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A Comissão Oceanográfica Intersectorial foi criada em 1998, para estabelecer um quadro institucional abrangente, de natureza intersectorial e interdisciplinar, mediante a representação adequada de todas as partes com envolvimento nas diferentes áreas específicas relacionadas com a investigação científica e técnica do Oceano e das suas aplicações.
Tendo em conta as funções de coordenação das atividades de investigação científica e desenvolvimento tecnológico do Ministro da Ciência e da Tecnologia da altura, esta Comissão foi criada no âmbito do Ministério, com o secretariado na FCT. É presidida por Mário Ruivo e tem 4 grupos de trabalho:
Esta Comissão tem assegurado ainda a representação da FCT no European Marine Board e elaborado pareceres solicitados pelo Ministério dos Negócios Estrangeiros no que respeita à entrada e realização de atividades científicas de navios de investigação estrangeiros em águas sob soberania e/ou jurisdição nacional.
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