A escolha dos candidatos foi da responsabilidade de cada instituição, nas condições do aviso. Os interessados contactaram directamente as instituições.
Outras instituições puderam abrir concursos de pré-selecção de candidatos sujeitos a avaliação posterior pela FCT. A responsabilidade final da aprovação, ou não, dos candidatos e contratos-programa propostos é da FCT. A FCT reserva-se ainda o direito de exclusão liminar de instituições de qualidade científica reduzida.
As seguintes instituições demonstraram interesse neste processo, lacraram as suas candidaturas até 17/06/2008, e a FCT atribuiu vagas adicionais:
Os investigadores que não encontrem, nas instituições científicas atrás referenciadas, enquadramento adequado às suas actividades podem solicitar aconselhamento e apoio na sua inserção em Portugal. As candidaturas são enviadas à FCT, acompanhadas do curriculum vitæ do candidato bem como de uma declaração referindo explicitamente que não pôde candidatar-se no âmbito dos concursos institucionais, e fundamentando os motivos pelos quais não encontrou enquadramento.