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A União da Inovação e a nova Política Europeia de Coesão, no quadro da preparação do próximo período de programação financeira 2014-2020, exigem dos Estados-Membros um planeamento estratégico e programático a múltiplos níveis. Neste planeamento inclui-se a formulação de uma Estratégia de Investigação e Inovação para uma Especialização Inteligente, condição prévia para a utilização dos Fundos Estruturais, e função central na programação para a componente do Crescimento Inteligente.
A visão para 2020 da é a que ‘Portugal deve consolidar ou fazer emergir a sua liderança na economia verde, na economia digital, e na economia azul através da utilização e desenvolvimento das vantagens adquiridas em tecnologias de informação e de comunicação e em novos materiais, e da exploração sustentável dos recursos endógenos nomeadamente do mar, florestais e minerais. Enfâse será dado aos grandes desafios societais como as alterações climáticas, para mitigação dos riscos, a biodiversidade, a água, e o envelhecimento.’
A visão assenta em quatro pilares fundamentais:
| Economia Digital | Portugal país de ciência e de criatividade | Intensificar a capacidade tecnológica da Indústria | Valorizar os recursos endógenos diferenciadores | 
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        •Portugal como ator europeu em TIC
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        •Explorar a capacidade existente em Energia, Biotecnologia e Saúde
       
        •Estimular as indústrias culturais e criativas
       
        •Valorizar a Identidade nacional e o Turismo
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        •Reforçar a intensificação tecnológica da indústria
       
        •Inserção nas cadeias de valor internacionais
       
        •Exploração da capacidade existente em novos materiais
       
        •Desenvolvimento das capacidades em Automóvel, Aeronáutica e Espaço e
        em Transportes e Logística
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        •Desenvolvimento de produtos inovadores de elevado valor-acrescentado e
        eco-sustentados
       
        •Economia do Mar, Floresta, Recursos Minerais e do Agro-alimentar
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Os pilares estão construídas sobre vantagens estratégicas inteligentes, que são temas com especialização científica, tecnológica e económica, nos quais Portugal já detém vantagens comparativas e competitivas, ou que revelaram potencial de emergir como tais. Estes temas cruzam quer as disciplinas científicas, no caso da ciência, quer os setores económicos, no caso da inovação.
A ENEI foi construída sobre a contribuição dada nas Jornadas de Reflexão Estratégica por cerca de meio milhar de stakeholders, oriundos em partes iguais da Academia e das Empresas.
A ENEI resulta de uma cooperação fecunda e pioneira entre o Ministério da Economia e o Ministério da Educação e Ciência, consubstanciada no Grupo de Trabalho ENEI - composto pelo IAPMEI - Agência para a Competitividade e Inovação, I.P, pela FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia, apoiados pela AdI – Agência de Inovação e pela Autoridade de Gestão do COMPETE – nomeado, a 3 de Julho de 2013, por Despacho Conjunto dos Senhores Secretários de Estado do Empreendedorismo, Competitividade e Inovação e da Ciência.