdade de Ciências
Atividade realizada»Activity: Tarefas de bioinformática em dados de NGS, Administrador de sistemas.

Compreende Understandig	Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Bem), Francês (Bem).
Fala Speaking	Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Bem), Francês (Pouco).
Lê Reading	Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Pouco), Francês (Bem).
Escreve Writing	Português (Bem), Inglês (Bem), Espanhol (Pouco), Francês (Pouco).

Artigos em revistas com arbitragem científica Papers in periodics with scientific refereeing

1.	Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Fino, Joana; Paulo, Octávio S. 2017. " Structure_threader : An improved method for automation and parallelization of programs structure , fastStructure and MavericK on multicore CPU systems ", Molecular Ecology Resources 17, 6: e268 - e274.

2.	Pina-Martins, Francisco; Vieira, Bruno M; Seabra, Sofia G; Batista, Dora; Paulo, Octávio S. 2016. "4Pipe4 – A 454 data analysis pipeline for SNP detection in datasets with no reference sequence or strain information", BMC Bioinformatics 17, 1: NA - NA.

3.	Rodrigues, Ana S. B; Silva, Sara E; Pina-Martins, Francisco; Loureiro, João; Castro, Mariana; Gharbi, Karim; Johnson, Kevin P; Dietrich, Christopher H; Borges, Paulo A. V; Quartau, José A; Jiggins, Chris D; Paulo, Octávio S; Seabra, Sofia G. 2016. "Assessing genotype-phenotype associations in three dorsal colour morphs in the meadow spittlebug Philaenus spumarius (L.) (Hemiptera: Aphrophoridae) using genomic and transcriptomic resources", BMC Genetics 17, 1: NA - NA.

4.	Pina-Martins, F.; Paulo, O.S.. 2016. "NCBI Mass Sequence Downloader –Large dataset downloading made easy", SoftwareX 5, NA: 80 - 83.

5.	Modesto, Inês S; Miguel, Célia; Pina-Martins, Francisco; Glushkova, Maria; Veloso, Manuela; Paulo, Octávio S; Batista, Dora. 2014. "Identifying signatures of natural selection in cork oak (Quercus suber L.) genes through SNP analysis", Tree Genetics & Genomes 10, 6: 1645 - 1660.

6.	Bradnam, Keith R; Fass, Joseph N; Alexandrov, Anton; Baranay, Paul; Bechner, Michael; Birol, Inanç; Boisvert, Sébastien; Chapman, Jarrod A; Chapuis, Guillaume; Chikhi, Rayan; Chitsaz, Hamidreza; Chou, Wen-Chi; Corbeil, Jacques; Del Fabbro, C; Docking, T R; Durbin, Richard; Earl, Dent; Emrich, Scott; Fedotov, Pavel; Fonseca, Nuno A; Ganapathy, Ganeshkumar; Gibbs, Richard A; Gnerre, Sante; Godzaridis, Élénie; Goldstein, Steve; Haimel, Matthias; Hall, Giles; Haussler, David; Hiatt, Joseph B; Ho, Isaac Y; Howard, Jason; Hunt, Martin; Jackman, Shaun D; Jaffe, David B; Jarvis, Erich D; Jiang, Huaiyang; Kazakov, Sergey; Kersey, Paul J; Kitzman, Jacob O; Knight, James R; al., et. 2013. "Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species", GigaScience 2, 1: NA - NA.

7.	Seabra, Sofia G; Pina-Martins, Francisco; Marabuto, Eduardo; Yurtsever, S.; Halkka, O.; Quartau, José A; Paulo, Octávio S. 2010. "Molecular phylogeny and DNA barcoding in the meadow-spittlebug Philaenus spumarius (Hemiptera, Cercopidae) and its related species", MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION  56, 1: 462 - 467.

8.	Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2008. "Concatenator: Sequence Data Matrices Handling Made Easy", Molecular Ecology Resources 8, 6: 1254 - 1255.

9.	Fonseca, Paulo J; Serrão, Ester A; Pina-Martins, Francisco; Silva, Pedro; Mira, Sara; Quartau, José A; Paulo, Octávio S; Cancela, Leonor. 2008. "The evolution of cicada songs contrasted with the relationships inferred from mitochondrial DNA (Insecta, Hemiptera)", BIOACOUSTICS-THE INTERNATIONAL JOURNAL OF ANIMAL SOUND AND ITS RECORDING 18, 1: 17 - 34.

Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica Papers in conference proceedings with scientific refereeing

1.	Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2017. "Acorns of code: The role of bioinformatics in determining the consequences of climate change for cork oak populations.", Trabalho apresentado em 6th Bioinformatics Open Days, In 6th Bioinformatics Open Days, Braga.

2.	Romeiras, Maria; Vieria, Ana; Veloso, M; Moura, M; Batista, Dora; Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S; Duarte, M. C. 2010. "Testing a DNA barcode application on the Portuguese wild relatives of Beta species.", Trabalho apresentado em 2nd Conference of the European Consortium for the Barcode of Life., In 2nd Conference of the European Consortium for the Barcode of Life., Braga.

3.	Romeiras, Maria; Loureiro, J; Vieria, Ana; Castro, S; Pina-Martins, Francisco; Veloso, M; Moura, M; Batista, Dora; Paulo, Octávio S; Duarte, M. C. 2010. "Genetic diversity of the Portuguese wild Beta-Patellaria species complex using DNA barcoding and flow cytometry.", Trabalho apresentado em International Symposium FloraMac2010, In International Symposium FloraMac2010, Ponta Delgada.

4.	Romeiras, Maria; Paulo, Octávio S; Coutrim, Helena; Pina-Martins, Francisco; Duarte, M. C; Pais, M. S. 2010. "Colonization and diversification patterns of Cape Verde endemic Echium L. species.", Trabalho apresentado em nternational Symposium FloraMac2010, In nternational Symposium FloraMac2010, Ponta Delgada.

5.	Pina-Martins, Francisco; Lopes, Margarida C; Nunes, Vera L; MU, Böhme; TU, Berendonk; Ferrand, Nuno; Paulo, Octávio S. 2007. "Analysis of the genetic structure of Schereiber's green lizard, Lacerta schreiberi – conservation implications for an endemic species", Trabalho apresentado em 11th Congress of the European Society of Evolutionary Biology, In 11th Congress of the European Society of Evolutionary Biology, Uppsala.

Trabalhos completos/resumidos em eventos sem arbitragem científica Papers in conference proceedings without scientific refereeing

1.	Pina-Martins, Francisco. 2016. "Variação genómica do sobreiro (Quercus suber). Implicações da diversidade num cenário de alterações globais", Trabalho apresentado em JobShop Ciências 2016, In JobShop Ciências 2016, Lisboa. Invited speaker.

2.	Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2016. "Adventures of a PhD: Developing software to tackle evolutionary biology problems – performance, automation and reproducibility.", Trabalho apresentado em 5th Bioinformatics Open Days, In 5th Bioinformatics Open Days, Braga.

3.	Pina-Martins, Francisco; Batista, Dora; Pappas, Georgios; Paulo, Octávio S. 2015. "Uncorking the evolutionary history of cork oak populations. From past fragmentation to present unification – and future uncertainty.", Trabalho apresentado em XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 21st December 2015, In XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 21st December 2015, Almada.

4.	Laurentino, Telma G; Pina-Martins, Francisco; Patrício, Pedro; Fino, Joana; Ceríaco, Luís; Alves, F.; Paulo, Octávio S. 2015. "May the Selection be with you. The interplay of Evolutionary Forces in the Speciation of Timon lepidus.", Trabalho apresentado em XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, In XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, Almada.

5.	Pina-Martins, Francisco. 2015. "From Bench to Byte. A Biologist's path to Bioinformatics", Trabalho apresentado em 4th Bioinformatics open days, In 4th Bioinformatics open days, Lisboa/Braga.

6.	Pina-Martins, Francisco; Batista, Dora; Paulo, Octávio S. 2014. "New SNPs mined from ESTs reveal lack of genetic structuring in Cork Oak populations.", Trabalho apresentado em X Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, In X Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, Lisboa.

7.	Pina-Martins, Francisco; Vieira, Bruno M; Seabra, Sofia G; Batista, Dora; Paulo, O.S.. 2013. "Making the best of your 454 dataset using the 4Pipe4 analysis pipeline – from an unknown genome to a detailed SNPs analysis: A case study with a Quercus suber dataset.", Trabalho apresentado em XIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology, In XIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lisboa.

8.	Modesto, Inês S; Miguel, Célia; Pina-Martins, Francisco; Glushkova, Maria; Veloso, M; Paulo, Octávio S; Batista, Dora. 2012. "Population frequency data of SNP markers in cork oak.", Trabalho apresentado em IUFRO 2012 conference “Genetics of Fagaceae and Nothofagaceae”, In IUFRO 2012 conference “Genetics of Fagaceae and Nothofagaceae”, Bordéus.

9.	Vieira, Bruno M; Pina-Martins, Francisco; Seabra, Sofia G; Paulo, O.S.. 2011. "Analysis of software for the NGS technology: The Survival Guide", Trabalho apresentado em 24th European Conference on Operational Research, In 24th European Conference on Operational Research, Lisboa.

10.	Vieria, Bruno; Pina-Martins, Francisco; Seabra, Sofia G; Paulo, Octávio S. 2010. "Analysis of software for the NGS technology: The Survival Guide", Trabalho apresentado em 24th European Conference on Operational Research, In 24th European Conference on Operational Research, Lisboa.

Software sem registo ou patente Software without patent or official record

1.	Pina-Martins, Francisco; Baptista, João; Paulo, Octávio S. PyRONA,2017.

2.	Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Fino, Joana; Paulo, Octávio S. Structure_threader,2017.

3.	Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. NCBI Mass Downloader,2015.

5.	Pina-Martins, Francisco; Vieira, Bruno M; Batista, Dora; Seabra, Sofia G; Paulo, Octávio S. 4Pipe4,2013.

4.	Pina-Martins, Francisco. Radeon-tray,2013.

6.	Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. Concatenator,2007.

Curso de curta duração lecionado Taught short course

1.	Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Vieira, Bruno M; Paulo, Octávio S. Python 101- By biologists for biologists – second edition, 2014 (Extensão), promovido por FCUL. Duração: 5 dias. Local: FCUL, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Docente.

2.	Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N; Vieira, Bruno M; Paulo, Octávio S. Python 101- By biologists for biologists, 2012 (Extensão), promovido por FCUL. Duração: 5 dias. Local: FCUL, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Organizador.

3.

Pina-Martins, Francisco. Kits Experimentias para o ensino da Biologia e da Química, 2010 (Outra), promovido por Centro de Formação Ordem de Santiago. Duração: 30 horas. Local: Agrupamento de escolas do Viso / Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Setúbal, Tipo de participação: Docente. Curso para professores do ensino secundário. Componente de actualização de conhecimentos e componete de protocolos experimentais.

4.

Paulo, Octávio S; Pina-Martins, Francisco. 1º Curso prático de Filogeografia, 2010 (Aperfeiçoamento), promovido por Centro de Biologia Ambiental. Duração: 30 horas. Local: Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Outra. Formador responsável pela componete prática do curso e pela parte teórica sobre o software "Sequencher". Participação na organização geral.

5.

Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S. 2º Curso Prático de Análise Filogenética, 2009 (Aperfeiçoamento), promovido por Centro de Biologia Ambiental. Duração: 30 horas. Local: Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Outra. Formador responsável pela componete prática do curso e pela parte teórica sobre o software "Sequencher". Participação na organização geral.

6.

Paulo, Octávio S; Pina-Martins, Francisco. 1º Curso Prático de Análise Filogenética, 2009 (Aperfeiçoamento), promovido por CoBiG² (Computational Biology and Genomics Group). Duração: 30 horas. Local: Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Outra. Formador responsável pela componete prática do curso e pela parte teórica sobre o software "Sequencher". Participação na organização geral.

Outros Trabalhos Other production

Participação em eventos Event participation

Outros Trabalhos Other production

1.	Pina-Martins, Francisco. Arch linux User Repository (AUR), 2010. Responsável pela manutenção de 5 pacotes da distribuição "Arch Linux". Três deles estão relacionados com biologia molecular. Mais informação em: .

2.	Pina-Martins, Francisco. Ubuntu, 2010. Participação na manutenção da qualidade de pacotes de biologia molecular na distribuição "Ubuntu Linux".

Participação em eventos Event participation

Outro tipo de participação Other kind of participation

1.

Ciência 2010 - Encontro com a Ciência e Technologia, 2010 (Conferência). Nome do evento: Ciência 2010 - Encontro com a Ciência e Technologia; Nome da Instituição: Ciência Viva; Cidade do evento: Lisboa / Centro de Congressos de Lisboa. Participante nas várias conferências. Todas as áreas do conhecimento foram abordadas nesta conferência. Âmbito muito geral.

2.

V Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 2009 (Conferência). Nome do evento: V Encontro Nacional de Biologia Evolutiva; Nome da Instituição: Unidade de Investigação em Eco-Etologia; Centro de Biociências; Cidade do evento: Lisboa / ISPA - Instituto de Psicologia Aplicada. Participante na conferência.

Produção científica Scientific production

Produção técnica Technical production

Dados complementares data

Total

Produção científica Scientific production

24

Artigos científicos em revistas Papers in periodics

9

Com arbitragem científica With scientific refereeing

9

Trabalhos em eventos Papers in conference proceedings

15

Com arbitragem científica With scientific refereeing

5

Sem arbitragem científica Without scientific refereeing

10

Total

Produção técnica Technical production

12

Software

6

Software sem registo ou patente Software without patent or official record

6

Outros tipos de produção técnica Other technical production

6

Total

Dados complementares (Additional data)

4

Outros Trabalhos Other production

2

Participação em Eventos Event participation

2

	Maria Ester Tavares Alvares Serrao
	Mariana Oliveira e Castro
	Paulo Alexandre Vieira Borges