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As candidaturas são avaliadas tendo em conta o mérito da proposta com base nos critérios de avaliação indicados no Aviso para Apresentação de Candidaturas e no respetivo Guião de Avaliação.
As candidaturas avaliadas, sujeitas a regime de concurso, são ordenadas por ordem decrescente em função do mérito da proposta e selecionadas até ao limite orçamental definido no Aviso para Apresentação de Candidaturas, sem prejuízo deste limite poder ser reforçado por decisão da FCT e verificado um limiar de mérito mínimo definido naquele Aviso.
A avaliação é efetuada por painéis de peritos independentes, predominantemente afiliados a instituições estrangeiras, experientes e de reconhecido mérito e idoneidade. Adicionalmente aos peritos, a avaliação pode incluir avaliadores externos que remotamente avaliam propostas em domínios da sua especialidade.
Os painéis de avaliação são constituídos para cada concurso, garantindo a representatividade disciplinar das áreas científicas postas a concurso. É aplicável ao procedimento de avaliação e seleção o regime de garantias de imparcialidade previsto nos artigos 69.º a 76.º do Código do Procedimento Administrativo, e ainda os de confidencialidade, transparência, e a não existência de conflitos de interesse.