Carlos José Vieira Simões
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Data da última atualização
»Last update
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02/06/2015 |
Dados pessoais (Personal data)
Nome completo
Full name |
Carlos José Vieira Simões |
Nome em citações bibliográficas
Quoting name |
Simões, Carlos J. V. |
Domínio científico de atuação
Scientific domain |
Ciências Médicas-Ciências da Saúde. Ciências Médicas-Biotecnologia Médica. Ciências Médicas-Outras Ciências Médicas.
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Endereço profissional
Professional address |
Centro de Neurociências e Biologia Celular Universidade de Coimbra BSIM - Biomolecular Simulations, Biocant Park, Núcleo 04, Lote 2 Cantanhede 3060--197 Cantanhede Portugal Correio electrónico: carlos.simoes@bsimsquare.com Homepage: www.bsimsquare.com |
Sexo
Gender |
Masculino»Male |
Graus Académicos
(Academic Degrees)
2006-2012 |
Doutoramento Phd |
Química Biológica
(5 anos » years)
.
Universidade de Coimbra,
Portugal.
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1999-2005 |
Licenciatura Licentiate degree |
Ciências Farmacêuticas
(6 anos » years)
.
Universidade de Coimbra,
Portugal.
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Formação complementar ( studies)
2007-2007 |
Curso de curta duração Short course |
International Computational Drug Discovery Course.
Centre for Molecular and Biomolecular Informatics - Radboud University,
Países Baixos.
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2007-2007 |
Curso de curta duração Short course |
WHAT IF User Course.
Centre for Molecular and Biomolecular Informatics - Radboud University,
Países Baixos.
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2006-2007 |
Especialização/ Pós-Graduação Specialization/ Postgraduation |
PhD Program in Computational Biology.
Instituto Gulbenkian de Ciência (Oeiras),
Portugal.
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Vínculos profissionais
(Professional Positions)
BSIM - Biomolecular Simulations |
Jan/2012-Actual |
Investigador-coordenador |
Jan/2011-Jan/2012 |
Outra Situação |
Centro de Neurociências e Biologia Celular |
Out/2005-Dez/2011 |
Assistente de Investigação |
Institute of Molecular and Cellular Biology, University of Leeds |
Out/2007-Dez/2010 |
Assistente de Investigação |
Centro de Estudos Farmacêuticos da Universidade de Coimbra |
Fev/2004-Jul/2005 |
Assistente de Investigação |
Consiglio Nazionale delle Ricerche |
Out/2004-Mai/2005 |
Assistente de Investigação |
Projetos de Investigação (Research projects)
Participação como Investigador Participation as Researcher |
2009- Rumo a novos inibidores de amilóide-beta e toxicidade associados à doença de Alzheimer: das estatinas, como potenciais compostos-líder,
ao desenho de fármacos eficazes-Towards novel inhibitors of Alzheimer’s disease-associated beta-amyloid and toxicity: from statins as potential leads to the
design of effective drugs
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Referência do projeto»Project reference: III/BIO/40/2008. Financiador(es)»Funding:
Instituto de Investigação Interdisciplinar da Universidade de Coimbra.
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2006- Protein conformation, plasticity and amyloid formation: molecular simulations in parallel computer environment |
Referência do projeto»Project reference: PTDC/BIA-PRO/72838/2006. Financiador(es)»Funding:
Fundação para a Ciência e a Tecnologia.
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2006- P-found: computação GRID e armazenamento distribuído de dados de simulações de dobragem e desdobragem de proteínas-P-found: A Protein Folding and Unfolding Simulation Data Repository |
Referência do projeto»Project reference: GRID/GRI/81809/2006. Financiador(es)»Funding:
Fundação para a Ciência e a Tecnologia.
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2004- Protein Folding, Misfolding and Aggregation: A Computational Biophysics Approach |
Referência do projeto»Project reference: NA. Financiador(es)»Funding:
Consiglio Nazionale delle Ricerche.
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2003-2004 Bioactive Steroids: Synthesis, Biological and Toxicological Evaluation |
Referência do projeto»Project reference: NA.
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Outro Tipo de Participação Other kind of participation |
2010- IBERCIVIS: Uma Plataforma de Computação Voluntária para a Ciência-IBERCIVIS: A Volunteer Computing Platform for Science |
Referência do projeto»Project reference: NA. Parceiro(s)»Partners:
UMIC - Agência para a Sociedade do Conhecimento; Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas; Ciência Viva - Agência Nacional para a Cultura Científica e Tecnológica. Financiador(es)»Funding:
UMIC - Agência para a Sociedade do Conhecimento; Fundação para a Ciência e a Tecnologia.
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2002- Green Processes in Pharmaceutical Chemistry: Oxidative and Chemoenzymatic Transformations |
Referência do projeto»Project reference: NA.
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Línguas (Languages)
Compreende Understandig |
Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Razoavelmente), Espanhol (Razoavelmente), Francês (Razoavelmente). |
Fala Speaking |
Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Razoavelmente), Espanhol (Pouco), Francês (Pouco). |
Lê Reading |
Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Bem), Espanhol (Bem), Francês (Razoavelmente). |
Escreve Writing |
Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Pouco), Espanhol (Pouco), Francês (Razoavelmente). |
Prémios e títulos (Awards Prizes, and Honours)
2007 |
Prémio Start - Prémio Nacional de Empreendedorismo,
Universidade Nova de Lisboa (UNL), Banco BPI e Microsoft.
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2010 |
Prémio Connecting Science to People,
Portuguese Biochemistry Society and Take The Wind.
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Membro de Associações Profissionais/Científicas (Professional/Scientific Association membership)
Abr/2010 - Actual |
American Chemical Society, Membro.
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Jan/2007 - Actual |
Ordem dos Farmacêuticos, Membro.
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Ago/2006 - Actual |
Sociedade Portuguese de Biofísica, Membro.
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Produção científica, técnica e artística/cultural
(Scientific, technical and artistical/cultural
production)
Capítulos de livros publicados Published book chapters |
1. |
Pereira, Max; Costa, Vítor S; Camacho, Rui; Fonseca, Nuno A; Simões, Carlos; Brito, Rui M. M. 2009. Comparative Study of Classification Algorithms Using Molecular Descriptors in Toxicological DataBases. In Advances in Bioinformatics and Computational Biology, ed. Katia S. Guimarães, Anna Panchenko, Teresa M. Przytycka, 121 - 132. ISBN: 978-3-642-03222-6. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
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Artigos em revistas com arbitragem científica Papers in periodics with scientific refereeing |
1. |
Camacho, Rui; Pereira, Max; Costa, Vitor S; Fonseca, Nuno A; Adriano, Carlos; Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. 2011. "A relational learning approach to structure-activity relationships in drug design toxicity studies", Journal of Integrative Bioinformatics, 1: 1 - 17.
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2. |
Rodrigues, J. R; Simões, Carlos J. V; Silva, Cândida G; Brito, Rui M. M. 2010. "Potentially amyloidogenic conformational intermediates populate the unfolding landscape of transthyretin: insights from molecular
dynamics simulations", Protein Science 19, 2: 202 - 219.
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3. |
Simões, Carlos J. V; Mukherjee, Trishna; Brito, Rui M. M; Jackson, Richard M. 2010. "Toward the discovery of functional transthyretin amyloid inhibitors: application of virtual screening methods", Journal of Chemical Information and Modeling 10, 50: 1806 - 1820.
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4. |
Monticelli, Luca; Simões, Carlos; Belvisi, Laura; Colombo, Giorgio. 2006. "Assessing the influence of electrostatic schemes on molecular dynamics simulations of secondary structure forming peptides", Journal of Physics: Condensed Matter 18, 14: 329 - 345.
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Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica Papers in conference proceedings with scientific refereeing |
1. |
Simões, Carlos J. V; Rivero, Alejandro; Tarancón, Alfonso; Sanz, Fermín S; Romero, Javier L; Abreu, Pedro; Manuel, Carlos; Durão, Rui; Rosa, João; Pagaime, João; Veiga, Pedro; Jackson, Richard M; Noronha, Ana; Vargas, Rosalia; Magalhães, Luís T; Barreira, Gaspar; Brito, Rui M. M. 2010. "Running faster and further together: the AMILOIDE project, the onset of the Portuguese participation on the Ibercivis volunteer
computing network", Trabalho apresentado em Ibergrid 2010, In IBERGRID'2010, Braga. |
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2. |
Silva, Cândida G; Palma, Rui; Simões, José R; Loureiro-Ferreira, Nuno; Simões, Carlos J. V; Swain, Martin; Dubitzky, Werner; Brito, Rui M. M. 2009. "P-found GRID: A Grid-enabled repository prototype for protein simulation data", Trabalho apresentado em Ibergrid 2009, In IBERGRID'2009, Valencia. |
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Textos em jornais ou revistas Texts in newspapers or magazines |
1. |
Simões, Carlos J. V; Jesus, Catarina J. H; Jackson, Richard M; Brito, Rui M. M. 28 nov. 2010. "Solubility meets Specificity: Evaluation of virtual screening methods towards the discovery of functional transthyretin amyloid
inhibitors." Revista Portuguesa de Farmácia, 25 - 25. |
2. |
Simões, Carlos J. V; Rivero, Alejandro; Brito, Rui M. M. 20 out. 2010. "Searching for Anti-Amyloid Drugs with the Help of Citizens: the “AMILOIDE” Project on the IBERCIVIS Platform" ERCIM News, 25 - 26.
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Apresentação oral de trabalho Oral work presentation |
1. |
Simões, Carlos J. V; Jesus, Catarina J. H; Jackson, Richard M; Brito, Rui M. M. Solubility meets Specificity: Evaluation of virtual screening methods towards the discovery of functional transthyretin amyloid
inhibitors.,2nd National Meeting on Medicinal Chemistry,Coimbra,2010 (Congresso). |
2. |
Simões, Carlos J. V. Running faster and further together: The AMILOIDE project, the onset of the Portuguese participation on the Ibercivis volunteer
computing network,IBERGRID'2010,Braga,2010 (Conferência ou palestra).
![Homepage da produção](/wayback/20200213051519im_/http://www.degois.pt/imagens/degois/home16.png) |
3. |
Simões, Carlos J. V; Jesus, Catarina J. H; Jackson, Richard M; Brito, Rui M. M. Towards the discovery of novel and safer transthyretin amyloid inhibitors: application of “in silico” screening methods.,XVII National Congress of Biochemistry,Porto,2010 (Congresso). |
4. |
Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. Experimentally-driven in silico screening of new lead compounds wtih enhanced transthyretin tetramer stabilizing effects,XV National Congress of Biochemistry,Aveiro,2006 (Congresso).
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Desenvolvimento de material didáctico ou pedagógico Didactic and pedagogic material development |
1. |
Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. À procura dos mecanismos moleculares das doenças amilóides,2011.
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2. |
Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. SOLUVEL, "teaser" clip,2011.
![Homepage da produção](/wayback/20200213051519im_/http://www.degois.pt/imagens/degois/home16.png) |
3. |
Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. AMILOIDE, "trailer" em estilo "A Origem",2010.
![Homepage da produção](/wayback/20200213051519im_/http://www.degois.pt/imagens/degois/home16.png) |
4. |
Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. AMILOIDE, O Filme,2010.
![Homepage da produção](/wayback/20200213051519im_/http://www.degois.pt/imagens/degois/home16.png) |
Dados Complementares (Additional data)
Dissertação de Mestrado Master degree dissertation |
1. |
Trishna Mukherjee, Inhibiting Protein-Protein Interaction through Tetramer Stabilization in Transthyretin, 2008. Dissertação (Bioinformatics and Computational Biology) - Faculty of Biological Sciences, University of Leeds (Co-orientador). |
Participação em eventos Event participation |
Participação como Relator Participation as Commentator |
1. |
Experimentally-driven in silico screening for high-affinity transthyretin amyloid inhibitors, 2007 (Workshop). Nome do evento: International Workshop New Approaches in Drug Design & Discovery 2007; Nome da Instituição: University of Marburg; Cidade do evento: Marburg. |
2. |
Experimentally-driven in silico screening of new lead compounds wtih enhanced transthyretin tetramer stabilizing effects, 2006 (Congresso). Nome do evento: XV National Congress of Biochemistry; Nome da Instituição: Universidade de Aveiro; Cidade do evento: Aveiro. |
Outro tipo de participação Other kind of participation |
1. |
Evaluation of virtual screening methods towards the discovery of new functional transthyretin amyloid inhibitors, 2010 (Encontro). Nome do evento: 240th ACS National Meeting & Exposition Fall 2010; Nome da Instituição: American Chemical Society; Cidade do evento: Boston / Estados Unidos da América. |
2. |
Running faster and further together: the AMILOIDE project, the onset of the Portuguese participation on the Ibercivis volunteer
computing network, 2010 (Conferência). Nome do evento: IBERGRID'2010 - Bridging the gap between European e-Science and Iberian America; Nome da Instituição: Universidade do Minho; Cidade do evento: Braga / Departamento de Informática da Universidade do Minho. |
3. |
New challenges from old problems: Transthyretin amyloid as a model target for the modulation of protein-protein interactions, 2009 (Workshop). Nome do evento: Leeds Annual Statistical Research; Nome da Instituição: University of Leeds; Cidade do evento: Leeds. |
4. |
Transthyretin amyloid as a model target for the modulation of protein-protein interactions, 2009 (Simpósio). Nome do evento: VIII European Symposium of the Protein Society; Nome da Instituição: Protein Society; Cidade do evento: Zurich. |
5. |
Probing the conformational pathways leading to transthyretin amyloidosis: insights from multiple molecular dynamics unfolding
simulations, 2006 (Congresso). Nome do evento: VI Ibero-American Congress of Biophysics; Cidade do evento: Madrid. |
Indicadores de produção
(Production indicators)
Produção científica
Scientific production |
Produção técnica
Technical production |
Dados complementares
data |
Produção científica Scientific production |
9 |
Livros e capítulos Books and book chapters |
1 |
Capítulos de livros publicados Published book chapters |
1 |
Artigos científicos em revistas Papers in periodics |
4 |
Com arbitragem científica With scientific refereeing |
4 |
Trabalhos em eventos Papers in conference proceedings |
2 |
Com arbitragem científica With scientific refereeing |
2 |
Textos em jornais ou revistas Texts in journals or magazines |
2 |
Produção técnica Technical production |
8 |
Outros tipos de produção técnica Other technical production |
8 |
Dados complementares (Additional data) |
8 |
Orientações Orientations |
1 |
Participação em Eventos Event participation |
7 |
Visualizações do curriculum [
1868
]
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Página gerada pela Plataforma de Curricula DeGóis promovida pela FCT e pelo Gávea/DSI/UM
em
13-02-2020
às
05:15:19
|
Plataforma de Curricula DeGóis: http://www.degois.pt | Icons by Axialis Team |
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