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A FCT foi parceira da ERA-IB-2 (2011-2016) que deu continuidade à rede ERA-IB (2006-2011), um projeto dedicado a promover a cooperação transnacional entre agências financiadoras de investigação em Biotecnologia Industrial. A ERA-IB-2 teve iniciou em Dezembro de 2011 e contou com a participação de 19 parceiros de 14 países (Alemanha com 4 agências representantes, Bélgica com 2 agências representantes, Croácia, Dinamarca, Espanha, França, Holanda, Israel, Noruega, Polónia, Portugal, Reino-Unido, Roménia, Rússia e Turquia). A ERA-IB-2 lançou 5 concursos transnacionais (JTC-3, JTC-4 e JTC-5, JTC-6 e JTC-7).
A participação da FCT na ERA-IB e posteriormente na ERA-IB-2 contribuiu para o aumento da internacionalização e competitividade de Portugal na área da biotecnologia, facilitando o estabelecimento de parcerias transfronteiriças na investigação em Biotecnologia Industrial. Desde 2006, e através de sete concursos transnacionais conjuntos, foram financiados 17 projetos transnacionais com participação Portuguesa, envolvendo 21 equipas e 8 empresas. A nova ERA-NET Cofund em Biotecnologia em que a FCT também participa, teve início em Dezembro de 2016, e pretende dar continuidade a esta colaboração.