| Posição em outros cursos na FCUL |
3º ano, 2º sem, do 1º ciclo em Biologia Funcional e de Sistemas - obrigatória
3º ano, 2º sem, do 1º ciclo em Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento - obrigatória
2º ano, 2º sem, do 1º ciclo em Microbiologia (FCUL/FMUL) - obrigatória
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| Programa Teórico |
Cada semana lectiva será composta por uma aula teórica (2 horas) às 4as-feiras e uma aula teórico-prática (3 horas). Em cada sessão teórico-prática, os alunos terão oportunidade de praticar os conteúdos transmitidos nas aulas teóricas.
Semana |
Tema |
Prof |
26 Fev – 3 Mar |
Apresentação da cadeira de FBI / Fundamentos de Estatística |
FD |
5 Mar - 10 Mar |
Pesquisa em Bases de Dados |
FD |
12 Mar - 17 Mar |
PERL (I) |
FC |
19 Mar - 24 Mar |
Matrizes de substituição para Proteínas/ Alinhamentos de Sequências (I) |
FD |
26 Mar - 31 Mar |
Alinhamentos de Sequências (II) / Fundamentos matemáticos do BLAST |
FD |
2 Abr - 14 Abr |
PERL (II) |
FC |
16 Abr – 28 Abr |
PERL (III) |
FC |
30 Abr - 5 Mai |
PERL (IV) e algumas noções de SQL |
FC |
7 Mai - 12 Mai |
Matrizes de Substituição para ADN |
PS |
14 Mai - 19 Mai |
Filogenética (I) |
PS |
21 Mai - 26 Mai |
Filogenética (II) |
PS |
28 Mai - 2 Jun |
Filogenética (III) |
PS |
4 Jun - 9 Jun |
Alinhamentos de Sequências (III) |
FD |
FD = Francisco Dionísio (DBV); FC = Francisco Couto (DInf.); PS = Pedro Silva (DBV)
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| Literatura aconselhada |
• Acetatos ou ficheiros PowerPoint das aulas.
Comentário: no fim de cada módulo, os alunos terão acesso aos acetatos ou ficheiros de power-point dos professores.
• Higgs, Paul G. and Attwood, Teresa K. (2005) “Bioinformatics and molecular evolution”. Blackwell, Malden, MA, USA
Comentário: trata-se de um livro muito pedagógico pois consegue transmitir os fundamentos de um modo intuitivo e recorrendo à Evolução, sem nunca descurar a precisão matemática. Os items mais complexos são explicados em detalhe em pequenas “caixas” dentro dos capítulos. FD seguirá os capítulos 4, 6 e 7.
• Tisdall, James D. (2001) Beginning Perl for bioinformatics. O'Reilly & Associates, Inc., Sebastopol, Ca.
Comentário: ensina a programar em Perl, tendo como público alvo precisamente os biólogos (em oposição a informáticos ou cientistas da computação).
• Ramakrishnan, Raghu, (2003) Database Management Systems, McGraw-Hill International Editions, 3 Edition
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| Avaliação |
Realização de um trabalho de programação (20%, com nota mínima de 9.5 valores). Avaliação teórica: um exame (80% com nota mínima de 9.5 valores).
NOTAS:
1) Quem está a fazer melhoria de nota deverá fazer novamente o trabalho de programação (mesmo que já tenha tido positiva no trabalho em anos anteriores).
2) Quem está a tentar fazer a cadeira pela segunda vez (ou terceira, etc), terá que assistir às aulas e fazer o trabalho de progrmação (mesmo que já tenha tido positiva no trabalho em anos anteriores).
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