Em 1994, o Decreto-Lei n.º 64/94, de 28 de Fevereiro, fixou os princípios gerais para a coordenação da utilização das tecnologias da informação na Administração Pública. Para efeito criou a Comissão Intersectorial com competências para analisar todos os problemas que de um modo geral afectem ou possam vir a afectar a utilização de tecnologias de informação na Administração Pública e formular recomendações de carácter geral que contribuam para a definição de políticas sectoriais globalmente coerentes.
A Comissão Intersectorial era composta por um representante do Instituto de Informática, que presidia e um representante de cada uma das entidades de coordenação sectorial – exercida aos níveis ministerial e de cada região autónoma.
A Comissão Intersectorial teve a sua primeira reunião a 11 de Outubro de 1994, nas instalações do Instituto de Informática.

Em 1999, o Decreto-Lei n.º 196/99, de 8 de Junho, elege como entidades de coordenação da utilização  de tecnologias  de informação  na Administração Pública:

1. Comissão Intersectorial de Tecnologias de Informação para a Administração Pública, abreviadamente designada por Comissão Intersectorial;
2. Entidades  de coordenação sectorial de tecnologias de informação para a Administração Pública, abreviadamente designadas por entidades de coordenação sectorial;
3. Instituto  de  Informática do Ministério das Finanças, abreviadamente designado por Instituto de Informática.                                      

 Dertermina ainda que a Comissão Intersectorial de Tecnologias de Informação para a Administração Pública é o órgão de coordenação horizontal da utilização de tecnologias de informação na Administração Pública e que esta é presidida pelo presidente do Instituto de Informática (II) e que são membros da CI os representantes de cada uma das entidades de coordenação sectorial.

Entre 1994 e 2004 a Comissão Intersectorial reuniu 24 vezes, onde foram abordados assuntos transversais ligados à utilização das TI na AP, de que se destacam:

Inquéritos à utilização das Tecnologias de Informação e Comunicação na Administração Pública

• Desenvolvimento do site da CITIAP com o apoio da ECS da PCM.
• Guias Técnicos
• Encontro de Responsáveis de Sistemas de Informação e Informática da AP - ERSI
• Adaptação dos SI ao Euro e ao Ano 2000
• Correio Electrónico
• Guia de Aquisições
• Admissibilidade legal e valor probatório de documentos electrónicos
• Eventos como o “Prémio Descartes” e posteriormente designado “Prémio Fernandes Costa”
• Acordo de licenciamento em volume com a Microsoft “Select”
• RAFE – Reforma da Administração Financeira do Estado
• Gestão Documental na AP
• Dever de Informação para fins estatísticos
• Modelo de Avaliação em Processos de Procurement de Aplicações
• Software Livre na AP
• POCP e os Serviços Partilhados