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As Redes Nacionais de Equipamentos Científicos constituem infraestruturas de serviços, abertas à comunidade científica com base num Modelo de Gestão que é parte integrante do contrato estabelecido entre a Fundação e as instituições de acolhimento responsáveis pelas candidaturas iniciais. Sem prejuízo dessas instituições serem os recipientes naturais dos equipamentos, será sempre à FCT que caberá verificar as condições de utilização, designadamente a maximização do seu uso e o acesso à comunidade científica. É importante que essas condições e essa verificação se mantenham para além do prazo previsto nos contratos de implementação das Rede.
Com base nas propostas recomendadas para financiamento pelos painéis de avaliação e no conhecimento das necessidades e capacidades das instituições nacionais, foram constituídas seis redes, a saber, Rede Nacional de Ressonância Magnética Nuclear, Rede Nacional de Espectrometria de Massa, Rede Nacional de Microscopia Electrónica, Rede Nacional de Computação Avançada, Rede Nacional de Imagiologia Funcional Cerebral, e Rede Nacional de Geofísica.
Em diálogo com os investigadores responsáveis pelas candidaturas, foi também acordada a localização e características do equipamento a adquirir, decidida a distribuição do financiamento pelas várias instituições que as constituem e elaborados os modelos de gestão que enquadram o seu funcionamento. Globalmente foi-lhes atribuído um financiamento de 19,8 M€.
Na fase final de aquisição e instalação dos equipamentos, em 2006/2007, os Investigadores Responsáveis das Entidades de acolhimento dos equipamentos, em colaboração com as Infraestruturas da FCT, elaboraram os Protocolos de Colaboração e os Modelos de Gestão das Redes, os quais definem a articulação o funcionamento geral das mesmas.
A Proposta de criação de cada uma das Redes previa que fosse estabelecido um Contrato-Programa Plurianual com as instituições de acolhimento dos equipamentos que a integram e instituições aderentes, em função dos equipamentos integrados na Rede e dos serviços que prestados no seu âmbito.
No âmbito do Contrato-Programa Plurianual com as instituições de acolhimento dos equipamentos definiu-se a comparticipação das despesas inerentes ao funcionamento da Rede como um serviço aberto à comunidade científica em geral e foram estabelecidas as obrigações institucionais correspondentes.
Deste modo, foram celebrados quatro Contratos-Programa de Financiamento Plurianual com as seguintes Redes Nacionais: