Carlos José Vieira Simões. Concluiu licenciatura em Ciências Farmacêuticas e doutoramento em Química Biológica pela Universidade de Coimbra. É co-fundador e Chief Technology Officer da empresa BSIM2, com sede em Biocant Park - Parque Tecnológico de Cantanhede, mantendo funções como colaborador externo do Centro de Neurociências e Biologia Celular. Publicou 4 artigos em revistas especializadas e 2 trabalhos em actas de eventos. Possui 8 itens de produção técnica. Participou em 4 eventos no estrangeiro e 3 em Portugal. Co-orientou 1 dissertação de mestrado na área de Biotecnologia Médica. Recebeu 2 prémios e/ou homenagens. Entre 2002 e 2004 participou em 3 projectos de investigação. Actualmente participa em 4 projectos de investigação. Actua nas áreas de Ciências Médicas com ênfase em Ciências da Saúde, Ciências Médicas com ênfase em Biotecnologia Médica e Ciências Médicas. Nas suas actividades profissionais interagiu com 36 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos.
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Nome completo Full name	Carlos José Vieira Simões
Nome em citações bibliográficas Quoting name	Simões, Carlos J. V.
Domínio científico de atuação Scientific domain	Ciências Médicas-Ciências da Saúde. Ciências Médicas-Biotecnologia Médica. Ciências Médicas-Outras Ciências Médicas.

Endereço profissional Professional address

Centro de Neurociências e Biologia Celular Universidade de Coimbra BSIM - Biomolecular Simulations, Biocant Park, Núcleo 04, Lote 2 Cantanhede 3060--197 Cantanhede Portugal Correio electrónico: carlos.simoes@bsimsquare.com Homepage: www.bsimsquare.com

Sexo Gender

Masculino»Male

2006-2012	Doutoramento Phd
Química Biológica (5 anos » years) . Universidade de Coimbra, Portugal.

1999-2005	Licenciatura Licentiate degree
Ciências Farmacêuticas (6 anos » years) . Universidade de Coimbra, Portugal.

2007-2007	Curso de curta duração Short course
International Computational Drug Discovery Course. Centre for Molecular and Biomolecular Informatics - Radboud University, Países Baixos.

2007-2007	Curso de curta duração Short course
WHAT IF User Course. Centre for Molecular and Biomolecular Informatics - Radboud University, Países Baixos.

2006-2007	Especialização/ Pós-Graduação Specialization/ Postgraduation
PhD Program in Computational Biology. Instituto Gulbenkian de Ciência (Oeiras), Portugal.

BSIM - Biomolecular Simulations

Jan/2012-Actual

Investigador-coordenador

Universidade de Coimbra

Jan/2011-Jan/2012

Outra Situação

Centro de Neurociências e Biologia Celular

Out/2005-Dez/2011

Assistente de Investigação

Institute of Molecular and Cellular Biology, University of Leeds

Out/2007-Dez/2010

Assistente de Investigação

Centro de Estudos Farmacêuticos da Universidade de Coimbra

Fev/2004-Jul/2005

Assistente de Investigação

Consiglio Nazionale delle Ricerche

Out/2004-Mai/2005

Assistente de Investigação

Participação como Investigador Participation as Researcher

2009- Rumo a novos inibidores de amilóide-beta e toxicidade associados à doença de Alzheimer: das estatinas, como potenciais compostos-líder, ao desenho de fármacos eficazes-Towards novel inhibitors of Alzheimer’s disease-associated beta-amyloid and toxicity: from statins as potential leads to the design of effective drugs

Referência do projeto»Project reference: III/BIO/40/2008. Financiador(es)»Funding: Instituto de Investigação Interdisciplinar da Universidade de Coimbra.

2006- Protein conformation, plasticity and amyloid formation: molecular simulations in parallel computer environment

Referência do projeto»Project reference: PTDC/BIA-PRO/72838/2006. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2006- P-found: computação GRID e armazenamento distribuído de dados de simulações de dobragem e desdobragem de proteínas-P-found: A Protein Folding and Unfolding Simulation Data Repository

Referência do projeto»Project reference: GRID/GRI/81809/2006. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2004- Protein Folding, Misfolding and Aggregation: A Computational Biophysics Approach

Referência do projeto»Project reference: NA. Financiador(es)»Funding: Consiglio Nazionale delle Ricerche.

2003-2004 Bioactive Steroids: Synthesis, Biological and Toxicological Evaluation

Referência do projeto»Project reference: NA.

Outro Tipo de Participação Other kind of participation

2010- IBERCIVIS: Uma Plataforma de Computação Voluntária para a Ciência-IBERCIVIS: A Volunteer Computing Platform for Science

Referência do projeto»Project reference: NA. Parceiro(s)»Partners: UMIC - Agência para a Sociedade do Conhecimento; Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas; Ciência Viva - Agência Nacional para a Cultura Científica e Tecnológica. Financiador(es)»Funding: UMIC - Agência para a Sociedade do Conhecimento; Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2002- Green Processes in Pharmaceutical Chemistry: Oxidative and Chemoenzymatic Transformations

Referência do projeto»Project reference: NA.

Compreende Understandig	Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Razoavelmente), Espanhol (Razoavelmente), Francês (Razoavelmente).
Fala Speaking	Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Razoavelmente), Espanhol (Pouco), Francês (Pouco).
Lê Reading	Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Bem), Espanhol (Bem), Francês (Razoavelmente).
Escreve Writing	Português (Bem), Inglês (Bem), Italiano (Pouco), Espanhol (Pouco), Francês (Razoavelmente).

2007	Prémio Start - Prémio Nacional de Empreendedorismo, Universidade Nova de Lisboa (UNL), Banco BPI e Microsoft.
2010	Prémio Connecting Science to People, Portuguese Biochemistry Society and Take The Wind.

Abr/2010 - Actual	American Chemical Society, Membro.
Jan/2007 - Actual	Ordem dos Farmacêuticos, Membro.
Ago/2006 - Actual	Sociedade Portuguese de Biofísica, Membro.

Capítulos de livros publicados Published book chapters

1.	Pereira, Max; Costa, Vítor S; Camacho, Rui; Fonseca, Nuno A; Simões, Carlos; Brito, Rui M. M. 2009. Comparative Study of Classification Algorithms Using Molecular Descriptors in Toxicological DataBases.  In Advances in Bioinformatics and Computational Biology, ed. Katia S. Guimarães, Anna Panchenko, Teresa M. Przytycka, 121 - 132. ISBN: 978-3-642-03222-6. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.

Artigos em revistas com arbitragem científica Papers in periodics with scientific refereeing

1.	Camacho, Rui; Pereira, Max; Costa, Vitor S; Fonseca, Nuno A; Adriano, Carlos; Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. 2011. "A relational learning approach to structure-activity relationships in drug design toxicity studies", Journal of Integrative Bioinformatics, 1: 1 - 17.

2.	Rodrigues, J. R; Simões, Carlos J. V; Silva, Cândida G; Brito, Rui M. M. 2010. "Potentially amyloidogenic conformational intermediates populate the unfolding landscape of transthyretin: insights from molecular dynamics simulations", Protein Science 19, 2: 202 - 219.

3.	Simões, Carlos J. V; Mukherjee, Trishna; Brito, Rui M. M; Jackson, Richard M. 2010. "Toward the discovery of functional transthyretin amyloid inhibitors: application of virtual screening methods", Journal of Chemical Information and Modeling 10, 50: 1806 - 1820.

4.	Monticelli, Luca; Simões, Carlos; Belvisi, Laura; Colombo, Giorgio. 2006. "Assessing the influence of electrostatic schemes on molecular dynamics simulations of secondary structure forming peptides", Journal of Physics: Condensed Matter 18, 14: 329 - 345.

Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica Papers in conference proceedings with scientific refereeing

1.	Simões, Carlos J. V; Rivero, Alejandro; Tarancón, Alfonso; Sanz, Fermín S; Romero, Javier L; Abreu, Pedro; Manuel, Carlos; Durão, Rui; Rosa, João; Pagaime, João; Veiga, Pedro; Jackson, Richard M; Noronha, Ana; Vargas, Rosalia; Magalhães, Luís T; Barreira, Gaspar; Brito, Rui M. M. 2010. "Running faster and further together: the AMILOIDE project, the onset of the Portuguese participation on the Ibercivis volunteer computing network", Trabalho apresentado em Ibergrid 2010, In IBERGRID'2010, Braga.

2.	Silva, Cândida G; Palma, Rui; Simões, José R; Loureiro-Ferreira, Nuno; Simões, Carlos J. V; Swain, Martin; Dubitzky, Werner; Brito, Rui M. M. 2009. "P-found GRID: A Grid-enabled repository prototype for protein simulation data", Trabalho apresentado em Ibergrid 2009, In IBERGRID'2009, Valencia.

Textos em jornais ou revistas Texts in newspapers or magazines

1.	Simões, Carlos J. V; Jesus, Catarina J. H; Jackson, Richard M; Brito, Rui M. M. 28 nov. 2010. "Solubility meets Specificity: Evaluation of virtual screening methods towards the discovery of functional transthyretin amyloid inhibitors." Revista Portuguesa de Farmácia, 25 - 25.

2.	Simões, Carlos J. V; Rivero, Alejandro; Brito, Rui M. M. 20 out. 2010. "Searching for Anti-Amyloid Drugs with the Help of Citizens: the “AMILOIDE” Project on the IBERCIVIS Platform" ERCIM News, 25 - 26.

Apresentação oral de trabalho Oral work presentation

1.	Simões, Carlos J. V; Jesus, Catarina J. H; Jackson, Richard M; Brito, Rui M. M. Solubility meets Specificity: Evaluation of virtual screening methods towards the discovery of functional transthyretin amyloid inhibitors.,2nd National Meeting on Medicinal Chemistry,Coimbra,2010 (Congresso).

2.	Simões, Carlos J. V. Running faster and further together: The AMILOIDE project, the onset of the Portuguese participation on the Ibercivis volunteer computing network,IBERGRID'2010,Braga,2010 (Conferência ou palestra).

3.	Simões, Carlos J. V; Jesus, Catarina J. H; Jackson, Richard M; Brito, Rui M. M. Towards the discovery of novel and safer transthyretin amyloid inhibitors: application of “in silico” screening methods.,XVII National Congress of Biochemistry,Porto,2010 (Congresso).

4.	Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. Experimentally-driven in silico screening of new lead compounds wtih enhanced transthyretin tetramer stabilizing effects,XV National Congress of Biochemistry,Aveiro,2006 (Congresso).

Desenvolvimento de material didáctico ou pedagógico Didactic and pedagogic material development

1.	Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. À procura dos mecanismos moleculares das doenças amilóides,2011.

2.	Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. SOLUVEL, "teaser" clip,2011.

3.	Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. AMILOIDE, "trailer" em estilo "A Origem",2010.

4.	Simões, Carlos J. V; Brito, Rui M. M. AMILOIDE, O Filme,2010.

Orientações Orientations

Participação em eventos Event participation

Orientações Orientations

Dissertação de Mestrado Master degree dissertation

Concluídas Completed

1.	Trishna Mukherjee, Inhibiting Protein-Protein Interaction through Tetramer Stabilization in Transthyretin, 2008. Dissertação (Bioinformatics and Computational Biology) - Faculty of Biological Sciences, University of Leeds (Co-orientador).

Participação em eventos Event participation

Participação como Relator Participation as Commentator

1.	Experimentally-driven in silico screening for high-affinity transthyretin amyloid inhibitors, 2007 (Workshop). Nome do evento: International Workshop New Approaches in Drug Design & Discovery 2007; Nome da Instituição: University of Marburg; Cidade do evento: Marburg.

2.	Experimentally-driven in silico screening of new lead compounds wtih enhanced transthyretin tetramer stabilizing effects, 2006 (Congresso). Nome do evento: XV National Congress of Biochemistry; Nome da Instituição: Universidade de Aveiro; Cidade do evento: Aveiro.

Outro tipo de participação Other kind of participation

1.	Evaluation of virtual screening methods towards the discovery of new functional transthyretin amyloid inhibitors, 2010 (Encontro). Nome do evento: 240th ACS National Meeting & Exposition Fall 2010; Nome da Instituição: American Chemical Society; Cidade do evento: Boston / Estados Unidos da América.

2.

Running faster and further together: the AMILOIDE project, the onset of the Portuguese participation on the Ibercivis volunteer computing network, 2010 (Conferência). Nome do evento: IBERGRID'2010 - Bridging the gap between European e-Science and Iberian America; Nome da Instituição: Universidade do Minho; Cidade do evento: Braga / Departamento de Informática da Universidade do Minho.

3.	New challenges from old problems: Transthyretin amyloid as a model target for the modulation of protein-protein interactions, 2009 (Workshop). Nome do evento: Leeds Annual Statistical Research; Nome da Instituição: University of Leeds; Cidade do evento: Leeds.

4.	Transthyretin amyloid as a model target for the modulation of protein-protein interactions, 2009 (Simpósio). Nome do evento: VIII European Symposium of the Protein Society; Nome da Instituição: Protein Society; Cidade do evento: Zurich.

5.	Probing the conformational pathways leading to transthyretin amyloidosis: insights from multiple molecular dynamics unfolding simulations, 2006 (Congresso). Nome do evento: VI Ibero-American Congress of Biophysics; Cidade do evento: Madrid.

Produção científica Scientific production

Produção técnica Technical production

Dados complementares data

Total

Produção científica Scientific production

9

Livros e capítulos Books and book chapters

1

Capítulos de livros publicados Published book chapters

1

Artigos científicos em revistas Papers in periodics

4

Com arbitragem científica With scientific refereeing

4

Trabalhos em eventos Papers in conference proceedings

2

Com arbitragem científica With scientific refereeing

2

Textos em jornais ou revistas Texts in journals or magazines

2

Revistas Magazines

2

Total

Produção técnica Technical production

8

Outros tipos de produção técnica Other technical production

8

Total

Dados complementares (Additional data)

8

Orientações Orientations

1

Participação em Eventos Event participation

7

Cândida Susana Gonçalves da Silva