Ricardo Jorge Flores Branco. Concluiu Química Computacional pela Universidade do Porto em 2008. É da Universidade Nova de Lisboa. Publicou 9 artigos em revistas especializadas, possui 1 livro publicado. Possui 7 itens de produção técnica. Participou em 12 eventos no estrangeiro e 1 em Portugal. Orientou 2 trabalhos de conclusão de curso de bach./licenciatura na área de Química. Entre 2002 e 2010 participou em 6 projectos de investigação. Actualmente participa em 2 projectos de investigação. Actua na área de Ciências Exactas com ênfase em Química. Nas suas actividades profissionais interagiu com 40 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. No seu curriculum DeGóis os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Molecular dynamics simulation, Cu, Zn SOD, CYP102A1 monooxygenase, Enanteoselectivity, DFT studies, Redox potential, Active-site distortion, Force field parameters, Antibodies e Biocatalysis.
Endereço de acesso a este CV: http://www.degois.pt/visualizador/curriculum.jsp?key=7986735786411411

Nome completo Full name	Ricardo Jorge Flores Branco
Nome em citações bibliográficas Quoting name	Branco, RJF
Domínio científico de atuação Scientific domain	Ciências Exactas-Química.

Endereço profissional Professional address

Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas - UCIBIO/REQUIMTE Campus de Caparica, Quinta da Torre Caparica 2829-516 Setúbal Portugal Telefone: (+351)212949624Extensão: 10984 Fax: (+351)212948550 Correio electrónico: ricardo.branco@fct.unl.pt Homepage: http://sites.fct.unl.pt/biomolecular_eng/home

Sexo Gender

Masculino»Male

2003-2008	Doutoramento Phd
Química Computacional. Universidade do Porto, Portugal.

1995-2001	Licenciatura Licentiate degree
Química Aplicada (5 anos » years) . Universidade Nova de Lisboa, Portugal.

Universidade Nova de Lisboa

Abr/2010-Actual

Outra Situação

Universitat Stuttgart

Out/2007-Nov/2009

Investigador Auxiliar

Universitat Stuttgart

Abr/2006-Mar/2007

Cientista convidado

Universidade do Porto

Set/2003-Abr/2006

Outra Situação

Universidade Nova de Lisboa

Jul/2002-Jun/2003

Estagiário Investigador

Participação como Investigador Participation as Researcher

2010- Computer-aided rational design of a minimal peptidomimetic and affinity ligand library for specific biomolecular recognition

Referência do projeto»Project reference: SFRH/BPD/69163/2010.

2013-2015 Desenvolvimento de sondas multimodais para imagiologia molecular intravascular da inflamação-Development of multimodal imaging probes for intravascular molecular imaging of inflammation

Referência do projeto»Project reference: PTDC/QEQ-MED/2656/2012. Parceiro(s)»Partners: Aachen University. Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2010-2010 Engineered biomimetics for large-scale enrichment of phosphoproteins

Referência do projeto»Project reference: PTDC/EBB-BIO/102163/2008.

2007-2009 Dynamische Simulation von Systemen mit großen Teilchenzahlen

Referência do projeto»Project reference: DFG-SFB 716.

2006-2007 Selective Catalytic Oxidation of C–H Bonds with Molecular Oxygen

Referência do projeto»Project reference: DFG-SFB 706.

2002-2003 Enantioselective synthesis of optically active pyrrolidine derivatives percursors of chiral gamma-aminoacids

Referência do projeto»Project reference: POCTI/QUI/37423/01.

Participação como Doutorando Participation as Phd student

2006-2007 Computational and Modelling Studies on Metalloproteins: Cu, Zn Superoxide Dismutase and Engineered Cytochrome P450 Monooxygenases

Referência do projeto»Project reference: SFRH/ BD/ 10598/ 2002.

2003-2006 Computational and Modelling Studies on Metalloproteins: Cu, Zn Superoxide Dismutase and Engineered Cytochrome P450 Monooxygenases

Referência do projeto»Project reference: SFRH/ BD/ 10598/ 2002.

Compreende Understandig	Inglês (Bem), Espanhol (Bem), Alemão (Pouco), Português (Bem).
Fala Speaking	Inglês (Bem), Espanhol (Razoavelmente), Alemão (Pouco), Português (Bem).
Lê Reading	Inglês (Bem), Espanhol (Bem), Alemão (Pouco), Português (Bem).
Escreve Writing	Inglês (Bem), Espanhol (Pouco), Português (Bem).

Jan/2008 - Actual	Portuguese Chemical Society, Membro.
Mar/2006 - Actual	Molecular Graphics and Modelling Society, Membro.
Mai/2004 - Actual	The Protein Society, Membro.
Set/1996 - Set/1998	Associação Juvenil de Ciência, Outros (especifique). 2nd Human Genetic Meeting, ITQB, Oeiras, Portugal.

Livros publicados/organizados ou edições Published/organized books or Editions

1.	Branco, RJF. ed. 2012. Cadernos Mateus Doc: Risk ed. 02, 02 vols., ISBN: 978-989-97281-1-0. Vila Real: Instituto Internacional Casa de Mateus.

Capítulos de livros publicados Published book chapters

1.	Branco, Ricardo J; Richard, Mathieu; Amado, Nuno; Garcia-Oliveira, Ana L; Barroso, Luís; Fonseca, Daniela; Ribeiro, Gonsalo A; Silva, Esser; Martins, Ana; Pimenta, Susana; Canuto, Simone; Albuquerque, Teresa. 2011. Adaptation: disruption or continuity?.  In Caderno Mateus DOC: Adaptation, ed. Instituto Internacional Casa de Mateus, 97 - 103. ISBN: 978-989-97281-0-3. Vila Real: Instituto Internacional Casa de Mateus.

Artigos em revistas com arbitragem científica Papers in periodics with scientific refereeing

1.	Barroso, Telma; Branco, Ricardo J; Aguiar-Ricardo, Ana; Roque, Ana C. A. 2014. "Structural evaluation of an alternative Protein A biomimetic ligand for antibody purification", Journal of Computer-Aided Molecular Design 28, 1: 25 - 34.

2.	Pina, Ana S; Guilherme, Márcia; Pereira, Alice S; Fernandes, Cláudia S. F. M; Branco, Ricardo J. F; El Khoury, G; Lowe, Christopher R; Roque, A. C. A. 2014. "A Tailor-Made “Tag–Receptor” Affinity Pair for the Purification of Fusion Proteins", ChemBioChem 15, 10: 1423 - 1435.

3.	Fernandes, Cláudia S; Pina, Ana S; Dias, Ana M; Branco, Ricardo J. F; Roque, Ana C. A. 2014. "A theoretical and experimental approach towards the development of affinity adsorbents for GFP and GFP-fusion proteins purification", Journal of Biotechnology, 186: 13 - 20.

4.	Branco, Ricardo J; Dias, Ana M; Roque, Ana C. 2012. "Understanding the molecular recognition between antibody fragments and protein A biomimetic ligand", Journal of Chromatography A 1244, 1244: 106 - 115.

5.	Branco, RJF; Graber, Marianne; Denis, Vinciane; Pleiss, Jürgen. 2009. "Molecular Mechanism of the Hydration of Candida antarctica Lipase B in the Gas Phase: Water Adsorption Isotherms and Molecular Dynamics Simulations", ChemBioChem 10, 18: 2913 - 2919. Abstract: Hydration is a major determinant of activity and selectivity of enzymes in organic solvents or in gas phase. The molecular mechanism of the hydration of Candida antarctica lipase B (CALB) and its dependence on the thermodynamic activity of water (a(w)) was studied by molecular dynamics simulations and compared to experimentally determined water sorption isotherms. Hydration occurred in two phases. At low water activity, single water molecules bound to specific water binding sites at the protein surface. As the water activity increased, water networks gradually developed. The number of protein-bound water molecules increased linearly with a(w) until at a(w) = 0.5 a spanning water network was formed consisting of 311 water molecules, which covered the hydrophilic surface of CALB, with the exception of the hydrophobic substrate-binding site. At higher water activity, the thickness of the hydration shell increased up to 10 angstrom close to a(w)=1. Above a limit of 1600 protein-bound water molecules the hydration shell becomes unstable and the formation of pure water droplets occurs in these oversaturated simulation conditions. While the structure and the overall flexibility of CALB was independent of the hydration state, the flexibility of individual loops was sensitive to hydration: some loops, such as those part of the substrate-binding site, became more flexible, while other parts of the protein became more rigid upon hydration. However, the molecular mechanism of how flexibility is related to activity and selectivity is still elusive.

6.	Branco, RJF; Seifert, Alexander; Budde, Michael; Urlacher, Vlada B; Ramos, Maria J; Pleiss, Jürgen. 2008. "Anchoring effects in a wide binding pocket: The molecular basis of regioselectivity in engineered cytochrome P450 monooxygenase from B. megaterium", Proteins-Structure Function and Bioinformatics 73, 3: 597 - 607. Abstract: The molecular basis of regioselectivity of cytochrome P450 monooxygenases from Bacillus megaterium (CYP102A1) with its flexible and widely opened active site is still not well understood. In the present work (2)-a-pinene bound complexes with two triple mutants were modeled to elucidate the contribution of the three major factors that mediate selectivity: active site shape, protein flexibility, and chemical reactivity of the substrate. For the triple mutant A74G F87V L188Q (GVQ), one stable, productive conformation of the substrate (conformation I) was identified by multiple molecular dynamics simulations. The model predicts pinene epoxide as a major product (42% pinene oxide, 23% verbenol) which is in agreement with the experimental product profile (70% pinene oxide, 20% verbenol). In contrast, for the triple mutant A74G F87G L188Q (GGQ) two stable productive substrate conformations were identified (conformations IIa and IIb), and verbenol was predicted as major product (81% verbenol, 16% myrtenol), which is in agreement with experimental results (77% verbenol, 10% myrtenol). The effect of chemical reactivity of the substrate was demonstrated by comparison of (-)-a-pinene to its regioisomer (-)-b-pinene, where the product profile is shifted from 68% pinocarveol and 32% myrtanal in mutant GVQ, to 40% pinocarveol and 60% myrtanal in mutant GGQ. Our results strongly suggest a major role of residue 87 in anchoring (2)-a-pinene during substrate binding which provides a simple and elegant rationalization of the dynamic structure of this enzyme-substrate complex.

7.	Branco, RJF; Fernandes, Pedro A; Ramos, Maria J. 2006. "Cu, Zn Superoxide dismutase: distorted active site binds substrate without significant energetic cost", Theoretical Chemistry Accounts 115, 1: 27 - 31.

8.	Branco, RJF; Fernandes, Pedro A; Ramos, Maria J. 2006. "Molecular dynamics simulations of the enzyme Cu, Zn superoxide dismutase", Journal of Physical Chemistry B 110, 33: 16754 - 16762.

9.	Branco, RJF; Fernandes, Pedro A; Ramos, Maria J. 2005. "Density-functional calculations of the Cu, Zn superoxide dismutase redox potential: The influence of active site distortion", Journal of Molecular Structure: THEOCHEM, 729: 141 - 146.

Trabalhos completos/resumidos em eventos sem arbitragem científica Papers in conference proceedings without scientific refereeing

1.	Branco, RJF. 2010. "Adaptation: disruption or continuity?", Trabalho apresentado em Mateus.DOC, In Instituto Internacional Casa de Mateus, Vila Real.

Textos em jornais ou revistas Texts in newspapers or magazines

1.	Branco, RJF; Lind, P.G.. 01 jun. 2011. "O voto em branco: Uma ovelha negra, cada vez mais branca nas eleições em Portugal" Semanário SOL, 20 - 21.

2.	Branco, RJF; Lind, P.G.. 30 ago. 2008. "Continuar a ser pai, sempre!" Semanário SOL, 20 - 20.

3.	Branco, RJF; Lind, P.G.. 05 jul. 2008. "Os desafios da paternidade" Semanário Expresso, 46 - 46.

Apresentação oral de trabalho Oral work presentation

1.	Branco, RJF. Scientia@pt: a smart project for Portugal,Universitues & Smart Specialization Strategies,Vila Real,2012 (Seminário).

2.

Branco, RJF; Dias, Ana M; Roque, Ana C. A. Learning from Nature to Improve Biomimetic Affinity Ligands for Antibody Purification,19th Biennial Meeting Affinity 2011: Molecular binding and recognition through life sciences, bioengineering and nanobiotechnology,Tavira, Portugal,2011 (Conferência ou palestra).

3.	Branco, RJF. Multiple MD simulation modelling of regioselectivity in the alpha-pinene hydroxylation by cytochrome P450BM3 (CYP102A1) mutants,Biomolecular Simulation 2007: faster, bigger, better,Nottingham,2007 (Comunicação).

Curso de curta duração lecionado Taught short course

1.	Branco, RJF. Enzyme Technology, 2012 (Extensão), promovido por Universidade Nova de Lisboa. Duração: 1 semanas. Local: Campus de Caparica, Cidade: Caparica, Tipo de participação: Docente.

2.

Branco, RJF; Pleiss, Jürgen; Juhl, Benjamin. Computational Design of Enzymes, 2009 (Especialização), promovido por Institute of Technical Biochemistry, University of Stuttgart. Germany. Duração: 2 dias. Local: Instituto Superior Técnico, Universidade Técnica de Lisboa, Cidade: Lisboa, Tipo de participação: Docente.

Organização de evento Event organization

1.	Branco, RJF. Dias da Química,1999 (Outro / Organização).

2.	Branco, RJF. 2nd Human Genetic Meeting,1997 (Congresso / Organização).

Orientações Orientations

Participação em Comissões de Avaliação Evaluation comissions participation

Participação em eventos Event participation

Participação editorial em revistas Magazine editorial participation

Orientações Orientations

Trabalho de conclusão de curso de Bacharelato/Licenciatura Bachelor/Licenciate degree conclusion work

Concluídas Completed

1.	Sven Benson, Structural and dynamical characterization of methanolwater mixtures by molecular dynamics simulations, 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Technical Biology) - Universitat Stuttgart (Orientador).

2.	Eva-Maria Geissen, In-silico analysis of TEM-1 beta-lactamase inhibition mechanism , 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Technical Biology) - Universitat Stuttgart (Orientador).

Orientação de outra natureza Other orientation

Em curso Ongoing

1.	Telma Barroso, De novo design of new-affinity ligands for antibodie purification, 2012. Universidade Nova de Lisboa, Bolseiro(a) de Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Co-orientador).

2.	Ana M. G. C. Dias, Structure-based drug design and modeling of new immunoglobulin specific affinity ligand, 2011. Universidade Nova de Lisboa, Bolseiro(a) de Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Co-orientador).

Participação em Comissões de Avaliação Evaluation comissions participation

1.	Secretário da 1ª Subcomissão de Avaliação Externa às Licenciatura de Biologia das Universidades de Coimbra, Évora e Lisboa, 2001.

Participação em eventos Event participation

Participação como Keynote Speaker Participation as Keynote Speaker

1.	Protein Interactions in Solutions Characterized by Molecular Dynamics Simulation, 2008 (Workshop). Nome do evento: SFB 716 Summer School; Nome da Instituição: University of Stuttgart.

2.	Activation Mechanism of the CYP2C9 Resting State studied by Hybrid QM/MM Methods, 2008 (Workshop). Nome do evento: 3rd SFB 706-Doktoranden-Workshop; Nome da Instituição: University of Stuttgart.

3.

Multiple MD simulation modelling of regioselectivity in the alpha-pinene hydroxylation by cytochrome P450BM3 (CYP102A1) mutants, 2007 (Conferência). Nome do evento: Biomolecular Simulation 2007: faster, bigger, better; Nome da Instituição: CCPB; Cidade do evento: Nottingham / Centre for Biomolecular Sciences, University Park, University of Nottingham.

4.	Catalytic Advantages of the Conserved Structure in the Cu, Zn Superoxide Dismutase Active Site: A Theoretical Approach, 2006 (Congresso). Nome do evento: EUROBIC8 – Young Researchers Forum; Cidade do evento: Aveiro.

Outro tipo de participação Other kind of participation

1.	Activation mechanism of the CYP2C9 resting state studied by hybrid QM/MM methods, 2009 (Simpósio). Nome do evento: VIII European Symposium of the Protein Society; Nome da Instituição: The Protein Society; Cidade do evento: Zurich.

2.	Activation mechanism of the CYP2C9 resting state studied by hybrid QM/MM methods, 2008 (Simpósio). Nome do evento: 9th International Symposium on Cytochrome P450 Biodiversity and Biotechnology; Cidade do evento: Nice.

3.	Rationalization of regioselectivity in engineered cytochrome P450-BM3 mutants, 2007 (Congresso). Nome do evento: VII European Symposium of the Protein Society; Nome da Instituição: The Protein Society; Cidade do evento: Stockholm / University of Stockholm.

4.	Rationalization of regioselectivity in engineered cytochrome P450-BM3 mutants, 2007 (Congresso). Nome do evento: First International Symposium on Oxidation Catalysis; Nome da Instituição: University of Stuttgart - SFB 706; Cidade do evento: Hohenheim / University of Hohenheim.

5.	Exploring substrate selectivity on formation of compound I in cytochrome P450 2C9, 2006 (Conferência). Nome do evento: German Conference on Bioinformatics; Nome da Instituição: MPI for Developmental Biology; Cidade do evento: Tübingen / Center for Bioinformatics University of Tübingen.

6.	Phylogenetic Analysis of the Cu, Zn Superoxide Dismutase Enzyme in Mammals, 2006 (Congresso). Nome do evento: Quantum Pharmacology – 30 years on; Nome da Instituição: Univeristy of Oxford; Cidade do evento: Oxford / St. Catherine's. College.

7.	Residence Time and Occupancy in the Cu, Zn-SOD Active Site, 2006 (Workshop). Nome do evento: 20th Darmestadt Molecular modelling Workshop; Nome da Instituição: MGMS; Cidade do evento: Erlangen / University of Erlangen.

8.	Unvein the role of the substrate in the formation of compound I on the P450 2C9 warfarin complex: QM/MM approach, 2006 (Workshop). Nome do evento: SFB-706 Doktoranden Workshop; Nome da Instituição: University of Stuttgart; Cidade do evento: Blaubeuren / Heinrich-Fabri Institut.

9.	A New Parameter Set for a Hybrid QM/MM Study of the Cu,Zn - Superoxide Dismutase, 2005 (Congresso). Nome do evento: VIth European Symposium of the Protein Society; Nome da Instituição: The Protein Society; Cidade do evento: Barcelona.

Participação editorial em revistas Magazine editorial participation

1.	Branco, RJF. Mateus DOC: Risk, desde 2012/05/23, Função ou tipo de participação: Corpo editorial, Editora: Instituto Intertnacional Casa de Mateus.

Produção científica Scientific production

Produção técnica Technical production

Dados complementares data

Total

Produção científica Scientific production

15

Livros e capítulos Books and book chapters

2

Livros publicados ou organizados Published or organized books

1

Capítulos de livros publicados Published book chapters

1

Artigos científicos em revistas Papers in periodics

9

Com arbitragem científica With scientific refereeing

9

Trabalhos em eventos Papers in conference proceedings

1

Sem arbitragem científica Without scientific refereeing

1

Textos em jornais ou revistas Texts in journals or magazines

3

Jornais de notícias Newspapers

3

Total

Produção técnica Technical production

7

Outros tipos de produção técnica Other technical production

7

Total

Dados complementares (Additional data)

19

Orientações Orientations

4

Participação em Comissões de Avaliação Evaluation comissions participation

1

Participação em Eventos Event participation

13

Participação editorial em revistas Magazine editorial participation

1

	Ana Cecilia Afonso Roque
	Vlada B. Urlacher

Vlada B. Urlacher