| Fundamentação e objectivos |
O principal objectivo desta unidade curricular é fornecer aos estudantes um conhecimento teórico sólido acerca dos princípios gerais e métodos utilizados em taxonomia de procariotas e eucariotas, encarada nas suas vertentes de classificação, identificação, diferenciação, diagnóstico e nomenclatura.
São apresentadas as principais metodologias para a análise de caracteres fenotípicos e moleculares, discutida a reprodutibilidade e fiabilidade dos diferentes tipos de dados, as vantagens/desvantagens e critérios de validação dos sistemas de identificação, diferenciação ou diagnóstico obtidos.
São analisadas as diferentes abordagens metodológicas da taxonomia numérica e discutidas as suas aplicabilidades como ferramentas de análise de dados na abordagem polifásica para identificação/diferenciação de estirpes.
São discutidos exemplos actuais de investigação e aplicação, especialmente, na área da bacteriologia, mas igualmente no campo da micologia, relacionados com diversos tipos de amostras tais como amostras clínicas, alimentares e ambientais.
Pretende-se que os alunos adquiram conhecimentos relacionados com o fundamento teórico e prático de metodologias e abordagens de análise de diferentes grupos de microrganismos presentes em diversos tipos de amostras, tanto numa perspectiva de análise da diversidade como do ponto de vista de aplicação prática em diferentes áreas.
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| Programa Teórico |
Introdução: Conceitos básicos de Sistemática, Taxonomia, Classificação, Nomenclatura, Identificação, Diagnóstico, Tipificação e Diferenciação. Relação e distinção entre Identificação, Diagnóstico e Diferenciação em Microbiologia. A dicotomia procariota / eucariota. Sistemas de classificação. A importância da nomenclatura.
Taxonomia Numérica: As diferentes abordagens metodológicas da taxonomia numérica. Selecção de estirpes e principais tipos de caracteres utilizados. Reprodutibilidade e padronização de testes. Métodos de avaliação da proximidade: coeficientes de semelhança e de dissemelhança. Métodos de agrupamento e ordenação.
Identificação Fenotípica: Componentes químicos celulares e análise taxonómica. Tipo de caracteres utilizados em bacteriologia e em micologia. Sistemas de identificação baseados em processos sequenciais e em processos simultâneos. Fluxo experimental e analítico, reprodutibilidade e fiabilidade dos estudos quimiotaxonómicos. Análise de perfis de ácidos gordos. Análise de proteínas
Identificação Molecular: Vantagens dos sistemas de identificação baseadas em dados moleculares. As diferentes abordagens da taxonomia molecular. Teor molar de G+C e dimensão genómica. Homologias DNA-DNA: cinética de reassociação de DNA e ensaios em solução. Ensaios com DNA imobilizado em membranas. Homologias DNA-rRNA.
Diagnóstico: O conceito de identificação / diagnóstico / detecção. Métodos usados no diagnóstico de microrganismos. Os métodos de diagnóstico baseados em PCR: harmonização e padronização. Validação de métodos de diagnóstico molecular. Os métodos de diagnóstico aplicados a amostras clínicas, alimentares e ambientais.
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| Literatura aconselhada |
1. Gevers, D., Dawyndt, P., Vandamme, P., Willems, A., Vancanneyt, M., Swings, J., De Vos, P. 2006. Stepping stones towards a new prokaryotic taxonomy. Phil. Trans. R. Soc. B 361: 1911–1916.
2. Gillis, M., Vandamme, P., De Vos, P., Swings, J. & Kersters, K. 2005. Polyphasic Taxonomy. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg & J.T. Staley (Eds.). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 (pp. 43–48). USA: Springer.
3. Hibbett et al., 2007. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. Mycological Research III:509-547.
4. Hoorfar, J., Wolff, P., Rådström, P. 2004. Diagnostic PCR: validation and sample preparation are two sides of the same coin. APMIS 112: 808–14.
5. Johnson, J.L. 2005. Nucleic Acids in Bacterial Classification. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg & J.T. Staley (Eds.). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 (pp. 972–975). USA: Springer.
6. Krieg, N.R. 2005. Identification of Procaryotes. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg & J.T. Staley (Eds.). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 (pp. 33–38). USA: Springer.
7. Kunitsky, C, Osterhout, G., Sasser, M. 2006. Identification of microorganisms using Fatty Acid Methyl Ester (FAME) analysis and the MIDI Sherlock® microbial identification system. In: Advanced Techniques in Diagnostic Microbiology Encyclopedia of Rapid Microbiological Methods (pp. 1-18). www.pda.org/bookstore. Springer USA.
8. Olive, D.M. & Bean, P. 1999. Principles and Applications of Methods for DNA-Based Typing of Microbial Organisms. Journal of Clinical Microbiology 37(6): 1661–1669.
9. Priest, F. & Austin, B. 1993. Classification. In: F. Priest & B. Austin (Eds.). Modern Bacterial Taxonomy. 2nd ed. (pp. 1-13). London: Chapman & Hall.
10. Sneath, P.H.A. 2005. Bacterial Nomenclature. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg & J.T. Staley (Eds.). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 (pp. 83–88). USA: Springer.
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